BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-235N11
Chromosome11 (Build37)
Map Location 3,586,042 - 3,779,052
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMorc2a, LOC664900, Osbp2, LOC664920
Upstream geneLOC236604, Sfi1, LOC623257, Eif4enif1, Drg1, Patz1, Pik3ip1, Limk2, Rnf185, 8430429K09Rik, LOC100041573, Pla2g3, Pib5pa, Selm, Smtn, Map1lc3-5, LOC625608, Tug1
Downstream gene4921536K21Rik, Dusp18, Slc35e4, Tcn2, LOC100041720, Pes1, Gal3st1, Sec14l4, Sec14l3, 1700020C11Rik, Sec14l2, LOC625729, Rnf215, 4930562D19Rik, Sf3a1, Tbc1d10a, 2410008K03Rik, LOC625760, Osm, Lif, Hormad2, Mtmr3, LOC100041006, OTTMUSG00000005065, Ascc2, 1110020P15Rik, Zmat5, Cabp7, Nf2, Nipsnap1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-235N11.bB6Ng01-235N11.g
ACCGA047215GA047216
length9771,112
definitionB6Ng01-235N11.b B6Ng01-235N11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(3,778,078 - 3,779,052)(3,586,042 - 3,587,149)
sequence
gaattcaggcttccggcagccacagcccatctccatccccttggagggac
agccatactctgggaaaattgttgcttaacataggtgtatagatcgttca
tgtgctcgcctctgtctatgttggtgaggtcagtcacatgacagctaggg
tgaggtcagtcacgtgacagtatgatgccagctgtctaccgagggggatg
ttggtgaggtcagtcacatgactaagctagggtaagctcagtcacgtgac
agtatgatgccaggtgctgacagggcttctgaagcccagtggtagctcct
ggtagacactctgcagaggaaatgctgctggccatctccatcacggagac
tgattctaacagccagagtgttgctgaggagacagtcctctgggctgtga
ggtccctacctcctcctcactatgtgatccctgagaaagcgtgcactcgc
tggctttcccatgcagcagccttgcctttcgtggcctggactcgtgcatt
gcttctgtacttctctgtggatgcagctacacctggctgtagagtggaat
cacagcggggacatgagggcacccttccttcccagctttttatctttatt
gtttgagataggccatcctggatctccttatgtagaccaggctggcctct
gtctgctgatcgcctggattaaaagcaggtgccaccaggcctggctctca
agagaaacctaggcttcttttttaattttgcagaaaattcttcctggaca
aactgacaaaaatcaggtcctaatgaagccagctagctcaaatcagatgg
atcaagattatcaagagggtcagagaatagccaacaaatctaagctctgc
tcttttactctggcgggatggcagactagctggcttagacatcttcattt
accccattttggttcttcttcctaggagctaagaataaagggaggatgca
gtgtgaagctgtgtgtgtgtgtgtgtg
gaattcagaagaactaatatcttttcctctggtgagtctgacccaatttt
tgctttttacacctaagtgcctgtacatgcttattatcgctgtctcatca
acttcccttctctctgagagacgatctgagtcgataggactgatgttcaa
aaaggacagacagcttgagactcctttacaagtgcacccctcccctcccc
acttctttctcagacctgtcctaggtaacattgatgagattagactctct
ctacctaaaaacatgagacttggagagaggtaaagagagattaacggcat
gtagagatgagcatgagagcccgggtagctcagtggactttctgtatcca
ccatcttaaagtttgctagaggtggagttgctgcttctgggtagctggcc
ataaggctgagagaaatgttgctgagaggcagtgcccagagagtcttggc
agcttgggtagagaaggaaaacccttatctaaaaacctaaccaaacaatc
aaacaactccactagggcttcaagtgcaggggactctgaagtggggcagg
aggcttttgtgagcacaataggctggaaagggttggggaaaatgatacat
cttgaacctcatttttatgtaggaaatggagctgaaggaattgttgatct
gaactatgctgagggccagatagtaaataacaggtttgtaggctgtctag
tatctgctaactacgaagttctgtaattacagcatgaaagtagccagagg
cagtctatcaagcaatagctttatttacagaaacatgcaataagctgatt
gtgtctgctgaccttgctgttacaggggcacaagacccaccacattcttg
ttacacagtaagcccagcctaggctttggcttttactcttgtttagacca
ggcttttccaggaggttctaggagaaagacctcttccttacagtttgaat
ttgtaccctttgggcatcaaatcgtgaaattcaaagcaaaagcccaaggc
acagcagaacctcagcagcaggcactgtactcagccaaaacagtcagtct
gtgactgtccaagtctaaaaataattctagcctggttttttgcaaatgct
taaccagggggc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_3778078_3779052
seq2: B6Ng01-235N11.b_53_1029 (reverse)

seq1  CACACACACACACACACAGCCTCACACTGCATCCTCCC-TTATTCTTAGC  49
      |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CACACACACACACACACAGCTTCACACTGCATCCTCCCTTTATTCTTAGC  50

seq1  TCCTAGGAAGAAGAACC-AAATGGGGTAAATGAAGATGTCTAAGCCAGCT  98
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAGGAAGAAGAACCAAAATGGGGTAAATGAAGATGTCTAAGCCAGCT  100

seq1  AGTCTGCCATCCCGCCAGAGT-AAAGAGCAGAGCTTAGATTTGTTGGCTA  147
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTGCCATCCCGCCAGAGTAAAAGAGCAGAGCTTAGATTTGTTGGCTA  150

seq1  TTCTCTGACCCTCTTGATAATCTTGATCCATCTGATTTGAGCTAGCTGGC  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTGACCCTCTTGATAATCTTGATCCATCTGATTTGAGCTAGCTGGC  200

seq1  TTCATTAGGACCTGATTTTTTGTCAGTTTGTCCAGGAAGAATTTTCTGCA  247
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTAGGACCTGA-TTTTTGTCAGTTTGTCCAGGAAGAATTTTCTGCA  249

seq1  AAATTAAAAAAGAAGCCTAGGTTTCTCTTGAGAGCCAGGCCTGGTGGCAC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTAAAAAAGAAGCCTAGGTTTCTCTTGAGAGCCAGGCCTGGTGGCAC  299

seq1  CTGCTTTTAATCCAGGCGATCAGCAGACAGAGGCCAGCCTGGTCTACATA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTTTAATCCAGGCGATCAGCAGACAGAGGCCAGCCTGGTCTACATA  349

seq1  AGGAGATCCAGGATGGCCTATCTCAAACAATAAAGATAAAAAGCTGGGAA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGATCCAGGATGGCCTATCTCAAACAATAAAGATAAAAAGCTGGGAA  399

seq1  GGAAGGGTGCCCTCATGTCCCCGCTGTGATTCCACTCTACAGCCAGGTGT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGGTGCCCTCATGTCCCCGCTGTGATTCCACTCTACAGCCAGGTGT  449

seq1  AGCTGCATCCACAGAGAAGTACAGAAGCAATGCACGAGTCCAGGCCACGA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGCATCCACAGAGAAGTACAGAAGCAATGCACGAGTCCAGGCCACGA  499

seq1  AAGGCAAGGCTGCTGCATGGGAAAGCCAGCGAGTGCACGCTTTCTCAGGG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCAAGGCTGCTGCATGGGAAAGCCAGCGAGTGCACGCTTTCTCAGGG  549

seq1  ATCACATAGTGAGGAGGAGGTAGGGACCTCACAGCCCAGAGGACTGTCTC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACATAGTGAGGAGGAGGTAGGGACCTCACAGCCCAGAGGACTGTCTC  599

seq1  CTCAGCAACACTCTGGCTGTTAGAATCAGTCTCCGTGATGGAGATGGCCA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCAACACTCTGGCTGTTAGAATCAGTCTCCGTGATGGAGATGGCCA  649

seq1  GCAGCATTTCCTCTGCAGAGTGTCTACCAGGAGCTACCACTGGGCTTCAG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCATTTCCTCTGCAGAGTGTCTACCAGGAGCTACCACTGGGCTTCAG  699

seq1  AAGCCCTGTCAGCACCTGGCATCATACTGTCACGTGACTGAGCTTACCCT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCCTGTCAGCACCTGGCATCATACTGTCACGTGACTGAGCTTACCCT  749

seq1  AGCTTAGTCATGTGACTGACCTCACCAACATCCCCCTCGGTAGACAGCTG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTAGTCATGTGACTGACCTCACCAACATCCCCCTCGGTAGACAGCTG  799

seq1  GCATCATACTGTCACGTGACTGACCTCACCCTAGCTGTCATGTGACTGAC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCATACTGTCACGTGACTGACCTCACCCTAGCTGTCATGTGACTGAC  849

seq1  CTCACCAACATAGACAGAGGCGAGCACATGAACGATCTATACACCTATGT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACCAACATAGACAGAGGCGAGCACATGAACGATCTATACACCTATGT  899

seq1  TAAGCAACAATTTTCCCAGAGTATGGCTGTCCCTCCAAGGGGATGGAGAT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCAACAATTTTCCCAGAGTATGGCTGTCCCTCCAAGGGGATGGAGAT  949

seq1  GGGCTGTGGCTGCCGGAAGCCTGAATTC  975
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTGTGGCTGCCGGAAGCCTGAATTC  977

seq1: chr11_3586042_3587149
seq2: B6Ng01-235N11.g_72_1183

seq1  GAATTCAGAAGAACTAATATCTTTTCCTCTGGTGAGTCTGACCCAATTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAAGAACTAATATCTTTTCCTCTGGTGAGTCTGACCCAATTTT  50

seq1  TGCTTTTTACACCTAAGTGCCTGTACATGCTTATTATCGCTGTCTCATCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTTTACACCTAAGTGCCTGTACATGCTTATTATCGCTGTCTCATCA  100

seq1  ACTTCCCTTCTCTCTGAGAGACGATCTGAGTCGATAGGACTGATGTTCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCCCTTCTCTCTGAGAGACGATCTGAGTCGATAGGACTGATGTTCAA  150

seq1  AAAGGACAGACAGCTTGAGACTCCTTTACAAGTGCACCCCTCCCCTCCCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGACAGACAGCTTGAGACTCCTTTACAAGTGCACCCCTCCCCTCCCC  200

seq1  ACTTCTTTCTCAGACCTGTCCTAGGTAACATTGATGAGATTAGACTCTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTTTCTCAGACCTGTCCTAGGTAACATTGATGAGATTAGACTCTCT  250

seq1  CTACCTAAAAACATGAGACTTGGAGAGAGGTAAAGAGAGATTAACGGCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCTAAAAACATGAGACTTGGAGAGAGGTAAAGAGAGATTAACGGCAT  300

seq1  GTAGAGATGAGCATGAGAGCCCGGGTAGCTCAGTGGACTTTCTGTATCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAGATGAGCATGAGAGCCCGGGTAGCTCAGTGGACTTTCTGTATCCA  350

seq1  CCATCTTAAAGTTTGCTAGAGGTGGAGTTGCTGCTTCTGGGTAGCTGGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTTAAAGTTTGCTAGAGGTGGAGTTGCTGCTTCTGGGTAGCTGGCC  400

seq1  ATAAGGCTGAGAGAAATGTTGCTGAGAGGCAGTGCCCAGAGAGTCTTGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGGCTGAGAGAAATGTTGCTGAGAGGCAGTGCCCAGAGAGTCTTGGC  450

seq1  AGCTTGGGTAGAGAAGGAAAACCCTTATCTAAAAACCTAACCAAACAATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTGGGTAGAGAAGGAAAACCCTTATCTAAAAACCTAACCAAACAATC  500

seq1  AAACAACTCCACTAGGGCTTCAAGTGCAGGGGACTCTGAAGTGGGGCAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAACTCCACTAGGGCTTCAAGTGCAGGGGACTCTGAAGTGGGGCAGG  550

seq1  AGGCTTTTGTGAGCACAATAGGCTGGAAAGGGTTGGGGAAAATGATACAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTTTTGTGAGCACAATAGGCTGGAAAGGGTTGGGGAAAATGATACAT  600

seq1  CTTGAACCTCATTTTTATGTAGGAAATGGAGCTGAAGGAATTGTTGATCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAACCTCATTTTTATGTAGGAAATGGAGCTGAAGGAATTGTTGATCT  650

seq1  GAACTATGCTGAGGGCCAGATAGTAAATAACAGGTTTGTAGGCTGTCTAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTATGCTGAGGGCCAGATAGTAAATAACAGGTTTGTAGGCTGTCTAG  700

seq1  TATCTGCTAACTACGAAGTTCTGTAATTACAGCATGAAAGTAGCCAGAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTGCTAACTACGAAGTTCTGTAATTACAGCATGAAAGTAGCCAGAGG  750

seq1  CAGTCTATCAAGCAATAGCTTTATTTACAGAAACATGCAATAAGCTGATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCTATCAAGCAATAGCTTTATTTACAGAAACATGCAATAAGCTGATT  800

seq1  GTGTCTGCTGACCTTGCTGTTACAGGGGCACAAGACCCACCACATTCTTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTGCTGACCTTGCTGTTACAGGGGCACAAGACCCACCACATTCTTG  850

seq1  TTACACAGTAAGCCCAGCCTAGGCTTTGGCTTTTACTCTTGTTTAGACCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACACAGTAAGCCCAGCCTAGGCTTTGGCTTTTACTCTTGTTTAGACCA  900

seq1  GGC-TTTCCA-GAGGTTCTAGGAG-AAGACCTCTT-CTTACAGTTTG-AT  945
      ||| |||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||
seq2  GGCTTTTCCAGGAGGTTCTAGGAGAAAGACCTCTTCCTTACAGTTTGAAT  950

seq1  TTGTTACCTTT-GGCATCAAATCGTGAAATTCAAAGCAAAAG-CCAAGGC  993
      ||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TTGTACCCTTTGGGCATCAAATCGTGAAATTCAAAGCAAAAGCCCAAGGC  1000

seq1  ACAGCAGAACCTCAGCAGCAGGCACTGTTACTCAGCCCAAAACAGTCAGT  1043
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||
seq2  ACAGCAGAACCTCAGCAGCAGGCACTG-TACTCAG-CCAAAACAGTCAGT  1048

seq1  CTTGTGACTGTCCAAGTCTAAAAATAATATCTAGCTTG--TTTTTGCAAA  1091
      | |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||  ||||||||||
seq2  C-TGTGACTGTCCAAGTCTAAAAATAAT-TCTAGCCTGGTTTTTTGCAAA  1096

seq1  AGTGC-TAACCAGGGGGC  1108
        ||| ||||||||||||
seq2  --TGCTTAACCAGGGGGC  1112