BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-244B08
Chromosome11 (Build37)
Map Location 78,367,029 - 78,591,433
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNlk, LOC100043570, LOC100042674, 1810009O10Rik
Upstream geneTaok1, LOC668641, Nufip2, Cryba1, LOC100043506, Myo18a, Pipox, Sez6, LOC100043518, Phf12, Dhrs13, Flot2, Eral1, BC017647, LOC100043525, Traf4, Nek8, Tlcd1, Rpl23a, Rab34, 4933404M19Rik, Supt6h, Sdf2, 2610507B11Rik, BC030499, LOC100043544, LOC100042648, Spag5, Aldoc, Pigs, Unc119, Foxn1, OTTMUSG00000000132, Slc13a2, Slc46a1, A830091I15Rik, Vtn, Og9x, AI316787, Poldip2, Tnfaip1, Ift20, Tmem97
Downstream gene1810012P15Rik, Nos2, Lgals9, Ksr1, LOC100042697, Wsb1, Nf1, Omg, Evi2b, Evi2a, Rab11fip4, OTTMUSG00000000185
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-244B08.bB6Ng01-244B08.g
ACCGA053305GA053306
length1,1661,021
definitionB6Ng01-244B08.b B6Ng01-244B08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(78,590,262 - 78,591,433)(78,367,029 - 78,368,049)
sequence
gaattcctattgtcagcaagagccagaataaccacagcccccactcctgc
ctcagccagcacctccattctgcagcggccacccagcctcaggctttgac
cagtgagcctacagatgcagctgtccctagtcccaggagtcacagggagg
cctggataataagacctagcaggcagggtccccagcttccccactaaaca
ctgagtttgaatcacaaaggaacctgcagtccccacctctcagttgcact
tgcagctcccagtggtgggagaagttaggaagaattcccacaatggacat
tgttaggtctgcaggaaaactcccaagaaccccaaaagggcaggtctctt
ggtccaaaatggcagcctctgctcagctcacactggcagatcctttcagg
acctcttgggaacctgtctatgaggaagttacttccctatctccccttcc
tctggcagatgaggaatctggccctctattaacttgtacctctggtgcgc
accagagccaatgccagcccgtggagtcctgtccctattcacgtgtactt
gttgtgcaccacaaagcccaagctagaatcctccatgctcctcactcctt
cctctaacctgaactctgaagccatccccgttcgctcctcccagctactt
gttcttataaatggcatgatccccaacaccctgcttctccatccctggtc
atgtctccactgtgtcttttgctttctgccttagactcttccagatacct
ctggatgctctctcttacccctaataaaaatctcccaatcatggagtggc
catctcagtggtatcttttctgtgccctcgattccagtcatcacaactaa
atttgtacacctaaagtgcacaaaagattgcatatgtgtcttagtcatga
ccaggaagcaaagttggggaggaaaggatttatccagcttacacttccat
actgctgttcatcaccaaaggaagtcaggactggaactcacacagggcaa
gaagcagagagctgatgcagaggcacagagattgtgcttgcttctgcttg
cttcacagcccagatggcaccacccacaaggaccttcccacttatcaact
aatgagaaacatgcttacagcctggaatcctcaatgaagcattcctcaag
gaggctccctttctct
gaattcctttgcaatgttaagacaaatgcgcttgctttttcctaggggtc
aaggggctaaagtcaaaaaatgctgattggtggtataatcacaagggaac
atggggtggatgactgaattgatctataaatgaaagactgggtctgagag
agctgagatctctggagatcttcagaaagctttctggaacagaacacagg
ctgtcagcttgtaccccatggttgactttgagctgttctttggctgcttt
caaacaccccttctctcaggaacccctctgcccgagctgagggtcgtcct
tggcaggatggtgctaggaacagggattgagacaagggaaggtgaatatt
ttgggcaagtttgatttaggacagatttcacttacggtgttttcaaacct
cccagtgtgagatagagctgggtaaaggaatgaagatttggttaaaaaaa
aattgggccaagcaaatttaataagcagagaaatgtatgttaaggttttt
gaaagaagtcatttgtaagaaaggtgtcaagatgcaggcagacaaggctt
ttgcaatatttcttggagttcatacagaaagttagttcattgttccctga
aaaggggtattgagccatgatacatggcataagattggtaaacatttgca
agcaagtgggtacagatacatgaaggtgaagaaaccctgagctcactctc
ttcttgtgggacacgattaagtaaacctgttttttttttttaagatttat
tattttatgtatattggcacactagctgtgtagccttcatgtgaaggttg
tgagtcttcgtgtggttgttgggaattgaattttagaacctctactctct
ctggttggtcctgctcactcaggcccaaagattttatttattatacataa
gtacactgtagctgacttcagacgcaccagaggagggcatcagctctcat
tacagtggttggttgtgagcaactatgtaactgctatagctgctgtgatg
agctcaaggaccttcagagga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_78590262_78591433
seq2: B6Ng01-244B08.b_47_1212 (reverse)

seq1  AGAGAAA-GGAGCCTCCCTTGAGGAAATGCCTCCATGAG--ATCCA-GCT  46
      ||||||| ||||||| |||||||| ||||| ||  ||||   |||| |||
seq2  AGAGAAAGGGAGCCT-CCTTGAGG-AATGCTTCATTGAGGATTCCAGGCT  48

seq1  GTAAGGCATG-TTCTCAATTAGTGACCAAGTGGGGAGGGTCCCTTGTGGG  95
      |||| ||||| ||||| ||||||    ||||||| |||   |||||||||
seq2  GTAA-GCATGTTTCTC-ATTAGTTGATAAGTGGGAAGG--TCCTTGTGGG  94

seq1  TGGTGCCATCCCTGGGCTGTGAAAGCAAGCAGAAGCAAGCACAATCCTCT  145
      |||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TGGTGCCAT--CTGGGCTGTG-AAGCAAGCAGAAGCAAGCACAAT-CTCT  140

seq1  GTGGCCTCTGCATCAGCTCCTCCTGCTTCCTGCCCTGTGTGAGTTCCAGT  195
      || ||||||||||||||||   ||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GT-GCCTCTGCATCAGCTC--TCTGCTTCTTGCCCTGTGTGAGTTCCAGT  187

seq1  CCTGACTTCCTTTGGTGATGAACAGCAGTATGGAAGTGTAAGCTGGATAA  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGACTTCCTTTGGTGATGAACAGCAGTATGGAAGTGTAAGCTGGATAA  237

seq1  ATCCTTTCCTCCCCAAC-TTGCTTCCTGGTCATGACTAAGACACATATGC  294
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTTCCTCCCCAACTTTGCTTCCTGGTCATGACTAAGACACATATGC  287

seq1  AATCTTTTGTGCACTTTAGGTGTACAAA-TTAGTTGTGATGACTGGAATC  343
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AATCTTTTGTGCACTTTAGGTGTACAAATTTAGTTGTGATGACTGGAATC  337

seq1  GAGGGCACAGAAAAGATACCACTGAGATGGCCACTCCATGATTGGGAGAT  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGCACAGAAAAGATACCACTGAGATGGCCACTCCATGATTGGGAGAT  387

seq1  TTTTATTAGGGGTAAGAGAGAGCATCCAGAGGTATCTGGAAGAGTCTAAG  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTAGGGGTAAGAGAGAGCATCCAGAGGTATCTGGAAGAGTCTAAG  437

seq1  GCAGAAAGCAAAAGACACAGTGGAGACATGACCAGGGATGGAGAAGCAGG  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAAAGCAAAAGACACAGTGGAGACATGACCAGGGATGGAGAAGCAGG  487

seq1  GTGTTGGGGATCATGCCATTTATAAGAACAAGTAGCTGGGAGGAGCGAAC  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTGGGGATCATGCCATTTATAAGAACAAGTAGCTGGGAGGAGCGAAC  537

seq1  GGGGATGGCTTCAGAGTTCAGGTTAGAGGAAGGAGTGAGGAGCATGGAGG  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGATGGCTTCAGAGTTCAGGTTAGAGGAAGGAGTGAGGAGCATGGAGG  587

seq1  ATTCTAGCTTGGGCTTTGTGGTGCACAACAAGTACACGTGAATAGGGACA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTAGCTTGGGCTTTGTGGTGCACAACAAGTACACGTGAATAGGGACA  637

seq1  GGACTCCACGGGCTGGCATTGGCTCTGGTGCGCACCAGAGGTACAAGTTA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTCCACGGGCTGGCATTGGCTCTGGTGCGCACCAGAGGTACAAGTTA  687

seq1  ATAGAGGGCCAGATTCCTCATCTGCCAGAGGAAGGGGAGATAGGGAAGTA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAGGGCCAGATTCCTCATCTGCCAGAGGAAGGGGAGATAGGGAAGTA  737

seq1  ACTTCCTCATAGACAGGTTCCCAAGAGGTCCTGAAAGGATCTGCCAGTGT  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCCTCATAGACAGGTTCCCAAGAGGTCCTGAAAGGATCTGCCAGTGT  787

seq1  GAGCTGAGCAGAGGCTGCCATTTTGGACCAAGAGACCTGCCCTTTTGGGG  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGAGCAGAGGCTGCCATTTTGGACCAAGAGACCTGCCCTTTTGGGG  837

seq1  TTCTTGGGAGTTTTCCTGCAGACCTAACAATGTCCATTGTGGGAATTCTT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGGGAGTTTTCCTGCAGACCTAACAATGTCCATTGTGGGAATTCTT  887

seq1  CCTAACTTCTCCCACCACTGGGAGCTGCAAGTGCAACTGAGAGGTGGGGA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAACTTCTCCCACCACTGGGAGCTGCAAGTGCAACTGAGAGGTGGGGA  937

seq1  CTGCAGGTTCCTTTGTGATTCAAACTCAGTGTTTAGTGGGGAAGCTGGGG  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGGTTCCTTTGTGATTCAAACTCAGTGTTTAGTGGGGAAGCTGGGG  987

seq1  ACCCTGCCTGCTAGGTCTTATTATCCAGGCCTCCCTGTGACTCCTGGGAC  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTGCCTGCTAGGTCTTATTATCCAGGCCTCCCTGTGACTCCTGGGAC  1037

seq1  TAGGGACAGCTGCATCTGTAGGCTCACTGGTCAAAGCCTGAGGCTGGGTG  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGACAGCTGCATCTGTAGGCTCACTGGTCAAAGCCTGAGGCTGGGTG  1087

seq1  GCCGCTGCAGAATGGAGGTGCTGGCTGAGGCAGGAGTGGGGGCTGTGGTT  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGCTGCAGAATGGAGGTGCTGGCTGAGGCAGGAGTGGGGGCTGTGGTT  1137

seq1  ATTCTGGCTCTTGCTGACAATAGGAATTC  1172
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGGCTCTTGCTGACAATAGGAATTC  1166

seq1: chr11_78367029_78368049
seq2: B6Ng01-244B08.g_67_1087

seq1  GAATTCCTTTGCAATGTTAAGACAAATGCGCTTGCTTTTTCCTAGGGGTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTTGCAATGTTAAGACAAATGCGCTTGCTTTTTCCTAGGGGTC  50

seq1  AAGGGGCTAAAGTCAAAAAATGCTGATTGGTGGTATAATCACAAGGGAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGGCTAAAGTCAAAAAATGCTGATTGGTGGTATAATCACAAGGGAAC  100

seq1  ATGGGGTGGATGACTGAATTGATCTATAAATGAAAGACTGGGTCTGAGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGGTGGATGACTGAATTGATCTATAAATGAAAGACTGGGTCTGAGAG  150

seq1  AGCTGAGATCTCTGGAGATCTTCAGAAAGCTTTCTGGAACAGAACACAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGAGATCTCTGGAGATCTTCAGAAAGCTTTCTGGAACAGAACACAGG  200

seq1  CTGTCAGCTTGTACCCCATGGTTGACTTTGAGCTGTTCTTTGGCTGCTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCAGCTTGTACCCCATGGTTGACTTTGAGCTGTTCTTTGGCTGCTTT  250

seq1  CAAACACCCCTTCTCTCAGGAACCCCTCTGCCCGAGCTGAGGGTCGTCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACACCCCTTCTCTCAGGAACCCCTCTGCCCGAGCTGAGGGTCGTCCT  300

seq1  TGGCAGGATGGTGCTAGGAACAGGGATTGAGACAAGGGAAGGTGAATATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAGGATGGTGCTAGGAACAGGGATTGAGACAAGGGAAGGTGAATATT  350

seq1  TTGGGCAAGTTTGATTTAGGACAGATTTCACTTACGGTGTTTTCAAACCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGCAAGTTTGATTTAGGACAGATTTCACTTACGGTGTTTTCAAACCT  400

seq1  CCCAGTGTGAGATAGAGCTGGGTAAAGGAATGAAGATTTGGTTAAAAAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGTGTGAGATAGAGCTGGGTAAAGGAATGAAGATTTGGTTAAAAAAA  450

seq1  AATTGGGCCAAGCAAATTTAATAAGCAGAGAAATGTATGTTAAGGTTTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGGGCCAAGCAAATTTAATAAGCAGAGAAATGTATGTTAAGGTTTTT  500

seq1  GAAAGAAGTCATTTGTAAGAAAGGTGTCAAGATGCAGGCAGACAAGGCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAAGTCATTTGTAAGAAAGGTGTCAAGATGCAGGCAGACAAGGCTT  550

seq1  TTGCAATATTTCTTGGAGTTCATACAGAAAGTTAGTTCATTGTTCCCTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAATATTTCTTGGAGTTCATACAGAAAGTTAGTTCATTGTTCCCTGA  600

seq1  AAAGGGGTATTGAGCCATGATACATGGCATAAGATTGGTAAACATTTGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGGTATTGAGCCATGATACATGGCATAAGATTGGTAAACATTTGCA  650

seq1  AGCAAGTGGGTACAGATACATGAAGGTGAAGAAACCCTGAGCTCACTCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGTGGGTACAGATACATGAAGGTGAAGAAACCCTGAGCTCACTCTC  700

seq1  TTCTTGTGGGACACGATTAAGTAAACCTG-TTTTTTTTTTTAAGATTTAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGTGGGACACGATTAAGTAAACCTGTTTTTTTTTTTTAAGATTTAT  750

seq1  TATTTTATGTATATTGGCACACTAGCTGTGTAGCCTTCATGTGAAGGTTG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTATGTATATTGGCACACTAGCTGTGTAGCCTTCATGTGAAGGTTG  800

seq1  TGAGTCTTCGTGTGGTTGTTGGGAATTGAATTTTAGAACCTCTACTCTCT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTCTTCGTGTGGTTGTTGGGAATTGAATTTTAGAACCTCTACTCTCT  850

seq1  CTGGTTGGTCCTGCTCACTCAGGCCCAAAGA-TTTATTTATTATACATAA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CTGGTTGGTCCTGCTCACTCAGGCCCAAAGATTTTATTTATTATACATAA  900

seq1  GTACACTGTAGCTGACTTCAGACGCACCAGAAGAGGGCATCAGCTCTCAT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GTACACTGTAGCTGACTTCAGACGCACCAGAGGAGGGCATCAGCTCTCAT  950

seq1  TACAGGTGGTTGGTTGTGAGCCACCATGTAGCTGCTATAGCTGCTGTGAA  998
      |||| |||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||| 
seq2  TACA-GTGGTTGGTTGTGAGCAACTATGTAACTGCTATAGCTGCTGTGA-  998

seq1  TTGAGCTC-AGGACCTTCAGAAGA  1021
       ||||||| |||||||||||| ||
seq2  -TGAGCTCAAGGACCTTCAGAGGA  1021