BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-226H13
Chromosome11 (Build37)
Map Location 4,394,845 - 4,584,822
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMtmr3, LOC100041006, OTTMUSG00000005065, Ascc2
Upstream genePla2g3, Pib5pa, Selm, Smtn, Map1lc3-5, LOC625608, Tug1, Morc2a, LOC664900, Osbp2, LOC664920, 4921536K21Rik, Dusp18, Slc35e4, Tcn2, LOC100041720, Pes1, Gal3st1, Sec14l4, Sec14l3, 1700020C11Rik, Sec14l2, LOC625729, Rnf215, 4930562D19Rik, Sf3a1, Tbc1d10a, 2410008K03Rik, LOC625760, Osm, Lif, Hormad2
Downstream gene1110020P15Rik, Zmat5, Cabp7, Nf2, Nipsnap1, Thoc5, Nefh, Ap1b1, Rasl10a, Gas2l1, Ewsr1, Rhbdd3, Emid1, Kremen1, Znrf3, LOC100042016, LOC382478, Xbp1, Ccdc117, LOC100041183, Ankrd36, LOC665181
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-226H13.bB6Ng01-226H13.g
ACCGA040404GA040405
length1,115817
definitionB6Ng01-226H13.b B6Ng01-226H13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(4,583,703 - 4,584,822)(4,394,845 - 4,395,659)
sequence
gaattccatggggacctcttttacatagttagccgacaaacctaagcctg
tgtagattactcaagtgttctcctactgagcaacagcctcagtattcatc
tttagggacttcaccaccaagtagtaccattcatctcactgaggctgaag
ggctggggtaacaggctggtttcaaagggtgtcctggagagctaaaagac
acaagcagcagctcctcagggggcattgcggttgaccaaagtgctagaaa
acacaagagacggtgatgtcctctcagccagactgctaccaggaaacctg
ggtgtcctctaggtggctgtaagaagagagagccaagagcagatgagggc
tgctccagggaagagcagcaggcaaggcggatgaagatcaggagctccca
agctcatcagccttgcatgacacagcagcttggtctgagtttagtcaggg
agaaaagaaatgactgtgccgctgagctgggccgctgctaagcgcttcta
ggaggaaacagtttccctgctgtctgtcaggatggctaactctcccagat
ctcagctaattcggcagccctaggggagggtcccaccctgtacctgctct
gtatctcaaatgctcccagaggccaacaaggcacagaggaactggcattt
aggttcactcgtgcaggctggcctaataaaacaatccatcaagtatctgt
ctgcctgctagtcccaactacaagcaaatcaatgtccctgtcatctaaaa
gatctgttggaaagactccaggccctgctgcctcaggatcagcccagcaa
agaccccactgcaggtctcctgcacactagttaaacccaggagacctgtt
agctgattcccactgcagagtgggccacatggggaaagggctctgagagc
cagcctagtccttctcgcttcaacagggcttctttctagaggtttccgat
ctctacattgggagggtggaggctaacagtacattataactatgacactc
tgaactggcccagtgtccttgtgccagttgtgacacagggttgacatatc
taacacggtcgaggagctaatactgccagggtcagaactgagcttccaag
actgctaagccactt
gaattcattgtttgcattcaaaataaagttttgctttttaatagtttctc
tctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctgtgtgtgtg
tgtgtgtgtgtgtgtgcgacacaagaacaacaaagtgttgcactgagcca
tctttctggccctaaaattgagtttttaaagaaagaaattaagtatctgt
gaggtatgagagactacacagtactgatccggtctttttatgacaagtct
ctggcccagagctaagtgacagatgcaaatggaaaatccttaagagaaga
agacagttctcctttggtcagtgtggtgatctgaatgagaatggcccaac
aggcacatacatttaaatgctaagtcaccagggagtgacactatttgaaa
ggattaaaaggattagaaagtgtggtcttgctgggggacactgatttgaa
atgccagggtaggctttgaggtttcaagtccaaaagtgctaagtcaggaa
tctctctctgcccgcagaccatgacatagctttcaactgctgcgccagtg
ttttgcctgcctgtgtgccactgtgctccctggcatgatgctaatgaact
aacctctgagactgtaagccagccccaagtaaaatattttcttttcaact
ggatatagtggcgcaggcctttaatctaaacactctggaggcagtagaca
gacctctgtgagtaagaggccagctttatttatgaaatcgagtccaggag
agccccgtcttgaaaaaacatgtaacacatcttcactctcggcactctga
ggcagaggaagggtgga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_4583703_4584822
seq2: B6Ng01-226H13.b_45_1159 (reverse)

seq1  AAGTGGCTGAGCAGGTCTTGGGAAGCTCAG-TCTGACCCCTGGCAGTATA  49
      |||||||| |||| ||||| |||||||||| ||||| |||||||||||| 
seq2  AAGTGGCTTAGCA-GTCTT-GGAAGCTCAGTTCTGA-CCCTGGCAGTATT  47

seq1  GGCT-CTCGACCCGTG-TAGATTATGTCAACCCCTGTGTCACAACTGGCA  97
       ||| ||||| ||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AGCTCCTCGA-CCGTGTTAGA-TATGTCAA-CCCTGTGTCACAACTGGCA  94

seq1  CAAGGACACTTGGCCAGTTTCAGAGTGTCATAGTTATAAATGTACTGTTA  147
      |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CAAGGACACTGGGCCAG-TTCAGAGTGTCATAGTTAT-AATGTACTGTTA  142

seq1  GCCTCCACCCTCCCAATGTAGAGATCGGAAACCTCTAGAAAGAAGCCCTG  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCCACCCTCCCAATGTAGAGATCGGAAACCTCTAGAAAGAAGCCCTG  192

seq1  TTGAAGCGAGAAGGACTAGGCTGGCTCTCAGAGCCCTTTCCCCATGTGGC  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGCGAGAAGGACTAGGCTGGCTCTCAGAGCCCTTTCCCCATGTGGC  242

seq1  CCACTCTGCAGTGGGAATCAGCTAACAGGTCTCCTGGGTTTAACTAGTGT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTCTGCAGTGGGAATCAGCTAACAGGTCTCCTGGGTTTAACTAGTGT  292

seq1  GCAGGAGACCTGCAGTGGGGTCTTTGCTGGGCTGATCCTGAGGCAGCAGG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGAGACCTGCAGTGGGGTCTTTGCTGGGCTGATCCTGAGGCAGCAGG  342

seq1  GCCTGGAGTCTTTCCAACAGATCTTTTAGATGACAGGGACATTGATTTGC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGAGTCTTTCCAACAGATCTTTTAGATGACAGGGACATTGATTTGC  392

seq1  TTGTAGTTGGGACTAGCAGGCAGACAGATACTTGATGGATTGTTTTATTA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAGTTGGGACTAGCAGGCAGACAGATACTTGATGGATTGTTTTATTA  442

seq1  GGCCAGCCTGCACGAGTGAACCTAAATGCCAGTTCCTCTGTGCCTTGTTG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAGCCTGCACGAGTGAACCTAAATGCCAGTTCCTCTGTGCCTTGTTG  492

seq1  GCCTCTGGGAGCATTTGAGATACAGAGCAGGTACAGGGTGGGACCCTCCC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTGGGAGCATTTGAGATACAGAGCAGGTACAGGGTGGGACCCTCCC  542

seq1  CTAGGGCTGCCGAATTAGCTGAGATCTGGGAGAGTTAGCCATCCTGACAG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGGCTGCCGAATTAGCTGAGATCTGGGAGAGTTAGCCATCCTGACAG  592

seq1  ACAGCAGGGAAACTGTTTCCTCCTAGAAGCGCTTAGCAGCGGCCCAGCTC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCAGGGAAACTGTTTCCTCCTAGAAGCGCTTAGCAGCGGCCCAGCTC  642

seq1  AGCGGCACAGTCATTTCTTTTCTCCCTGACTAAACTCAGACCAAGCTGCT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGGCACAGTCATTTCTTTTCTCCCTGACTAAACTCAGACCAAGCTGCT  692

seq1  GTGTCATGCAAGGCTGATGAGCTTGGGAGCTCCTGATCTTCATCCGCCTT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCATGCAAGGCTGATGAGCTTGGGAGCTCCTGATCTTCATCCGCCTT  742

seq1  GCCTGCTGCTCTTCCCTGGAGCAGCCCTCATCTGCTCTTGGCTCTCTCTT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGCTGCTCTTCCCTGGAGCAGCCCTCATCTGCTCTTGGCTCTCTCTT  792

seq1  CTTACAGCCACCTAGAGGACACCCAGGTTTCCTGGTAGCAGTCTGGCTGA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACAGCCACCTAGAGGACACCCAGGTTTCCTGGTAGCAGTCTGGCTGA  842

seq1  GAGGACATCACCGTCTCTTGTGTTTTCTAGCACTTTGGTCAACCGCAATG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGACATCACCGTCTCTTGTGTTTTCTAGCACTTTGGTCAACCGCAATG  892

seq1  CCCCCTGAGGAGCTGCTGCTTGTGTCTTTTAGCTCTCCAGGACACCCTTT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCTGAGGAGCTGCTGCTTGTGTCTTTTAGCTCTCCAGGACACCCTTT  942

seq1  GAAACCAGCCTGTTACCCCAGCCCTTCAGCCTCAGTGAGATGAATGGTAC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACCAGCCTGTTACCCCAGCCCTTCAGCCTCAGTGAGATGAATGGTAC  992

seq1  TACTTGGTGGTGAAGTCCCTAAAGATGAATACTGAGGCTGTTGCTCAGTA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTGGTGGTGAAGTCCCTAAAGATGAATACTGAGGCTGTTGCTCAGTA  1042

seq1  GGAGAACACTTGAGTAATCTACACAGGCTTAGGTTTGTCGGCTAACTATG  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAACACTTGAGTAATCTACACAGGCTTAGGTTTGTCGGCTAACTATG  1092

seq1  TAAAAGAGGTCCCCATGGAATTC  1120
      |||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGAGGTCCCCATGGAATTC  1115

seq1: chr11_4394845_4395659
seq2: B6Ng01-226H13.g_64_880

seq1  GAATTCATTGTTTGCATTCAAAATAAAGTTTTGCTTTTTAATAGTTTCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTGTTTGCATTCAAAATAAAGTTTTGCTTTTTAATAGTTTCTC  50

seq1  TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTGTGTGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTGTGTGTG  100

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTTCTACACAAGAACAACAAAGTGTTGCACTGAGCCA  150
      ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGCGACACAAGAACAACAAAGTGTTGCACTGAGCCA  150

seq1  TCTTTCTGGCCCTAAAATTGAGTTTTTAAAGAAAGAAATTAAGTATCTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCTGGCCCTAAAATTGAGTTTTTAAAGAAAGAAATTAAGTATCTGT  200

seq1  GAGGTATGAGAGACTACACAGTACTGATCCGGTCTTTTTATGACAAGTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTATGAGAGACTACACAGTACTGATCCGGTCTTTTTATGACAAGTCT  250

seq1  CTGGCCCAGAGCTAAGTGACAGATGCAAATGGAAAATCCTTAAGAGAAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCCCAGAGCTAAGTGACAGATGCAAATGGAAAATCCTTAAGAGAAGA  300

seq1  AGACAGTTCTCCTTTGGTCAGTGTGGTGATCTGAATGAGAATGGCCCAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGTTCTCCTTTGGTCAGTGTGGTGATCTGAATGAGAATGGCCCAAC  350

seq1  AGGCACATACATTTAAATGCTAAGTCACCAGGGAGTGACACTATTTGAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCACATACATTTAAATGCTAAGTCACCAGGGAGTGACACTATTTGAAA  400

seq1  GGATTAAAAGGATTAGAAAGTGTGGTCTTGCTGGGGGACACTGATTTGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTAAAAGGATTAGAAAGTGTGGTCTTGCTGGGGGACACTGATTTGAA  450

seq1  ATGCCAGGGTAGGCTTTGAGGTTTCAAGTCCAAAAGTGCTAAGTCAGGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCAGGGTAGGCTTTGAGGTTTCAAGTCCAAAAGTGCTAAGTCAGGAA  500

seq1  TCTCTCTCTGCCCGCAGACCATGACATAGCTTTCAACTGCTGCGCCAGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTCTGCCCGCAGACCATGACATAGCTTTCAACTGCTGCGCCAGTG  550

seq1  -TTTGCCTGCCTGTGTGCCACTGTGCTCCCTGGCATGATGCTAATGAACT  599
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCCTGCCTGTGTGCCACTGTGCTCCCTGGCATGATGCTAATGAACT  600

seq1  AACCTCTGAGACTGTAAGCCAGCCCCAAGT-AAATATTTTC-TTTCAACT  647
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||
seq2  AACCTCTGAGACTGTAAGCCAGCCCCAAGTAAAATATTTTCTTTTCAACT  650

seq1  GGATATAGTGGCGCAGGCCTTTAATCTAAACACTCTGGAGGCAGTAGACA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATATAGTGGCGCAGGCCTTTAATCTAAACACTCTGGAGGCAGTAGACA  700

seq1  GACCTCTGTGAGTTAGAGGCCAGCTTTATTTATG-AAGCGAGTCCAGGAG  746
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||
seq2  GACCTCTGTGAGTAAGAGGCCAGCTTTATTTATGAAATCGAGTCCAGGAG  750

seq1  AAGCCCCGTCTTGAAAAAACAATGGAACACACCTTCACTCTCGGCACTCA  796
       ||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||| 
seq2  -AGCCCCGTCTTGAAAAAAC-ATGTAACACATCTTCACTCTCGGCACTC-  797

seq1  GGAGGCAGAGGAA-GGTGGA  815
       |||||||||||| ||||||
seq2  TGAGGCAGAGGAAGGGTGGA  817