BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-243B10
Chromosome11 (Build37)
Map Location 36,851,406 - 36,947,429
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneOdz2
Downstream geneLOC100039148
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-243B10.bB6Ng01-243B10.g
ACCGA052567GA052568
length1,1941,110
definitionB6Ng01-243B10.b B6Ng01-243B10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(36,946,234 - 36,947,429)(36,851,406 - 36,852,527)
sequence
gaattcatagggcctaagattagaccctaagcatccatgctagaaatgct
agatgcagcagtgtatgtctataatcctataatcacagaccaggggaagc
agagacaggtggcttcctagagtgctggctggccagatgtcacacccaaa
tcaataagctctgggttcactaagagaccctgtctgaagaaatatgtagg
acagcaactaagaaagatactttgcctccacagtcacatacacacacaca
cacacacacacacacacacacacacacacacacacaagggggggcacaca
caaattctattgtaatgtttatagatatttgggatatatctatgttgtgt
caagttcttcaagaaagagttatagtcacactgtgtttcccttacgtctc
attgagtgtcttgtatttgtatgaattattatttagtatctctgtcctaa
cagaacttgtgtcctactgtttccatggctggcaaatttttcattcacac
caaggcccagattaaaatttgctgtcagaaatgacaagagccaggagtca
aaacagatatcataggattttagaaccctgcttaacagggtccattcctt
gcagttcactgttttgaacaggacagataggtgggctcctgatgtaggct
ggaaaatccacacctgccatttcctacccaacaattagcaattcgggcaa
catcatcaaccatgattccaatgctagtcctgtcccgtgttacctgtatt
acttccctagactctgggcatctcccatcacccaagctggagaagaacat
ttttccaattggaagagacctcttcagcaatgagaatgtatagcagaagt
ttatcagaagcaactctagctgccaggtggtgacagacctaacatctagc
tcatccagaaacaagcctggaatggctctttgaaatcagcaagtaccatc
tacccttttctttttctttttttttttttaattttttaaattagggtatt
ttctttatgtacatttccatgctatccaaaggcccccccaatacccccct
cccctacttaccacttcccacttcctggagctgcatcccctgtactgaag
cataataaagtttgccagacatgggcctctctttcactgatgctactgaa
catcttcgatacatatgcagctagagacaggagtttcctggggg

gaattcatttagcagagaatatttaaaggtaaaatctaaaaggcgaatgc
tgaattggaccttgaagagtcaatattaggaatttcctaatttaaaaaaa
aataagaagttacataaaacacttagaaactatattagaatattttccaa
aggtacgttctaataaggataatgcatcgatcctgctttggtacactgta
ggggaaatggcagaaaaatagaagttccaaattaaaatgcatcacggata
gaagtgtgatttaggacataacacaagtccaccaggagcacaggaaatat
cttctcacattcaatcgaggcaagggaatgtgccattgccttggtttagg
aagagtttcatatctagtccatcagggttaaaaaaaaaatccgtaagtta
cagagcttctctctgaaattatttgttaaatttaaattagaaaatctccc
caatttggccatctgagtatgagctgaatgaagaaaacaacagcagacat
tctaatgtggggaaactcacatggccacaatgctcccaaccaaacagtaa
agtttcaaagtttacctaacaggttgtgttactgttggtaaatattgata
tgcaattgataaatagccacatatggaattcaactggacacggatggaat
tctaaacatgctgatctaaatattctgaaacaatatagcacaccgatttc
tcatattccctaacaaaaccaaaccaaagagctgtatgttgttctgtgtg
aggttgtgtaatgaacaatgaagcctgtcttctattacagatggaaatga
tgtggacatttaaaacccctctgatttagttccatgcagaatacacttag
agaggccttactttacactacaacactctctcctacatattgagacaaaa
gtgtatttagatcattcgagcttcccacagtgacatgtctattagcccag
ctgacctaattgtaggacgtgtgaacaataaaaacaccacagcacacttt
cacaccacacccccaaaacacaacaagctgctctagaaacagagagtgaa
cagatgaaaagtttcaacgtgaaatggggttcaatagtctctgccgagaa
tgataatgct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_36946234_36947429
seq2: B6Ng01-243B10.b_47_1240 (reverse)

seq1  CCCCCAG--AACTCTTGTCTCTAGCTGCATATGTATCAGAAGATGGTCTA  48
      |||||||  ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| || |
seq2  CCCCCAGGAAACTCCTGTCTCTAGCTGCATATGTATC-GAAGATGTTC-A  48

seq1  GTAGGCCATCAGTGGAAAGAGAGGCCCATTGGTCTTGCAAACTTTA-TAT  97
      ||||  ||||||| |||||||||||||||  |||| |||||||||| |||
seq2  GTAG--CATCAGT-GAAAGAGAGGCCCAT--GTCTGGCAAACTTTATTAT  93

seq1  GCTTCAGTACAGGGGAATGCCAGGGCCAAGAAGTGGGAGTGGGTAGGTAG  147
      ||||||||||||||| ||| |||  ||| |||||||||   |||| ||||
seq2  GCTTCAGTACAGGGG-ATG-CAGCTCCAGGAAGTGGGAAGTGGTAAGTAG  141

seq1  GGGA-GGGGGTAT--GGGGGGCTTTTGGGATAGCATTGGAAATGTACATA  194
      |||| ||||||||  ||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||
seq2  GGGAGGGGGGTATTGGGGGGGCCTTT-GGATAGCA-TGGAAATGTACATA  189

seq1  AAGAAAATA-CCTAA-TTAAAAAATTAAAAAAAAAAAAGAAAAAAGAAAA  242
      ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||
seq2  AAGAAAATACCCTAATTTAAAAAATTAAAAAAAAAAAAAGAAAAAGAAAA  239

seq1  -GGTAGATGGTACTTGCTGATTTCAAAGAGCCATTCCAGGCTTGTTTCTG  291
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTAGATGGTACTTGCTGATTTCAAAGAGCCATTCCAGGCTTGTTTCTG  289

seq1  GATGAGCTAGATGTTAGGTCTGTCACCACCTGGCAGCTAGAGTTGCTTCT  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAGCTAGATGTTAGGTCTGTCACCACCTGGCAGCTAGAGTTGCTTCT  339

seq1  GATAAACTTCTGCTATACATTCTCATTGCTGAAGAGGTCTCTTCCAATTG  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAACTTCTGCTATACATTCTCATTGCTGAAGAGGTCTCTTCCAATTG  389

seq1  GAAAAATATTCTTCTCCAGCTTGGGTGATGGGAGATGCCCAGAGTCTAGG  441
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAATGTTCTTCTCCAGCTTGGGTGATGGGAGATGCCCAGAGTCTAGG  439

seq1  GAAGTAATACAGGTAACACGGGACAGGACTAGCATTGGAATCATGGTTGA  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTAATACAGGTAACACGGGACAGGACTAGCATTGGAATCATGGTTGA  489

seq1  TGATGTTGCCCGAATTGCTAATTGTTGGGTAGGAAATGGCAGGTGTGGAT  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTTGCCCGAATTGCTAATTGTTGGGTAGGAAATGGCAGGTGTGGAT  539

seq1  TTTCCAGCCTACATCAGGAGCCCACCTATCTGTCCTGTTCAAAACAGTGA  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCAGCCTACATCAGGAGCCCACCTATCTGTCCTGTTCAAAACAGTGA  589

seq1  ACTGCAAGGAATGGACCCTGTTAAGCAGGGTTCTAAAATCCTATGATATC  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCAAGGAATGGACCCTGTTAAGCAGGGTTCTAAAATCCTATGATATC  639

seq1  TGTTTTGACTCCTGGCTCTTGTCATTTCTGACAGCAAATTTTAATCTGGG  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTGACTCCTGGCTCTTGTCATTTCTGACAGCAAATTTTAATCTGGG  689

seq1  CCTTGGTGTGAATGAAAAATTTGCCAGCCATGGAAACAGTAGGACACAAG  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGTGTGAATGAAAAATTTGCCAGCCATGGAAACAGTAGGACACAAG  739

seq1  TTCTGTTAGGACAGAGATACTAAATAATAATTCATACAAATACAAGACAC  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTTAGGACAGAGATACTAAATAATAATTCATACAAATACAAGACAC  789

seq1  TCAATGAGACGTAAGGGAAACACAGTGTGACTATAACTCTTTCTTGAAGA  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATGAGACGTAAGGGAAACACAGTGTGACTATAACTCTTTCTTGAAGA  839

seq1  ACTTGACACAACATAGATATATCCCAAATATCTATAAACATTACAATAGA  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGACACAACATAGATATATCCCAAATATCTATAAACATTACAATAGA  889

seq1  ATTTGTGTGTGCCCCCCCTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTGTGTGCCCCCCCTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  939

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTATGTGACTGTGGAGGCAAAGTATCTTTCTTAGTT  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTATGTGACTGTGGAGGCAAAGTATCTTTCTTAGTT  989

seq1  GCTGTCCTACATATTTCTTCAGACAGGGTCTCTTAGTGAACCCAGAGCTT  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTCCTACATATTTCTTCAGACAGGGTCTCTTAGTGAACCCAGAGCTT  1039

seq1  ATTGATTTGGGTGTGACATCTGGCCAGCCAGCACTCTAGGAAGCCACCTG  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGATTTGGGTGTGACATCTGGCCAGCCAGCACTCTAGGAAGCCACCTG  1089

seq1  TCTCTGCTTCCCCTGGTCTGTGATTATAGGATTATAGACATACACTGCTG  1141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGCTTCCCCTGGTCTGTGATTATAGGATTATAGACATACACTGCTG  1139

seq1  CATCTAGCATTTCTAGCATGGATGCTTAGGGTCTAATCTTAGGCCCTATG  1191
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTAGCATTTCTAGCATGGATGCTTAGGGTCTAATCTTAGGCCCTATG  1189

seq1  AATTC  1196
      |||||
seq2  AATTC  1194


seq1: chr11_36851406_36852527
seq2: B6Ng01-243B10.g_66_1175

seq1  GAATTCATTTAGCAGAGAATATTTAAAGGTAAAATCTAAAAGGCGAATGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTTAGCAGAGAATATTTAAAGGTAAAATCTAAAAGGCGAATGC  50

seq1  TGAATTGGACCTTGAAGAGTCAATATTAGGAATTTCCTAATTTAAAAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTGGACCTTGAAGAGTCAATATTAGGAATTTCCTAATTTAAAAAAA  100

seq1  AATAAGAAGTTACATAAAACACTTAGAAACTATATTAGAATATTTTCCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAGAAGTTACATAAAACACTTAGAAACTATATTAGAATATTTTCCAA  150

seq1  AGGTACGTTCTAATAAGGATAATGCATCGATCCTGCTTTGGTACACTGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTACGTTCTAATAAGGATAATGCATCGATCCTGCTTTGGTACACTGTA  200

seq1  GGGGAAATGGCAGAAAAATAGAAGTTCCAAATTAAAATGCATCACGGATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAAATGGCAGAAAAATAGAAGTTCCAAATTAAAATGCATCACGGATA  250

seq1  GAAGTGTGATTTAGGACATAACACAAGTCCACCAGGAGCACAGGAAATAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGTGATTTAGGACATAACACAAGTCCACCAGGAGCACAGGAAATAT  300

seq1  CTTCTCACATTCAATCGAGGCAAGGGAATGTGCCATTGCCTTGGTTTAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCACATTCAATCGAGGCAAGGGAATGTGCCATTGCCTTGGTTTAGG  350

seq1  AAGAGTTTCATATCTAGTCCATCAGGGTTAAAAAAAAAATCCGTAAGTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTTTCATATCTAGTCCATCAGGGTTAAAAAAAAAATCCGTAAGTTA  400

seq1  CAGAGCTTCTCTCTGAAATTATTTGTTAAATTTAAATTAGAAAATCTCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCTTCTCTCTGAAATTATTTGTTAAATTTAAATTAGAAAATCTCCC  450

seq1  CAATTTGGCCATCTGAGTATGAGCTGAATGAAGAAAACAACAGCAGACAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTTGGCCATCTGAGTATGAGCTGAATGAAGAAAACAACAGCAGACAT  500

seq1  TCTAATGTGGGGAAACTCACATGGCCACAATGCTCCCAACCAAACAGTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAATGTGGGGAAACTCACATGGCCACAATGCTCCCAACCAAACAGTAA  550

seq1  AGTTTCAAAGTTTACCTAACAGGTTGTGTTACTGTTGGTAAATATTGATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTCAAAGTTTACCTAACAGGTTGTGTTACTGTTGGTAAATATTGATA  600

seq1  TGCAATTGATAAATAGCCACATATGGAATTCAACTGGACACGGATGGAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAATTGATAAATAGCCACATATGGAATTCAACTGGACACGGATGGAAT  650

seq1  TCTAAACATGCTGATCTAAATATTCTGAAACAATATAGCACACCGATTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAACATGCTGATCTAAATATTCTGAAACAATATAGCACACCGATTTC  700

seq1  TCATATTCCCTAACAAAACCAAACCAAAGAGCTGTATGTTGTTCTGTGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATTCCCTAACAAAACCAAACCAAAGAGCTGTATGTTGTTCTGTGTG  750

seq1  AGGTTGTGTAATGAACAATGAAGCCTGTCTTCTATTACAGATGGAAATGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTGTGTAATGAACAATGAAGCCTGTCTTCTATTACAGATGGAAATGA  800

seq1  TGTGGACATTTAAAACCCCTCTGATTTAGTTCCATGCAGAATACACTTAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGACATTTAAAACCCCTCTGATTTAGTTCCATGCAGAATACACTTAG  850

seq1  AGAGGCCTTACTTTACACTACAACACTCTCTCCTACATATTGAGACAAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCCTTACTTTACACTACAACACTCTCTCCTACATATTGAGACAAAA  900

seq1  GTGTATTTAGATCATTCGAGCTTCCCACAGTGACATGTCTATTAGCCCAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATTTAGATCATTCGAGCTTCCCACAGTGACATGTCTATTAGCCCAG  950

seq1  CTGACCTAATTGTAGGACGTGTGAACAATAAAACAACCACAGCACACTTT  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||
seq2  CTGACCTAATTGTAGGACGTGTGAACAATAAAAACACCACAGCACACTTT  1000

seq1  CACACCACA-CCCCAAAACACAACAAGCTGCTCTTAGAAAACCAGAGAGT  1049
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||| 
seq2  CACACCACACCCCCAAAACACAACAAGCTGCTC-TAGAAA--CAGAGAG-  1046

seq1  TGAACAGATGAAAAGTTTCAAAACCGTGAAAATGGGGTTTCAATAGTCTC  1099
      |||||||||||||||||||||   |||| |||||||| ||||||||||||
seq2  TGAACAGATGAAAAGTTTCAA---CGTG-AAATGGGG-TTCAATAGTCTC  1091

seq1  CTGGCAGAGAAATGATAAATGCT  1122
         || ||| |||||| ||||||
seq2  --TGCCGAG-AATGAT-AATGCT  1110


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |