BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-226O11
Chromosome11 (Build37)
Map Location 19,630,265 - 19,784,134
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC665868
Upstream geneMeis1, LOC635455, LOC100042708, Glns-ps1
Downstream geneLOC100041937, Spred2, Actr2, Rab1, Cep68, LOC216544, Slc1a4, LOC100042746, LOC382492, Sertad2, LOC665953, Aftph, 1110067D22Rik, LOC100042035
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-226O11.bB6Ng01-226O11.g
ACCGA040712GA040713
length1,1311,080
definitionB6Ng01-226O11.b B6Ng01-226O11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(19,630,265 - 19,631,400)(19,783,081 - 19,784,134)
sequence
gaattcaaaggcagttcttaggaagacaacacttaattggggctcttaca
ggttcacaggttcagtccattatcctcaaggtgggagcatggcatcatcc
aggcaggtatggtacaggagttgctgagagttctccatcttcatctgaag
gctgatagaagcctggcttccaggcagctaggatgagagccttaaagccc
acactcagtgacacacctactccaacaagtcctcaccttctagtaatgcc
agtccctggaccaagtatatacaaaccatcacatggcctttattccaaga
aggctccaaggctaatattaccaggaagaaggaaaggacagtgacgatga
gaagacattttctgtgatcctggctacccatactcccaatcgcctggtga
atcctccttagaatatacagagagagataccaactaaagcagcaacctcc
gttagtgccaagttggagtatgtgtctgggctcacacttccaacaaaccc
aagtgaggtccttatggctagatggtctgtgggctctctctccatcacat
acctaaatagaaatggtagctaataaaccagacatggtgatgaaaactcc
atgaaagggaagagattgggaagagatgcccaggagctgccaatgggcaa
cttgccacattccgctggacaatagagagtggctcacccttgcttggact
cttaagcagcagtcctgtctcctttctaagaatatcccatcggctgcttc
ccctgctacggggttcctcagctgtcatcatcttgaccccatcagagagg
gactttggcgagcacatggccgccattgccagcctctttctatgacaaca
agctcaagagcccaggcagcactgtagagactggtgctttgggctttttg
cttcttagaacagttcttccagtgtatgtgcctgtacttacggacagagc
tgtcaagcctaaagtctcgggcctcttggacactgacctgcattctcact
cagcactcaagctaagtacagtggcaactgcacagcagctctgaccgcac
attcaccttggctaattctcactgtttgcagagacttttccctttcaatg
aggggtccccacacatttattttatgtgtgt
gaattccaatgcaagcattggcaggggtggcacatgcctttaatcctagt
gggggaggcagaggcaggggcaggggcaggggcaggggcaggggcagggg
caggggcaggggcaggggcaggggcaggggcatctctttgggcttgacaa
cagcctgggctacagagtgagttccaggatagccaagactacacagagaa
actgtcttggaaaaaaacaaaaacaaaatccaaacaaacaaatgaattgc
aatacaattaacaacattcatctgagttctttctctcatgcaaggcacct
gcagagccatagaataatcttgtgaaaagggagaaagagatagaggcagc
cagggtccctcagaaacccattaagcagtattagttactgtcttgtcgct
gtaacaaaaaatatcctgacaaaagcaatggaagggagctagggcttatc
ttggctcacagttctaaggcacagtgcatcatgggaaatcatggcatcag
aagctgaagacagcctgtcatactgagtccacagtaggaagcagaagaaa
atgaatacttgtactcattccccacccccaacttagtgtgtgaccttatc
catgggataacacaacaccaccagggtttgttttacagtgggtcttccaa
tctcaaattagcactgaaactagatactctcacagacatgcctaacgatt
tgtatccatggtgattctaaatgctaccaagttgacagtcaaaatcatct
atcccacagtgtattgaaaaagcttccaaagtcttatatagatatataga
catcgtcttagttagggtttttactgctgtgcacagacaaccttgactaa
acgcaagttcttataaaggacaatatttaaattgggggctggctttacag
gttcagaggttcagttccatttatcatcaaggtgggaacatggcagcatt
ccaagccgagcattggtgcaggaagaagctgagagttcttcatctttcat
tcttcacagagcctgcctaaaggtttatccactttagatgtcttgaagat
ccaatcaagcctgaaccatccagaattagc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_19630265_19631400
seq2: B6Ng01-226O11.b_48_1178

seq1  GAATTCAAAGGCAGTTCTTAGGAAGACAACACTTAATTGGGGCTCTTACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAGGCAGTTCTTAGGAAGACAACACTTAATTGGGGCTCTTACA  50

seq1  GGTTCACAGGTTCAGTCCATTATCCTCAAGGTGGGAGCATGGCATCATCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCACAGGTTCAGTCCATTATCCTCAAGGTGGGAGCATGGCATCATCC  100

seq1  AGGCAGGTATGGTACAGGAGTTGCTGAGAGTTCTCCATCTTCATCTGAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGGTATGGTACAGGAGTTGCTGAGAGTTCTCCATCTTCATCTGAAG  150

seq1  GCTGATAGAAGCCTGGCTTCCAGGCAGCTAGGATGAGAGCCTTAAAGCCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGATAGAAGCCTGGCTTCCAGGCAGCTAGGATGAGAGCCTTAAAGCCC  200

seq1  ACACTCAGTGACACACCTACTCCAACAAGTCCTCACCTTCTAGTAATGCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTCAGTGACACACCTACTCCAACAAGTCCTCACCTTCTAGTAATGCC  250

seq1  AGTCCCTGGACCAAGTATATACAAACCATCACATGGCCTTTATTCCAAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCCTGGACCAAGTATATACAAACCATCACATGGCCTTTATTCCAAGA  300

seq1  AGGCTCCAAGGCTAATATTACCAGGAAGAAGGAAAGGACAGTGACGATGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTCCAAGGCTAATATTACCAGGAAGAAGGAAAGGACAGTGACGATGA  350

seq1  GAAGACATTTTCTGTGATCCTGGCTACCCATACTCCCAATCGCCTGGTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGACATTTTCTGTGATCCTGGCTACCCATACTCCCAATCGCCTGGTGA  400

seq1  ATCCTCCTTAGAATATACAGAGAGAGATACCAACTAAAGCAGCAACCTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTCCTTAGAATATACAGAGAGAGATACCAACTAAAGCAGCAACCTCC  450

seq1  GTTAGTGCCAAGTTGGAGTATGTGTCTGGGCTCACACTTCCAACAAACCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGTGCCAAGTTGGAGTATGTGTCTGGGCTCACACTTCCAACAAACCC  500

seq1  AAGTGAGGTCCTTATGGCTAGATGGTCTGTGGGCTCTCTCTCCATCACAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGAGGTCCTTATGGCTAGATGGTCTGTGGGCTCTCTCTCCATCACAT  550

seq1  ACCTAAATAGAAATGGTAGCTAATAAACCAGACATGGTGATGAAAACTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAAATAGAAATGGTAGCTAATAAACCAGACATGGTGATGAAAACTCC  600

seq1  ATGAAAGGGAAGAGATTGGGAAGAGATGCCCAGGAGCTGCCAATGGGCAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAAGGGAAGAGATTGGGAAGAGATGCCCAGGAGCTGCCAATGGGCAA  650

seq1  CTTGCCACATTCCGCTGGACAATAGAGAGTGGCTCACCCTTGCTTGGACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCCACATTCCGCTGGACAATAGAGAGTGGCTCACCCTTGCTTGGACT  700

seq1  CTTAAGCAGCAGTCCTGTCTCCTTTCTAAGAATATCCCATCGGCTGCTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAGCAGCAGTCCTGTCTCCTTTCTAAGAATATCCCATCGGCTGCTTC  750

seq1  CCCTGCTACGGGGTTCCTCAGCTGTCATCATCTTGACCCCATCAGAGAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGCTACGGGGTTCCTCAGCTGTCATCATCTTGACCCCATCAGAGAGG  800

seq1  GACTTTGGCGAGCACATGGCCGCCATTGCCAGCCTCTTTCTATGACAACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTTGGCGAGCACATGGCCGCCATTGCCAGCCTCTTTCTATGACAACA  850

seq1  AGCTCAAGAGCCCAGGCAGCACTGTAGAGACTGGTGCTTTGGGCTTTTTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCAAGAGCCCAGGCAGCACTGTAGAGACTGGTGCTTTGGGCTTTTTG  900

seq1  CTTCTTAGAACAGTTCTTCCAGTGTATGTGCCTGTACTTACGGGACAGAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CTTCTTAGAACAGTTCTTCCAGTGTATGTGCCTGTACTTAC-GGACAGAG  949

seq1  CTGTCAAGCCTAAAGTCTCGGGCCTCTTGGACACTGACCTGCATTCTCAC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CTGTCAAGCCTAAAGTCTCGGGCCTCTTGGACACTGACCTGCATTCTCA-  998

seq1  CTCAGCACTCAAGCTAAGTACAGTGGCAACTGCACAGGCAGCTCTGACCG  1050
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CTCAGCACTCAAGCTAAGTACAGTGGCAACTGCACA-GCAGCTCTGACCG  1047

seq1  CACATTCACCTTGGCTAATTCTCACTGTATGGCAGAGAACTTTCCCTTTT  1100
      |||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||| || |||
seq2  CACATTCACCTTGGCTAATTCTCACTGT-TTGCAGAG-ACTTTTCCCTTT  1095

seq1  CACATGAGGTGT-CACACACATTTATTTTATGTGTGT  1136
      || |||||| || | ||||||||||||||||||||||
seq2  CA-ATGAGGGGTCCCCACACATTTATTTTATGTGTGT  1131

seq1: chr11_19783081_19784134
seq2: B6Ng01-226O11.g_67_1146 (reverse)

seq1  GCTAA-TCTTGATGG-TCA-GCTTGATTGGATCT--CAGACATCT-AAGT  44
      ||||| ||| ||||| ||| ||||||||||||||   |||||||| ||||
seq2  GCTAATTCTGGATGGTTCAGGCTTGATTGGATCTTCAAGACATCTAAAGT  50

seq1  -GATAAACCTCTAGGCA-GCTCTGTGAAG-ATG-AAGATGTAGAACTCTC  90
       ||||||||| |||||| ||||||||||| ||| |||||| |||||||||
seq2  GGATAAACCTTTAGGCAGGCTCTGTGAAGAATGAAAGATGAAGAACTCTC  100

seq1  AGCTTC-TCCTGCACC-ATGC-CTGCCTGG-ATGCTGCCATGTTCCCACC  136
      |||||| ||||||||| |||| | || ||| |||||||||||||||||||
seq2  AGCTTCTTCCTGCACCAATGCTCGGCTTGGAATGCTGCCATGTTCCCACC  150

seq1  TTGATGAT-AATGG-ACTGAACCTCTGAACCTGT-AAGCCAGCCCC--AA  181
      |||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||  | 
seq2  TTGATGATAAATGGAACTGAACCTCTGAACCTGTAAAGCCAGCCCCCAAT  200

seq1  TTAAATATTGTCCTTTATAAG-ACTTGCG-TTAGTC-ATGTTGTCTGTGC  228
      ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| | |||||||||||
seq2  TTAAATATTGTCCTTTATAAGAACTTGCGTTTAGTCAAGGTTGTCTGTGC  250

seq1  ACAGCAGT-AAAACCCTAACTAAGACGATGTCTATATATCTATATAAGAC  277
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCAGTAAAAACCCTAACTAAGACGATGTCTATATATCTATATAAGAC  300

seq1  TTTGGAAGCTTTTTCAATACACTGTGGGATAGATGATTTTGACTGTCAAC  327
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGAAGCTTTTTCAATACACTGTGGGATAGATGATTTTGACTGTCAAC  350

seq1  TTGGTAGCATTTAGAATCACCATGGATACAAATCGTTAGGCATGTCTGTG  377
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTAGCATTTAGAATCACCATGGATACAAATCGTTAGGCATGTCTGTG  400

seq1  AGAGTATCTAGTTTCAGTGCTAA-TTGAGATTGGAAGACCCACTGT-AAA  425
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||
seq2  AGAGTATCTAGTTTCAGTGCTAATTTGAGATTGGAAGACCCACTGTAAAA  450

seq1  CAAACCCTGGTGGTGTTGTGTTATCCCATGGATAAGGTCACACACTAAGT  475
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACCCTGGTGGTGTTGTGTTATCCCATGGATAAGGTCACACACTAAGT  500

seq1  TGGGGGTGGGGAATGAGTACAAGTATTCATTTTCTTCTGCTTCCTACTGT  525
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGGTGGGGAATGAGTACAAGTATTCATTTTCTTCTGCTTCCTACTGT  550

seq1  GGACTCAGTATGACAGGCTGTCTTCAGCTTCTGATGCCATGATTTCCCAT  575
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTCAGTATGACAGGCTGTCTTCAGCTTCTGATGCCATGATTTCCCAT  600

seq1  GATGCACTGTGCCTTAGAACTGTGAGCCAAGATAAGCCCTAGCTCCCTTC  625
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCACTGTGCCTTAGAACTGTGAGCCAAGATAAGCCCTAGCTCCCTTC  650

seq1  CATTGCTTTTGTCAGGATATTTTTTGTTACAGCGACAAGACAGTAACTAA  675
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGCTTTTGTCAGGATATTTTTTGTTACAGCGACAAGACAGTAACTAA  700

seq1  TACTGCTTAATGGGTTTCTGAGGGACCCTGGCTGCCTCTATCTCTTTCTC  725
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGCTTAATGGGTTTCTGAGGGACCCTGGCTGCCTCTATCTCTTTCTC  750

seq1  CCTTTTCACAAGATTATTCTATGGCTCTGCAGGTGCCTTGCATGAGAGAA  775
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTCACAAGATTATTCTATGGCTCTGCAGGTGCCTTGCATGAGAGAA  800

seq1  AGAACTCAGATGAATGTTGTTAATTGTATTGCAATTCATTTGTTTGTTTG  825
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTCAGATGAATGTTGTTAATTGTATTGCAATTCATTTGTTTGTTTG  850

seq1  GATTTTGTTTTTGTTTTTTTCCAAGACAGTTTCTCTGTGTAGTCTTGGCT  875
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTGTTTTTGTTTTTTTCCAAGACAGTTTCTCTGTGTAGTCTTGGCT  900

seq1  ATCCTGGAACTCACTCTGTAGCCCAGGCTGTTGTCAAGCCCAAAGAGATG  925
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGGAACTCACTCTGTAGCCCAGGCTGTTGTCAAGCCCAAAGAGATG  950

seq1  CCCCTGCCCCTGCCCCTGCCCCTGCCCCTGCCCCTGCCCCTGCCCCTGCC  975
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTGCCCCTGCCCCTGCCCCTGCCCCTGCCCCTGCCCCTGCCCCTGCC  1000

seq1  CCTGCCCCTGCCCCTGCCTCTGCCTCCCCCACTAGGATTAAAGGCATGTG  1025
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCCCTGCCCCTGCCTCTGCCTCCCCCACTAGGATTAAAGGCATGTG  1050

seq1  CCACCCCTGCC-TTGCTTGCATTGGAATTC  1054
      |||||||||||  |||||||||||||||||
seq2  CCACCCCTGCCAATGCTTGCATTGGAATTC  1080