BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-249H21
Chromosome11 (Build37)
Map Location 96,794,690 - 96,936,396
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAtad4, Pnpo, D030028A08Rik, Sp2, Sp6, Scrn2, Lrrc46, Mrpl10, Osbpl7
Upstream geneIgf2bp1, LOC100040040, Gip, Snf8, Ube2z, Atp5g1, Ndp52, Ttll6, Hoxb13, LOC432593, LOC100039639, Gm53, Hoxb9, Hoxb8, Hoxb7, Hoxb6, Hoxb5, Hoxb4, Hoxb3, Hoxb2, Hoxb1, LOC100040242, OTTMUSG00000001775, Skap1, Snx11, Cbx1, LOC629750, Nfe2l1, Copz2, LOC100040373, LOC665436, Cdk5rap3
Downstream geneTbx21, Tbkbp1, Kpnb1, Npepps, EG665490, Mrpl45, Gpr179, Socs7, 4933428G20Rik, P140, 2410003L11Rik, E130012A19Rik, Mllt6, Mel13, Pcgf2, Psmb3, Pip5k2b, 2810474C18Rik, Ccdc49, LOC100040708, 1700001P01Rik, Rpl23, Lasp1, B230217C12Rik, Fbxo47, Plxdc1, Arl5c, Cacnb1, Rpl19, Stac2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-249H21.bB6Ng01-249H21.g
ACCGA057298GA057299
length914721
definitionB6Ng01-249H21.b B6Ng01-249H21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(96,794,690 - 96,795,598)(96,935,842 - 96,936,396)
sequence
ggaattcctaggttcataagaccaggctgccaacatttccaggctcagag
ctgcctttgcaaacctctgtagagattaatttccccccaggcttccgccc
cctctgcctgtcttccatgctgcagacattagcaatggcttctttcccag
gccttcctgtagctcataagaacctttgtggaaattaataaaagatgagg
cctatgtagaggtggctctatgtcgggacacatggctcacgagcagagaa
gtctggatttcaaccccccagtcccatcttatgcgttatagaggggtcca
gtacaatccgtgaggatggcatctcacaggctccacctgactgccttgca
aatctttaactctccttcaagcacttgtcccacggccgcttggtgggggt
agaacagggtgctaaccattattccacctcctgagttttactctgtaaag
caggtcctacccgtgtagacgggcagtagctgttaaggctgaatgtcagg
gttgcgtgggatggataaacaaactgaggcctagagatgtaacctggcta
gacatcaagagcccaagattatccagccctagacagcagcagccctctcc
tcatcactgctgggagtgacaagtggctggaactatcacaaactctattt
cattctgtcatgtgcttctgctggtgtgacctgtcaacggtctgccaaca
ctgggcagtggtgggaaggacttggtcatggtggcaaagaccaggatatg
tgtggttaggtaggggtttccctagtttacagcttggaaggaaggacctc
aaagctcgctctctgcagctttgtaaaggcaatggagttagggttgtctc
actgtccctttgcctggttccgtgtccagtctttcctgtataatggttgc
ttttgggggctctt
gaattctggaaaaagcagagagatggtgtactggctgttttgtgtgtcaa
cttgacacaagctggagttatcacagagaaaggagcctcccttgaggaaa
ttcctccatgagatccagctgtaaggcattttctcaattattgatcaagg
gtgggagggccccttgtgggtggtgctatcgtgggctggtggtcctgggt
tctataagaaagcaagctgagcaagccaggggaagcaagccagtaagaaa
cattcctccatggcctctgcatcagctcctgctccctgacctgcttgagt
tccagtcctgacttccttaagtgatgaacagcaacgtggaaagtgtaagc
tgaataaaccctttcctccccaactgcttcttggtcatggtgttgtgtgc
aggaacagaaaccctgactaggacagatggagaaagggggcagagtgaca
catgcttacaatcttagctttgggagatggtcaaggcagggggggcaggg
gttcaagccgccttcccacagtgaagggtagagccagccttgtttcaaaa
gaagagagggtgctgggcatggtggtacccacccttagtcccacacttgg
gaggtagagagacacaggtggacttctgtgagttcaaagtcagctaaggc
tacatagtgagattctgtctccaaaaaaaggaagaaaaaaaacaaacaaa
ggagggagggaggggagggag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_96794690_96795598
seq2: B6Ng01-249H21.b_49_961

seq1  GAATTCCTAGGTTCATAAGACCAGGCTGCCAACATTTCCAGGCTCAGAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTAGGTTCATAAGACCAGGCTGCCAACATTTCCAGGCTCAGAGC  50

seq1  TGCCTTTGCAAACCTCTGTAGAGATTAATTTCCCCCCAGGCTTCCGCCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTTGCAAACCTCTGTAGAGATTAATTTCCCCCCAGGCTTCCGCCCC  100

seq1  CTCTGCCTGTCTTCCATGCTGCAGACATTAGCAATGGCTTCTTTCCCAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCCTGTCTTCCATGCTGCAGACATTAGCAATGGCTTCTTTCCCAGG  150

seq1  CCTTCCTGTAGCTCATAAGAACCTTTGTGGAAATTAATAAAAGATGAGGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCTGTAGCTCATAAGAACCTTTGTGGAAATTAATAAAAGATGAGGC  200

seq1  CTATGTAGAGGTGGCTCTATGTCGGGACACATGGCTCACGAGCAGAGAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGTAGAGGTGGCTCTATGTCGGGACACATGGCTCACGAGCAGAGAAG  250

seq1  TCTGGATTTCAACCCCCCAGTCCCATCTTATGCGTTATAGAGGGGTCCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGATTTCAACCCCCCAGTCCCATCTTATGCGTTATAGAGGGGTCCAG  300

seq1  TACAATCCGTGAGGATGGCATCTCACAGGCTCCACCTGACTGCCTTGCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATCCGTGAGGATGGCATCTCACAGGCTCCACCTGACTGCCTTGCAA  350

seq1  ATCTTTAACTCTCCTTCAAGCACTTGTCCCACGGCCGCTTGGTGGGGGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTAACTCTCCTTCAAGCACTTGTCCCACGGCCGCTTGGTGGGGGTA  400

seq1  GAACAGGGTGCTAACCATTATTCCACCTCCTGAGTTTTACTCTGTAAAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAGGGTGCTAACCATTATTCCACCTCCTGAGTTTTACTCTGTAAAGC  450

seq1  AGGTCCTACCCGTGTAGACGGGCAGTAGCTGTTAAGGCTGAATGTCAGGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCCTACCCGTGTAGACGGGCAGTAGCTGTTAAGGCTGAATGTCAGGG  500

seq1  TTGCGTGGGATGGATAAACAAACTGAGGCCTAGAGATGTAACCTGGCTAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCGTGGGATGGATAAACAAACTGAGGCCTAGAGATGTAACCTGGCTAG  550

seq1  ACATCAAGAGCCCAAGATTATCCAGCCCTAGACAGCAGCAGCCCTCTCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCAAGAGCCCAAGATTATCCAGCCCTAGACAGCAGCAGCCCTCTCCT  600

seq1  CATCACTGCTGGGAGTGACAAGTGGCTGGAACTATCACAAACTCTATTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCACTGCTGGGAGTGACAAGTGGCTGGAACTATCACAAACTCTATTTC  650

seq1  ATTCTGTCATGTGCTTCTGCTGGTGTGACCTGTCAACGGTCTGCCAACAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGTCATGTGCTTCTGCTGGTGTGACCTGTCAACGGTCTGCCAACAC  700

seq1  TGGGCAGTGGTGGGAAGGACTTGGTCATGGTGGCAAAGACCAGGATATGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCAGTGGTGGGAAGGACTTGGTCATGGTGGCAAAGACCAGGATATGT  750

seq1  GTGGTTAGGTAGGGGTTTCCCTAGTTTACAGCTTGGAAGGAAGGACCTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTTAGGTAGGGGTTTCCCTAGTTTACAGCTTGGAAGGAAGGACCTCA  800

seq1  AAGCTCGCTCTCTGCAGCTTTGT-AAGGCAATGGAG-TAGGGTTGTCTCA  848
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||
seq2  AAGCTCGCTCTCTGCAGCTTTGTAAAGGCAATGGAGTTAGGGTTGTCTCA  850

seq1  CTGTCCCTCTGCCTGGTTCCGTGTCGTGTCTTTCCTGT-TAATGGCTGC-  896
      |||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||| |||||| ||| 
seq2  CTGTCCCTTTGCCTGGTTCCGTGTCCAGTCTTTCCTGTATAATGGTTGCT  900

seq1  TTTGGGGGCTCTT  909
      |||||||||||||
seq2  TTTGGGGGCTCTT  913

seq1: chr11_96935842_96936396
seq2: B6Ng01-249H21.g_245_784 (reverse)

seq1  CTCCCTCCCTCTCTTCCTCCCT-CCCTCCCTCCCTCCTTTGTTTGTTTTT  49
                      |||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ----------------CTCCCTCCCCTCCCTCCCTCCTTTGTTTGTTTTT  34

seq1  TTTCTTCCTTTTTTTGGAGACAGAATCTCACTATGTAGCCTTAGCTGACT  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTCCTTTTTTTGGAGACAGAATCTCACTATGTAGCCTTAGCTGACT  84

seq1  TTGAACTCACAGAAGTCCACCTGTGTCTCTCTACCTCCCAAGTGTGGGAC  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAACTCACAGAAGTCCACCTGTGTCTCTCTACCTCCCAAGTGTGGGAC  134

seq1  TAAGGGTGGGTACCACCATGCCCAGCACCCTCTCTTCTTTTGAAACAAGG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGGTGGGTACCACCATGCCCAGCACCCTCTCTTCTTTTGAAACAAGG  184

seq1  CTGGCTCTACCCTTCACTGTGGGAAGGCGGCTTGAACCCCTGCCCCCCCT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTCTACCCTTCACTGTGGGAAGGCGGCTTGAACCCCTGCCCCCCCT  234

seq1  GCCTTGACCATCTCCCAAAGCTAAGATTGTAAGCATGTGTCACTCTGCCC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGACCATCTCCCAAAGCTAAGATTGTAAGCATGTGTCACTCTGCCC  284

seq1  CCTTTCTCCATCTGTCCTAGTCAGGGTTTCTGTTCCTGCACACAACACCA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCTCCATCTGTCCTAGTCAGGGTTTCTGTTCCTGCACACAACACCA  334

seq1  TGACCAAGAAGCAGTTGGGGAGGAAAGGGTTTATTCAGCTTACACTTTCC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCAAGAAGCAGTTGGGGAGGAAAGGGTTTATTCAGCTTACACTTTCC  384

seq1  ACGTTGCTGTTCATCACTTAAGGAAGTCAGGACTGGAACTCAAGCAGGTC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTTGCTGTTCATCACTTAAGGAAGTCAGGACTGGAACTCAAGCAGGTC  434

seq1  AGGGAGCAGGAGCTGATGCAGAGGCCATGGAGGAATGTTTCTTACTGGCT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGCAGGAGCTGATGCAGAGGCCATGGAGGAATGTTTCTTACTGGCT  484

seq1  TGCTTCCCCTGGCTTGCTCAGCTTGCTTTCTTATAGAACCCAGGACCACC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCCCCTGGCTTGCTCAGCTTGCTTTCTTATAGAACCCAGGACCACC  534

seq1  AGCCCA  555
      ||||||
seq2  AGCCCA  540