BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-218K08
Chromosome11 (Build37)
Map Location 40,237,873 - 40,388,062
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039241, LOC382508
Upstream genenone
Downstream geneLOC432549, Mat2b, Hmmr, Nudcd2, Ccng1, LOC100039256, LOC100039285, Hspd1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-218K08.bB6Ng01-218K08.g
ACCGA034717GA034718
length1,1591,047
definitionB6Ng01-218K08.b B6Ng01-218K08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(40,386,892 - 40,388,062)(40,237,873 - 40,238,918)
sequence
gaattctcccctaactcctaaaatgtctttcataggcccatgcatggaga
gcttactgccagttgatgggttcggggataatgattgtattttaagggct
ctgatccaattattggattaattcttcaatgaattaatatgatggtgctc
ttagaaagtgataaaaggtatgatggcaaggagctctgtggaagaagtag
gtggcttgacttttcttcttcctctgcctcctgttcactataaggcaagc
tgccttgttctttcacaacttctctgcgatggtgtccgaaacatctggcc
tggtagcaaaatagatccttctccccttgagttgttttctcagctattcc
gtcacagtgatgaagagtctatcacaggtgggcttggaccttgtttacct
gtccactgagggccttgctttatcccccatcctctcttgagccagtagca
tggctgaagtgaagttccattttaaaagcaaggagattaagttaaggctg
ggcctgatgaaggcagtggctggggctagggagagcccaggctctgttta
gtccattcctctgttgactaatcctgctcatcctaagaaatcaaagatat
cctgtgggggtagcagcaaggaactccatatggtgttctgctctttctca
cccttttaatttggctcattgttcaatcttaatttgcaattgtcacagct
gcgattacattcctcacattccaccgactccaaaaaacccttgaatctga
acccttggcggctttaattttatttttgttgagaaaggttatattgtcac
aatggttaaagctagcacttcaataagggaaaacagttttttttttcttc
tgaaaatgtaattctaatttagtattaagcctcagaacaggccgaaaccg
tggaacctcaagagcaggggagttgacactcagccatattcagctaactt
gaattggacggagcaatgtgagacataattagccatttccgtttcagcga
gctgtctctgaaaacttaaaataccttcccctgcctcatgcatatcagtg
cctcatttgctaatgtttttatcacagtttgaaatcaagggaaaattctg
attgttctgttctctttcatcccccacattctcgttccggcagcagctat
ctctcttcc

gaattcagaatcataggcatttgttttatcttctgcacatcctccctcat
cgaggcacagtgaatttgcaagcagctactaaagaagagtggccaagcaa
agtagagagacagaatcaggcttgctatctccgctaggagcacagtcaat
taaatgcagcctggaaggaatctaatctaatatcaaagatgctgtcaggg
gatcagttccccagagtttagggttaatgatgtaaagcaaggcagtctgg
ccaaaagcagggggaagaaatcttaccaagatcaggtatgactggaagag
actaaaataaaataaaataaaataaaataaaataaaataagcacttccca
gaataatggagggcctcaggcaaaactttctgcagacaggtgacaatacc
aggtccttgaagcagtcatccaggggttgggttccctaacatttagcaag
ctttacagtcaatcctataatcagcattgaggattatcagtgttttaata
tagaagactccaaagtgagacctagtctccaaccagagtgcaactgggtg
caccacattacacctgaggtacttggcacaagatctctgagatgtaggtc
actagtaaaattgcacccaggaatctaggtgcatgttcattgcctaccaa
actattccacacttggtaggaaactcagagagcaaaacaaatggagacaa
ggccaacaacaaaaatgagggaacttcacaagcattagtcagcagagctg
tcatcctgaagaactcggaatatgtgacaagaatctcctactacatcata
agagaagagagagaaaattataaactgccatacactaacctgaacaggca
agcagactgtagtacaagtctagtacttcagctttaaaattacaaaaact
aggctggggaaatggttagccttgaagaggtacttgccatcagacttgac
ggcctgagtttgatcctccaggacccatgaagagggagacttgattattg
caaattgttcttttgatccctacacatgtactgtgcacttaacacac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_40386892_40388062
seq2: B6Ng01-218K08.b_42_1200 (reverse)

seq1  GGAAGAGAGGGTTGCTGCTGCCGAGAAAGGAGAATGTGGGGGATGAAAGG  50
      |||||||| | | |||||||||  | || |||||||||||||||||||| 
seq2  GGAAGAGA-GATAGCTGCTGCC--GGAACGAGAATGTGGGGGATGAAAGA  47

seq1  GAGACAGACAACTCAGAATTTTCCCCTTTTGAATTTCAACCTGTTGGATA  100
      || |||||  | |||||||||||||   ||| ||||||| ||||  ||||
seq2  GA-ACAGAACAATCAGAATTTTCCC---TTG-ATTTCAAACTGT--GATA  90

seq1  AAAACAATAGCAAATGAGGCACTGAATATGCATGAGGCA-GGGAAGGTAT  149
      |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||
seq2  AAAACATTAGCAAATGAGGCACTG-ATATGCATGAGGCAGGGGAAGGTAT  139

seq1  TTTAAGTTTTTCAGGAGACAGCTCGCTG-AACGG-AATTGCTAATTATGT  197
      |||||| |||||| |||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||
seq2  TTTAAG-TTTTCA-GAGACAGCTCGCTGAAACGGAAATGGCTAATTATGT  187

seq1  CTCACATTGCTCCGTCCAATTC-AGTTAGCTTGATTATGGCTGAGTTGTC  246
      |||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||| ||||
seq2  CTCACATTGCTCCGTCCAATTCAAGTTAGC-TGAATATGGCTGAG-TGTC  235

seq1  AACTCCCCTGCTCTTGAGGTTCCACGGTTTCGGCCTGTTCTGAGGCTTAA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCCCCTGCTCTTGAGGTTCCACGGTTTCGGCCTGTTCTGAGGCTTAA  285

seq1  TACTAAATTAGAATTACATTTTTCAGAAGAAAAAAAAAACTGTTTTCCCT  346
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAAATTAGAATTACA-TTTTCAGAAGAAAAAAAAAACTGTTTTCCCT  334

seq1  TATTGAAGTGCTAGCTTTAACCATTGTGACAATATAACCTTTCTCAACAA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGAAGTGCTAGCTTTAACCATTGTGACAATATAACCTTTCTCAACAA  384

seq1  AAATAAAATTAAAGCCGCCAAGGGTTCAGATTCAAGGGTTTTTTGGAGTC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAAATTAAAGCCGCCAAGGGTTCAGATTCAAGGGTTTTTTGGAGTC  434

seq1  GGTGGAATGTGAGGAATGTAATCGCAGCTGTGACAATTGCAAATTAAGAT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGAATGTGAGGAATGTAATCGCAGCTGTGACAATTGCAAATTAAGAT  484

seq1  TGAACAATGAGCCAAATTAAAAGGGTGAGAAAGAGCAGAACACCATATGG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACAATGAGCCAAATTAAAAGGGTGAGAAAGAGCAGAACACCATATGG  534

seq1  AGTTCCTTGCTGCTACCCCCACAGGATATCTTTGATTTCTTAGGATGAGC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCCTTGCTGCTACCCCCACAGGATATCTTTGATTTCTTAGGATGAGC  584

seq1  AGGATTAGTCAACAGAGGAATGGACTAAACAGAGCCTGGGCTCTCCCTAG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATTAGTCAACAGAGGAATGGACTAAACAGAGCCTGGGCTCTCCCTAG  634

seq1  CCCCAGCCACTGCCTTCATCAGGCCCAGCCTTAACTTAATCTCCTTGCTT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGCCACTGCCTTCATCAGGCCCAGCCTTAACTTAATCTCCTTGCTT  684

seq1  TTAAAATGGAACTTCACTTCAGCCATGCTACTGGCTCAAGAGAGGATGGG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAATGGAACTTCACTTCAGCCATGCTACTGGCTCAAGAGAGGATGGG  734

seq1  GGATAAAGCAAGGCCCTCAGTGGACAGGTAAACAAGGTCCAAGCCCACCT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAAAGCAAGGCCCTCAGTGGACAGGTAAACAAGGTCCAAGCCCACCT  784

seq1  GTGATAGACTCTTCATCACTGTGACGGAATAGCTGAGAAAACAACTCAAG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATAGACTCTTCATCACTGTGACGGAATAGCTGAGAAAACAACTCAAG  834

seq1  GGGAGAAGGATCTATTTTGCTACCAGGCCAGATGTTTCGGACACCATCGC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGAAGGATCTATTTTGCTACCAGGCCAGATGTTTCGGACACCATCGC  884

seq1  AGAGAAGTTGTGAAAGAACAAGGCAGCTTGCCTTATAGTGAACAGGAGGC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAGTTGTGAAAGAACAAGGCAGCTTGCCTTATAGTGAACAGGAGGC  934

seq1  AGAGGAAGAAGAAAAGTCAAGCCACCTACTTCTTCCACAGAGCTCCTTGC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGAAGAAGAAAAGTCAAGCCACCTACTTCTTCCACAGAGCTCCTTGC  984

seq1  CATCATACCTTTTATCACTTTCTAAGAGCACCATCATATTAATTCATTGA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCATACCTTTTATCACTTTCTAAGAGCACCATCATATTAATTCATTGA  1034

seq1  AGAATTAATCCAATAATTGGATCAGAGCCCTTAAAATACAATCATTATCC  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTAATCCAATAATTGGATCAGAGCCCTTAAAATACAATCATTATCC  1084

seq1  CCGAACCCATCAACTGGCAGTAAGCTCTCCATGCATGGGCCTATGAAAGA  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGAACCCATCAACTGGCAGTAAGCTCTCCATGCATGGGCCTATGAAAGA  1134

seq1  CATTTTAGGAGTTAGGGGAGAATTC  1171
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTAGGAGTTAGGGGAGAATTC  1159


seq1: chr11_40237873_40238918
seq2: B6Ng01-218K08.g_64_1110

seq1  GAATTCAGAATCATAGGCATTTGTTTTATCTTCTGCACATCCTCCCTCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAATCATAGGCATTTGTTTTATCTTCTGCACATCCTCCCTCAT  50

seq1  CGAGGCACAGTGAATTTGCAAGCAGCTACTAAAGAAGAGTGGCCAAGCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGGCACAGTGAATTTGCAAGCAGCTACTAAAGAAGAGTGGCCAAGCAA  100

seq1  AGTAGAGAGACAGAATCAGGCTTGCTATCTCCGCTAGGAGCACAGTCAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGAGAGACAGAATCAGGCTTGCTATCTCCGCTAGGAGCACAGTCAAT  150

seq1  TAAATGCAGCCTGGAAGGAATCTAATCTAATATCAAAGATGCTGTCAGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGCAGCCTGGAAGGAATCTAATCTAATATCAAAGATGCTGTCAGGG  200

seq1  GATCAGTTCCCCAGAGTTTAGGGTTAATGATGTAAAGCAAGGCAGTCTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAGTTCCCCAGAGTTTAGGGTTAATGATGTAAAGCAAGGCAGTCTGG  250

seq1  CCAAAAGCAGGGGGAAGAAATCTTACCAAGATCAGGTATGACTGGAAGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAAGCAGGGGGAAGAAATCTTACCAAGATCAGGTATGACTGGAAGAG  300

seq1  ACTAAAATAAAATAAAATAAAATAAAATAAAATAAAATAAGCACTTCCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAAATAAAATAAAATAAAATAAAATAAAATAAAATAAGCACTTCCCA  350

seq1  GAATAATGGAGGGCCTCAGGCAAAACTTTCTGCAGACAGGTGACAATACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAATGGAGGGCCTCAGGCAAAACTTTCTGCAGACAGGTGACAATACC  400

seq1  AGGTCCTTGAAGCAGTCATCCAGGGGTTGGGTTCCCTAACATTTAGCAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCCTTGAAGCAGTCATCCAGGGGTTGGGTTCCCTAACATTTAGCAAG  450

seq1  CTTTACAGTCAATCCTATAATCAGCATTGAGGATTATCAGTGTTTTAATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTACAGTCAATCCTATAATCAGCATTGAGGATTATCAGTGTTTTAATA  500

seq1  TAGAAGACTCCAAAGTGAGACCTAGTCTCCAACCAGAGTGCAACTGGGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGACTCCAAAGTGAGACCTAGTCTCCAACCAGAGTGCAACTGGGTG  550

seq1  CACCACATTACACCTGAGGTACTTGGCACAAGATCTCTGAGATGTAGGTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCACATTACACCTGAGGTACTTGGCACAAGATCTCTGAGATGTAGGTC  600

seq1  ACTAGTAAAATTGCACCCAGGAATCTAGGTGCATGTTCATTGCCTACCAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGTAAAATTGCACCCAGGAATCTAGGTGCATGTTCATTGCCTACCAA  650

seq1  ACTATTCCACACTTGGTAGGAAACTCAGAGAGCAAAACAAATGGAGACAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATTCCACACTTGGTAGGAAACTCAGAGAGCAAAACAAATGGAGACAA  700

seq1  GGCCAACAACAAAAATGAGGGAACTTCACAAGCATTAGTCAGCAGAGCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAACAACAAAAATGAGGGAACTTCACAAGCATTAGTCAGCAGAGCTG  750

seq1  TCATCCTGAAGAACTCGGAATATGTGACAAGAATCTCCTACTACATCATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCCTGAAGAACTCGGAATATGTGACAAGAATCTCCTACTACATCATA  800

seq1  AGAGAAGAGAGAGAAAATTAT-AACTGCCATACACTAACCTGAACAGGCA  849
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAGAGAGAGAAAATTATAAACTGCCATACACTAACCTGAACAGGCA  850

seq1  AGCAGACTGTAGTACAAGTCTAGTACTTCAGCTTTAAAAATTACAAAAAC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AGCAGACTGTAGTACAAGTCTAGTACTTCAGCTTT-AAAATTACAAAAAC  899

seq1  TAGGCTGGGGAAATGGTTAGCCTTGAAGAGGTACTTGCCATCAGACTTGA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCTGGGGAAATGGTTAGCCTTGAAGAGGTACTTGCCATCAGACTTGA  949

seq1  CGGCCTGAGTTTGAT-CTCCAGGACCCATGAAGAGGGGAGAACTGATTAT  998
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||  |||||||
seq2  CGGCCTGAGTTTGATCCTCCAGGACCCATGAAGA-GGGAGACTTGATTAT  998

seq1  TGCAAATTG-TCTTTTGATCCCTACACATGTACTGTGACATAAACACAC  1046
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||   | |||||||
seq2  TGCAAATTGTTCTTTTGATCCCTACACATGTACTGTGCACTTAACACAC  1047


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |