BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-213P21
Chromosome11 (Build37)
Map Location 29,199,504 - 29,349,038
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC672637, LOC100042985, A430106J12Rik
Upstream geneEG626571, Ccdc85a, Efemp1, LOC382504, Pnpt1, A630052C17Rik, Smek2, LOC100042972, Ccdc104
Downstream gene2010316F05Rik, LOC100042990, Mtif2, Rps27a, 1700034F02Rik, LOC628830, LOC666403, Rtn4, C230094A16Rik, 4931440F15Rik, Spnb2, EG666427, LOC666432, 4930505A04Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-213P21.bB6Ng01-213P21.g
ACCGA031363GA031364
length1,121709
definitionB6Ng01-213P21.b B6Ng01-213P21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(29,347,921 - 29,349,038)(29,199,504 - 29,200,212)
sequence
gaattcacagccatcactacaattctaattgcatgcttcagctaaagact
agagacgattgggctaaattatatggaaagaactagtgttcactgtttag
gctatccattagctgccagtcaaactaataacagcaatctcttccctaat
tttcctggtgcagctgtttatagaatatcctgggcgtattcacttcaata
gatacataataatgcagacatccacaaaagcaagctgtattttttttcaa
aaatttttatagcagataatgcttttttaccttgcatatctatttcactt
tcataagttactttaaataatcttttaaaaaatgtaatgactattctgtg
tatttaaatttaaagtctacattctgaagctcaaattccaggaaaacaaa
tttttaaaaggaggaaatgcataaatcaaaaatcttttgttctccttaaa
gaacaaaattcaaaatcttcagcaaagatcagtcatgcttttacttgtag
ttcaccccagaatgaatatgtaaaatttatactgtattttctgtaatgag
ctttgataactaagtacaattttttcagtgctaataaatactgaatattt
tctaagtagttaactggaatttcaatgacttaatgtaggcaatatgtata
aaattatttttgtaatatcatatgccaacaattcagtctttgaaacaaca
atgtcattattactattgagacatggtttcacatagcctaggctaagctt
acacttactttgtacctgagtatgcccataccttgctgggattctcctgc
ttacccttcttgagtgggcttacgggcaaatttttctcattttgagaaac
actaataaaaagtgtgacttaggttaacaattgaggacaactgggtctat
tgtcatactttaaaatactactaaggtcatcccttatgggccacatcaat
gaacactggaaaatcagagacttacaattccctgccctaagtcttcggat
cttggctttagcatcagcccaatttccactgagagatgctgtcgactttc
tgttcgctcatgctgagaacacagggtgactgtgcagaatgagagcatgg
ggtagcaatgaacaccatctc
gaattctctttgggttaatggaaaccagagtactatttttagagattgga
acagacattcatctgaagctaaatcatctttaaggattcatattttaaga
cataattgtcagtagttaggattaatggtagttgcctaactacagaagcc
aaaagctaatttaaaatgaaattgtctacgaccaaaataaaggcagtgaa
agttttaaaatatagggtcagttgaatacttaaaaaattcaatttcaagt
tttgaaatatatatttttctatcatggaaaaaattacccacacagatgcc
aagtatggtggtagaggccactgcagacagtgctgagtgtccaggaaggg
taagcagggaggcttgttcacttagatcagaaatgagctgcttgggctgg
tgtcttggtaagatgtaatcttattgtcttagtattcaccagttcacaat
ttataatttaagctgggtttttttctcaagaaacattttgctaaactgca
acagtgtgaacacaaagtaaagaatgacctggggctattgagatggctac
acaggtgaaggtgctcactgggaaggctgcttgcttgaattctgtccctt
ggaatcctcctggtggaaggagagaactgatacacttagattgccctctg
accttaacatgcttagtgtggtgatgtgtgtgaatacacatatgagagag
agagagaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_29347921_29349038
seq2: B6Ng01-213P21.b_44_1164 (reverse)

seq1  GAGATGGTGTTCATTTCCTACCCCATGCCTCTTCATCTGCACAGTCACCC  50
      ||||||||||||| || |||||||||| ||||   |||||||||||||||
seq2  GAGATGGTGTTCA-TTGCTACCCCATG-CTCTCATTCTGCACAGTCACCC  48

seq1  TGTGGTTCTCCAGGCATGAAGCGAACAGAAAGTCGACAGCATCTCTCAGT  100
      ||| ||||||   ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGT-GTTCTC--AGCATG-AGCGAACAGAAAGTCGACAGCATCTCTCAGT  94

seq1  GGAA--TTGGCTGATGCTAAAGCCAAGATCCGAAGACTTA-GGCA-GGAA  146
      ||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||
seq2  GGAAATTGGGCTGATGCTAAAGCCAAGATCCGAAGACTTAGGGCAGGGAA  144

seq1  TTGTAAGTCTCTGATTTT-CAGTGTTCATTGATGTGG-CCATAA-GGATG  193
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||
seq2  TTGTAAGTCTCTGATTTTCCAGTGTTCATTGATGTGGCCCATAAGGGATG  194

seq1  ACCTTAGTAGTATTTT-AAGTATGACAATAGA-CCAGTTGTCCTCAATTG  241
      |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  ACCTTAGTAGTATTTTAAAGTATGACAATAGACCCAGTTGTCCTCAATTG  244

seq1  TTAACCTAAGTCACACTTTTTATTAGTGTTTCTCAAAATGAGAAAAATTT  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACCTAAGTCACACTTTTTATTAGTGTTTCTCAAAATGAGAAAAATTT  294

seq1  GCCCGTAAGCCCACTCAAGAAGGGTAAGCAGGAGAATCCCAGCAAGGTAT  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCGTAAGCCCACTCAAGAAGGGTAAGCAGGAGAATCCCAGCAAGGTAT  344

seq1  GGGCATACTCAGGTACAAAGTAAGTGTAAGCTTAGCCTAGGCTATGTGAA  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCATACTCAGGTACAAAGTAAGTGTAAGCTTAGCCTAGGCTATGTGAA  394

seq1  ACCATGTCTCAATAGTAATAATGACATTGTTGTTTCAAAGACTGAATTGT  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGTCTCAATAGTAATAATGACATTGTTGTTTCAAAGACTGAATTGT  444

seq1  TGGCATATGATATTACAAAAATAATTTTATACATATTGCCTACATTAAGT  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCATATGATATTACAAAAATAATTTTATACATATTGCCTACATTAAGT  494

seq1  CATTGAAATTCCAGTTAACTACTTAGAAAATATTCAGTATTTATTAGCAC  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGAAATTCCAGTTAACTACTTAGAAAATATTCAGTATTTATTAGCAC  544

seq1  TGAAAAAATTGTACTTAGTTATCAAAGCTCATTACAGAAAATACAGTATA  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAAAATTGTACTTAGTTATCAAAGCTCATTACAGAAAATACAGTATA  594

seq1  AATTTTACATATTCATTCTGGGGTGAACTACAAGTAAAAGCATGACTGAT  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTACATATTCATTCTGGGGTGAACTACAAGTAAAAGCATGACTGAT  644

seq1  CTTTGCTGAAGATTTTGAATTTTGTTCTTTAAGGAGAACAAAAGATTTTT  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCTGAAGATTTTGAATTTTGTTCTTTAAGGAGAACAAAAGATTTTT  694

seq1  GATTTATGCATTTCCTCCTTTTAAAAATTTGTTTTCCTGGAATTTGAGCT  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTATGCATTTCCTCCTTTTAAAAATTTGTTTTCCTGGAATTTGAGCT  744

seq1  TCAGAATGTAGACTTTAAATTTAAATACACAGAATAGTCATTACATTTTT  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAATGTAGACTTTAAATTTAAATACACAGAATAGTCATTACATTTTT  794

seq1  TAAAAGATTATTTAAAGTAACTTATGAAAGTGAAATAGATATGCAAGGTA  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGATTATTTAAAGTAACTTATGAAAGTGAAATAGATATGCAAGGTA  844

seq1  AAAAAGCATTATCTGCTATAAAAATTTTTGAAAAAAAATACAGCTTGCTT  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGCATTATCTGCTATAAAAATTTTTGAAAAAAAATACAGCTTGCTT  894

seq1  TTGTGGATGTCTGCATTATTATGTATCTATTGAAGTGAATACGCCCAGGA  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGGATGTCTGCATTATTATGTATCTATTGAAGTGAATACGCCCAGGA  944

seq1  TATTCTATAAACAGCTGCACCAGGAAAATTAGGGAAGAGATTGCTGTTAT  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTATAAACAGCTGCACCAGGAAAATTAGGGAAGAGATTGCTGTTAT  994

seq1  TAGTTTGACTGGCAGCTAATGGATAGCCTAAACAGTGAACACTAGTTCTT  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTGACTGGCAGCTAATGGATAGCCTAAACAGTGAACACTAGTTCTT  1044

seq1  TCCATATAATTTAGCCCAATCGTCTCTAGTCTTTAGCTGAAGCATGCAAT  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATATAATTTAGCCCAATCGTCTCTAGTCTTTAGCTGAAGCATGCAAT  1094

seq1  TAGAATTGTAGTGATGGCTGTGAATTC  1118
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATTGTAGTGATGGCTGTGAATTC  1121

seq1: chr11_29199504_29200212
seq2: B6Ng01-213P21.g_69_777

seq1  GAATTCTCTTTGGGTTAATGGAAACCAGAGTACTATTTTTAGAGATTGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTTGGGTTAATGGAAACCAGAGTACTATTTTTAGAGATTGGA  50

seq1  ACAGACATTCATCTGAAGCTAAATCATCTTTAAGGATTCATATTTTAAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACATTCATCTGAAGCTAAATCATCTTTAAGGATTCATATTTTAAGA  100

seq1  CATAATTGTCAGTAGTTAGGATTAATGGTAGTTGCCTAACTACAGAAGCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAATTGTCAGTAGTTAGGATTAATGGTAGTTGCCTAACTACAGAAGCC  150

seq1  AAAAGCTAATTTAAAATGAAATTGTCTACGACCAAAATAAAGGCAGTGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCTAATTTAAAATGAAATTGTCTACGACCAAAATAAAGGCAGTGAA  200

seq1  AGTTTTAAAATATAGGGTCAGTTGAATACTTAAAAAATTCAATTTCAAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTAAAATATAGGGTCAGTTGAATACTTAAAAAATTCAATTTCAAGT  250

seq1  TTTGAAATATATATTTTTCTATCATGGAAAAAATTACCCACACAGATGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAATATATATTTTTCTATCATGGAAAAAATTACCCACACAGATGCC  300

seq1  AAGTATGGTGGTAGAGGCCACTGCAGACAGTGCTGAGTGTCCAGGAAGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTATGGTGGTAGAGGCCACTGCAGACAGTGCTGAGTGTCCAGGAAGGG  350

seq1  TAAGCAGGGAGGCTTGTTCACTTAGATCAGAAATGAGCTGCTTGGGCTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCAGGGAGGCTTGTTCACTTAGATCAGAAATGAGCTGCTTGGGCTGG  400

seq1  TGTCTTGGTAAGATGTAATCTTATTGTCTTAGTATTCACCAGTTCACAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTGGTAAGATGTAATCTTATTGTCTTAGTATTCACCAGTTCACAAT  450

seq1  TTATAATTTAAGCTGGGTTTTTTTCTCAAGAAACATTTTGCTAAACTGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAATTTAAGCTGGGTTTTTTTCTCAAGAAACATTTTGCTAAACTGCA  500

seq1  ACAGTGTGAACACAAAGTAAAGAATGACCTGGGGCTATTGAGATGGCTAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGTGAACACAAAGTAAAGAATGACCTGGGGCTATTGAGATGGCTAC  550

seq1  ACAGGTGAAGGTGCTCACTGGGAAGGCTGCTTGCTTGAATTCTGTCCCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGTGAAGGTGCTCACTGGGAAGGCTGCTTGCTTGAATTCTGTCCCTT  600

seq1  GGAATCCTCCTGGTGGAAGGAGAGAACTGATACACTTAGATTGCCCTCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATCCTCCTGGTGGAAGGAGAGAACTGATACACTTAGATTGCCCTCTG  650

seq1  ACCTTAACATGCTTAGTGTGGTGATGTGTGTGAATACACATATGAGAGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTAACATGCTTAGTGTGGTGATGTGTGTGAATACACATATGAGAGAG  700

seq1  AGAGAGAGA  709
      |||||||||
seq2  AGAGAGAGA  709