BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-215P11
Chromosome11 (Build37)
Map Location 80,681,662 - 80,863,550
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAccn1
Upstream geneLOC432584, Utp6, ENSMUSG00000072631, Suz12, Crlf3, Atad5, 1110002N22Rik, Centa2, Rnf135, Rhot1, Rhbdl3, 5730455P16Rik, Zfp207, LOC100043601, LOC100042726, Psmd11, Cdk5r1, Myo1d, Tmem98, Spaca3
Downstream gene1700071K01Rik, 5530401A14Rik, Ccl2, Ccl7
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-215P11.bB6Ng01-215P11.g
ACCGA032783GA032784
length6311,024
definitionB6Ng01-215P11.b B6Ng01-215P11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(80,681,662 - 80,682,292)(80,862,538 - 80,863,550)
sequence
gaattcagatttaactgggagccaatgcagttttacctggtgaccttaga
taacccctggtgtagttggaaaggtcccagggatgcttgcttcctgcagc
tctggttgaccccttatatcctgtggtgcagagggactgaaagggaagga
ccacagggtttccttagctttattggccaccttggtcttcagtgctctct
agaagtgggatattcaagagtcactgacaatgatagctggtcacttcctg
gaagaggaagtcaccaaatattaccttcctttaagaagctgagaaatgaa
atggatacagaacatgtggttcacttacacaatagaatactattcagcta
ttaaaaaacacacagtcattatgaattttataggcaaatggatgaactag
aaaatatcacaccaagggaggtaactcagaaggacatgcatgggatacac
ttatttataagtggatgctggccataaagtacaggatacccacgatatac
agacccaaagaagctgaacaagaaggaaggcccaagtgaggatgcttgaa
tctcacttagaagggggaaacaacagtcccaggaggcaggtggagggagg
gtactggcttggagaggggatggggagggaa
gaattcattctttactgtggtctgaaaatggcttaccctgcctgagccct
caaagtcttatgttaatgctagaaagagaattcaaacttaatctgaatgt
ggtgttataagcagggatctttggggaatggttagtctaggttaggaagg
agcccccacaaacaaattgtcctggtttgcttttgattgctgtgataaaa
caccatgaccaaaagcaacttggagaggaaagagcttattatgttttata
ggttagagtccatcatggagggaagccagggcaagagctcaaagcgggaa
ctgaagcagagaccatggagaaacactgcttactggcttgttatccatgg
ctttctcagcctgctttcttatagaacccagcactgcctgcccaggcagg
ggtggcacacccacagtggcctgggccttcccacatcaatcattactcaa
gaaaatgtcctacagatatgtccataggccagtccaatggaggcacttcc
tcatgtgaccttcactattcctaggtgattctgtgtcaagtcattttaaa
aacaaacaaacaaacaaacaaacaaaaactaacccacacatgagtcctca
gggtgttacaacaagacaaccttgagctacggaggtagttcagtggtagc
acatctgcttaggacaagcagggccctgaactcaatccccagcaatgaaa
caactggcagtgggacatgagaccagatacatatacattcacagtgctcc
ggtcatatataatgcagtccagaggagcctaaagcatactgtttggaccc
tataacccccacagccgtgacccaaaaatatatgtcttctctctacaaag
tgaatggctttctggcatttttactaagcaacagctgacaaaacactttt
cacttgttcaatttttattcaagtctttcagttgtcttttactgagtttt
agtctgcgttatttgccacatactgagagaaggtggagacagcttcacgc
cattagtcgtggttgtgggtttct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_80681662_80682292
seq2: B6Ng01-215P11.b_50_680

seq1  GAATTCAGATTTAACTGGGAGCCAATGCAGTTTTACCTGGTGACCTTAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGATTTAACTGGGAGCCAATGCAGTTTTACCTGGTGACCTTAGA  50

seq1  TAACCCCTGGTGTAGTTGGAAAGGTCCCAGGGATGCTTGCTTCCTGCAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCCCTGGTGTAGTTGGAAAGGTCCCAGGGATGCTTGCTTCCTGCAGC  100

seq1  TCTGGTTGACCCCTTATATCCTGTGGTGCAGAGGGACTGAAAGGGAAGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGTTGACCCCTTATATCCTGTGGTGCAGAGGGACTGAAAGGGAAGGA  150

seq1  CCACAGGGTTTCCTTAGCTTTATTGGCCACCTTGGTCTTCAGTGCTCTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGGGTTTCCTTAGCTTTATTGGCCACCTTGGTCTTCAGTGCTCTCT  200

seq1  AGAAGTGGGATATTCAAGAGTCACTGACAATGATAGCTGGTCACTTCCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTGGGATATTCAAGAGTCACTGACAATGATAGCTGGTCACTTCCTG  250

seq1  GAAGAGGAAGTCACCAAATATTACCTTCCTTTAAGAAGCTGAGAAATGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGGAAGTCACCAAATATTACCTTCCTTTAAGAAGCTGAGAAATGAA  300

seq1  ATGGATACAGAACATGTGGTTCACTTACACAATAGAATACTATTCAGCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGATACAGAACATGTGGTTCACTTACACAATAGAATACTATTCAGCTA  350

seq1  TTAAAAAACACACAGTCATTATGAATTTTATAGGCAAATGGATGAACTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAAACACACAGTCATTATGAATTTTATAGGCAAATGGATGAACTAG  400

seq1  AAAATATCACACCAAGGGAGGTAACTCAGAAGGACATGCATGGGATACAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATATCACACCAAGGGAGGTAACTCAGAAGGACATGCATGGGATACAC  450

seq1  TTATTTATAAGTGGATGCTGGCCATAAAGTACAGGATACCCACGATATAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTATAAGTGGATGCTGGCCATAAAGTACAGGATACCCACGATATAC  500

seq1  AGACCCAAAGAAGCTGAACAAGAAGGAAGGCCCAAGTGAGGATGCTTGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCCAAAGAAGCTGAACAAGAAGGAAGGCCCAAGTGAGGATGCTTGAA  550

seq1  TCTCACTTAGAAGGGGGAAACAACAGTCCCAGGAGGCAGGTGGAGGGAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACTTAGAAGGGGGAAACAACAGTCCCAGGAGGCAGGTGGAGGGAGG  600

seq1  GTACTGGCTTGGAGAGGGGATGGGGAGGGAA  631
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTGGCTTGGAGAGGGGATGGGGAGGGAA  631

seq1: chr11_80862538_80863550
seq2: B6Ng01-215P11.g_67_1090 (reverse)

seq1  AGAAACCCACAACCCACGACT-ATGGCGTG-AGCTGTCTCCACC-TCTCT  47
      |||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||
seq2  AGAAACCCACAA-CCACGACTAATGGCGTGAAGCTGTCTCCACCTTCTCT  49

seq1  CAGTTATGT-GCAAAT-ACGCAGACTAAAACTCAGT-AAAGAC-ACTG-A  92
      ||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||| |
seq2  CAG-TATGTGGCAAATAACGCAGACTAAAACTCAGTAAAAGACAACTGAA  98

seq1  AGACTTTGAT-AATATTGAAC-AGTG-AAAGTGTTTTGTCAGCTGTTGCT  139
      ||||||  || || ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTGAATAAAAATTGAACAAGTGAAAAGTGTTTTGTCAGCTGTTGCT  148

seq1  TAGT-AAAATGCCAG-AAGCCATTCACTTTGTAGAGAGAAGACATATATT  187
      |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAAAAATGCCAGAAAGCCATTCACTTTGTAGAGAGAAGACATATATT  198

seq1  TTTGGGTCACGGCTGTGGGGGTTATAGGGTCCAAACAGTATGCTTTAGGC  237
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGGTCACGGCTGTGGGGGTTATAGGGTCCAAACAGTATGCTTTAGGC  248

seq1  TCCTCTGGACTGCATTATATATGACCGGAGCACTGTGAATGTATATGTAT  287
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTGGACTGCATTATATATGACCGGAGCACTGTGAATGTATATGTAT  298

seq1  CTGGTCTCATGTCCCACTGCCAGTTGTTTCATTGCTGGGGATTGAGTTCA  337
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTCTCATGTCCCACTGCCAGTTGTTTCATTGCTGGGGATTGAGTTCA  348

seq1  GGGCCCTGCTTGTCCTAAGCAGATGTGCTACCACTGAACTACCTCCGTAG  387
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCCTGCTTGTCCTAAGCAGATGTGCTACCACTGAACTACCTCCGTAG  398

seq1  CTCAAGGTTGTCTTGTTGTAACACCCTGAGGACTCATGTGTGGGTTAGTT  437
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGGTTGTCTTGTTGTAACACCCTGAGGACTCATGTGTGGGTTAGTT  448

seq1  TTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTAAAATGACTTGACACAGAATC  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTAAAATGACTTGACACAGAATC  498

seq1  ACCTAGGAATAGTGAAGGTCACATGAGGAAGTGCCTCCATTGGACTGGCC  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAGGAATAGTGAAGGTCACATGAGGAAGTGCCTCCATTGGACTGGCC  548

seq1  TATGGACATATCTGTAGGACATTTTCTTGAGTAATGATTGATGTGGGAAG  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGACATATCTGTAGGACATTTTCTTGAGTAATGATTGATGTGGGAAG  598

seq1  GCCCAGGCCACTGTGGGTGTGCCACCCCTGCCTGGGCAGGCAGTGCTGGG  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAGGCCACTGTGGGTGTGCCACCCCTGCCTGGGCAGGCAGTGCTGGG  648

seq1  TTCTATAAGAAAGCAGGCTGAGAAAGCCATGGATAACAAGCCAGTAAGCA  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATAAGAAAGCAGGCTGAGAAAGCCATGGATAACAAGCCAGTAAGCA  698

seq1  GTGTTTCTCCATGGTCTCTGCTTCAGTTCCCGCTTTGAGCTCTTGCCCTG  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTCTCCATGGTCTCTGCTTCAGTTCCCGCTTTGAGCTCTTGCCCTG  748

seq1  GCTTCCCTCCATGATGGACTCTAACCTATAAAACATAATAAGCTCTTTCC  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCCTCCATGATGGACTCTAACCTATAAAACATAATAAGCTCTTTCC  798

seq1  TCTCCAAGTTGCTTTTGGTCATGGTGTTTTATCACAGCAATCAAAAGCAA  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCAAGTTGCTTTTGGTCATGGTGTTTTATCACAGCAATCAAAAGCAA  848

seq1  ACCAGGACAATTTGTTTGTGGGGGCTCCTTCCTAACCTAGACTAACCATT  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGGACAATTTGTTTGTGGGGGCTCCTTCCTAACCTAGACTAACCATT  898

seq1  CCCCAAAGATCCCTGCTTATAACACCACATTCAGATTAAGTTTGAATTCT  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAAAGATCCCTGCTTATAACACCACATTCAGATTAAGTTTGAATTCT  948

seq1  CTTTCTAGCATTAACATAAGACTTTGAGGGCTCAGGCAGGGTAAGCCATT  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTAGCATTAACATAAGACTTTGAGGGCTCAGGCAGGGTAAGCCATT  998

seq1  TTCAGACCACAGTAAAGAATGAATTC  1013
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGACCACAGTAAAGAATGAATTC  1024