BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-212N04
Chromosome11 (Build37)
Map Location 9,882,011 - 10,034,694
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneHus1, Sunc1, OTTMUSG00000005148, Upp1, LOC626887, LOC100041469, Abca13, LOC665435
Downstream geneLOC382483, Vwc2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-212N04.bB6Ng01-212N04.g
ACCGA030519GA030520
length1,1171,187
definitionB6Ng01-212N04.b B6Ng01-212N04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(10,033,568 - 10,034,694)(9,882,011 - 9,883,206)
sequence
gaattctcgacactataacagtttgacataccacatttagggcagaggaa
gatgccctgacaaggatggatccatagccaatgccaccacaccttaatgg
ggattgcttatatgttcatagtttggaccatttattgagaatttactctt
attttagagcccaaagataaccttgaggaagttatttgatttcttcttcc
ctgttgctattatggaacattgaatactatcacttttctgctctctttgg
ctttttttttaattggcttgttgagggtgggtagaaggacctggcttgta
caggttgtaatctataggttccataatagcaacaccaaagaaacctattt
cattacaaggaacaatggttctctgagcatgagtacagagtaaaaccttg
cattcaaaccccagttcctctaattgtatatgggattctacatacaatac
ttaccaacagccaaggaatccctttgaaagggaccattttcaaatgtgga
cacatacaccatcatacatggcatgcccatgcaatttacatgcaacatgc
tttatcacagtttctattacatgacagcccaatatgtcaagttggattct
ttgtttttcttccaagtaggttaatgtaggtcaaaaagcagaaaacagga
tattggtctagcagaggaatttcaggagaagggtcctcccagtggtgttc
aaattgctgtctgcagttcttcagaaacaaagtcctgaagcttggaaacc
cagtgaacaccataccttccaagagcattaagaatggggactggctccta
gtgtggctgaacatccaagcaacagaatggctgttcctcgggctctgcct
cttcccatttcatcatgttatgtaaatcttcctcagccataatcaccaca
ggaattggcactgcattgctcttggcaatctcctctgcctgccaccagct
tcctgtggtattgtctgaattctgatacaagttgcctgattaccatgctg
tctgggtgattataagttgaaactactattggattctactggtgacttgt
cagtggtacacaactgaagatatgaacccttcctcccagcatgcaatcaa
tagacaacagtttcaca

gaattctttgtttagctctataccccatttttaatggggttatttgattt
tctggagtccatcttcttgaattctttgtatatattggatattagtcccc
tattggatttaggattggtcaagatcctttcccaatcttcacaagcattt
ttaacacaaattaaaacaaaaatttagcaagcttcatggaagtattaggc
aatatcagtgaaagagtagaaagcaaacttttgaatagaaagaagggaga
agcctgtaacagttgttctaattctatcaatgggcatattaaaaaatagg
ccttctttttttcctttctgaattatatcagttttctaaaacaacaactt
taatatttagtattttcaactaaacagatttaattccagatgttttgatt
tccatgtaaataattgtttgttcctttaatattatggaaaataaagttct
gattagacacatatacatgcacacacaattgcacacacatgtgcacatac
atgttcacatatatgttcacacacattcatatacatgtaatttaagaaat
ccttcaggccaaaatggaaataaaagcaattcttggaatcttagaagata
aatttaaagaaataagtggtaaaataattcaccagtcaaatcagagaaga
gaaagcaaattcattgagtccattgcaaggcagcagcaggaagggcagaa
atggaaagagtatctactgaaacatggtagactgtgaaagattttgtttg
ggcattatcctctttttctggtttagcttgccactggacaaatgagacca
gatctgattggtcagtatttcaccctgggacatagttgggttttcagagt
agtgactctgtggttaattttgattgtctatgattattcatactattttt
catagtgcccccagaacttagactaacattatatcactatgcaacctaaa
actgctcatagtcatattttatgatatcttacaaatagttcctggtccag
aactatggtagtctatgatcaatattttgtctttattttctcatgtggtc
tgtgttcagtaagtgtggctctttctcagctgagcagaacttagagaacc
tggattgcttgcacaatgaacttaaggaaccagtgaaccctctctggctg
cacttgccatttctacttgaaacttagaagaaataga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_10033568_10034694
seq2: B6Ng01-212N04.b_46_1162 (reverse)

seq1  TGTG-AACTGTTGTCTATTGA-TGCATGCTGGGAAGGGGAGGGTCAATAT  48
      |||| |||||||||||||||| ||||||||||||  || |||||  ||||
seq2  TGTGAAACTGTTGTCTATTGATTGCATGCTGGGA--GGAAGGGTTCATAT  48

seq1  CTTCAGTTGTGTACCCACTGACAAGTCCACAGGTAGAATCCAATAGGTAG  98
      ||||||||||||| |||||||||||| |||  ||||||||||||| ||||
seq2  CTTCAGTTGTGTA-CCACTGACAAGT-CACCAGTAGAATCCAATA-GTAG  95

seq1  TTTCAAACCTATAATCACCCAGACAGCCATGGTTAAATCCAGGCAACTTG  148
      |||| ||| ||||||||||||||||| ||||||  ||| |||||||||||
seq2  TTTC-AACTTATAATCACCCAGACAG-CATGGT--AAT-CAGGCAACTTG  140

seq1  TATCAGAATTTCAGACAATAACCACAGGAAGCTGGTGGCAGGCAGAGGAG  198
      |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAGAA-TTCAGACAAT-ACCACAGGAAGCTGGTGGCAGGCAGAGGAG  188

seq1  ATTGCCAAGAGCAATGCAGTGCCAATTCCTGTGGTGATTATGGCTGAGGA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCCAAGAGCAATGCAGTGCCAATTCCTGTGGTGATTATGGCTGAGGA  238

seq1  AGATTTACATAACATGATGAAATGGGAAGAGGCAGAGCCCGAGGAACAGC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTACATAACATGATGAAATGGGAAGAGGCAGAGCCCGAGGAACAGC  288

seq1  CATTCTGTTGCTTGGATGTTCAGCCACACTAGGAGCCAGTCCCCATTCTT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTGTTGCTTGGATGTTCAGCCACACTAGGAGCCAGTCCCCATTCTT  338

seq1  AATGCTCTTGGAAGGTATGGTGTTCACTGGGTTTCCAAGCTTCAGGACTT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCTCTTGGAAGGTATGGTGTTCACTGGGTTTCCAAGCTTCAGGACTT  388

seq1  TGTTTCTGAAGAACTGCAGACAGCAATTTGAACACCACTGGGAGGACCCT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCTGAAGAACTGCAGACAGCAATTTGAACACCACTGGGAGGACCCT  438

seq1  TCTCCTGAAATTCCTCTGCTAGACCAATATCCTGTTTTCTGCTTTTTGAC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTGAAATTCCTCTGCTAGACCAATATCCTGTTTTCTGCTTTTTGAC  488

seq1  CTACATTAACCTACTTGGAAGAAAAACAAAGAATCCAACTTGACATATTG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACATTAACCTACTTGGAAGAAAAACAAAGAATCCAACTTGACATATTG  538

seq1  GGCTGTCATGTAATAGAAACTGTGATAAAGCATGTTGCATGTAAATTGCA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTCATGTAATAGAAACTGTGATAAAGCATGTTGCATGTAAATTGCA  588

seq1  TGGGCATGCCATGTATGATGGTGTATGTGTCCACATTTGAAAATGGTCCC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCATGCCATGTATGATGGTGTATGTGTCCACATTTGAAAATGGTCCC  638

seq1  TTTCAAAGGGATTCCTTGGCTGTTGGTAAGTATTGTATGTAGAATCCCAT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAAAGGGATTCCTTGGCTGTTGGTAAGTATTGTATGTAGAATCCCAT  688

seq1  ATACAATTAGAGGAACTGGGGTTTGAATGCAAGGTTTTACTCTGTACTCA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAATTAGAGGAACTGGGGTTTGAATGCAAGGTTTTACTCTGTACTCA  738

seq1  TGCTCAGAGAACCATTGTTCCTTGTAATGAAATAGGTTTCTTTGGTGTTG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCAGAGAACCATTGTTCCTTGTAATGAAATAGGTTTCTTTGGTGTTG  788

seq1  CTATTATGGAACCTATAGATTACAACCTGTACAAGCCAGGTCCTTCTACC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTATGGAACCTATAGATTACAACCTGTACAAGCCAGGTCCTTCTACC  838

seq1  CACCCTCAACAAGCCAATTAAAAAAAAAGCCAAAGAGAGCAGAAAAGTGA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCTCAACAAGCCAATTAAAAAAAAAGCCAAAGAGAGCAGAAAAGTGA  888

seq1  TAGTATTCAATGTTCCATAATAGCAACAGGGAAGAAGAAATCAAATAACT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTATTCAATGTTCCATAATAGCAACAGGGAAGAAGAAATCAAATAACT  938

seq1  TCCTCAAGGTTATCTTTGGGCTCTAAAATAAGAGTAAATTCTCAATAAAT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCAAGGTTATCTTTGGGCTCTAAAATAAGAGTAAATTCTCAATAAAT  988

seq1  GGTCCAAACTATGAACATATAAGCAATCCCCATTAAGGTGTGGTGGCATT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCAAACTATGAACATATAAGCAATCCCCATTAAGGTGTGGTGGCATT  1038

seq1  GGCTATGGATCCATCCTTGTCAGGGCATCTTCCTCTGCCCTAAATGTGGT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTATGGATCCATCCTTGTCAGGGCATCTTCCTCTGCCCTAAATGTGGT  1088

seq1  ATGTCAAACTGTTATAGTGTCGAGAATTC  1127
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCAAACTGTTATAGTGTCGAGAATTC  1117


seq1: chr11_9882011_9883206
seq2: B6Ng01-212N04.g_66_1252

seq1  GAATTCTTTGTTTAGCTCTATACCCCATTTTTAATGGGGTTATTTGATTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGTTTAGCTCTATACCCCATTTTTAATGGGGTTATTTGATTT  50

seq1  TCTGGAGTCCATCTTCTTGAATTCTTTGTATATATTGGATATTAGTCCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAGTCCATCTTCTTGAATTCTTTGTATATATTGGATATTAGTCCCC  100

seq1  TATTGGATTTAGGATTGGTCAAGATCCTTTCCCAATCTTCACAAGCATTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGGATTTAGGATTGGTCAAGATCCTTTCCCAATCTTCACAAGCATTT  150

seq1  TTAACACAAATTAAAACAAAAATTTAGCAAGCTTCATGGAAGTATTAGGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACACAAATTAAAACAAAAATTTAGCAAGCTTCATGGAAGTATTAGGC  200

seq1  AATATCAGTGAAAGAGTAGAAAGCAAACTTTTGAATAGAAAGAAGGGAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATCAGTGAAAGAGTAGAAAGCAAACTTTTGAATAGAAAGAAGGGAGA  250

seq1  AGCCTGTAACAGTTGTTCTAATTCTATCAATGGGCATATTAAAAAATAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGTAACAGTTGTTCTAATTCTATCAATGGGCATATTAAAAAATAGG  300

seq1  CCTTCTTTTTTTCCTTTCTGAATTATATCAGTTTTCTAAAACAACAACTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTTTTTTTCCTTTCTGAATTATATCAGTTTTCTAAAACAACAACTT  350

seq1  TAATATTTAGTATTTTCAACTAAACAGATTTAATTCCAGATGTTTTGATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATTTAGTATTTTCAACTAAACAGATTTAATTCCAGATGTTTTGATT  400

seq1  TCCATGTAAATAATTGTTTGTTCCTTTAATATTATGGAAAATAAAGTTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGTAAATAATTGTTTGTTCCTTTAATATTATGGAAAATAAAGTTCT  450

seq1  GATTAGACACATATACATGCACACACAATTGCACACACATGTGCACATAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAGACACATATACATGCACACACAATTGCACACACATGTGCACATAC  500

seq1  ATGTTCACATATATGTTCACACACATTCATATACATGTAATTTAAGAAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTCACATATATGTTCACACACATTCATATACATGTAATTTAAGAAAT  550

seq1  CCTTCAGGCCAAAATGGAAATAAAAGCAATTCTTGGAATCTTAGAAGATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCAGGCCAAAATGGAAATAAAAGCAATTCTTGGAATCTTAGAAGATA  600

seq1  AATTTAAAGAAATAAGTGGTAAAATAATTCACCAGTCAAATCAGAGAAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTAAAGAAATAAGTGGTAAAATAATTCACCAGTCAAATCAGAGAAGA  650

seq1  GAAAGCAAATTCATTGAGTCCATTGCAAGGCAGCAGCAGGAAGGGCAGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCAAATTCATTGAGTCCATTGCAAGGCAGCAGCAGGAAGGGCAGAA  700

seq1  ATGGAAAGAGTATCTACTGAAACATGGTAGACTGTGAAAGATTTTGTTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAAAGAGTATCTACTGAAACATGGTAGACTGTGAAAGATTTTGTTTG  750

seq1  GGCATTATCCTCTTTTTCTGGTTTAGCTTGCCACTGGACAAATGAGACCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATTATCCTCTTTTTCTGGTTTAGCTTGCCACTGGACAAATGAGACCA  800

seq1  GATCTGATTGGTCAGTATTTCACCCTGGGACATAGTTGGGTTTTCAGAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTGATTGGTCAGTATTTCACCCTGGGACATAGTTGGGTTTTCAGAGT  850

seq1  AGTGACTCTGTGGTTAATTTTGATTGTCTATGATTATTCATACTA-TTTT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AGTGACTCTGTGGTTAATTTTGATTGTCTATGATTATTCATACTATTTTT  900

seq1  CATAGTGCCCCCAGAACTTAGACTAACATTATATCACTATGCAACCTAAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CATAGTGCCCCCAGAACTTAGACTAACATTATATCACTATGCAACCT-AA  949

seq1  AACTGCTCATAGTTCATA-TTTATGATATTCTTACAAATAGTTCCTGGTC  998
      |||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AACTGCTCATAG-TCATATTTTATGATA-TCTTACAAATAGTTCCTGGTC  997

seq1  CAGAACTATGGGTAGTCTATGATCAATAATTTTGTTCTTTAATTTTCTCA  1048
      ||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||
seq2  CAGAACTAT-GGTAGTCTATGATCAAT-ATTTTG-TCTTT-ATTTTCTCA  1043

seq1  TGTGGTCTGTGTTCAGTAAGTGT-GCTCTTCTCCCAGCCTTGAGCAGACT  1097
      ||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||  ||||||||  
seq2  TGTGGTCTGTGTTCAGTAAGTGTGGCTCTT-TCTCAGC--TGAGCAGAAC  1090

seq1  AAAGAG-ACCTTGAGTGCTTGCCACAATGGACTTAAGGACCCAGGTGGAG  1146
        |||| |||| || |||||| ||||||| ||||||||| ||||   || 
seq2  TTAGAGAACCTGGATTGCTTG-CACAATGAACTTAAGGAACCAG--TGAA  1137

seq1  CCCTCTCCTTGCTGCACCTGCAATTTCCTAC-TGGAACTTAGAAG-AATA  1194
      |||||| || ||||||| ||| |||| |||| || |||||||||| ||||
seq2  CCCTCT-CTGGCTGCACTTGCCATTT-CTACTTGAAACTTAGAAGAAATA  1185

seq1  GA  1196
      ||
seq2  GA  1187


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |