BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-237F08
Chromosome11 (Build37)
Map Location 36,446,023 - 36,578,107
singlet/doubletdoublet
Overlap geneOdz2
Upstream geneSlit3, Pank3, LOC666733, AI595406, Rars, Wwc1, LOC636532
Downstream geneLOC100039148
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-237F08.bB6Ng01-237F08.g
ACCGA048321GA048322
length8171,105
definitionB6Ng01-237F08.b B6Ng01-237F08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(36,577,291 - 36,578,107)(36,446,023 - 36,447,132)
sequence
gaattcaagtcagtgatgaagagttaattagtaataagagctgcttctta
gccttatccaccgagccatttgtagtggcgctgcttctaacaattactta
cagccacgtggaaaatataacactcaaagtcatttttttacagtgttccc
tcagcctctgtgccagtcatcggtgtcctcagtcttactcttctaatgat
ccagcagcaatggtacatttcatgaaaacatttcatattttgaagctttc
accaaagggttgttagctgttacccagtgatccactgcttagatctccca
ctgtgaattctctggtctttctttttttttgtgatatgcctagactgttg
tcaaggatacctagctcttcactctcttgtttgaacaatccacaaagtgt
tctattaaaagtcccaattaaatgtgtacagccattcacctgtatgctca
tcccttccctcccttgcccacccacacatgaccaaccatctgattaaaaa
tatatgtatcaagggtcaaaagacatgaagagaacgaacacaatgcctgg
gatcatagggtatcatacaaaatccatggtgatgctagctatagtaattg
ccgccttaacaaagcagaataaacccagtttgaaagatgtaaatacaacc
ctataggtggaacaacattatgaactaaccagtacccctgagctcttgac
tctagctgcatatgtatcaaaagatggcctagtcggccatcactggaaag
agaggcccattggacacgcagactttgtgtgccccggtacaggggaacgc
cagggccaagggggggg

gaattctcaggaaggaccacaagtgttaccatacttaagtgtccctttac
agatgaggaaagattagttgtgcttcatttagtactctgcttacagctag
taagtaggagcaagttgatctagccaaactggttctaattcaagagacca
tggtgttaacacctgctgtaattagattccgtgctcctccagattcaact
tcaacaaatgagagaccagggttcacgaaactcgaagtctcttctaaaga
cagggtgctggtttctaacaaggactagaactggatatttttggtagtta
atgaggaaaggtcaacactgtatcatataatgctcctagttaatgagatg
aaggtgttagtgacattggaaatggtatgaaaccccttctataccaatta
tcactgacagtgcttattgatgtataatgttaaagcaaattgagctatat
cttgagtaatttcacaatggaccagtaaaataaaaccaagccaaacaaat
aaaaattagactcccagagtctctcggatatctagaaactcacaaatata
tggtagcatttgtgtgtggcttcttcataggactcagtagttcaatgtag
tcactgtccagttggctcttgggacaaccacttcagttgttcttttcagt
actcaagggtgtgtatgttttcactcatttgcttaaactgcctaattccc
tgggtggggattgctctagagtcctaggatagggcagaatctcctttata
acacttcacaaatgtccatcaatggcagaggctgtgtggtgagggaaagc
acggagatgagaagatgagaaaaaacaggtcacttgacaaaggtgtggac
atttattgccaagaaagtggcttgcctgccagcatcatcttctcagatac
gggtggccagttcactattctagttgctatatttatgcacagatttaatg
aactcggaataagtagctcccacctagtcacagacattgaatgcatttca
gacgtgtggctaatcgtgggatgctcacatgctgcacatagactcatttg
cagctcacggactggccacccttagaacaaaataaattagtgtatctggg
catga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_36577291_36578107
seq2: B6Ng01-237F08.b_46_862 (reverse)

seq1  CCCCCCCTTTGGCCCTGGCGTTCCCCTGTACCGGGGCACACAAAGTCTGC  50
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCCCTTGGCCCTGGCGTTCCCCTGTACCGGGGCACACAAAGTCTGC  50

seq1  GTGTCCAATGGGCCTCTCTTTCCAGTGATGGCCGACTAGGCCATCTTTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCCAATGGGCCTCTCTTTCCAGTGATGGCCGACTAGGCCATCTTTTG  100

seq1  ATACATATGCAGCTAGAGTCAAGAGCTCAGGGGTACTGGTTAGTTCATAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATATGCAGCTAGAGTCAAGAGCTCAGGGGTACTGGTTAGTTCATAA  150

seq1  TGTTGTTCCACCTATAGGGTTGTATTTACATCTTTCAAACTGGGTTTATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTTCCACCTATAGGGTTGTATTTACATCTTTCAAACTGGGTTTATT  200

seq1  CTGCTTTGTTAAGGCGGCAATTACTATAGCTAGCATCACCATGGATTTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTTGTTAAGGCGGCAATTACTATAGCTAGCATCACCATGGATTTTG  250

seq1  TATGATACCCTATGATCCCAGGCATTGTGTTCGTTCTCTTCATGTCTTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGATACCCTATGATCCCAGGCATTGTGTTCGTTCTCTTCATGTCTTTT  300

seq1  GACCCTTGATACATATATTTTTAATCAGATGGTTGGTCATGTGTGGGTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCTTGATACATATATTTTTAATCAGATGGTTGGTCATGTGTGGGTGG  350

seq1  GCAAGGGAGGGAAGGGATGAGCATACAGGTGAATGGCTGTACACATTTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGGGAGGGAAGGGATGAGCATACAGGTGAATGGCTGTACACATTTAA  400

seq1  TTGGGACTTTTAATAGAACACTTTGTGGATTGTTCAAACAAGAGAGTGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGACTTTTAATAGAACACTTTGTGGATTGTTCAAACAAGAGAGTGAA  450

seq1  GAGCTAGGTATCCTTGACAACAGTCTAGGCATATCACAAAAAAAAAGAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTAGGTATCCTTGACAACAGTCTAGGCATATCACAAAAAAAAAGAAA  500

seq1  GACCAGAGAATTCACAGTGGGAGATCTAAGCAGTGGATCACTGGGTAACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAGAGAATTCACAGTGGGAGATCTAAGCAGTGGATCACTGGGTAACA  550

seq1  GCTAACAACCCTTTGGTGAAAGCTTCAAAATATGAAATGTTTTCATGAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAACAACCCTTTGGTGAAAGCTTCAAAATATGAAATGTTTTCATGAAA  600

seq1  TGTACCATTGCTGCTGGATCATTAGAAGAGTAAGACTGAGGACACCGATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACCATTGCTGCTGGATCATTAGAAGAGTAAGACTGAGGACACCGATG  650

seq1  ACTGGCACAGAGGCTGAGGGAACACTGTAAAAAAATGACTTTGAGTGTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGCACAGAGGCTGAGGGAACACTGTAAAAAAATGACTTTGAGTGTTA  700

seq1  TATTTTCCACGTGGCTGTAAGTAATTGTTAGAAGCAGCGCCACTACAAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTCCACGTGGCTGTAAGTAATTGTTAGAAGCAGCGCCACTACAAAT  750

seq1  GGCTCGGTGGATAAGGCTAAGAAGCAGCTCTTATTACTAATTAACTCTTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCGGTGGATAAGGCTAAGAAGCAGCTCTTATTACTAATTAACTCTTC  800

seq1  ATCACTGACTTGAATTC  817
      |||||||||||||||||
seq2  ATCACTGACTTGAATTC  817


seq1: chr11_36446023_36447132
seq2: B6Ng01-237F08.g_69_1173

seq1  GAATTCTCAGGAAGGACCACAAGTGTTACCATACTTAAGTGTCCCTTTAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAGGAAGGACCACAAGTGTTACCATACTTAAGTGTCCCTTTAC  50

seq1  AGATGAGGAAAGATTAGTTGTGCTTCATTTAGTACTCTGCTTACAGCTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGAGGAAAGATTAGTTGTGCTTCATTTAGTACTCTGCTTACAGCTAG  100

seq1  TAAGTAGGAGCAAGTTGATCTAGCCAAACTGGTTCTAATTCAAGAGACCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTAGGAGCAAGTTGATCTAGCCAAACTGGTTCTAATTCAAGAGACCA  150

seq1  TGGTGTTAACACCTGCTGTAATTAGATTCCGTGCTCCTCCAGATTCAACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGTTAACACCTGCTGTAATTAGATTCCGTGCTCCTCCAGATTCAACT  200

seq1  TCAACAAATGAGAGACCAGGGTTCACGAAACTCGAAGTCTCTTCTAAAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACAAATGAGAGACCAGGGTTCACGAAACTCGAAGTCTCTTCTAAAGA  250

seq1  CAGGGTGCTGGTTTCTAACAAGGACTAGAACTGGATATTTTTGGTAGTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGTGCTGGTTTCTAACAAGGACTAGAACTGGATATTTTTGGTAGTTA  300

seq1  ATGAGGAAAGGTCAACACTGTATCATATAATGCTCCTAGTTAATGAGATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGGAAAGGTCAACACTGTATCATATAATGCTCCTAGTTAATGAGATG  350

seq1  AAGGTGTTAGTGACATTGGAAATGGTATGAAACCCCTTCTATACCAATTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTGTTAGTGACATTGGAAATGGTATGAAACCCCTTCTATACCAATTA  400

seq1  TCACTGACAGTGCTTATTGATGTATAATGTTAAAGCAAATTGAGCTATAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGACAGTGCTTATTGATGTATAATGTTAAAGCAAATTGAGCTATAT  450

seq1  CTTGAGTAATTTCACAATGGACCAGTAAAATAAAACCAAGCCAAACAAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGTAATTTCACAATGGACCAGTAAAATAAAACCAAGCCAAACAAAT  500

seq1  AAAAATTAGACTCCCAGAGTCTCTCGGATATCTAGAAACTCACAAATATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATTAGACTCCCAGAGTCTCTCGGATATCTAGAAACTCACAAATATA  550

seq1  TGGTAGCATTTGTGTGTGGCTTCTTCATAGGACTCAGTAGTTCAATGTAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAGCATTTGTGTGTGGCTTCTTCATAGGACTCAGTAGTTCAATGTAG  600

seq1  TCACTGTCCAGTTGGCTCTTGGGACAACCACTTCAGTTGTTCTTTTCAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGTCCAGTTGGCTCTTGGGACAACCACTTCAGTTGTTCTTTTCAGT  650

seq1  ACTCAAGGGTGTGTATGTTTTCACTCATTTGCTTAAACTGCCTAATTCCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAAGGGTGTGTATGTTTTCACTCATTTGCTTAAACTGCCTAATTCCC  700

seq1  TGGGTGGGGATTGCTCTAGAGTCCTAGGATAGGGCAGAATCTCCTTTATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGGGGATTGCTCTAGAGTCCTAGGATAGGGCAGAATCTCCTTTATA  750

seq1  ACACTTCACAAATGTCCATCAATGGCAGAGGCTGTGTGGTGAGGGAAAGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTCACAAATGTCCATCAATGGCAGAGGCTGTGTGGTGAGGGAAAGC  800

seq1  ACGGAGATGAGAAGATGAGAAAAAACAGGTCACTTGACAAAGGTGTGGAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGAGATGAGAAGATGAGAAAAAACAGGTCACTTGACAAAGGTGTGGAC  850

seq1  ATTTATTGCCAAGAAAGTGGCTTGCCTGCCAGCATCATCTTCTCAGATAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATTGCCAAGAAAGTGGCTTGCCTGCCAGCATCATCTTCTCAGATAC  900

seq1  GGGTGGCCAGTTCAACTATTCTAGTTTGCTATATTTATGCACAGATTTAA  950
      ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGGCCAGTTC-ACTATTCTAG-TTGCTATATTTATGCACAGATTTAA  948

seq1  TGAACTCGGAATAAGTAGCTCCCA-CTAGTCACAGACATTGAATGCA-TT  998
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||
seq2  TGAACTCGGAATAAGTAGCTCCCACCTAGTCACAGACATTGAATGCATTT  998

seq1  CAGACGTGTGGGCTAATCGTGGGATGCTCACCATGGCTGCACATAAGACT  1048
      ||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||
seq2  CAGACGTGT-GGCTAATCGTGGGATGCTCA-CAT-GCTGCACAT-AGACT  1044

seq1  CATTTTGCAAGCTTCACAGACTGGCCACCC-TAG-ACAAAATAAATAAGT  1096
      || ||||| ||| |||| |||||||||||| ||| ||||||||||| |||
seq2  CA-TTTGC-AGC-TCACGGACTGGCCACCCTTAGAACAAAATAAATTAGT  1091

seq1  GTATCTGGGAATGA  1110
      ||||||||| ||||
seq2  GTATCTGGGCATGA  1105


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |