BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-249O23
Chromosome11 (Build37)
Map Location 11,793,912 - 11,923,868
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGrb10
Upstream geneVwc2, Zpbp, LOC625132, EG432534, 4930415F15Rik, Ikzf1, Fignl1, Ddc
Downstream geneCobl, LOC627244
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-249O23.bB6Ng01-249O23.g
ACCGA057625GA057626
length1,0021,100
definitionB6Ng01-249O23.b B6Ng01-249O23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(11,922,870 - 11,923,868)(11,793,912 - 11,795,007)
sequence
gaattcactgactttcaacctttgtggtcccacaaaaaccagacagttcc
atacttatgacgtagaaagaatgccttatgaagctttcttgggttagcac
aggtgaacgtgccattgtagacctgggggactgtggtctgatgataccca
gggtagcagggtattaggcagaggtgggaaggggtatgaccttggagcac
atactgctcagcccacatcttcagactccatttagcccttgctgcatcag
aaatggaatctactaccatcactgtgaggcccgttggagattctttagtt
tttttttttattattatttatacattttatttagagggtggctcaggcac
agaccatgcgtagaggttaccagacaatgtaagtcctcttctttcaccat
gggggacctagggattgaatccaggttgctgtgcttgatggcaaacgact
ttatttgatgaaccatctcaccagcccccatggctggttcctaatggaca
tgaagctggagaagagatgctgtgttctgggccttgtaaccacgtgggct
ttggagtattagggcaaaaggttggcaacttcttctggcagagttactgc
ctaactagagggacaacagcaaaatgaggggtggtgtggaagcagtctta
gccctttggactctgggaagtctgggagagtgtcataaagagttcctttg
tttgagccatcttgttctctatttcatcccatttttaaaaaggaagtcga
cctgggccccaggattccagcttccaccagtgcagggacactgaaaggca
aatctgacagttggtacagccactcatcacatccaaaattgtttgaatgg
actgcattttgcttgtatccatagaatacattatagagggtacatgactg
gagatagtttgactcaattttttattttaaattttttgatagtttcataa
gtgaattacatagttatcacttctcattctaggcagtaagttatttaact
tt

gaattcaggattctcatgggcatgtgaatatgtctttgtggttggtagtc
agagaaaggaactgtttatgattaacagatagggttgagtcagcatgtta
tagggcaacccttgtcctggcacttatctttaaagttttaatatcatgtt
tattaatttaggtggatttccaggtcaacagtcataccttctcagagtgt
gccaatttgactttcttctggtctttatgggggacccagatacatctggc
tgtggggctctcacacacagcagccactgctgttgaacaaataactgctc
aatctattttacaagctaaaatagattgtttataaactgaagcctttccc
cgtcaaaaacaatgctagtgtaaaactataattgaactataattgaaaac
tattatatatgaagaagggaaaaaaagtctttgttttcactcctttgtaa
tagtgatacactttttactttttaagatgtggctaccagaacacctaaaa
tttcagattactcaggcacctgaccccgaaaattcttactcctaaagaat
attgaaaaacctttactttaggacaatattgattagaagcagttagcaag
taacctggtcctattgacattgaaaggaatgctcctaacattttgctatt
aattataactgggaattcagtattgggttttcttctgttcttcttcttat
aataaatgcttaagtgaatcaacctgggagatttcaaaactgttgatgtg
atgactgacaggtagtttggatctggagtgacccagaggacatgggacga
gccccagacaccccccccccccattccccccacagtcccacatcataaat
ggtgttatttggaggcggtggaagcttaaagggttggatctacctgaacc
tttggtcactgataacatgaatgggattatggggcgcagtctcttccttc
tttcttttcacttatacttgacttatgatgtaaaggggttaggatttcat
gatgctcttgtttggctagatgcaaagtccattatatgagtagagatctc
aacttgtgaaattgcttgtgtgttcagaatgttttaatttacatctcact
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_11922870_11923868
seq2: B6Ng01-249O23.b_45_1046 (reverse)

seq1  AAAGTTAAA-AACTTACTGCCTAG-ATTAGAAGTGATAACTATTGTAATT  48
      ||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||
seq2  AAAGTTAAATAACTTACTGCCTAGAATGAGAAGTGATAACTA-TGTAATT  49

seq1  CACTTATGAAACTATCAAAAAATTTAAATTAAAAAAATTGAGTCAAACTA  98
      |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||
seq2  CACTTATGAAACTATCAAAAAATTTAAAAT-AAAAAATTGAGTCAAACTA  98

seq1  TCTCCAGTCATGTACCCTCTATAATGTATTCTATGGATTACAAGC-AAAT  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||
seq2  TCTCCAGTCATGTACCCTCTATAATGTATTCTATGGA-TACAAGCAAAAT  147

seq1  GCAGTCCATTCAAACAATTTTGGATGTGATGAGTGGCTGTACCAACTGTC  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTCCATTCAAACAATTTTGGATGTGATGAGTGGCTGTACCAACTGTC  197

seq1  AGATTTGCCTTTCAGTGT-CCTGCACTGGTGGAAGCTGGAATCCTGGGGC  246
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTGCCTTTCAGTGTCCCTGCACTGGTGGAAGCTGGAATCCTGGGGC  247

seq1  CCAGGTCGACTTCCTTTTT-AAAATGGGATGAAATAGAGAACAAGATGGC  295
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGTCGACTTCCTTTTTAAAAATGGGATGAAATAGAGAACAAGATGGC  297

seq1  TCAAACAAAGGAACTC-TTATGACACTCTCCCAGACTTCCCAGAGTCCAA  344
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAACAAAGGAACTCTTTATGACACTCTCCCAGACTTCCCAGAGTCCAA  347

seq1  AGGGCTAAGACTGCTTCCACACCACCCCTCATTTTGCTGTTGTCCCTCTA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCTAAGACTGCTTCCACACCACCCCTCATTTTGCTGTTGTCCCTCTA  397

seq1  GTTAGGCAGTAACTCTGCCAGAAGAAGTTGCCAACCTTTTGCCCTAATAC  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGGCAGTAACTCTGCCAGAAGAAGTTGCCAACCTTTTGCCCTAATAC  447

seq1  TCCAAAGCCCACGTGGTTACAAGGCCCAGAACACAGCATCTCTTCTCCAG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAAGCCCACGTGGTTACAAGGCCCAGAACACAGCATCTCTTCTCCAG  497

seq1  CTTCATGTCCATTAGGAACCAGCCATGGGGGCTGGTGAGATGGTTCATCA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATGTCCATTAGGAACCAGCCATGGGGGCTGGTGAGATGGTTCATCA  547

seq1  AATAAAGTCGTTTGCCATCAAGCACAGCAACCTGGATTCAATCCCTAGGT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAGTCGTTTGCCATCAAGCACAGCAACCTGGATTCAATCCCTAGGT  597

seq1  CCCCCATGGTGAAAGAAGAGGACTTACATTGTCTGGTAACCTCTACGCAT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCATGGTGAAAGAAGAGGACTTACATTGTCTGGTAACCTCTACGCAT  647

seq1  GGTCTGTGCCTGAGCCACCCTCTAAATAAAATGTATAAATAATAATAAAA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTGTGCCTGAGCCACCCTCTAAATAAAATGTATAAATAATAATAAAA  697

seq1  AAAAAAACTAAAGAATCTCCAACGGGCCTCACAGTGATGGTAGTAGATTC  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAACTAAAGAATCTCCAACGGGCCTCACAGTGATGGTAGTAGATTC  747

seq1  CATTTCTGATGCAGCAAGGGCTAAATGGAGTCTGAAGATGTGGGCTGAGC  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCTGATGCAGCAAGGGCTAAATGGAGTCTGAAGATGTGGGCTGAGC  797

seq1  AGTATGTGCTCCAAGGTCATACCCCTTCCCACCTCTGCCTAATACCCTGC  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATGTGCTCCAAGGTCATACCCCTTCCCACCTCTGCCTAATACCCTGC  847

seq1  TACCCTGGGTATCATCAGACCACAGTCCCCCAGGTCTACAATGGCACGTT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCTGGGTATCATCAGACCACAGTCCCCCAGGTCTACAATGGCACGTT  897

seq1  CACCTGTGCTAACCCAAGAAAGCTTCATAAGGCATTCTTTCTACGTCATA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTGTGCTAACCCAAGAAAGCTTCATAAGGCATTCTTTCTACGTCATA  947

seq1  AGTATGGAACTGTCTGGTTTTTGTGGGACCACAAAGGTTGAAAGTCAGTG  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATGGAACTGTCTGGTTTTTGTGGGACCACAAAGGTTGAAAGTCAGTG  997

seq1  AATTC  999
      |||||
seq2  AATTC  1002


seq1: chr11_11793912_11795007
seq2: B6Ng01-249O23.g_66_1165

seq1  GAATTCAGGATTCTCATGGGCATGTGAATATGTCTTTGTGGTTGGTAGTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGATTCTCATGGGCATGTGAATATGTCTTTGTGGTTGGTAGTC  50

seq1  AGAGAAAGGAACTGTTTATGATTAACAGATAGGGTTGAGTCAGCATGTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAAGGAACTGTTTATGATTAACAGATAGGGTTGAGTCAGCATGTTA  100

seq1  TAGGGCAACCCTTGTCCTGGCACTTATCTTTAAAGTTTTAATATCATGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGCAACCCTTGTCCTGGCACTTATCTTTAAAGTTTTAATATCATGTT  150

seq1  TATTAATTTAGGTGGATTTCCAGGTCAACAGTCATACCTTCTCAGAGTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAATTTAGGTGGATTTCCAGGTCAACAGTCATACCTTCTCAGAGTGT  200

seq1  GCCAATTTGACTTTCTTCTGGTCTTTATGGGGGACCCAGATACATCTGGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAATTTGACTTTCTTCTGGTCTTTATGGGGGACCCAGATACATCTGGC  250

seq1  TGTGGGGCTCTCACACACAGCAGCCACTGCTGTTGAACAAATAACTGCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGGCTCTCACACACAGCAGCCACTGCTGTTGAACAAATAACTGCTC  300

seq1  AATCTATTTTACAAGCTAAAATAGATTGTTTATAAACTGAAGCCTTTCCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTATTTTACAAGCTAAAATAGATTGTTTATAAACTGAAGCCTTTCCC  350

seq1  CGTCAAAAACAATGCTAGTGTAAAACTATAATTGAACTATAATTGAAAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCAAAAACAATGCTAGTGTAAAACTATAATTGAACTATAATTGAAAAC  400

seq1  TATTATATATGAAGAAGGGAAAAAAAGTCTTTGTTTTCACTCCTTTGTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATATATGAAGAAGGGAAAAAAAGTCTTTGTTTTCACTCCTTTGTAA  450

seq1  TAGTGATACACTTTTTACTTTTTAAGATGTGGCTACCAGAACACCTAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGATACACTTTTTACTTTTTAAGATGTGGCTACCAGAACACCTAAAA  500

seq1  TTTCAGATTACTCAGGCACCTGACCCCGAAAATTCTTACTCCTAAAGAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGATTACTCAGGCACCTGACCCCGAAAATTCTTACTCCTAAAGAAT  550

seq1  ATTGAAAAACCTTTACTTTAGGACAATATTGATTAGAAGCAGTTAGCAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAAAAACCTTTACTTTAGGACAATATTGATTAGAAGCAGTTAGCAAG  600

seq1  TAACCTGGTCCTATTGACATTGAAAGGAATGCTCCTAACATTTTGCTATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCTGGTCCTATTGACATTGAAAGGAATGCTCCTAACATTTTGCTATT  650

seq1  AATTATAACTGGGAATTCAGTATTGGGTTTTCTTCTGTTCTTCTTCTTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATAACTGGGAATTCAGTATTGGGTTTTCTTCTGTTCTTCTTCTTAT  700

seq1  AATAAATGCTTAAGTGAATCAACCTGGGAGATTTCAAAACTGTTGATGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAATGCTTAAGTGAATCAACCTGGGAGATTTCAAAACTGTTGATGTG  750

seq1  ATGACTGACAGGTAGTTTGGATCTGGAGTGACCCAGAGGACATGGGACGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACTGACAGGTAGTTTGGATCTGGAGTGACCCAGAGGACATGGGACGA  800

seq1  GCCCCAGACACCCCCCCCCCCCATTCCCCCCACAGTCCCACATCATAAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCAGACACCCCCCCCCCCCATTCCCCCCACAGTCCCACATCATAAAT  850

seq1  GGTGTTATTTGGAGGCGGTGGAAGCTT-AAGGGTTGGATCTACCTGAACC  899
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTTATTTGGAGGCGGTGGAAGCTTAAAGGGTTGGATCTACCTGAACC  900

seq1  -TTGGTCACTGATAACATGAATGGGATATTGGGGCCGCAGTCTCTTCC-T  947
       ||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||| |
seq2  TTTGGTCACTGATAACATGAATGGGATTATGGGG-CGCAGTCTCTTCCTT  949

seq1  CTTTC-TTTCACTTATACTTGAC-TATGATGTAAAGGGGTTA-GATTTCA  994
      ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||
seq2  CTTTCTTTTCACTTATACTTGACTTATGATGTAAAGGGGTTAGGATTTCA  999

seq1  GGGATGCTC-TGTTT-GCTAGATGCAAGGTCCCATATATGAGTAGAGGAT  1042
        ||||||| ||||| ||||||||||| ||||  |||||||||||| |||
seq2  -TGATGCTCTTGTTTGGCTAGATGCAAAGTCCATTATATGAGTAGA-GAT  1047

seq1  CCTCAAC-TGTGAATTTGC-TGTGTG-TCAGAAATGTTTTTAATATTACA  1089
       |||||| |||||| |||| |||||| |||| |||| ||||||| |||||
seq2  -CTCAACTTGTGAAATTGCTTGTGTGTTCAG-AATG-TTTTAAT-TTACA  1093

seq1  TCTCACT  1096
      |||||||
seq2  TCTCACT  1100


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |