BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-226L21
Chromosome11 (Build37)
Map Location 55,861,594 - 55,986,487
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040816
Upstream geneCcdc69, Gm2a, LOC667832, Slc36a3, Slc36a2, Slc36a1, Fat2, Sparc, Atox1, G3bp, Glra1, Nmur2
Downstream geneLOC624168, Gria1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-226L21.bB6Ng01-226L21.g
ACCGA040596GA040597
length1,1351,013
definitionB6Ng01-226L21.b B6Ng01-226L21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(55,985,318 - 55,986,487)(55,861,594 - 55,862,605)
sequence
gaattcagctcccaactttggatggctcccaactgctaacaatctgacac
caccctctctggcccccaaggcactgcacatacacacacacacacacaca
cacacacacacacacacacacacacacacacacactccgttaataaatta
aatcttaaagagaaagaaatcatgtcagcctctttaaagaagattatttg
acaaatggagctcatagttaatgtaaagaaagatttttaaagcactagac
aatatattttcccaaagtgtagtctttaggtcaacatcattagcccaaac
taagacttcatagaaatccaaccttgatgcccagacttactaaatcagaa
gcactgagcttaaggctatcagcatgcatctgattggttattccaacact
tgctacagttttgaaacttctgacaggtgattatacaaatatcctcaagt
gccaataaactctaagctgtccgtagcgtagtttagtacagtcaaaccat
aagaggctcacaatggaagcctgtcttacttctccctggaaaatcagata
ttcttccttgacatttttcttttcacaacccatgagccattcaaagctca
ctttcctagaagggtaattactttcagaaatcctcagcattccatatcag
aaagtccagcaatggcttctatgaacgaaagaaaattagatagggaccac
tccctttcaggtttgtattttgataaggcaattttgataggagagcatcg
atgtcaacacactgacctgcagtcatgataaatttgtgtcatacttgatg
aataaatactcagatgtcaatgctccccccctatatccaaatgctcttaa
gcattttaagttcttgctgcaaaaagaaaaaaatctaaatggacaagcaa
taaaaacgtcattggtaggaggagagcgaataagtgactggaggtagtcg
ggatgcttggctttctcaggcaaatgagaaatggaacccatatctggtgt
gatgtacttcacatgagatgtcattttttaaagtattgaatggattgcca
ctgcttcctgtgcacactaactgtaacttgcaattatatttatcagattt
ctcactctttttcatctctcccttctcctctccct
gaattcctaaggctaaacagggaagctttaaggatcgcctgggtacatct
tagagaagctgggtggttttaaccccctgttgtgagagggatactgttgg
tgcaagaatcctgcatcatctctcaacctaccattccttggttgttcaga
gaagattaagaggcagagcagtgggaaagcagcatggactggtggtgcag
cctgagcagcaacagtaaggctgagcctgcactgggttctgcttttgtag
gctgaagacagggagacaggaagtgtgacaccagggatgagtggcatcta
tcaaacctacaaaatagctgtagctctatttgttgagaacctcttcttag
ctattactgtgagtgtctcatgtataccagctgtgtcccttatgcaacag
tttctatgagcttatcatccccttatccctgccaatacagaggaagaaaa
tgtagcacaagaacctgtgagaccaggggcggacctatcccttgtcacat
agtatatcagctatttgggttaggctatgctctatgatggctattcatgg
ttgtcaacctaactacatctagaattaactaaaacccaagtggctgggtg
tagctgtaaggatttaattttctttaaatcttttgaagtggaaagaccca
gttttaatctgtatcttttggtgtaggaatatctacctttattctgggcc
atactttctgctggcagcctgtataaaggacatggacaaaggaagtgctc
tttgtctgtttgttcttgctgacaagtccattcatccactggcattaggg
cctacttcttcagcattgcagcatatactgaagaccagctgaaagattta
gttctgtggactgaacagctactggattcttggactatccattggtagac
agcaattgttagattagctggactacaacctgaaagctattctagcaaat
atcctttatatttacacatgcatgcacacaaacaaacatacactcacata
ctaccgcacacac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_55985318_55986487
seq2: B6Ng01-226L21.b_45_1179 (reverse)

seq1  AGGGAGAGGGGGAGGGGGAGAAGGGAGAGAAGGGAGAGAATGAAAAAGAG  50
                  |||| |||      |||||||||||| |||||||||||
seq2  ------------AGGGAGAG------GAGAAGGGAGAG-ATGAAAAAGAG  31

seq1  TGAGAAAATCTGATTAAAATATAATTGCCAAGGTTACAGTTTAGTGGTGG  100
      |||| |||||||||  ||||||||||||  | ||||||| ||||||   |
seq2  TGAG-AAATCTGAT--AAATATAATTGC--AAGTTACAG-TTAGTG--TG  73

seq1  CACAGGAAGCAGTGGGCAATCCATTTCAATTACTTTTTAAAAAATGACAT  150
      ||||||||||||| ||||||||| ||||| |||  |||||||||||||||
seq2  CACAGGAAGCAGT-GGCAATCCA-TTCAA-TAC--TTTAAAAAATGACAT  118

seq1  CTCATGTTGAAGTACATCACA-CAGATATGGGTTTCCATTTCTCATTTTG  199
      |||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||  
seq2  CTCATG-TGAAGTACATCACACCAGATATGGG-TTCCATTTCTCATTT--  164

seq1  CCCTGAGAAAGCCAAGCATCCCGACTACCTCCAGTCACTTATTCGCTCTC  249
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGAGAAAGCCAAGCATCCCGACTACCTCCAGTCACTTATTCGCTCTC  214

seq1  CTCCTACCAATGACGTTTTTATTGCTTGTCCATTTAGATTTTTTTCTTTT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTACCAATGACGTTTTTATTGCTTGTCCATTTAGATTTTTTTCTTTT  264

seq1  TGCAGCAAGAACTTAAAATGCTTAAGAGCATTTGGATATAGGGGGGGAGC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCAAGAACTTAAAATGCTTAAGAGCATTTGGATATAGGGGGGGAGC  314

seq1  ATTGACATCTGAGTATTTATTCATCAAGTATGACACAAATTTATCATGAC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGACATCTGAGTATTTATTCATCAAGTATGACACAAATTTATCATGAC  364

seq1  TGCAGGTCAGTGTGTTGACATCGATGCTCTCCTATCAAAATTGCCTTATC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGTCAGTGTGTTGACATCGATGCTCTCCTATCAAAATTGCCTTATC  414

seq1  AAAATACAAACCTGAAAGGGAGTGGTCCCTATCTAATTTTCTTTCGTTCA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATACAAACCTGAAAGGGAGTGGTCCCTATCTAATTTTCTTTCGTTCA  464

seq1  TAGAAGCCATTGCTGGACTTTCTGATATGGAATGCTGAGGATTTCTGAAA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGCCATTGCTGGACTTTCTGATATGGAATGCTGAGGATTTCTGAAA  514

seq1  GTAATTACCCTTCTAGGAAAGTGAGCTTTGAATGGCTCATGGGTTGTGAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATTACCCTTCTAGGAAAGTGAGCTTTGAATGGCTCATGGGTTGTGAA  564

seq1  AAGAAAAATGTCAAGGAAGAATATCTGATTTTCCAGGGAGAAGTAAGACA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAAATGTCAAGGAAGAATATCTGATTTTCCAGGGAGAAGTAAGACA  614

seq1  GGCTTCCATTGTGAGCCTCTTATGGTTTGACTGTACTAAACTACGCTACG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTCCATTGTGAGCCTCTTATGGTTTGACTGTACTAAACTACGCTACG  664

seq1  GACAGCTTAGAGTTTATTGGCACTTGAGGATATTTGTATAATCACCTGTC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGCTTAGAGTTTATTGGCACTTGAGGATATTTGTATAATCACCTGTC  714

seq1  AGAAGTTTCAAAACTGTAGCAAGTGTTGGAATAACCAATCAGATGCATGC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTTTCAAAACTGTAGCAAGTGTTGGAATAACCAATCAGATGCATGC  764

seq1  TGATAGCCTTAAGCTCAGTGCTTCTGATTTAGTAAGTCTGGGCATCAAGG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAGCCTTAAGCTCAGTGCTTCTGATTTAGTAAGTCTGGGCATCAAGG  814

seq1  TTGGATTTCTATGAAGTCTTAGTTTGGGCTAATGATGTTGACCTAAAGAC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGATTTCTATGAAGTCTTAGTTTGGGCTAATGATGTTGACCTAAAGAC  864

seq1  TACACTTTGGGAAAATATATTGTCTAGTGCTTTAAAAATCTTTCTTTACA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACTTTGGGAAAATATATTGTCTAGTGCTTTAAAAATCTTTCTTTACA  914

seq1  TTAACTATGAGCTCCATTTGTCAAATAATCTTCTTTAAAGAGGCTGACAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACTATGAGCTCCATTTGTCAAATAATCTTCTTTAAAGAGGCTGACAT  964

seq1  GATTTCTTTCTCTTTAAGATTTAATTTATTAACGGAGTGTGTGTGTGTGT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTCTTTCTCTTTAAGATTTAATTTATTAACGGAGTGTGTGTGTGTGT  1014

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGCAGTG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGCAGTG  1064

seq1  CCTTGGGGGCCAGAGAGGGTGGTGTCAGATTGTTAGCAGTTGGGAGCCAT  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGGGGCCAGAGAGGGTGGTGTCAGATTGTTAGCAGTTGGGAGCCAT  1114

seq1  CCAAAGTTGGGAGCTGAATTC  1170
      |||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAGTTGGGAGCTGAATTC  1135

seq1: chr11_55861594_55862605
seq2: B6Ng01-226L21.g_67_1079

seq1  GAATTCCTAAGGCTAAACAGGGAAGCTTTAAGGATCGCCTGGGTACATCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTAAGGCTAAACAGGGAAGCTTTAAGGATCGCCTGGGTACATCT  50

seq1  TAGAGAAGCTGGGTGGTTTTAACCCCCTGTTGTGAGAGGGATACTGTTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGAAGCTGGGTGGTTTTAACCCCCTGTTGTGAGAGGGATACTGTTGG  100

seq1  TGCAAGAATCCTGCATCATCTCTCAACCTACCATTCCTTGGTTGTTCAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAGAATCCTGCATCATCTCTCAACCTACCATTCCTTGGTTGTTCAGA  150

seq1  GAAGATTAAGAGGCAGAGCAGTGGGAAAGCAGCATGGACTGGTGGTGCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATTAAGAGGCAGAGCAGTGGGAAAGCAGCATGGACTGGTGGTGCAG  200

seq1  CCTGAGCAGCAACAGTAAGGCTGAGCCTGCACTGGGTTCTGCTTTTGTAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAGCAGCAACAGTAAGGCTGAGCCTGCACTGGGTTCTGCTTTTGTAG  250

seq1  GCTGAAGACAGGGAGACAGGAAGTGTGACACCAGGGATGAGTGGCATCTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAAGACAGGGAGACAGGAAGTGTGACACCAGGGATGAGTGGCATCTA  300

seq1  TCAAACCTACAAAATAGCTGTAGCTCTATTTGTTGAGAACCTCTTCTTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAACCTACAAAATAGCTGTAGCTCTATTTGTTGAGAACCTCTTCTTAG  350

seq1  CTATTACTGTGAGTGTCTCATGTATACCAGCTGTGTCCCTTATGCAACAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTACTGTGAGTGTCTCATGTATACCAGCTGTGTCCCTTATGCAACAG  400

seq1  TTTCTATGAGCTTATCATCCCCTTATCCCTGCCAATACAGAGGAAGAAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTATGAGCTTATCATCCCCTTATCCCTGCCAATACAGAGGAAGAAAA  450

seq1  TGTAGCACAAGAACCTGTGAGACCAGGGGCGGACCTATCCCTTGTCACAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGCACAAGAACCTGTGAGACCAGGGGCGGACCTATCCCTTGTCACAT  500

seq1  AGTATATCAGCTATTTGGGTTAGGCTATGCTCTATGATGGCTATTCATGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATATCAGCTATTTGGGTTAGGCTATGCTCTATGATGGCTATTCATGG  550

seq1  TTGTCAACCTAACTACATCTAGAATTAACTAAAACCCAAGTGGCTGGGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCAACCTAACTACATCTAGAATTAACTAAAACCCAAGTGGCTGGGTG  600

seq1  TAGCTGTAAGGATTTAATTTTCTTTAAATCTTTTGAAGTGGAAAGACCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTGTAAGGATTTAATTTTCTTTAAATCTTTTGAAGTGGAAAGACCCA  650

seq1  GTTTTAATCTGTATCTTTTGGTGTAGGAATATCTACCTTTATTCTGGGCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTAATCTGTATCTTTTGGTGTAGGAATATCTACCTTTATTCTGGGCC  700

seq1  ATACTTTCTGCTGGCAGCCTGTATAAAGGACATGGACAAAGGAAGTGCTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTTCTGCTGGCAGCCTGTATAAAGGACATGGACAAAGGAAGTGCTC  750

seq1  TTTGTCTGTTTGTTCTTGCTGACAAGTCCATTCATCCACTGGCATTAGGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCTGTTTGTTCTTGCTGACAAGTCCATTCATCCACTGGCATTAGGG  800

seq1  CCTACTTCTTCAGCATTGCAGCATATACTGAAGACCAGCTGAAAGATTTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACTTCTTCAGCATTGCAGCATATACTGAAGACCAGCTGAAAGATTTA  850

seq1  GTTCTGTGGACTGAACAGCTACTGGATTCTTGGACTATCCATTGGTAGAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTGTGGACTGAACAGCTACTGGATTCTTGGACTATCCATTGGTAGAC  900

seq1  AGCAATTGTTAGATTAGCTGGACTACAACCTGAAAGCTATTCTAGCAAAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATTGTTAGATTAGCTGGACTACAACCTGAAAGCTATTCTAGCAAAT  950

seq1  ATCCTTTATATTTACACATGCATGCACACAAACAAACATACACTCACATA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTTATATTTACACATGCATGCACACAAACAAACATACACTCACATA  1000

seq1  CTA-CACACACAC  1012
      ||| | |||||||
seq2  CTACCGCACACAC  1013