BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-222I05
Chromosome11 (Build37)
Map Location 18,299,576 - 18,429,519
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC665796
Upstream geneEG665748, Etaa1, LOC327871, LOC627696, LOC627716
Downstream geneMeis1, LOC635455
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-222I05.bB6Ng01-222I05.g
ACCGA037509GA037510
length1,2571,015
definitionB6Ng01-222I05.b B6Ng01-222I05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(18,428,259 - 18,429,519)(18,299,576 - 18,300,573)
sequence
gaattcatccatcaccagaacatggtcctaaagagttttaggaaccttgg
ggaaaattttagactcccacgaagtatggaatgtgatgtttgtggaagtt
ctacctgaactgtcaagagcagagaggtccccactgacacagaatctatc
atatgggactttagactgttgacttgtctatgctgtgtgtgaagatcagt
cttggaatatactccaacatgggtggccaacgatttcacaacttgttttt
gcccatgtgttatggccttcaagttttcattttttgtttgtttgtttttg
tttttatttgttttgctttatttttatttatttactttttcaagacaggg
tttaactcactctatagatcaggctggcctcaaactcagaaatcctcctg
tctctgcctctgcctcccaagagctgggattaaaggcatgtgccaccacc
gcccagcaagttttcatttccattacaaatgtcttccctactttgtcatt
acctctgaatacacaaaaagatagtaacctaccatcccagctctgaattc
tgagtagtgatagcccatgtgagggaagataggattttttccacttctgc
agggctctccacttcgaaccatttccttcatcctcacatacctgtggcaa
ctttcattgtttgcttcgagtgctccatgccctcatggatggcccctccc
tccaagcagcattttcacttccttgtcaattctcactgaactccagtgac
ctcagaggtctggaagaccagtttatcaagctctgcagacagcaagggct
gaggtgagctatcagcctctcagaactatggtctagaactgccctggacc
agattagtaacggtgacctggaggtgaaaggttctgtattccattaccag
tgtgctgagtaatctccgtagtccagcacccctttgtttaattgaagcat
tattttctctgtgttacccagggcactcagccagtgcaacagtgttaatt
cttttagttgatttccatctctgcagaattaccttcctaacatttagaat
ccacaggtacaaattaacttcctttcttcctggacattcagtatggaagt
ggaaatctccaactcaatggtatttccttcagcttgaccaagacattcct
aattactggctctcctgaaagcttgattctagaaaagcaagcgacgaatc
tgttgcggtgtctgtcacacgcgcagtctagaagagttgcactccctgga
tggaaaa

gaattctcttgcttctggaatgccttatgctaaagggctgtgtctaagag
ccagccagacaaatctaatgccgcaccaaacaccttgaacagttagcaat
tgctttgagacaggcatgcaaaaactacaactgattgctctggcttgaag
gtgctgccccagccagaagcctgggtgaatatttccatcttgaccagagg
gggcgacccttccctcatggaggaaatgttatgacctgtgaccaaggcac
aaccattagtgactatgattatcgaaaaagaatgcttgctcttcaccaag
caaattgtgatggatccatacaccccgtttgagaactatgtaagctgctg
ttagaagcagtagaaatgcccctagctcactggcctgccatttcaatagc
aggtccgatgaagacttctttgcaaaggtatttccttgcctttgttcagt
aatatggactgagctggaaacagaaatggcaggagtagcaaatgctagaa
gtaacctggtggcctagaaatccctgccccaggcttggcatctatggggg
ctgtcgatcccaaatatggcacatcatctgctgatctaatagctgcagac
actgtgggcaccaggggagtggatactgcctgattttcgcagggctccag
ccaaacccaatgctgtccagagtcagatttccatgctggactgatgtgct
ttctttggtcctgggtcctgggtcctgggtcctgggtcctgggtcctggg
tcctggtcctgggtcctggtcctggtcctggtcctggtcctggtcctggt
cctggtcctggtcctggtcctggtcctggtcctggtcctggttttagctc
taacagctatgatcccagcttgatggagagttctggaatgttcagcgatc
tcagcagctagtgcagctctgatcaattctgatacttctctgtgtgctct
gctgcaaatgctgtctgacagagaggtacacgagtctcctgcactacatg
acagatgccaacagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_18428259_18429519
seq2: B6Ng01-222I05.b_42_1298 (reverse)

seq1  TTTTCCATCCAG---GTGCCACTCTCTTTAGGCTGCTGCTGGTACAGACA  47
      ||||||||||||   |||| ||||| | ||| ||||   ||  ||||  |
seq2  TTTTCCATCCAGGGAGTGCAACTCT-TCTAGACTGCGCGTGTGACAG--A  47

seq1  CACCGCAACAGA-TCGTCTGCTTGCCTTTCTTAGATCAAGCTTTTCAGAG  96
      |||||||||||| ||||| |||||| |||||   ||||||| ||||||  
seq2  CACCGCAACAGATTCGTC-GCTTGCTTTTCTAGAATCAAGC-TTTCAGGA  95

seq1  CAGCCAGTTAATTAATGTATGTCCTGGGTCAGCCTGAAGGAAAATACATT  146
       |||||| ||||| | | |||| || |||||  ||||||||||   ||||
seq2  GAGCCAG-TAATT-AGGAATGT-CTTGGTCAAGCTGAAGGAAATACCATT  142

seq1  GAGTTTGGAGATTTCCACCTTCATACTGAATGTCCAGGAAGGAAGGAAGT  196
      ||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GAG-TTGGAGATTTCCACTTCCATACTGAATGTCCAGGAAGAAAGGAAGT  191

seq1  AAATTTGTACCTGTGGA-TCTAATTGTTAGGAAGGTAATTCTGCAGAGAT  245
       |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTGTACCTGTGGATTCTAAATGTTAGGAAGGTAATTCTGCAGAGAT  241

seq1  GGAAATCAACTAAAAG-ATTAACACTGTTGCACTGGCCTGAGTGCCCTGG  294
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GGAAATCAACTAAAAGAATTAACACTGTTGCACTGG-CTGAGTGCCCTGG  290

seq1  GTAACACAGAGAAAATAATGCTTCAATTAAACAAAGGGGTGCTGGACTAC  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACACAGAGAAAATAATGCTTCAATTAAACAAAGGGGTGCTGGACTAC  340

seq1  GGAGATTACTCAGCACACTGGTAATGGAATACAGAACCTTTCACCTCCAG  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGATTACTCAGCACACTGGTAATGGAATACAGAACCTTTCACCTCCAG  390

seq1  GTCACCGTTACTAATCTGGTCCAGGGCAGTTCTAGACCATAGTTCTGAGA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACCGTTACTAATCTGGTCCAGGGCAGTTCTAGACCATAGTTCTGAGA  440

seq1  GGCTGATAGCTCACCTCAGCCCTTGCTGTCTGCAGAGCTTGATAAACTGG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGATAGCTCACCTCAGCCCTTGCTGTCTGCAGAGCTTGATAAACTGG  490

seq1  TCTTCCAGACCTCTGAGGTCACTGGAGTTCAGTGAGAATTGACAAGGAAG  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCAGACCTCTGAGGTCACTGGAGTTCAGTGAGAATTGACAAGGAAG  540

seq1  TGAAAATGCTGCTTGGAGGGAGGGGCCATCCATGAGGGCATGGAGCACTC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAATGCTGCTTGGAGGGAGGGGCCATCCATGAGGGCATGGAGCACTC  590

seq1  GAAGCAAACAATGAAAGTTGCCACAGGTATGTGAGGATGAAGGAAATGGT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCAAACAATGAAAGTTGCCACAGGTATGTGAGGATGAAGGAAATGGT  640

seq1  TCGAAGTGGAGAGCCCTGCAGAAGTGGAAAAAATCCTATCTTCCCTCACA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGAAGTGGAGAGCCCTGCAGAAGTGGAAAAAATCCTATCTTCCCTCACA  690

seq1  TGGGCTATCACTACTCAGAATTCAGAGCTGGGATGGTAGGTTACTATCTT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCTATCACTACTCAGAATTCAGAGCTGGGATGGTAGGTTACTATCTT  740

seq1  TTTGTGTATTCAGAGGTAATGACAAAGTAGGGAAGACATTTGTAATGGAA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGTATTCAGAGGTAATGACAAAGTAGGGAAGACATTTGTAATGGAA  790

seq1  ATGAAAACTTGCTGGGCGGTGGTGGCACATGCCTTTAATCCCAGCTCTTG  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAAACTTGCTGGGCGGTGGTGGCACATGCCTTTAATCCCAGCTCTTG  840

seq1  GGAGGCAGAGGCAGAGACAGGAGGATTTCTGAGTTTGAGGCCAGCCTGAT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGCAGAGGCAGAGACAGGAGGATTTCTGAGTTTGAGGCCAGCCTGAT  890

seq1  CTATAGAGTGAGTTAAACCCTGTCTTGAAAAAGTAAATAAATAAAAATAA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAGAGTGAGTTAAACCCTGTCTTGAAAAAGTAAATAAATAAAAATAA  940

seq1  AGCAAAACAAATAAAAACAAAAACAAACAAACAAAAAATGAAAACTTGAA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAAACAAATAAAAACAAAAACAAACAAACAAAAAATGAAAACTTGAA  990

seq1  GGCCATAACACATGGGCAAAAACAAGTTGTGAAATCGTTGGCCACCCATG  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCATAACACATGGGCAAAAACAAGTTGTGAAATCGTTGGCCACCCATG  1040

seq1  TTGGAGTATATTCCAAGACTGATCTTCACACACAGCATAGACAAGTCAAC  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAGTATATTCCAAGACTGATCTTCACACACAGCATAGACAAGTCAAC  1090

seq1  AGTCTAAAGTCCCATATGATAGATTCTGTGTCAGTGGGGACCTCTCTGCT  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTAAAGTCCCATATGATAGATTCTGTGTCAGTGGGGACCTCTCTGCT  1140

seq1  CTTGACAGTTCAGGTAGAACTTCCACAAACATCACATTCCATACTTCGTG  1194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGACAGTTCAGGTAGAACTTCCACAAACATCACATTCCATACTTCGTG  1190

seq1  GGAGTCTAAAATTTTCCCCAAGGTTCCTAAAACTCTTTAGGACCATGTTC  1244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTCTAAAATTTTCCCCAAGGTTCCTAAAACTCTTTAGGACCATGTTC  1240

seq1  TGGTGATGGATGAATTC  1261
      |||||||||||||||||
seq2  TGGTGATGGATGAATTC  1257


seq1: chr11_18299576_18300573
seq2: B6Ng01-222I05.g_66_1080

seq1  GAATTCTCTTGCTTCTGGAATGCCTTATGCTAAAGGGCTGTGTCTAAGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTGCTTCTGGAATGCCTTATGCTAAAGGGCTGTGTCTAAGAG  50

seq1  CCAGCCAGACAAATCTAATGCCGCACCAAACACCTTGAACAGTTAGCAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCAGACAAATCTAATGCCGCACCAAACACCTTGAACAGTTAGCAAT  100

seq1  TGCTTTGAGACAGGCATGCAAAAACTACAACTGATTGCTCTGGCTTGAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTGAGACAGGCATGCAAAAACTACAACTGATTGCTCTGGCTTGAAG  150

seq1  GTGCTGCCCCAGCCAGAAGCCTGGGTGAATATTTCCATCTTGACCAGAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGCCCCAGCCAGAAGCCTGGGTGAATATTTCCATCTTGACCAGAGG  200

seq1  GGGCGACCCTTCCCTCATGGAGGAAATGTTATGACCTGTGACCAAGGCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCGACCCTTCCCTCATGGAGGAAATGTTATGACCTGTGACCAAGGCAC  250

seq1  AACCATTAGTGACTATGATTATCGAAAAAGAATGCTTGCTCTTCACCAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCATTAGTGACTATGATTATCGAAAAAGAATGCTTGCTCTTCACCAAG  300

seq1  CAAATTGTGATGGATCCATACACCCCGTTTGAGAACTATGTAAGCTGCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTGTGATGGATCCATACACCCCGTTTGAGAACTATGTAAGCTGCTG  350

seq1  TTAGAAGCAGTAGAAATGCCCCTAGCTCACTGGCCTGCCATTTCAATAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAAGCAGTAGAAATGCCCCTAGCTCACTGGCCTGCCATTTCAATAGC  400

seq1  AGGTCCGATGAAGACTTCTTTGCAAAGGTATTTCCTTGCCTTTGTTCAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCCGATGAAGACTTCTTTGCAAAGGTATTTCCTTGCCTTTGTTCAGT  450

seq1  AATATGGACTGAGCTGGAAACAGAAATGGCAGGAGTAGCAAATGCTAGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGGACTGAGCTGGAAACAGAAATGGCAGGAGTAGCAAATGCTAGAA  500

seq1  GTAACCTGGTGGCCTAGAAATCCCTGCCCCAGGCTTGGCATCTATGGGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACCTGGTGGCCTAGAAATCCCTGCCCCAGGCTTGGCATCTATGGGGG  550

seq1  CTGTCGATCCCAAATATGGCACATCATCTGCTGATCTAATAGCTGCAGAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCGATCCCAAATATGGCACATCATCTGCTGATCTAATAGCTGCAGAC  600

seq1  ACTGTGGGCACCAGGGGAGTGGATACTGCCTGATTTTCGCAGGGCTCCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGGGCACCAGGGGAGTGGATACTGCCTGATTTTCGCAGGGCTCCAG  650

seq1  CCAAACCCAATGCTGTCCAGAGTCAGATTTCCATGCTGGACTGATGTGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACCCAATGCTGTCCAGAGTCAGATTTCCATGCTGGACTGATGTGCT  700

seq1  TTCTTTGGTCCTGGGTCCTGGGTCCTGGGTCCTGGGTCCTGGGTCCTGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTGGTCCTGGGTCCTGGGTCCTGGGTCCTGGGTCCTGGGTCCTGGG  750

seq1  TCCTGGGTCCTGGGTCCTG-----------------------------GG  771
      |||| ||||||||||||||                             ||
seq2  TCCT-GGTCCTGGGTCCTGGTCCTGGTCCTGGTCCTGGTCCTGGTCCTGG  799

seq1  TCCTG-----GGTCCTG-----GGTCCTG-----GGTCCTGGTTTTAGCT  806
      |||||     |||||||     |||||||     ||||||||||||||||
seq2  TCCTGGTCCTGGTCCTGGTCCTGGTCCTGGTCCTGGTCCTGGTTTTAGCT  849

seq1  CTAAACAGCTATGATCCCAGCTTGATGGAGAAGTTCTGGAATGTTTCAAG  856
      || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||  
seq2  CT-AACAGCTATGATCCCAGCTTGATGGAG-AGTTCTGGAATG-TTCA--  894

seq1  GCGATCTCAGCAGCTAGTGCCAGGCTCTTGATCCAAATTCCTGAATACTT  906
      ||||||||||||||||||||   |||| |||||  |||| ||| ||||||
seq2  GCGATCTCAGCAGCTAGTGC--AGCTC-TGATC--AATT-CTG-ATACTT  937

seq1  CTCTGTGTGCCTCTGCTGCCAAATGCTGTCCTGACAGGAGAAGGTACCAC  956
      ||||||||| |||||||| |||||||||| |||||| ||| ||||| |||
seq2  CTCTGTGTG-CTCTGCTG-CAAATGCTGT-CTGACA-GAG-AGGTA-CAC  981

seq1  GAGTCTTCCTGCCACTAACAATTGAACAAGATGCCAAACAGT  998
      ||||| ||||| |||| |||  |||   ||||||| ||||||
seq2  GAGTC-TCCTG-CACT-ACA--TGA--CAGATGCC-AACAGT  1015


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |