BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-232E23
Chromosome11 (Build37)
Map Location 41,774,945 - 41,931,958
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGabrg2
Upstream geneLOC100039256, LOC100039285, Hspd1, LOC100039292
Downstream geneGabra1, Gabra6, Gabrb2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-232E23.bB6Ng01-232E23.g
ACCGA044679GA044680
length7961,181
definitionB6Ng01-232E23.b B6Ng01-232E23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(41,931,164 - 41,931,958)(41,774,945 - 41,776,122)
sequence
gaattctgtacaaaacaaaagttgctaactataaacaatattttaacact
gcttaattttagctattcttatactttaagaaataattaaaattttattc
ttattttgttattagaggtattacaccatgatttttcacaagataaagat
gtgatatactactgacctaccttccaacatgaaagacttttctacaaaag
aaagatcatcttctttaagtgttaaggctgcttttgatagaagaagatga
atgagaaggatagagtgagatgagaggtctggaccaaaattggacaactt
gaaagtcaaggcatgtgccgaagagtgcgcttcaaatgcaaggttcagcc
tgctgagcaaccatttcaaagtcagcacaaccagctaccattctggtaga
tacgcttcttttgatctaccaaaactggacctacatctatcgacagcagt
gaacgggggaccagctgttgctgcctctccatgactgggcatgaagcact
tagtactctgcaggctcatccactctcaacagtgcctttgacacatcatc
agctgtcatggcagtattcttgctcatatggtcatctatataggcacagg
agacatctttacattgtggtgtcaatggaatctcggcatctagacttgaa
agtgtgatgtttgtatatctggatatttagttctctttacattcaaaatt
ttagaaaatatatgtgtgtacatttgtctccctgtctatctctctgtgac
tgtctttgctctctctctctctctctctctctctctctctctctct
gaattcctggtttaaactctgtaaagtgggaaaaattaattctgcataac
ttattttaattcatgaaacagatatagttttatcaaagtaaattgtcaca
ttggatgacctgaagggataggggttgagaataaaaattcctatataaag
ttaggcaattgtgttctcacagggtaatggggttcaaggttggaaattta
tgggatttcaataatagttaaggtggtcatagtaactgtaatgaaatttc
tttccctttacaaagagcttcccacttttcacttggctttattttttcat
gtgggtgctgccgatacaaaaatcatatccctgagattatgcagcaagca
ttctaacccactgaatcatctagattcttttttttaaagttaaatagaac
acccaacttcattcctagagcaatcctgtaacagtggtgatgttgagctc
agatatagtgaatgatttctgagaagaacatatgagtatcaagagtagaa
gcagttttgaacaattgagtgaccaggatctaagggtgcatgcacactgt
caaagaaggttccatatagttttagtgcaagcaacagtaaaaacactaag
gggaagcatatacttgttaaagattttgtgtgacagaaataagatactgt
gtgtgggatctaggagaagatagtcagtgttgtgagagtttgattctcag
gacctacatgatgaaaacaggaggactaactccaatgggtttgaattgat
catcacatgcacagtgcagttctacacacacacacacacacacacacaca
cacacacacacacacacacaaaatgacatgtgctttttaaaaactctgtt
ggagagaaagaaaattaaaattgaacttgagtatgggctaggcaagatca
ttcaggcctatattagcagataaatttgtgacgagctgagaaaaatacag
aaaataatgctgaatgacacttgaacctcaagcataaagagaatgggttg
agtctttggcatatgctggtcttttgatataccaaggggctccacagcac
ctgccatgggagccaaatagtgtaattaagaaaaccaagctctgggagcc
agccaaataaatcatactctgccatgtctctcatcctcccaaagacttga
accctcaaagtctacttgaaagagcgtgcta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_41931164_41931958
seq2: B6Ng01-232E23.b_40_835 (reverse)

seq1  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCAAAGACAGTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCAAAGACAGTCA  50

seq1  CAGAGAGATAGACAGGGAGACAAATGTACACACATATA-TTTCTAAAATT  99
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CAGAGAGATAGACAGGGAGACAAATGTACACACATATATTTTCTAAAATT  100

seq1  TTGAATGTAAAGAGAACTAAATATCCAGATATACAAACATCACACTTTCA  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATGTAAAGAGAACTAAATATCCAGATATACAAACATCACACTTTCA  150

seq1  AGTCTAGATGCCGAGATTCCATTGACACCACAATGTAAAGATGTCTCCTG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTAGATGCCGAGATTCCATTGACACCACAATGTAAAGATGTCTCCTG  200

seq1  TGCCTATATAGATGACCATATGAGCAAGAATACTGCCATGACAGCTGATG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTATATAGATGACCATATGAGCAAGAATACTGCCATGACAGCTGATG  250

seq1  ATGTGTCAAAGGCACTGTTGAGAGTGGATGAGCCTGCAGAGTACTAAGTG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTCAAAGGCACTGTTGAGAGTGGATGAGCCTGCAGAGTACTAAGTG  300

seq1  CTTCATGCCCAGTCATGGAGAGGCAGCAACAGCTGGTCCCCCGTTCACTG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATGCCCAGTCATGGAGAGGCAGCAACAGCTGGTCCCCCGTTCACTG  350

seq1  CTGTCGATAGATGTAGGTCCAGTTTTGGTAGATCAAAAGAAGCGTATCTA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCGATAGATGTAGGTCCAGTTTTGGTAGATCAAAAGAAGCGTATCTA  400

seq1  CCAGAATGGTAGCTGGTTGTGCTGACTTTGAAATGGTTGCTCAGCAGGCT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAATGGTAGCTGGTTGTGCTGACTTTGAAATGGTTGCTCAGCAGGCT  450

seq1  GAACCTTGCATTTGAAGCGCACTCTTCGGCACATGCCTTGACTTTCAAGT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCTTGCATTTGAAGCGCACTCTTCGGCACATGCCTTGACTTTCAAGT  500

seq1  TGTCCAATTTTGGTCCAGACCTCTCATCTCACTCTATCCTTCTCATTCAT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCAATTTTGGTCCAGACCTCTCATCTCACTCTATCCTTCTCATTCAT  550

seq1  CTTCTTCTATCAAAAGCAGCCTTAACACTTAAAGAAGATGATCTTTCTTT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTCTATCAAAAGCAGCCTTAACACTTAAAGAAGATGATCTTTCTTT  600

seq1  TGTAGAAAAGTCTTTCATGTTGGAAGGTAGGTCAGTAGTATATCACATCT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGAAAAGTCTTTCATGTTGGAAGGTAGGTCAGTAGTATATCACATCT  650

seq1  TTATCTTGTGAAAAATCATGGTGTAATACCTCTAATAACAAAATAAGAAT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTTGTGAAAAATCATGGTGTAATACCTCTAATAACAAAATAAGAAT  700

seq1  AAAATTTTAATTATTTCTTAAAGTATAAGAATAGCTAAAATTAAGCAGTG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTTTAATTATTTCTTAAAGTATAAGAATAGCTAAAATTAAGCAGTG  750

seq1  TTAAAATATTGTTTATAGTTAGCAACTTTTGTTTTGTACAGAATTC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAATATTGTTTATAGTTAGCAACTTTTGTTTTGTACAGAATTC  796

seq1: chr11_41774945_41776122
seq2: B6Ng01-232E23.g_66_1246

seq1  GAATTCCTGGTTTAAACTCTGTAAAGTGGGAAAAATTAATTCTGCATAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGGTTTAAACTCTGTAAAGTGGGAAAAATTAATTCTGCATAAC  50

seq1  TTATTTTAATTCATGAAACAGATATAGTTTTATCAAAGTAAATTGTCACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTAATTCATGAAACAGATATAGTTTTATCAAAGTAAATTGTCACA  100

seq1  TTGGATGACCTGAAGGGATAGGGGTTGAGAATAAAAATTCCTATATAAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGATGACCTGAAGGGATAGGGGTTGAGAATAAAAATTCCTATATAAAG  150

seq1  TTAGGCAATTGTGTTCTCACAGGGTAATGGGGTTCAAGGTTGGAAATTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGCAATTGTGTTCTCACAGGGTAATGGGGTTCAAGGTTGGAAATTTA  200

seq1  TGGGATTTCAATAATAGTTAAGGTGGTCATAGTAACTGTAATGAAATTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATTTCAATAATAGTTAAGGTGGTCATAGTAACTGTAATGAAATTTC  250

seq1  TTTCCCTTTACAAAGAGCTTCCCACTTTTCACTTGGCTTTATTTTTTCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCTTTACAAAGAGCTTCCCACTTTTCACTTGGCTTTATTTTTTCAT  300

seq1  GTGGGTGCTGCCGATACAAAAATCATATCCCTGAGATTATGCAGCAAGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGTGCTGCCGATACAAAAATCATATCCCTGAGATTATGCAGCAAGCA  350

seq1  TTCTAACCCACTGAATCATCTAGATTCTTTTTTTTAAAGTTAAATAGAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAACCCACTGAATCATCTAGATTCTTTTTTTTAAAGTTAAATAGAAC  400

seq1  ACCCAACTTCATTCCTAGAGCAATCCTGTAACAGTGGTGATGTTGAGCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAACTTCATTCCTAGAGCAATCCTGTAACAGTGGTGATGTTGAGCTC  450

seq1  AGATATAGTGAATGATTTCTGAGAAGAACATATGAGTATCAAGAGTAGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATAGTGAATGATTTCTGAGAAGAACATATGAGTATCAAGAGTAGAA  500

seq1  GCAGTTTTGAACAATTGAGTGACCAGGATCTAAGGGTGCATGCACACTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTTTTGAACAATTGAGTGACCAGGATCTAAGGGTGCATGCACACTGT  550

seq1  CAAAGAAGGTTCCATATAGTTTTAGTGCAAGCAACAGTAAAAACACTAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGAAGGTTCCATATAGTTTTAGTGCAAGCAACAGTAAAAACACTAAG  600

seq1  GGGAAGCATATACTTGTTAAAGATTTTGTGTGACAGAAATAAGATACTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGCATATACTTGTTAAAGATTTTGTGTGACAGAAATAAGATACTGT  650

seq1  GTGTGGGATCTAGGAGAAGATAGTCAGTGTTGTGAGAGTTTGATTCTCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGGGATCTAGGAGAAGATAGTCAGTGTTGTGAGAGTTTGATTCTCAG  700

seq1  GACCTACATGATGAAAACAGGAGGACTAACTCCAATGGGTTTGAATTGAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTACATGATGAAAACAGGAGGACTAACTCCAATGGGTTTGAATTGAT  750

seq1  CATCACATGCACAGTGCAGTTCTACACACACACACACACACACACACACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCACATGCACAGTGCAGTTCTACACACACACACACACACACACACACA  800

seq1  CACACACACACACACACACAAAATGACATGTGC-TTTTAAAAACTCTGTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACAAAATGACATGTGCTTTTTAAAAACTCTGTT  850

seq1  GGAGAGAAAGAAAATTAAAATTGAACTTGAGTATGGGCTAGGCAAGATCA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGAAAGAAAATTAAAATTGAACTTGAGTATGGGCTAGGCAAGATCA  900

seq1  TTTCAGGCCTATATTAGCAGATAAATTTTGTGACGAGCTGAG-AAAATAC  948
       |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||
seq2  -TTCAGGCCTATATTAGCAGATAAA-TTTGTGACGAGCTGAGAAAAATAC  948

seq1  AGAAAATAATGCTGAATGACACTGGAACCTCAAGCAGTAGAGAGAATGGG  998
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||
seq2  AGAAAATAATGCTGAATGACACTTGAACCTCAAGCA-TAAAGAGAATGGG  997

seq1  TTGAGTTCTTGGCATATGCTGGCCTTT--GTATACC-AGGGGCT-CACAG  1044
      ||||||  |||||||||||||| ||||   |||||| ||||||| |||||
seq2  TTGAGTCTTTGGCATATGCTGGTCTTTTGATATACCAAGGGGCTCCACAG  1047

seq1  CACCAG-CATGGGAGCAAAATAGTGTAATAAGAAAAACCAAGCTCCTTGG  1093
      |||| | ||||||||| |||||||||||| |  ||||||||||| || ||
seq2  CACCTGCCATGGGAGCCAAATAGTGTAATTAAGAAAACCAAGCT-CTGGG  1096

seq1  AGCAGGCCAAATAAATTCATACTCTGCACATGCCCTCCATCCTCACAAAG  1143
      |||  |||||||||| ||||||||||| |||| |   ||||||| |||||
seq2  AGCCAGCCAAATAAA-TCATACTCTGC-CATGTCTCTCATCCTCCCAAAG  1144

seq1  ATTTTAAACACTCAAAGTC-ACT--GAAGAGCGTGCTA  1178
      |  || ||| ||||||||| |||   ||||||||||||
seq2  A-CTTGAACCCTCAAAGTCTACTTGAAAGAGCGTGCTA  1181