BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-241E20
Chromosome11 (Build37)
Map Location 25,807,675 - 25,935,700
singlet/doubletdoublet
Overlap gene5730522E02Rik
Upstream geneLOC100042282
Downstream geneLOC100042328, LOC100042345, Fancl, Vrk2, EG628586, Ppia-ps11_266.1, OTTMUSG00000005300, LOC666270, LOC100042367
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-241E20.bB6Ng01-241E20.g
ACCGA051255GA051256
length1,1431,138
definitionB6Ng01-241E20.b B6Ng01-241E20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(25,934,537 - 25,935,700)(25,807,675 - 25,808,817)
sequence
gaattccattttgactcttgagatggtgatgcaaacacaattgtatgaag
atggctcgtttagaagccagatctttttgtgtttccatgtcaaagggtgt
tctttttcactcatagtgcgaggagagtggttctgtgatgggctgctcag
tgaagactaaacttgacttcctcatttaacatcctcatcattccccaaag
tgagcaataaagtgtctggtggggcattcttgggtgaggccatggaggag
catctttcttttatgtcacctagccacactattttgtgctatttttatat
tgagacaaaagtcgtgtttacagtgaataatgaaaaattcttattgtttg
ctaaattttaataactattatctactttcctaccattgctaccagcattt
aatttgaatggaagcacaagagacaaaatatatgaattgactatagaaga
tggtcatgtagaaattagtatttggacatcatgtggccaagtaatttatt
tttctacatctcaaaaactgagaatactagaacttatgaagaaaaaatgc
aatccgaataaatttattgggcattacaggtttggagtcagataatactt
ggctgatatttcaagagtgagaggttaggagagccctcatgaagaagagc
tatcaaaggttatctctcactggcctctttgtagtaacgaaatgacctca
cttaagtccactacactttttggtgctggtgtaccagtgtaagcagtcca
ttttgtctcttacagaccaatttttttttaaagtactcagtgttttaggt
gcaattcagactgtaatagagagactcaaccctcagcgaagttgcaatct
gaaggcaatccgcctgtcaatggtgcagtgttctgtgaggcatggtgcct
tgctgtagtccatcagagaaagattgcctttggtttgggggcctactgaa
tggaaatccctgcccttaattctttgcttggagggaacttgctgagagca
agtcttctccaatatcttctagtgatatgatcatttatgttggcttagtc
aaatgttattttcttatgttgtcttacacatgtttgtatttcagaaattg
atcattacagggtttgtcaagccagattcactcaaggacaaaa

gaattcaaaagctgcatgcatgaatgggatatgtctttaaagattgctcc
ctcaggatgctaaaaacctgagaatagaaaaatagttttcctgaaatatt
attctcaatacacagctgagacttcaatgaatagattatttgattaaggt
aataaggatgttaataaatggaattgcaaaaatctttgaaatattatcag
ctgatccagactcccagatctggatccctggcttcttagcatcctagaca
attctcttatacattccctttactcatgatgaataggccagtggatgctt
aaatatgaacaaactaaaagagtgttttgacatgaatagtattgagaccc
acacctctgtatcatacagaagccttgagattttgggctccctgagaact
ctcaattgaagattcactgctcagtgtactatattcagcctctagaatcc
ctctctttatggattgtatcatacttctgtattattataggggctactgt
catcatttcattcatactctattcatatgaggaaaatattttatatatac
acacacacacacacatcagaaaagtagagatacttaccaccctagcctgg
ttacctgagtttgacccatgaagctcatgtaaagattgaaggaaagaatg
ggttccaaaaatgtgttctatgatatatgaaatatagagagatgatagat
agatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagataa
tcatatatgttcacatacacactaaatgtgctttgttaaagctaggggcg
agtgaagtgattatcaggaaacaaaccagtatgtgaaaaagaatatgttt
atgcgaatgaacaaagaaagttgaaagacttaggaaaatgcactaggagc
agttgttgttccatcactggtgacatcacaagggatggcaagctctctcc
cggatactaatagaatgtctagacaagaaatgcttatgtcatatgcttat
ggctgctctgctaatgctcttcttgtactgatcagaagctgagtgtcttt
cgatgagacctctctgggaacacaacattgaagtacctcctcaatgcaaa
gcggaaaagagctagaagtttatcttcgaatatctaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_25934537_25935700
seq2: B6Ng01-241E20.b_44_1186 (reverse)

seq1  TTTTGTTTTTCCCTTGAGTGAATCTGTGGCTTGACAAACACTGGTAAATG  50
      ||||||     |||||||||||||  ||||||||||||| |||   ||||
seq2  TTTTGT-----CCTTGAGTGAATC--TGGCTTGACAAACCCTG--TAATG  41

seq1  ATCAAATTTCTG-AATACAAACATGTGTAAAGACAACATAAAGAAAATAA  99
      ||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |
seq2  ATC-AATTTCTGAAATACAAACATGTGT-AAGACAACAT-AAGAAAAT-A  87

seq1  ACATTTTGACCTAAGGCAACATAAATGATCATATTCAACTAGAAAGATAT  149
      ||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||   ||||| |||||| 
seq2  ACA-TTTGA-CTAAGCCAACATAAATGATCATAT--CACTAG-AAGATA-  131

seq1  TTGGAGAAAGACTTTGCTCTTCAGCAAGTTCCCCTCCAAAGCAAAGAATT  199
      |||||| ||||| |||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||
seq2  TTGGAG-AAGAC-TTGCTC-TCAGCAAGTT-CCCTCC-AAGCAAAGAATT  176

seq1  AAGGGCAGGGATTTCCATTCAGTAGG-CCCCAAACCAAAGGCAATCTTTC  248
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGCAGGGATTTCCATTCAGTAGGCCCCCAAACCAAAGGCAATCTTTC  226

seq1  TCTGATGGACTACAGCAAGGCACCATGCCTCACAGAACACTGCACCATTG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGATGGACTACAGCAAGGCACCATGCCTCACAGAACACTGCACCATTG  276

seq1  ACAGGCGGATTGCCTTCAGATTGCAACTTCGCTGAGGGTTGAGTCTCTCT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGCGGATTGCCTTCAGATTGCAACTTCGCTGAGGGTTGAGTCTCTCT  326

seq1  ATTACAGTCTGAATTGCACCTAAAACACTGAGTACTTT-AAAAAAAATTG  397
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  ATTACAGTCTGAATTGCACCTAAAACACTGAGTACTTTAAAAAAAAATTG  376

seq1  GTCTGTAAGAGACAAAATGGACTGCTTACACTGGTACACCAGCACCAAAA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGTAAGAGACAAAATGGACTGCTTACACTGGTACACCAGCACCAAAA  426

seq1  AGTGTAGTGGACTTAAGTGAGGTCATTTCGTTACTACAAAGAGGCCAGTG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTAGTGGACTTAAGTGAGGTCATTTCGTTACTACAAAGAGGCCAGTG  476

seq1  AGAGATAACCTTTGATAGCTCTTCTTCATGAGGGCTCTCCTAACCTCTCA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATAACCTTTGATAGCTCTTCTTCATGAGGGCTCTCCTAACCTCTCA  526

seq1  CTCTTGAAATATCAGCCAAGTATTATCTGACTCCAAACCTGTAATGCCCA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGAAATATCAGCCAAGTATTATCTGACTCCAAACCTGTAATGCCCA  576

seq1  ATAAATTTATTCGGATTGCATTTTTTCTTCATAAGTTCTAGTATTCTCAG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATTTATTCGGATTGCATTTTTTCTTCATAAGTTCTAGTATTCTCAG  626

seq1  TTTTTGAGATGTAGAAAAATAAATTACTTGGCCACATGATGTCCAAATAC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGAGATGTAGAAAAATAAATTACTTGGCCACATGATGTCCAAATAC  676

seq1  TAATTTCTACATGACCATCTTCTATAGTCAATTCATATATTTTGTCTCTT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTCTACATGACCATCTTCTATAGTCAATTCATATATTTTGTCTCTT  726

seq1  GTGCTTCCATTCAAATTAAATGCTGGTAGCAATGGTAGGAAAGTAGATAA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTTCCATTCAAATTAAATGCTGGTAGCAATGGTAGGAAAGTAGATAA  776

seq1  TAGTTATTAAAATTTAGCAAACAATAAGAATTTTTCATTATTCACTGTAA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTATTAAAATTTAGCAAACAATAAGAATTTTTCATTATTCACTGTAA  826

seq1  ACACGACTTTTGTCTCAATATAAAAATAGCACAAAATAGTGTGGCTAGGT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACGACTTTTGTCTCAATATAAAAATAGCACAAAATAGTGTGGCTAGGT  876

seq1  GACATAAAAGAAAGATGCTCCTCCATGGCCTCACCCAAGAATGCCCCACC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATAAAAGAAAGATGCTCCTCCATGGCCTCACCCAAGAATGCCCCACC  926

seq1  AGACACTTTATTGCTCACTTTGGGGAATGATGAGGATGTTAAATGAGGAA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACTTTATTGCTCACTTTGGGGAATGATGAGGATGTTAAATGAGGAA  976

seq1  GTCAAGTTTAGTCTTCACTGAGCAGCCCATCACAGAACCACTCTCCTCGC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAGTTTAGTCTTCACTGAGCAGCCCATCACAGAACCACTCTCCTCGC  1026

seq1  ACTATGAGTGAAAAAGAACACCCTTTGACATGGAAACACAAAAAGATCTG  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATGAGTGAAAAAGAACACCCTTTGACATGGAAACACAAAAAGATCTG  1076

seq1  GCTTCTAAACGAGCCATCTTCATACAATTGTGTTTGCATCACCATCTCAA  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCTAAACGAGCCATCTTCATACAATTGTGTTTGCATCACCATCTCAA  1126

seq1  GAGTCAAAATGGAATTC  1164
      |||||||||||||||||
seq2  GAGTCAAAATGGAATTC  1143


seq1: chr11_25807675_25808817
seq2: B6Ng01-241E20.g_66_1203

seq1  GAATTCAAAAGCTGCATGCATGAATGGGATATGTCTTTAAAGATTGCTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAAGCTGCATGCATGAATGGGATATGTCTTTAAAGATTGCTCC  50

seq1  CTCAGGATGCTAAAAACCTGAGAATAGAAAAATAGTTTTCCTGAAATATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGATGCTAAAAACCTGAGAATAGAAAAATAGTTTTCCTGAAATATT  100

seq1  ATTCTCAATACACAGCTGAGACTTCAATGAATAGATTATTTGATTAAGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTCAATACACAGCTGAGACTTCAATGAATAGATTATTTGATTAAGGT  150

seq1  AATAAGGATGTTAATAAATGGAATTGCAAAAATCTTTGAAATATTATCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAGGATGTTAATAAATGGAATTGCAAAAATCTTTGAAATATTATCAG  200

seq1  CTGATCCAGACTCCCAGATCTGGATCCCTGGCTTCTTAGCATCCTAGACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATCCAGACTCCCAGATCTGGATCCCTGGCTTCTTAGCATCCTAGACA  250

seq1  ATTCTCTTATACATTCCCTTTACTCATGATGAATAGGCCAGTGGATGCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTCTTATACATTCCCTTTACTCATGATGAATAGGCCAGTGGATGCTT  300

seq1  AAATATGAACAAACTAAAAGAGTGTTTTGACATGAATAGTATTGAGACCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATGAACAAACTAAAAGAGTGTTTTGACATGAATAGTATTGAGACCC  350

seq1  ACACCTCTGTATCATACAGAAGCCTTGAGATTTTGGGCTCCCTGAGAACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCTCTGTATCATACAGAAGCCTTGAGATTTTGGGCTCCCTGAGAACT  400

seq1  CTCAATTGAAGATTCACTGCTCAGTGTACTATATTCAGCCTCTAGAATCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAATTGAAGATTCACTGCTCAGTGTACTATATTCAGCCTCTAGAATCC  450

seq1  CTCTCTTTATGGATTGTATCATACTTCTGTATTATTATAGGGGCTACTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTTTATGGATTGTATCATACTTCTGTATTATTATAGGGGCTACTGT  500

seq1  CATCATTTCATTCATACTCTATTCATATGAGGAAAATATTTTATATATAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCATTTCATTCATACTCTATTCATATGAGGAAAATATTTTATATATAC  550

seq1  ACACACACACACACATCAGAAAAGTAGAGATACTTACCACCCTAGCCTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACATCAGAAAAGTAGAGATACTTACCACCCTAGCCTGG  600

seq1  TTACCTGAGTTTGACCCATGAAGCTCATGTAAAGATTGAAGGAAAGAATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCTGAGTTTGACCCATGAAGCTCATGTAAAGATTGAAGGAAAGAATG  650

seq1  GGTTCCAAAAATGTGTTCTATGATATATGAAATATAGAGAGATGATAGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCCAAAAATGTGTTCTATGATATATGAAATATAGAGAGATGATAGAT  700

seq1  AGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAA  750

seq1  TCATATATGTTCACATACACACTAAATGTGCTTTGTTAAAGCTAGGGGCG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATATGTTCACATACACACTAAATGTGCTTTGTTAAAGCTAGGGGCG  800

seq1  AGTGAAGTGATTATCAGGAAACAAACCAGTATGTG-AAAAGAATATGTTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AGTGAAGTGATTATCAGGAAACAAACCAGTATGTGAAAAAGAATATGTTT  850

seq1  ATGCGAATG-ACAAAG-AAGTTGAAAGACTTAGGAAAATGCACTAGGAGC  897
      ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCGAATGAACAAAGAAAGTTGAAAGACTTAGGAAAATGCACTAGGAGC  900

seq1  AGTTGTTGTTCCATCACTGGTGACATCACAGGGGATGGCAAGCTCTCTCC  947
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AGTTGTTGTTCCATCACTGGTGACATCACAAGGGATGGCAAGCTCTCTCC  950

seq1  CGGATACT-ATAGAATGTCTAGACAAGGAAATGCTTATGTCATATGCTTA  996
      |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CGGATACTAATAGAATGTCTAGACAA-GAAATGCTTATGTCATATGCTTA  999

seq1  TGGCCTTGCTTCCTGCTAATGCTCTCCTTGTACTGATCAGAAGCTGAAGT  1046
      ||||  ||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||
seq2  TGGC--TGCT--CTGCTAATGCTCTTCTTGTACTGATCAGAAGCTG-AGT  1044

seq1  GTCCTTTCGATGAGACTCTTCTGGG-ACACAACCATTG-AGTACCTCCTC  1094
      || |||||||||||||   |||||| |||||| ||||| |||||||||||
seq2  GT-CTTTCGATGAGACCTCTCTGGGAACACAA-CATTGAAGTACCTCCTC  1092

seq1  ATTGCAAAGCCGAAAAGAGCCCTAGAATTTTATCTTCAAATAATCTACA  1143
      | |||||||| ||||||||  |||||| ||||||||| ||| |||||||
seq2  AATGCAAAGCGGAAAAGAG--CTAGAAGTTTATCTTCGAAT-ATCTACA  1138


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |