BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-219H14
Chromosome11 (Build37)
Map Location 14,202,641 - 14,337,904
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC432535
Downstream gene1700046C09Rik, 1700054H16Rik, LOC100042542, LOC100041673, LOC432537
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-219H14.bB6Ng01-219H14.g
ACCGA035300GA035301
length1,159568
definitionB6Ng01-219H14.b B6Ng01-219H14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(14,202,641 - 14,203,804)(14,337,331 - 14,337,904)
sequence
gaattccacgcaaatgcccaagacatcataagaaaactcacagaatccac
aaacatggactgattgagactgcactaaatccaaggaagcttgcatggat
ctatccagaggccctctggatatatattatagttatgaagcatggtgttt
ttgtgagactcctaataaaggaagggggggctttttcttatgtctttacc
tgccttgggaaccctgtctgcctaccgtgctgacttatacagccttaata
tgagggaatgtgcctagtcttattgcaacttgacatgccatatttgaatg
atatccctggtaggcccactcttttctaaagggaaacagagtaggagtag
gtgaggaagggtaagagagtctgtgaagagagaacagagggaaaactgtg
gttgggatggaatatattagagaaaaattaatacaaatattaaagacata
aaagtcattaataaataaaaagatatggaaaataactcaagttatgagaa
aaacttgtgaaataatgagcaaatttgaagaaagacattcgtttgattaa
aaaaacaaaatataattatacaactacatagcattaaaaacataaacata
aatcaatgaaagagaaaatgcaaaaataagtgtacacaggcaaaactata
tttcacaaagttacaaagtaaattcttacagagatgaaaatcttttttgt
aaaagttatgtgtaaaatttcatatgcatttggaaaaaaagtgatatatg
ctttgcaccgtgaagaaacattaacttaataaatgtcacaaatttaattg
taaaaactaaaactataaaatttcaagaataaaatctctctaatcacata
ttaagtaaagaattgcatgcaataatagttgaagcatgattctagatgat
agatatatatgtgggaatgaatcaaaattaaaatctttgatctctaaaag
catagattaaaggaattggagaaaattaaatttgccgtaaaggagaaaaa
tttgcaagcccaagttattggacagagactgtacttaaaacacaagaaat
ttttcaaactcaaaatagttaagaaaagttgtccaaagatctgaaaaaaa
tggcatcttgagacctggaataatcactggattcttctgccactgtttac
taagttcag

tattgatgcaaagtcctttactaaacactaaaagtctctaccacctttta
atatgactttattagctagtatctgccttccatatatcatctgtttgcag
ttttaattttttaaacaattgtcatttgacaatttcatacatccatctaa
ttaattctgattcctctaatcttcctcttatgccgatctcaccactatca
acaccatcctattccttgccaatagcattcccaagtgttggtggggtagg
agggagaagggagcaatgaagagtgggataagagcagactgagaaggaaa
taaggaaaaaggagaggggtagaggagaaaggatctatgatgttccaggg
tatttgaacctgtttctagttgtgtggcatatacatttaatccctctgcc
tggaatacagacacacccttagtactcaactttattcccaaactatgcag
atacactttggttgtacaaggaagcacctatgtttgaaagtgatgtctaa
ttgagtggaagataaagtgacaagatagggaaagatttggcagaacatgg
tatgctcatctctaacaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_14202641_14203804
seq2: B6Ng01-219H14.b_44_1202

seq1  GAATTCCACGCAAATGCCCAAGACATCATAAGAAAACTCACAGAATCCAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACGCAAATGCCCAAGACATCATAAGAAAACTCACAGAATCCAC  50

seq1  AAACATGGACTGATTGAGACTGCACTAAATCCAAGGAAGCTTGCATGGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATGGACTGATTGAGACTGCACTAAATCCAAGGAAGCTTGCATGGAT  100

seq1  CTATCCAGAGGCCCTCTGGATATATATTATAGTTATGAAGCATGGTGTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCCAGAGGCCCTCTGGATATATATTATAGTTATGAAGCATGGTGTTT  150

seq1  TTGTGAGACTCCTAATAAAGGAAGGGGGGGCTTTTTCTTATGTCTTTACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGAGACTCCTAATAAAGGAAGGGGGGGCTTTTTCTTATGTCTTTACC  200

seq1  TGCCTTGGGAACCCTGTCTGCCTACCGTGCTGACTTATACAGCCTTAATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTGGGAACCCTGTCTGCCTACCGTGCTGACTTATACAGCCTTAATA  250

seq1  TGAGGGAATGTGCCTAGTCTTATTGCAACTTGACATGCCATATTTGAATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGGAATGTGCCTAGTCTTATTGCAACTTGACATGCCATATTTGAATG  300

seq1  ATATCCCTGGTAGGCCCACTCTTTTCTAAAGGGAAACAGAGTAGGAGTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCCCTGGTAGGCCCACTCTTTTCTAAAGGGAAACAGAGTAGGAGTAG  350

seq1  GTGAGGAAGGGTAAGAGAGTCTGTGAAGAGAGAACAGAGGGAAAACTGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGGAAGGGTAAGAGAGTCTGTGAAGAGAGAACAGAGGGAAAACTGTG  400

seq1  GTTGGGATGGAATATATTAGAGAAAAATTAATACAAATATTAAAGACATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGGATGGAATATATTAGAGAAAAATTAATACAAATATTAAAGACATA  450

seq1  AAAGTCATTAATAAATAAAAAGATATGGAAAATAACTCAAGTTATGAGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCATTAATAAATAAAAAGATATGGAAAATAACTCAAGTTATGAGAA  500

seq1  AAACTTGTGAAATAATGAGCAAATTTGAAGAAAGACATTCGTTTGATTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTGTGAAATAATGAGCAAATTTGAAGAAAGACATTCGTTTGATTAA  550

seq1  AAAAACAAAATATAATTATACAACTACATAGCATTAAAAACATAAACATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACAAAATATAATTATACAACTACATAGCATTAAAAACATAAACATA  600

seq1  AATCAATGAAAGAGAAAATGCAAAAATAAGTGTACACAGGCAAAACTATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAATGAAAGAGAAAATGCAAAAATAAGTGTACACAGGCAAAACTATA  650

seq1  TTTCACAAAGTTACAAAGTAAATTCTTACAGAGATGAAAATCTTTTTTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACAAAGTTACAAAGTAAATTCTTACAGAGATGAAAATCTTTTTTGT  700

seq1  AAAAGTTATGTGTAAAATTTCATATGCATTTGGAAAAAAAGTGATATATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTTATGTGTAAAATTTCATATGCATTTGGAAAAAAAGTGATATATG  750

seq1  CTTTGCACCGTGAAGAAACATTAACTTAATAAATGTCACAAATTTAATTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCACCGTGAAGAAACATTAACTTAATAAATGTCACAAATTTAATTG  800

seq1  TAAAAACTAAAACTATAAAATTTCAAGAATAAAATCTCTCTAATCACATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAACTAAAACTATAAAATTTCAAGAATAAAATCTCTCTAATCACATA  850

seq1  TTAAGTAAAGAATTGCATGCAATAATAGTTGAAGCATGATTCTAGATGAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGTAAAGAATTGCATGCAATAATAGTTGAAGCATGATTCTAGATGAT  900

seq1  AGATATATATGT-GGAATGAATCAAAATTAAAATCTTTTGATCTCTAAAA  949
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AGATATATATGTGGGAATGAATCAAAATTAAAATC-TTTGATCTCTAAAA  949

seq1  GCATAGATT-AAGGAATTGGAGAAAA-TAAAATTGCCGTAAAGGAGAAAA  997
      ||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||
seq2  GCATAGATTAAAGGAATTGGAGAAAATTAAATTTGCCGTAAAGGAGAAAA  999

seq1  ATTTGCAAG-CCAAG-TATTTGACAGAGACTGTACTTAAAACACAAAGAA  1045
      ||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||   |
seq2  ATTTGCAAGCCCAAGTTATTGGACAGAGACTGTACTTAAAACACAA--GA  1047

seq1  AATTTTTCAAAATTCAAAAATAGTTAAAAGAAAAGTTGTCAAAGGATCTG  1095
      ||||||||||| |   |||||||||  ||||||||||||| || ||||||
seq2  AATTTTTCAAACT--CAAAATAGTT--AAGAAAAGTTGTCCAAAGATCTG  1093

seq1  AAAAAAAAATGGCATC-TGAGAACCTGAAATAATCACTGG-TTCTTCTGC  1143
        |||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||| |||||||||
seq2  --AAAAAAATGGCATCTTGAG-ACCTGGAATAATCACTGGATTCTTCTGC  1140

seq1  AACTGTTAACTAAAGGTTCAG  1164
       |||||| |||||  ||||||
seq2  CACTGTTTACTAA--GTTCAG  1159


seq1: chr11_14337331_14337904
seq2: B6Ng01-219H14.g_64_637 (reverse)

seq1  TTGTTAGAGATGAGCATACCATATTCTGCCAAATCTTTCCCTATTTTGTC  50
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TTGTTAGAGATGAGCATACCATGTTCTGCCAAATCTTTCCCTATCTTGTC  50

seq1  ACTTTATCTTCCACTCAATTAGACATCACTTTCAAACATAGGTGCTTCCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTATCTTCCACTCAATTAGACATCACTTTCAAACATAGGTGCTTCCT  100

seq1  TGTACAACCAAAGTGTATCTGCATAGTTTGGGAATAAAGTTGAGTACTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACAACCAAAGTGTATCTGCATAGTTTGGGAATAAAGTTGAGTACTAA  150

seq1  GGGTGTGTCTGTATTCCAGGCAGAGGGATTAAATGTATATGCCACACAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGTGTCTGTATTCCAGGCAGAGGGATTAAATGTATATGCCACACAAC  200

seq1  TAGAAACAGGTTCAAATACCCTGGAACATCATAGATCCTTTCTCCTCTAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAACAGGTTCAAATACCCTGGAACATCATAGATCCTTTCTCCTCTAC  250

seq1  CCCTCTCCTTTTTCCTTATTTCCTTCTCAGTCTGCTCTTATCCCACTCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTCCTTTTTCCTTATTTCCTTCTCAGTCTGCTCTTATCCCACTCTT  300

seq1  CATTGCTCCCTTCTCCCTCCTACCCCACCAACACTTGGGAATGCTATTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGCTCCCTTCTCCCTCCTACCCCACCAACACTTGGGAATGCTATTGG  350

seq1  CAAGGAATAGGATGGTGTTGATAGTGGTGAGATCGGCATAAGAGGAAGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGAATAGGATGGTGTTGATAGTGGTGAGATCGGCATAAGAGGAAGAT  400

seq1  TAGAGGAATCAGAATTAATTAGATGGATGTATGAAATTGTCAAATGACAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGGAATCAGAATTAATTAGATGGATGTATGAAATTGTCAAATGACAA  450

seq1  TTGTTTAAAAAATTAAAACTGCAAACAGATGATATATGGAAGGCAGATAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTAAAAAATTAAAACTGCAAACAGATGATATATGGAAGGCAGATAC  500

seq1  TAGCTAATAAAGTCATATTAAAAGGTGGTAGAGACTTTTAGTGTTTAGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTAATAAAGTCATATTAAAAGGTGGTAGAGACTTTTAGTGTTTAGTA  550

seq1  AAGGACTTTGCATCAATAGAATTC  574
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGACTTTGCATCAATAGAATTC  574


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |