BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-240C02
Chromosome11 (Build37)
Map Location 102,295,225 - 102,454,193
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGrn, BC025575, Itga2b, Mdk-ps1, LOC100040792
Upstream geneRundc1, Rpl27, Ifi35, Vat1, Rnd2, Brca1, Nbr1, Tmem106a, LOC667306, Rdm1, Arl4d, LOC100038842, Dhx8, Etv4, Meox1, LOC194960, Sost, Dusp3, 1700006E09Rik, Mpp3, Cd300lg, Mpp2, Ppy, Pyy, LOC100040687, LOC666411, Nags, Tmem101, Lsm12, G6pc3, Hdac5, BC030867, Asb16, 2010008E23Rik, Ubtf, Slc4a1, Rap2ip, Slc25a39
Downstream geneFzd2, 2810433D01Rik, Psmb5-ps, Gm1564, LOC100042456, Ccdc43, Adam11, Gja7, Higd1b, Eftud2, Ccdc103, LOC100042500, Gfap, 3000004C01Rik, C1ql1, Dcakd, Nmt1, Plcd3, Acbd4, Hexim1, Hexim2, Fmnl1, 4933400C05Rik, Map3k14, Arhgap27, 5730442P18Rik, Plekhm1, Lrrc37a, Gm884
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-240C02.bB6Ng01-240C02.g
ACCGA050378GA050379
length1,0721,084
definitionB6Ng01-240C02.b B6Ng01-240C02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(102,453,121 - 102,454,193)(102,295,225 - 102,296,308)
sequence
gaattctgcatagacactgattagagaaaggctcacgtccaaacacttac
acacatacccaccgttgtgcagattcttcgtgctgaagttcaatgtgaat
tatggaggaggctgggttcccatggaacacaaagccattttgggtggagc
tatgatactctctcttccctttctcaatcacttctcccttctccctgcac
cccagcccccacaggctcccttctctcatcacggccttaaccttctaaag
gttttagacactctctagccaaggctctacaatggacataggatcccaat
gatgcccaacctccgcatcacgagtagaaagaacactgagtcctaacttg
agaggacgttcatgttggcttgcggttccagctggtccttctcagtggga
cacagcagaagggtccagccccagactcttgggttctaggcagcaccttc
ttcaccttgccagtattttctgtagggtttgtcatgtaactttaggataa
gtgagaagagagaactaactgagcacacactcaccacaaattcaactctt
ctttttgagatagagtttcctatatcccagactggccaagaacttgctat
atagccaaggagggcctcaaatttctcattctcctgcctttacttgccaa
gtgccactgtgcccggttccagtagaaccttttttaagagctcagctgca
tcattggaactcctagagtctacatacattagaatcatgggagaagattg
ggtgttgtttcttggccctgcctgctgatccaaacttataatctccaaat
aacctgctgtgcattctggacttatctgctttccagtctgttcagtcaga
gtcttgacaggcccagttcagttctgttctatactctgactattcagcca
cagtgtctgttcgctacaccacacttgcagcactgcagaggataggcatc
tatctattccacgctgctccggtactttgggaagacagagcgtcatcctc
tggctcttttgtagtatgggttccaggattccaaatttttttttttgtag
tgttgtgtgtgtgttgtgtgtt
gaattctgggttcttctatttgcagataaccccttgggtgctgtccagtg
tcctgggagccagtttgaatgtcctgactctgccacctgctgcattatgg
ttgatggttcgtggggatgttgtcccatgccccaggtacaggtgtaggga
aatggtgactagcgggtagcggggtggaactgggacctggggctgatgca
gatggattgaggattatctgtctcttctcaggcctcttgctgtgaagaca
gagtgcattgctgtccccatggggcctcctgtgacctggttcacacacga
tgcgtttcacccacgggcacccacaccctactaaagaagttccctgcaca
aaagaccaacagggcaggtgaggaggctgggagccacccagccagcagca
cctggggggtgaagccacatttgactcttggatgggaaaaagtccccacc
atcctggcaacccctccacatgcctcattgctctttcagtgtctttgcct
ttttctgtcgtgtgccctgatgctaagacccagtgtcccgatgattctac
ctgctgtgagctacccactgggaagtatggctgctgtccaatgcccaatg
tgagtgaatggctggattcccctgagcccatatatagtcttacaaggagg
ctccaagcactgggctgatccctgagagctctaaggctcatgctgccccc
tagtggcggtttgaaatagtgtacgctatcagcctggctcgctccctgtc
ctcactactggagttcagagacttatacttgtcccaacctaggccatctg
ctgttccgaccacctgcactgctgcccccaggacactgtatgtgacctga
tccagagtaagtgcctatccaagaactacaccacggatctcctgaccaag
ctgcctggatacccaggtacaggaccaactagaccccatttcattccctc
aataaagagggttcttgtcagttatggaatggctatcagctggtggtttt
gatggccgcatggagggacctgccagtgtagaccccttctcaactggccc
tggcatgaagctcactgtgaacttgagttagctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_102453121_102454193
seq2: B6Ng01-240C02.b_31_1102 (reverse)

seq1  AACACACACACACACACACAACACTAC-AAAAAAAAAATTTGGAAT-CTG  48
      |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||
seq2  AACACACA-ACACACACACAACACTACAAAAAAAAAAATTTGGAATCCTG  49

seq1  GAACCCATACTACAAAAGAGGCCAGAGGATGACGCTTCTGTCTTCCCAAA  98
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GAACCCATACTACAAAAGA-GCCAGAGGATGACGC-TCTGTCTTCCCAAA  97

seq1  GTACCGGAGCAGCGTGGAATAGATAGATGCCTATCCTCTGCAGTGCTGCA  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCGGAGCAGCGTGGAATAGATAGATGCCTATCCTCTGCAGTGCTGCA  147

seq1  AGTGTGGTGTAGCGAACAGACACTGTGGCTGAATAGTCAGAGTATAGAAC  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGGTGTAGCGAACAGACACTGTGGCTGAATAGTCAGAGTATAGAAC  197

seq1  AGAACTGAACTGGGCCTGTCAAGACTCTGACTGAACAGACTGGAAAGCAG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTGAACTGGGCCTGTCAAGACTCTGACTGAACAGACTGGAAAGCAG  247

seq1  ATAAGTCCAGAATGCACAGCAGGTTATTTGGAGATTATAAGTTTGGATCA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGTCCAGAATGCACAGCAGGTTATTTGGAGATTATAAGTTTGGATCA  297

seq1  GCAGGCAGGGCCAAGAAACAACACCCAATCTTCTCCCATGATTCTAATGT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGCAGGGCCAAGAAACAACACCCAATCTTCTCCCATGATTCTAATGT  347

seq1  ATGTAGACTCTAGGAGTTCCAATGATGCAGCTGAGCTCTTAAAAAAGGTT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAGACTCTAGGAGTTCCAATGATGCAGCTGAGCTCTTAAAAAAGGTT  397

seq1  CTACTGGAACCGGGCACAGTGGCACTTGGCAAGTAAAGGCAGGAGAATGA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTGGAACCGGGCACAGTGGCACTTGGCAAGTAAAGGCAGGAGAATGA  447

seq1  GAAATTTGAGGCCCTCCTTGGCTATATAGCAAGTTCTTGGCCAGTCTGGG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTTGAGGCCCTCCTTGGCTATATAGCAAGTTCTTGGCCAGTCTGGG  497

seq1  ATATAGGAAACTCTATCTCAAAAAGAAGAGTTGAATTTGTGGTGAGTGTG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAGGAAACTCTATCTCAAAAAGAAGAGTTGAATTTGTGGTGAGTGTG  547

seq1  TGCTCAGTTAGTTCTCTCTTCTCACTTATCCTAAAGTTACATGACAAACC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCAGTTAGTTCTCTCTTCTCACTTATCCTAAAGTTACATGACAAACC  597

seq1  CTACAGAAAATACTGGCAAGGTGAAGAAGGTGCTGCCTAGAACCCAAGAG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAGAAAATACTGGCAAGGTGAAGAAGGTGCTGCCTAGAACCCAAGAG  647

seq1  TCTGGGGCTGGACCCTTCTGCTGTGTCCCACTGAGAAGGACCAGCTGGAA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGGCTGGACCCTTCTGCTGTGTCCCACTGAGAAGGACCAGCTGGAA  697

seq1  CCGCAAGCCAACATGAACGTCCTCTCAAGTTAGGACTCAGTGTTCTTTCT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCAAGCCAACATGAACGTCCTCTCAAGTTAGGACTCAGTGTTCTTTCT  747

seq1  ACTCGTGATGCGGAGGTTGGGCATCATTGGGATCCTATGTCCATTGTAGA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCGTGATGCGGAGGTTGGGCATCATTGGGATCCTATGTCCATTGTAGA  797

seq1  GCCTTGGCTAGAGAGTGTCTAAAACCTTTAGAAGGTTAAGGCCGTGATGA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGGCTAGAGAGTGTCTAAAACCTTTAGAAGGTTAAGGCCGTGATGA  847

seq1  GAGAAGGGAGCCTGTGGGGGCTGGGGTGCAGGGAGAAGGGAGAAGTGATT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGGGAGCCTGTGGGGGCTGGGGTGCAGGGAGAAGGGAGAAGTGATT  897

seq1  GAGAAAGGGAAGAGAGAGTATCATAGCTCCACCCAAAATGGCTTTGTGTT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAGGGAAGAGAGAGTATCATAGCTCCACCCAAAATGGCTTTGTGTT  947

seq1  CCATGGGAACCCAGCCTCCTCCATAATTCACATTGAACTTCAGCACGAAG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGGAACCCAGCCTCCTCCATAATTCACATTGAACTTCAGCACGAAG  997

seq1  AATCTGCACAACGGTGGGTATGTGTGTAAGTGTTTGGACGTGAGCCTTTC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTGCACAACGGTGGGTATGTGTGTAAGTGTTTGGACGTGAGCCTTTC  1047

seq1  TCTAATCAGTGTCTATGCAGAATTC  1073
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAATCAGTGTCTATGCAGAATTC  1072

seq1: chr11_102295225_102296308
seq2: B6Ng01-240C02.g_64_1147

seq1  GAATTCTGGGTTCTTCTATTTGCAGATAACCCCTTGGGTGCTGTCCAGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGGTTCTTCTATTTGCAGATAACCCCTTGGGTGCTGTCCAGTG  50

seq1  TCCTGGGAGCCAGTTTGAATGTCCTGACTCTGCCACCTGCTGCATTATGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGGAGCCAGTTTGAATGTCCTGACTCTGCCACCTGCTGCATTATGG  100

seq1  TTGATGGTTCGTGGGGATGTTGTCCCATGCCCCAGGTACAGGTGTAGGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATGGTTCGTGGGGATGTTGTCCCATGCCCCAGGTACAGGTGTAGGGA  150

seq1  AATGGTGACTAGCGGGTAGCGGGGTGGAACTGGGACCTGGGGCTGATGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGTGACTAGCGGGTAGCGGGGTGGAACTGGGACCTGGGGCTGATGCA  200

seq1  GATGGATTGAGGATTATCTGTCTCTTCTCAGGCCTCTTGCTGTGAAGACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGATTGAGGATTATCTGTCTCTTCTCAGGCCTCTTGCTGTGAAGACA  250

seq1  GAGTGCATTGCTGTCCCCATGGGGCCTCCTGTGACCTGGTTCACACACGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGCATTGCTGTCCCCATGGGGCCTCCTGTGACCTGGTTCACACACGA  300

seq1  TGCGTTTCACCCACGGGCACCCACACCCTACTAAAGAAGTTCCCTGCACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGTTTCACCCACGGGCACCCACACCCTACTAAAGAAGTTCCCTGCACA  350

seq1  AAAGACCAACAGGGCAGGTGAGGAGGCTGGGAGCCACCCAGCCAGCAGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACCAACAGGGCAGGTGAGGAGGCTGGGAGCCACCCAGCCAGCAGCA  400

seq1  CCTGGGGGGTGAAGCCACATTTGACTCTTGGATGGGAAAAAGTCCCCACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGGGGTGAAGCCACATTTGACTCTTGGATGGGAAAAAGTCCCCACC  450

seq1  ATCCTGGCAACCCCTCCACATGCCTCATTGCTCTTTCAGTGTCTTTGCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGGCAACCCCTCCACATGCCTCATTGCTCTTTCAGTGTCTTTGCCT  500

seq1  TTTTCTGTCGTGTGCCCTGATGCTAAGACCCAGTGTCCCGATGATTCTAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTGTCGTGTGCCCTGATGCTAAGACCCAGTGTCCCGATGATTCTAC  550

seq1  CTGCTGTGAGCTACCCACTGGGAAGTATGGCTGCTGTCCAATGCCCAATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGTGAGCTACCCACTGGGAAGTATGGCTGCTGTCCAATGCCCAATG  600

seq1  TGAGTGAATGGCTGGATTCCCCTGAGCCCATATATAGTCTTACAAGGAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGAATGGCTGGATTCCCCTGAGCCCATATATAGTCTTACAAGGAGG  650

seq1  CTCCAAGCACTGGGCTGATCCCTGAGAGCTCTAAGGCTCATGCTGCCCCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAAGCACTGGGCTGATCCCTGAGAGCTCTAAGGCTCATGCTGCCCCC  700

seq1  TAGTGGCGGTTTGAAATAGTGTACGCTATCAGCCTGGCTCGCTCCCTGTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGGCGGTTTGAAATAGTGTACGCTATCAGCCTGGCTCGCTCCCTGTC  750

seq1  CTCACTACTGGAGTTCAGAGACTTATACTTGTCCCAACCTAGGCCATCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTACTGGAGTTCAGAGACTTATACTTGTCCCAACCTAGGCCATCTG  800

seq1  CTGTTCCGACCACCTGCACTGCTGCCCCCAGGACACTGTATGTGACCTGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTCCGACCACCTGCACTGCTGCCCCCAGGACACTGTATGTGACCTGA  850

seq1  TCCAGAGTAAGTGCCTATCCAAGAACTACACCACGGATCTCCTGACCAAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGAGTAAGTGCCTATCCAAGAACTACACCACGGATCTCCTGACCAAG  900

seq1  CTGCCTGGATACCCAGGTACAGGACCAAACTAGACCCCATTTCATTCCCT  950
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTGGATACCCAGGTACAGGACC-AACTAGACCCCATTTCATTCCCT  949

seq1  CAATAAAGAGGGGTTCTTGTCAGTTATGGAATGGCTATCAGCTGGGTGGG  1000
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||
seq2  CAATAAAGA-GGGTTCTTGTCAGTTATGGAATGGCTATCAGCTGG--TGG  996

seq1  TTTTGATGGCCGCATGGAGGGACCTGGCAGTTGTAGACCC--TCTCCACT  1048
      |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||  |||| |||
seq2  TTTTGATGGCCGCATGGAGGGACCTGCCAG-TGTAGACCCCTTCTCAACT  1045

seq1  GG-CCTTGCATGAGGCTCACTGTGA--CTGGGTTAGCTG  1084
      || ||| |||||| |||||||||||   || ||||||||
seq2  GGCCCTGGCATGAAGCTCACTGTGAACTTGAGTTAGCTG  1084