BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-235J06
Chromosome11 (Build37)
Map Location 4,888,393 - 5,018,561
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAp1b1, Rasl10a, Gas2l1, Ewsr1, Rhbdd3, Emid1
Upstream geneGal3st1, Sec14l4, Sec14l3, 1700020C11Rik, Sec14l2, LOC625729, Rnf215, 4930562D19Rik, Sf3a1, Tbc1d10a, 2410008K03Rik, LOC625760, Osm, Lif, Hormad2, Mtmr3, LOC100041006, OTTMUSG00000005065, Ascc2, 1110020P15Rik, Zmat5, Cabp7, Nf2, Nipsnap1, Thoc5, Nefh
Downstream geneKremen1, Znrf3, LOC100042016, LOC382478, Xbp1, Ccdc117, LOC100041183, Ankrd36, LOC665181, Mrps24, 2010005J08Rik, 2210015D19Rik, Dbnl, Pgam2, Polm, Aebp1, Pold2, Myl7, Gck, Ykt6, Camk2b, LOC100042156, Nudcd3
LinkOpen Mouse BAC browser

no map image available.



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-235J06.bB6Ng01-235J06.g
ACCGA047020GA047021
length1,0861,032
definitionB6Ng01-235J06.b B6Ng01-235J06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(4,888,393 - 4,889,476)(5,017,536 - 5,018,561)
sequence
gaattcatagcagcccttttgccttagactcccaagttctaggattgatt
acagagctgaaccaccacacccagctagctcctctgtctgtctgtctgtc
tgtctgtcatgagctctgtgatgtttttctagtcccattggattcacaga
aacttaataatgtcaccttatccctatccttccaagggataattgaagat
aaagcaacttgtaggggcataaacagaggtctgcgtcttaggaactgtca
agagggctttgctagtccccaagaatcagaccttccgtgtctctgtagag
atcatctgatgagtgtgggttgactggaagcttcacaccgagtagtctga
agggctcagaggtccagaggaatgagcactcactccctgccagtcagctc
ctggctctagccccaggtcagcagcttcccagttgtgtgacctggataac
tcaacttcagcagggtttctatcctaataaaatatgtagatacggtggta
gagcacttccccagcgtttgcaaggctggtttctattcccagcaccaaga
aaaataagggttttggggagacgtggtggtccatgcctgcagccccagtc
agcactcataaagctgagctgggaggaggcccgcgtgatctgcatggtaa
gtaccagccatggctacataaaaagaccttgtctcagaatggtcctaaga
aagcactgctgagcacctccatccagtgtctgaggtgttgggtgaggata
tcttgcagagcacattactgttgaccctgagccatggtacctgctgggtc
ctgtgtctgaggaaggctgtctgccctgtaaggttccttattgcttcctt
ctccgactagacctttaaatactaaggacctctcccgctcatctcacttc
tcttcctaaaagtagttgagaacagttgttgtgagtctagcttgcctggg
ttggacttttcatcttctgcaatatctgactgcttcacttccctcacttc
ttggcacccgagcctgcagtgcctgacagaagcagcatgcttattagttg
atgtgcttcagatgctgagggttacttggttccctt

gaattcttatctagctaacttaggctggccttgaattcataacaggcaac
ccatgtgccttggcctccccaaagcttgggttacaggcatgcatcactag
acggtctagcctgaatcattctggttttaaagatttctttattgtgttat
atatacagtgttctgtaattcatgtgtgcttgcatgccagaagagggcgt
cggatcccatcacagatggctgtgagccaccatgtggttgctgggaactg
aactcaggacctctggaagagcaggcagtgctcttaaccactgagccatc
tctctaacctccccctcccccactgattcttttaaaacattcttttaggg
agctgaagaaatggctcagtggttaagtgcataactgctccctctgagga
cttgagttcagtttccagtacccattttagatggctcacagccacctgca
accccagctctggggcctctattggagtctacactcatgtgctcatagtc
tttaaaaaacagctttttaatctttaggaaatgtttaggtttttttattt
tatttactgttattgtgtatttagtgatgggagcatgtgtgaaagacagg
gcacagttcagctctctcctcccactgtgggttccgggacccacttggcc
aggtttgctgaaccatctcatggtccagaatatctgtcatagatatttta
ttaatttttttacagcttctttttatgcatatgagtgttttgcctgcatg
tatgtctgtgcaccacatgcaagcctgcttgctgcctgcagaggtcggaa
gagggtgtcagattccctgaaactggagttacagatggttgtggtcttcc
atgtgggtgctgagaattgaacttgggttccctgtgggagcatccagtgc
tcttaagcactgagccatctctccagcccgacatggatgtttaaattccc
ttgtctcctacttacaacaccacgtttagcctatgagcgttttctgttga
ctgatcttttctcctacgtgctcatctgtgta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_4888393_4889476
seq2: B6Ng01-235J06.b_47_1132

seq1  GAATTCATAGCAGCCCTTTTGCCTTAGACTCCCAAGTTCTAGGATTGATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATAGCAGCCCTTTTGCCTTAGACTCCCAAGTTCTAGGATTGATT  50

seq1  ACAGAGCTGAACCACCACACCCAGCTAGCTCCTCTGTCTGTCTGTCTGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGCTGAACCACCACACCCAGCTAGCTCCTCTGTCTGTCTGTCTGTC  100

seq1  TGTCTGTCATGAGCTCTGTGATGTTTTTCTAGTCCCATTGGATTCACAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGTCATGAGCTCTGTGATGTTTTTCTAGTCCCATTGGATTCACAGA  150

seq1  AACTTAATAATGTCACCTTATCCCTATCCTTCCAAGGGATAATTGAAGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTAATAATGTCACCTTATCCCTATCCTTCCAAGGGATAATTGAAGAT  200

seq1  AAAGCAACTTGTAGGGGCATAAACAGAGGTCTGCGTCTTAGGAACTGTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAACTTGTAGGGGCATAAACAGAGGTCTGCGTCTTAGGAACTGTCA  250

seq1  AGAGGGCTTTGCTAGTCCCCAAGAATCAGACCTTCCGTGTCTCTGTAGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGGCTTTGCTAGTCCCCAAGAATCAGACCTTCCGTGTCTCTGTAGAG  300

seq1  ATCATCTGATGAGTGTGGGTTGACTGGAAGCTTCACACCGAGTAGTCTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATCTGATGAGTGTGGGTTGACTGGAAGCTTCACACCGAGTAGTCTGA  350

seq1  AGGGCTCAGAGGTCCAGAGGAATGAGCACTCACTCCCTGCCAGTCAGCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCTCAGAGGTCCAGAGGAATGAGCACTCACTCCCTGCCAGTCAGCTC  400

seq1  CTGGCTCTAGCCCCAGGTCAGCAGCTTCCCAGTTGTGTGACCTGGATAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTCTAGCCCCAGGTCAGCAGCTTCCCAGTTGTGTGACCTGGATAAC  450

seq1  TCAACTTCAGCAGGGTTTCTATCCTAATAAAATATGTAGATACGGTGGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACTTCAGCAGGGTTTCTATCCTAATAAAATATGTAGATACGGTGGTA  500

seq1  GAGCACTTCCCCAGCGTTTGCAAGGCTGGTTTCTATTCCCAGCACCAAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCACTTCCCCAGCGTTTGCAAGGCTGGTTTCTATTCCCAGCACCAAGA  550

seq1  AAAATAAGGGTTTTGGGGAGACGTGGTGGTCCATGCCTGCAGCCCCAGTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAAGGGTTTTGGGGAGACGTGGTGGTCCATGCCTGCAGCCCCAGTC  600

seq1  AGCACTCATAAAGCTGAGCTGGGAGGAGGCCCGCGTGATCTGCATGGTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTCATAAAGCTGAGCTGGGAGGAGGCCCGCGTGATCTGCATGGTAA  650

seq1  GTACCAGCCATGGCTACATAAAAAGACCTTGTCTCAGAATGGTCCTAAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCAGCCATGGCTACATAAAAAGACCTTGTCTCAGAATGGTCCTAAGA  700

seq1  AAGCACTGCTGAGCACCTCCATCCAGTGTCTGAGGTGTTGGGTGAGGATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCACTGCTGAGCACCTCCATCCAGTGTCTGAGGTGTTGGGTGAGGATA  750

seq1  TCTTGCAGAGCACATTACTGTTGACCCTGAGCCATGGTACCTGCTGGGTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGCAGAGCACATTACTGTTGACCCTGAGCCATGGTACCTGCTGGGTC  800

seq1  CTGTGTCTGAGGAAGGCTGTCTGCCCTGTAAGGTTCCTTATTGCTTCCTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTCTGAGGAAGGCTGTCTGCCCTGTAAGGTTCCTTATTGCTTCCTT  850

seq1  CTCCGACTAGACCTTTAAATACTAAGGACCTCTCCCGCTCATCTCACTTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCGACTAGACCTTTAAATACTAAGGACCTCTCCCGCTCATCTCACTTC  900

seq1  TCTTCCTAAAAGTAGTTGAGAACAGTTTGTTGTGAGTCTAGCTTGGCCTG  950
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||
seq2  TCTTCCTAAAAGTAGTTGAGAACAG-TTGTTGTGAGTCTAGCTT-GCCTG  948

seq1  GGTTGGAC-TTTCATCTTCTGC-ATATCTGACTGC-TCACTTCCCCCCAC  997
      |||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |   
seq2  GGTTGGACTTTTCATCTTCTGCAATATCTGACTGCTTCACTTCCCTCACT  998

seq1  TC-TGGCACCCGAGCCTGCAGTG-CTGACAGGAAGCAGGCATGGTTTATA  1045
      || |||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||| ||  ||
seq2  TCTTGGCACCCGAGCCTGCAGTGCCTGACA-GAAGCA-GCATGCTTATTA  1046

seq1  GTTGATGTGCTTCAGATGGCTGAGGGGTACTTG--TCCCTT  1084
      ||||||||||||||||| |||||||| ||||||  ||||||
seq2  GTTGATGTGCTTCAGAT-GCTGAGGGTTACTTGGTTCCCTT  1086


seq1: chr11_5017536_5018561
seq2: B6Ng01-235J06.g_68_1099 (reverse)

seq1  TACA-AGATGAGCACGTAAGAG-AAAGATCAGTCAACAG-AAACGCTCAT  47
      |||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TACACAGATGAGCACGTAGGAGAAAAGATCAGTCAACAGAAAACGCTCAT  50

seq1  A-GCT-AACGTGGTGTTGTAAGTAGGAGACAA-GGAATTTAAACATCCAT  94
      | ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AGGCTAAACGTGGTGTTGTAAGTAGGAGACAAGGGAATTTAAACATCCAT  100

seq1  GTCGGGGCTGGAGAGATGGCTCAGTGCTTAAGAGCACTGGATGCTCCCAC  144
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTC-GGGCTGGAGAGATGGCTCAGTGCTTAAGAGCACTGGATGCTCCCAC  149

seq1  AGGGAACCCAAGTTCAATTCTCAGCACCCACATGGAAGACCACAACCATC  194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAACCCAAGTTCAATTCTCAGCACCCACATGGAAGACCACAACCATC  199

seq1  TGTAACTCCAGTTTCAGGGAATCTGACACCCTCTTCCGACCTCTGCAGGC  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAACTCCAGTTTCAGGGAATCTGACACCCTCTTCCGACCTCTGCAGGC  249

seq1  AGCAAGCAGGCTTGCATGTGGTGCACAGACATACATGCAGGCAAAACACT  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGCAGGCTTGCATGTGGTGCACAGACATACATGCAGGCAAAACACT  299

seq1  CATATGCATAAAAAGAAGCTGT-AAAAAATTAATAAAATATCTATGACAG  343
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGCATAAAAAGAAGCTGTAAAAAAATTAATAAAATATCTATGACAG  349

seq1  ATATTCTGGACCATGAGATGGTTCAGCAAACCTGGCCAAGTGGGTCCCGG  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTCTGGACCATGAGATGGTTCAGCAAACCTGGCCAAGTGGGTCCCGG  399

seq1  AACCCACAGTGGGAGGAGAGAGCTGAACTGTGCCCTGTCTTTCACACATG  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCACAGTGGGAGGAGAGAGCTGAACTGTGCCCTGTCTTTCACACATG  449

seq1  CTCCCATCACTAAATACACAATAACAGTAAATAAAATAAAAAAACCTAAA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCATCACTAAATACACAATAACAGTAAATAAAATAAAAAAACCTAAA  499

seq1  CATTTCCTAAAGATTAAAAAGCTGTTTTTTAAAGACTATGAGCACATGAG  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCCTAAAGATTAAAAAGCTGTTTTTTAAAGACTATGAGCACATGAG  549

seq1  TGTAGACTCCAATAGAGGCCCCAGAGCTGGGGTTGCAGGTGGCTGTGAGC  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGACTCCAATAGAGGCCCCAGAGCTGGGGTTGCAGGTGGCTGTGAGC  599

seq1  CATCTAAAATGGGTACTGGAAACTGAACTCAAGTCCTCAGAGGGAGCAGT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTAAAATGGGTACTGGAAACTGAACTCAAGTCCTCAGAGGGAGCAGT  649

seq1  TATGCACTTAACCACTGAGCCATTTCTTCAGCTCCCTAAAAGAATGTTTT  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCACTTAACCACTGAGCCATTTCTTCAGCTCCCTAAAAGAATGTTTT  699

seq1  AAAAGAATCAGTGGGGGAGGGGGAGGTTAGAGAGATGGCTCAGTGGTTAA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAATCAGTGGGGGAGGGGGAGGTTAGAGAGATGGCTCAGTGGTTAA  749

seq1  GAGCACTGCCTGCTCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAGTTCCCAGCAACCAC  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCACTGCCTGCTCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAGTTCCCAGCAACCAC  799

seq1  ATGGTGGCTCACAGCCATCTGTGATGGGATCCGACGCCCTCTTCTGGCAT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTGGCTCACAGCCATCTGTGATGGGATCCGACGCCCTCTTCTGGCAT  849

seq1  GCAAGCACACATGAATTACAGAACACTGTATATATAACACAATAAAGAAA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGCACACATGAATTACAGAACACTGTATATATAACACAATAAAGAAA  899

seq1  TCTTTAAAACCAGAATGATTCAGGCTAGACCGTCTAGTGATGCATGCCTG  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTAAAACCAGAATGATTCAGGCTAGACCGTCTAGTGATGCATGCCTG  949

seq1  TAACCCAAGCTTTGGGGAGGCCAAGGCACATGGGTTGCCTGTTATGAATT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCCAAGCTTTGGGGAGGCCAAGGCACATGGGTTGCCTGTTATGAATT  999

seq1  CAAGGCCAGCCTAAGTTAGCTAGATAAGAATTC  1026
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGCCAGCCTAAGTTAGCTAGATAAGAATTC  1032


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |