BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-216J16
Chromosome11 (Build37)
Map Location 71,428,345 - 71,579,806
singlet/doubletdoublet
Overlap geneWscd1
Upstream geneChrne, LOC668433, Gp1ba, Slc25a11, Rnf167, Pfn1, Eno3, Spag7, Camta2, AI842396, Kif1c, LOC668488, Zfp3, A430084P05Rik, Rabep1, LOC668461, Nup88, Rpain, C1qbp, Dhx33, Derl2, Mis12, 6330403K07Rik, LOC382536, Nlrp1a, Nlrp1b, Nlrp1c, LOC100043249, 9230020A06Rik
Downstream geneAipl1, 6720460F02Rik, Pitpnm3, 4933427D14Rik, Txnl5, Med31, 4930563E22Rik, Slc13a5, Fbxo39, LOC628100, Tekt1, D130058I21Rik, Ggt6, Mybbp1a, 9830002I17Rik, LOC432577, Ube2g1, Ankfy1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-216J16.bB6Ng01-216J16.g
ACCGA033252GA033253
length1,1411,132
definitionB6Ng01-216J16.b B6Ng01-216J16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(71,578,664 - 71,579,806)(71,428,345 - 71,429,471)
sequence
gaattcaccttcccttcccaggctaggcacagagaggccttctgcctcta
ctatggtcccaagacacagacttaccacctgcacatgagccacagggagc
ttggaatccaggggcagtctggaattagttaacctaagagtttcccataa
gcagaggactctttaaaacaaatctgccatgtttttagagtgggtaaaca
gagtctgtcagttttgaggcaggtgtccacgtgggagctgatgcagccaa
gtgaccgtgacgccctctgccataccctcggcacttctccagtcagagac
accggggatgattccagagggcagtgtcacgattgatccgagcacgcaga
caccagtgggagttgctggtagccctaccctgtcactgacaggaaggaga
tgcctcccagacttgcagagaaacttggagaatgtgagcacagcccccaa
gcgtgtaaatgtcacacgcatcactgttttgaagaaatggcatttgggaa
tttgcaaacacactctcacatggtctgcgaactgggaagacacatccaca
accgctatgttggggactggataggacacctgcactggggctgcacagag
cctatgtgtgctcttgctgctcagcacctctgaaaccgtacctggagtgt
gcaccaggaacactgttatcaggctctctagcagcctcgtggcttcacag
ggctggcgggagaagagtgaggtcatgattcctcagaaggaatagtggct
tctgctgcagggcaaggggaggggcgccccaccattcattcctgaagcag
ggaggggctcttctgtctgcaagtgtaaggctgctttggagtctgctgaa
tcatctcaattgtcatgcctcagtctccccaactgttaggtagatgcatg
tgcgcctttgctctgggtcagttccctcctctcaattttgccagagcttt
tcatctgtcctaagtcggaattccttcccctacacttcagctctccccca
gggtctcaggactctaaaatgttgtcctaaaatacaagcagcttattaac
tgtatagtcagccaccattccagccatccaacttgcctgttaaatccttc
ctaaccttaagcctcctaaggttaggacaaatatctttacc
gaattctcttcccagggtcacaaagatgggttgacagctaccgcttgaag
cagacacagctctggccacacagagcctgggggtgaagggggtcacagag
ggtgtccctgcctctcaaaggcatatttgttaggcaggtggtaaaatccc
cctgtgcttctcaaccgtcataatgctgcgaccctttaatacagctccga
atgctgtagtgacccaaccataacatcattttcatcgctacttcataact
gtaattttgctactgttaggaattataatgtcaatatctgtgctttctga
tgattttaggtgaccccagactcccaggttgagaaccaccatgctaaggg
cttctcttccatggtgaggggctgtaggtcaggctacagttagaacctct
cataacgataagcctggagggaaagcccatctgatgaacctcttcaacat
ttcttttcccactagaccagaaccactctaaagagacacacaatattata
tttcttagaaattttcccaaatacatatttatcagggaagcctgaataag
ctaagaagggctcaagcctatttatttatgtattcagccatctccggggt
acgggctgtgccagcgttaacaacaggagacagtaattaggttgcacttg
gtctgatcctctgctcctgggatgggattagagactggctgctagaacct
cgaagtctccacactcatgatgcctttctttcaagtttatgcctctgaga
ctcgagcctctcaaacttggtttcatattggagtcacctgggaggcttaa
aaaaatcatactgttgcctttatcctgcctgtggagatcttgacctagtt
tgtttgatagcagccccaacatggggaatgttgcccagctccccagatga
tcagcaaggtttgaggactggatcatgtagtccaggccacttggttgata
tgagcaaccctcgttttgtcgtctcttctccctccctgaatttgctaagc
caaactgttgcaggaggaccgatcatcaaggctgggacttaactcatctc
ctgctctagagtagcaaatctggggtgtgcatggggccttaaccttagag
gagccatgttgccttgtattcaagttctcttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_71578664_71579806
seq2: B6Ng01-216J16.b_48_1188 (reverse)

seq1  GGTAAAGATATTGTCCCTACCCTCTAGGAGGCTTAAGGTTTAGAAGATTT  50
      ||||||||||||   |||| ||| ||||||||||||||||  ||||   |
seq2  GGTAAAGATATTTGTCCTAACCT-TAGGAGGCTTAAGGTTAGGAAG-GAT  48

seq1  TTAACA-GCAAGTT-GATGGCTGGAAT-GTGGCTGACTATTCCAGTAATT  97
      |||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||| |   |||| 
seq2  TTAACAGGCAAGTTGGATGGCTGGAATGGTGGCTGACTATACAGTTAATA  98

seq1  AGCTTGCTTGTATTTTTAAGACAACATTTTAGAGTCCTGAGACCCTGGGG  147
      ||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGC-TGCTTGTA-TTTTAGGACAACATTTTAGAGTCCTGAGACCCTGGGG  146

seq1  GAGAGCTGAAGTGTTAGGGGAAGG-ATTCCGACTTTAGGACAGATGAAAA  196
      ||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
seq2  GAGAGCTGAAGTG-TAGGGGAAGGAATTCCGAC-TTAGGACAGATGAAAA  194

seq1  GCTCTGGCAAAA-TGAGAGGAGGGAACTGACCCAGAGCAAAGGCGCACAT  245
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGGCAAAATTGAGAGGAGGGAACTGACCCAGAGCAAAGGCGCACAT  244

seq1  GCATCTACCTAACAGTTGGGGAGACTGAGGCATGACAATTGAGATGATTC  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCTACCTAACAGTTGGGGAGACTGAGGCATGACAATTGAGATGATTC  294

seq1  AGCAGACTCCAAAGCAGCCTTTACACTTGCAGACAGAAGAGCCCCTCCCT  345
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGACTCCAAAGCAGCC-TTACACTTGCAGACAGAAGAGCCCCTCCCT  343

seq1  GCTTCAGGAATGAATGGTGGGGCGCCCCTCCCCTTGCCCTGCAGCAGAAG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCAGGAATGAATGGTGGGGCGCCCCTCCCCTTGCCCTGCAGCAGAAG  393

seq1  CCACTATTCCTTCTGAGGAATCATGACCTCACTCTTCTCCCGCCAGCCCT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTATTCCTTCTGAGGAATCATGACCTCACTCTTCTCCCGCCAGCCCT  443

seq1  GTGAAGCCACGAGGCTGCTAGAGAGCCTGATAACAGTGTTCCTGGTGCAC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAGCCACGAGGCTGCTAGAGAGCCTGATAACAGTGTTCCTGGTGCAC  493

seq1  ACTCCAGGTACGGTTTCAGAGGTGCTGAGCAGCAAGAGCACACATAGGCT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCAGGTACGGTTTCAGAGGTGCTGAGCAGCAAGAGCACACATAGGCT  543

seq1  CTGTGCAGCCCCAGTGCAGGTGTCCTATCCAGTCCCCAACATAGCGGTTG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCAGCCCCAGTGCAGGTGTCCTATCCAGTCCCCAACATAGCGGTTG  593

seq1  TGGATGTGTCTTCCCAGTTCGCAGACCATGTGAGAGTGTGTTTGCAAATT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGTGTCTTCCCAGTTCGCAGACCATGTGAGAGTGTGTTTGCAAATT  643

seq1  CCCAAATGCCATTTCTTCAAAACAGTGATGCGTGTGACATTTACACGCTT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAATGCCATTTCTTCAAAACAGTGATGCGTGTGACATTTACACGCTT  693

seq1  GGGGGCTGTGCTCACATTCTCCAAGTTTCTCTGCAAGTCTGGGAGGCATC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGCTGTGCTCACATTCTCCAAGTTTCTCTGCAAGTCTGGGAGGCATC  743

seq1  TCCTTCCTGTCAGTGACAGGGTAGGGCTACCAGCAACTCCCACTGGTGTC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCCTGTCAGTGACAGGGTAGGGCTACCAGCAACTCCCACTGGTGTC  793

seq1  TGCGTGCTCGGATCAATCGTGACACTGCCCTCTGGAATCATCCCCGGTGT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGTGCTCGGATCAATCGTGACACTGCCCTCTGGAATCATCCCCGGTGT  843

seq1  CTCTGACTGGAGAAGTGCCGAGGGTATGGCAGAGGGCGTCACGGTCACTT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGACTGGAGAAGTGCCGAGGGTATGGCAGAGGGCGTCACGGTCACTT  893

seq1  GGCTGCATCAGCTCCCACGTGGACACCTGCCTCAAAACTGACAGACTCTG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGCATCAGCTCCCACGTGGACACCTGCCTCAAAACTGACAGACTCTG  943

seq1  TTTACCCACTCTAAAAACATGGCAGATTTGTTTTAAAGAGTCCTCTGCTT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACCCACTCTAAAAACATGGCAGATTTGTTTTAAAGAGTCCTCTGCTT  993

seq1  ATGGGAAACTCTTAGGTTAACTAATTCCAGACTGCCCCTGGATTCCAAGC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGAAACTCTTAGGTTAACTAATTCCAGACTGCCCCTGGATTCCAAGC  1043

seq1  TCCCTGTGGCTCATGTGCAGGTGGTAAGTCTGTGTCTTGGGACCATAGTA  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGTGGCTCATGTGCAGGTGGTAAGTCTGTGTCTTGGGACCATAGTA  1093

seq1  GAGGCAGAAGGCCTCTCTGTGCCTAGCCTGGGAAGGGAAGGTGAATTC  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCAGAAGGCCTCTCTGTGCCTAGCCTGGGAAGGGAAGGTGAATTC  1141

seq1: chr11_71428345_71429471
seq2: B6Ng01-216J16.g_66_1197

seq1  GAATTCTCTTCCCAGGGTCACAAAGATGGGTTGACAGCTACCGCTTGAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTCCCAGGGTCACAAAGATGGGTTGACAGCTACCGCTTGAAG  50

seq1  CAGACACAGCTCTGGCCACACAGAGCCTGGGGGTGAAGGGGGTCACAGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACACAGCTCTGGCCACACAGAGCCTGGGGGTGAAGGGGGTCACAGAG  100

seq1  GGTGTCCCTGCCTCTCAAAGGCATATTTGTTAGGCAGGTGGTAAAATCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTCCCTGCCTCTCAAAGGCATATTTGTTAGGCAGGTGGTAAAATCCC  150

seq1  CCTGTGCTTCTCAACCGTCATAATGCTGCGACCCTTTAATACAGCTCCGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGCTTCTCAACCGTCATAATGCTGCGACCCTTTAATACAGCTCCGA  200

seq1  ATGCTGTAGTGACCCAACCATAACATCATTTTCATCGCTACTTCATAACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGTAGTGACCCAACCATAACATCATTTTCATCGCTACTTCATAACT  250

seq1  GTAATTTTGCTACTGTTAGGAATTATAATGTCAATATCTGTGCTTTCTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATTTTGCTACTGTTAGGAATTATAATGTCAATATCTGTGCTTTCTGA  300

seq1  TGATTTTAGGTGACCCCAGACTCCCAGGTTGAGAACCACCATGCTAAGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTTAGGTGACCCCAGACTCCCAGGTTGAGAACCACCATGCTAAGGG  350

seq1  CTTCTCTTCCATGGTGAGGGGCTGTAGGTCAGGCTACAGTTAGAACCTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCTTCCATGGTGAGGGGCTGTAGGTCAGGCTACAGTTAGAACCTCT  400

seq1  CATAACGATAAGCCTGGAGGGAAAGCCCATCTGATGAACCTCTTCAACAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAACGATAAGCCTGGAGGGAAAGCCCATCTGATGAACCTCTTCAACAT  450

seq1  TTCTTTTCCCACTAGACCAGAACCACTCTAAAGAGACACACAATATTATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTTCCCACTAGACCAGAACCACTCTAAAGAGACACACAATATTATA  500

seq1  TTTCTTAGAAATTTTCCCAAATACATATTTATCAGGGAAGCCTGAATAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTAGAAATTTTCCCAAATACATATTTATCAGGGAAGCCTGAATAAG  550

seq1  CTAAGAAGGGCTCAAGCCTATTTATTTATGTATTCAGCCATCTCCGGGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGAAGGGCTCAAGCCTATTTATTTATGTATTCAGCCATCTCCGGGGT  600

seq1  ACGGGCTGTGCCAGCGTTAACAACAGGAGACAGTAATTAGGTTGCACTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGGCTGTGCCAGCGTTAACAACAGGAGACAGTAATTAGGTTGCACTTG  650

seq1  GTCTGATCCTCTGCTCCTGGGATGGGATTAGAGACTGGCTGCTAGAACCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGATCCTCTGCTCCTGGGATGGGATTAGAGACTGGCTGCTAGAACCT  700

seq1  CGAAGTCTCCACACTCATGATGCCTTTCTTTCAAGTTTATGCCTCTGAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAAGTCTCCACACTCATGATGCCTTTCTTTCAAGTTTATGCCTCTGAGA  750

seq1  CTCGAGCCTCTCAAACTTGGTTTCATATTGGAGTCACCTGGGAGGCTTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGAGCCTCTCAAACTTGGTTTCATATTGGAGTCACCTGGGAGGCTTAA  800

seq1  AAAAATCATACTGTTGCCTTTATCCTGCCTGTGGAGATCTTGACCTAGTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATCATACTGTTGCCTTTATCCTGCCTGTGGAGATCTTGACCTAGTT  850

seq1  TGTTTGATAGCAGCCCCAACAT-GGGAATGTTGCCCAGCTCCCCAGATGA  899
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGATAGCAGCCCCAACATGGGGAATGTTGCCCAGCTCCCCAGATGA  900

seq1  TCAGCAAGGTTTGAGGACTGGATCATGTAGTCCAGG-CACCTGGTTGATA  948
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||
seq2  TCAGCAAGGTTTGAGGACTGGATCATGTAGTCCAGGCCACTTGGTTGATA  950

seq1  TGAGCAACCCTCG-TTTGTCGTCTCTTCTCCCTCCCTGATTTTGCTAAAG  997
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||
seq2  TGAGCAACCCTCGTTTTGTCGTCTCTTCTCCCTCCCTGAATTTGCT-AAG  999

seq1  CCAAACTG-TGCAGGAAGGACCGATCATCAAGGCTGGGCCTAACCTCATC  1046
      |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| || | ||||||
seq2  CCAAACTGTTGCAGG-AGGACCGATCATCAAGGCTGGGACTTAACTCATC  1048

seq1  TTCTGCTTCCTAGAGTAGC-AATCT-GGGTGGCCATGGGCCCTTAAACTT  1094
      | |||||  |||||||||| ||||| |||||  |||||| |||||| |||
seq2  TCCTGCT--CTAGAGTAGCAAATCTGGGGTGTGCATGGGGCCTTAACCTT  1096

seq1  AGAGGAG-CATGT--GCTTGTATTTAAGTTCTCTTG  1127
      ||||||| |||||   |||||||| |||||||||||
seq2  AGAGGAGCCATGTTGCCTTGTATTCAAGTTCTCTTG  1132