BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-212I05
Chromosome11 (Build37)
Map Location 94,595,066 - 94,725,120
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCdc34-ps, A430060F13Rik, Tmem92, LOC100039410, LOC544807, LOC544808, LOC665174, LOC432591, LOC100039739
Upstream geneUtp18, Mbtd1, Nme2, Nme1, Spag9, LOC100039431, LOC100039440, Tob1, Wfikkn2, 3300001P08Rik, Ankrd40, Abcc3, Cacna1g, Spata20, Epn3, Mycbpap, Rsad1, BC018371, Chad, Lrrc59, Eme1, Mrpl27, Xylt2, OTTMUSG00000002038
Downstream geneCol1a1, Sgca, Hils1, Ppp1r9b, Samd14, Pdk2, Itga3, Dlx3, Dlx4, LOC100039437, Tac4, Myst2, 5730593F17Rik, Slc35b1, Spop, LOC100039483, Nxph3, Ngfr, Phb, 1110035M17Rik, Zfp652, EG665273, Phospho1, Abi3, Gngt2, LOC100040014, B4galnt2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-212I05.bB6Ng01-212I05.g
ACCGA030288GA030289
length867903
definitionB6Ng01-212I05.b B6Ng01-212I05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(94,595,066 - 94,595,933)(94,724,222 - 94,725,120)
sequence
gaattccaggacagccagggctatgtagaaacgccctgtctcaaaaaact
caaagagcaggctggagagatggctcagaggttaagattcaattcccagc
aaccacatggcagctcgcaaccatctgtaatgggatccgatgccttcttc
tggtgtgtctgacagctacagtgtgctcatataaataaaataaatcctaa
aaaaaaaaaaaacaaacaaaaacaaaacaaaacaaaaaaaacctcataaa
gcagagaaaaagcagaggggagtggaggagcactcaatacagaatgagtg
aatgagtgaatgaatgaatgagtgaatgagtgaatgaataaatgaatgag
ttgaatgcatgaaaacacacaaactatcttcatggctacaagtcatacat
ggactggacctacaatattgcccacatatgagtgaaagttaggccctgat
atgtggagacatgagaccaaccatgacaggcatggaaggaagcaaacatg
caacatgccggcacacacatgtagtaagtgatgggatgcaccacacatac
agtggaacattcaggcagtccagatgagggccacttcccactccagccct
tcactatgtaattctgattgattgccccgacgtggatcaggctggcttca
actcacagagatctggctgcctccgccctctgagtactgggattaaaggt
gtggtgggggcctccacgcccactaaaggcatctttgggttcggttcacc
tcaaacagtgcttgctttccttggtcattctagctaaaggtttgctaatt
agtttgtttatttatttattggggtttttattatcgatgtggtcgtttga
gacagggtttctcgaat
gaattcaacagaggcctgctttcgtacctcagcattggaattaaaggtga
tatccttcatgtctgaatataggagcccagtggtgttagcagctcacacc
tttgatcccagaactcagaaggaaggcagaggcaggtggatctgagttct
aggccagcctggtttacagagccagttccagaatagccagggatccacag
agaaacctcgtcttgaaaaataaatgtggtctgagacaagagtctgatag
ttggaagattggcagggaggggagagagacacacacagagagacacacag
agaaagacagagatagagaaagtgagtttctgggccccttgtgtctttag
ctcacagcacccatcctcaccatagaacagagctactgtgaccatggaga
gggaacaatcctagctgtgactgtcacctgtcgttttttatctctctctc
tctctctctcttttatttatttatttatttatttttaagcaaaagaaatg
ctattgtaaaaatctttggccaagtcaaaagctggcttcctcttctttat
ttgttgagagagggcatagttctggctgccctagaagctgtggactcctg
agattaaaggcatgcaggaccacacctgccaatggttttaagtgaagtag
ccagagagggcaatgccttgatacccgggggaagagaggcctaattaaga
gcttagacagtactgctatcaacaggatgggattctgtatggagaccttg
ggtgactcaaaatcctgaaggatgcagggcagggggtttcccgcaggggt
ctgaggatgaataggacatgaatatgtttagtgaactcccagagttgtct
ctatctatgacactgggatcatggggggtaggggcagtggggggatttta
ggt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_94595066_94595933
seq2: B6Ng01-212I05.b_44_910

seq1  GAATTCCAGGACAGCCAGGGCTATGTAGAAACGCCCTGTCTCAAAAAACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGACAGCCAGGGCTATGTAGAAACGCCCTGTCTCAAAAAACT  50

seq1  CAAAGAGCAGGCTGGAGAGATGGCTCAGAGGTTAAGATTCAATTCCCAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGAGCAGGCTGGAGAGATGGCTCAGAGGTTAAGATTCAATTCCCAGC  100

seq1  AACCACATGGCAGCTCGCAACCATCTGTAATGGGATCCGATGCCTTCTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCACATGGCAGCTCGCAACCATCTGTAATGGGATCCGATGCCTTCTTC  150

seq1  TGGTGTGTCTGACAGCTACAGTGTGCTCATATAAATAAAATAAATCCTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGTGTCTGACAGCTACAGTGTGCTCATATAAATAAAATAAATCCTAA  200

seq1  AAAAAAAAAAAACAAACAAAAACAAAACAAAACAAAAAAAACCTCATAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAAAACAAACAAAAACAAAACAAAACAAAAAAAACCTCATAAA  250

seq1  GCAGAGAAAAAGCAGAGGGGAGTGGAGGAGCACTCAATACAGAATGAGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGAAAAAGCAGAGGGGAGTGGAGGAGCACTCAATACAGAATGAGTG  300

seq1  AATGAGTGAATGAATGAATGAGTGAATGAGTGAATGAATAAATGAATGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGTGAATGAATGAATGAGTGAATGAGTGAATGAATAAATGAATGAG  350

seq1  TTGAATGCATGAAAACACACAAACTATCTTCATGGCTACAAGTCATACAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATGCATGAAAACACACAAACTATCTTCATGGCTACAAGTCATACAT  400

seq1  GGACTGGACCTACAATATTGCCCACATATGAGTGAAAGTTAGGCCCTGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTGGACCTACAATATTGCCCACATATGAGTGAAAGTTAGGCCCTGAT  450

seq1  ATGTGGAGACATGAGACCAACCATGACAGGCATGGAAGGAAGCAAACATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGAGACATGAGACCAACCATGACAGGCATGGAAGGAAGCAAACATG  500

seq1  CAACATGCCGGCACACACATGTAGTAAGTGATGGGATGCACCACACATAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACATGCCGGCACACACATGTAGTAAGTGATGGGATGCACCACACATAC  550

seq1  AGTGGAACATTCAGGCAGTCCAGATGAGGGCCACTTCCCACTCCAGCCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGAACATTCAGGCAGTCCAGATGAGGGCCACTTCCCACTCCAGCCCT  600

seq1  TCACTATGTAATTCTGATTGATTGCCCCGACGTGGATCAGGCTGGCTTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTATGTAATTCTGATTGATTGCCCCGACGTGGATCAGGCTGGCTTCA  650

seq1  ACTCACAGAGATCTGGCTGCCTCCGCCCTCTGAGTACTGGGATTAAAGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACAGAGATCTGGCTGCCTCCGCCCTCTGAGTACTGGGATTAAAGGT  700

seq1  GTGGTGGGGGCCTCCACGCCCACTAAAGGCATCTTTGGGTTCGGTTCACC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGGGGGCCTCCACGCCCACTAAAGGCATCTTTGGGTTCGGTTCACC  750

seq1  TCAAACAGTGCTTGCTTTCCTTGGTCATTCTAGCTAAAGGTTTGCTAATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAACAGTGCTTGCTTTCCTTGGTCATTCTAGCTAAAGGTTTGCTAATT  800

seq1  AGTTTGTTTATTTATTTATTGGGGTTTTTATTATCGATGTGGTCGTTTTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AGTTTGTTTATTTATTTATTGGGGTTTTTATTATCGATGTGGTCG-TTTG  849

seq1  AGACAGGGTTTCTCGAAT  868
      ||||||||||||||||||
seq2  AGACAGGGTTTCTCGAAT  867

seq1: chr11_94724222_94725120
seq2: B6Ng01-212I05.g_68_970 (reverse)

seq1  ACCTAAA--TCCCCCACTGCCCCTA-CCCCCATGAT-CCAGTGTCATAGA  46
      |||||||   ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||
seq2  ACCTAAAATCCCCCCACTGCCCCTACCCCCCATGATCCCAGTGTCATAGA  50

seq1  TAGAGACAACTCTGGGAGTTCACTAAACATATTCATGTCCTATTCATCCT  96
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGACAACTCTGGGAGTTCACTAAACATATTCATGTCCTATTCATCCT  100

seq1  CAGACCCCTGCGGGAAACCCCCTGCCCTGCATCCTTCAGGATTTTGAGTC  146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACCCCTGCGGGAAACCCCCTGCCCTGCATCCTTCAGGATTTTGAGTC  150

seq1  ACCCAAGGTCTCCATACAGAATCCCATCCTGTTGATAGCAGTACTGTCTA  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAAGGTCTCCATACAGAATCCCATCCTGTTGATAGCAGTACTGTCTA  200

seq1  AGCTCTTAATTAGGCCTCTCTTCCCCCGGGTATCAAGGCATTGCCCTCTC  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTTAATTAGGCCTCTCTTCCCCCGGGTATCAAGGCATTGCCCTCTC  250

seq1  TGGCTACTTCACTTAAAACCATTGGCAGGTGTGGTCCTGCATGCCTTTAA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTACTTCACTTAAAACCATTGGCAGGTGTGGTCCTGCATGCCTTTAA  300

seq1  TCTCAGGAGTCCACAGCTTCTAGGGCAGCCAGAACTATGCCCTCTCTCAA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGGAGTCCACAGCTTCTAGGGCAGCCAGAACTATGCCCTCTCTCAA  350

seq1  CAAATAAAGAAGAGGAAGCCAGCTTTTGACTTGGCCAAAGATTTTTACAA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATAAAGAAGAGGAAGCCAGCTTTTGACTTGGCCAAAGATTTTTACAA  400

seq1  TAGCATTTCTTTTGCTTAAAAATAAATAAATAAATAAATAAAAGAGAGAG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCATTTCTTTTGCTTAAAAATAAATAAATAAATAAATAAAAGAGAGAG  450

seq1  AGAGAGAGAGAGATAAAAAACGACAGGTGACAGTCACAGCTAGGATTGTT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGAGAGATAAAAAACGACAGGTGACAGTCACAGCTAGGATTGTT  500

seq1  CCCTCTCCATGGTCACAGTAGCTCTGTTCTATGGTGAGGATGGGTGCTGT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTCCATGGTCACAGTAGCTCTGTTCTATGGTGAGGATGGGTGCTGT  550

seq1  GAGCTAAAGACACAAGGGGCCCAGAAACTCACTTTCTCTATCTCTGTCTT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTAAAGACACAAGGGGCCCAGAAACTCACTTTCTCTATCTCTGTCTT  600

seq1  TCTCTGTGTGTCTCTCTGTGTGTGTCTCTCTCCCCTCCCTGCCAATCTTC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGTGTGTCTCTCTGTGTGTGTCTCTCTCCCCTCCCTGCCAATCTTC  650

seq1  CAACTATCAGACTCTTGTCTCAGACCACATTTATTTTTCAAGACGAGGTT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTATCAGACTCTTGTCTCAGACCACATTTATTTTTCAAGACGAGGTT  700

seq1  TCTCTGTGGATCCCTGGCTATTCTGGAACTGGCTCTGTAAACCAGGCTGG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGTGGATCCCTGGCTATTCTGGAACTGGCTCTGTAAACCAGGCTGG  750

seq1  CCTAGAACTCAGATCCACCTGCCTCTGCCTTCCTTCTGAGTTCTGGGATC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGAACTCAGATCCACCTGCCTCTGCCTTCCTTCTGAGTTCTGGGATC  800

seq1  AAAGGTGTGAGCTGCTAACACCACTGGGCTCCTATATTCAGACATGAAGG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGTGTGAGCTGCTAACACCACTGGGCTCCTATATTCAGACATGAAGG  850

seq1  ATATCACCTTTAATTCCAATGCTGAGGTACGAAAGCAGGCCTCTGTTGAA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCACCTTTAATTCCAATGCTGAGGTACGAAAGCAGGCCTCTGTTGAA  900

seq1  TTC  899
      |||
seq2  TTC  903