BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-250M10
Chromosome11 (Build37)
Map Location 78,392,694 - 78,586,633
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNlk, LOC100043570, LOC100042674, 1810009O10Rik
Upstream geneTaok1, LOC668641, Nufip2, Cryba1, LOC100043506, Myo18a, Pipox, Sez6, LOC100043518, Phf12, Dhrs13, Flot2, Eral1, BC017647, LOC100043525, Traf4, Nek8, Tlcd1, Rpl23a, Rab34, 4933404M19Rik, Supt6h, Sdf2, 2610507B11Rik, BC030499, LOC100043544, LOC100042648, Spag5, Aldoc, Pigs, Unc119, Foxn1, OTTMUSG00000000132, Slc13a2, Slc46a1, A830091I15Rik, Vtn, Og9x, AI316787, Poldip2, Tnfaip1, Ift20, Tmem97
Downstream gene1810012P15Rik, Nos2, Lgals9, Ksr1, LOC100042697, Wsb1, Nf1, Omg, Evi2b, Evi2a, Rab11fip4, OTTMUSG00000000185
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-250M10.bB6Ng01-250M10.g
ACCGA058226GA058227
length1,0011,000
definitionB6Ng01-250M10.b B6Ng01-250M10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(78,392,694 - 78,393,682)(78,585,634 - 78,586,633)
sequence
gaattcacttaaaacttctcagtagatttttataaagattctttattatg
ctaagtaaaaaaaaagagattgaaacaaaggctgtttctatatcaattga
gataatacaattttcttgtttaaaatgctggacataatagattctctgta
aatggaccatctttgtgtttctagtgataaacttcagttgctcactttat
tcccccaagacggagtcacattaaatactcttggctggcctggaacttgc
catgttaaaggtgcctgcctatatatccagcataacacaattgttatttt
tttaaaatgcatttttcacagggtcttgatacacatctcatactggcctt
gagctctcttgaagctccttcctcaacctccacagtgtggggattataag
caggcctaatttttaaaagaatagtccccctcccaaactattttagtgct
aatctttgttgtgttttgttttgttttttaagactgtgtttttctgtata
gccctggctggcattgaaccaaagagatttgcctgcctctgcctcgcaag
tactgggattaaaggcatgagccaacatgcttggctttagtgttaatctt
tttttttaagattgatttatttaagttatgtatatgagtacactgtagct
gtacatatggttgtgagccttcatgtggttgttgggaattgaattgaatt
ttaggacctctgcttgctctagtcaaccctgattgctcagtccttgctca
ctctgacccaaagatttatttattattatatctaagtacactgtttctga
tttcagacataccaggaagagggcatcagatctcattatggggtggttgt
gagccaccatgtggttgctgggatttgaaactcaggacctcttggaagag
cagtcagtgaatcttacctgctgaagcaatcttcgccagccctaggtgtt
aaatctttataacctatttaaaagtggctcattttgttacgagacactat
c
gaattcacttctaagtcacccctttttagtaagttcataggggtgggtgg
gaaggtgagtgtgtatggacttctgtttatgcgggaagtacttgtcccca
gcctatctaagaggagaccagttgatcccttcttgccacgtagagacagt
catccactttcaggttcaaacagggatgctgggagcctcacctggcacca
aaacttgtgccattgaccttcaacccaagagttaggtccccaggccctga
gctcctagctcagttctacccctcaagtgtagcagcctctttggtctctg
gaagcagagtagaatgtattcattcatacagacagaggaatacttgagcc
tcttccctagccttaggactttcccataatgccaccccctccttgtgttg
tgtccactgccctcagggaatagctcatctaactctgaagtctcagaatc
ccaacccagaagcccttcgagatggcccagtgagggaatggtgctttgcc
accaagactgaagacactacaaggtctcaatgtcaataggttggatacct
gtctaaggatttacagtgttctccagtaaagtatggatttgagatctgtc
actatagaaatagtctccctttattaacttagtgttttcctggtttattt
aatcccagactcttttacaaacctgaacaaagcaagacgacaggtgagct
tgctggggctgctcaccctgagacacaggcctttgcaggtccagtggcag
caatggtttatggaacagactttgagaatactctttggcatccccatgct
cttcagattaccagcctcccctttagccacccacacaataggtcctatgg
cataggtggtcccacgagggctgcaagcatcatgtggcctggaccatgaa
gaaaagtttcttggaggcaccctctggttacccttcttgatccggagaag
tcagctcctgtcctaactgtgaatctctgcctcagggaacttctgtctcc

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_78392694_78393682
seq2: B6Ng01-250M10.b_47_1047

seq1  GAATTCACTTAAAACTTCTCAGTAGATTTTTATAAAGATTCTTTATTATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTAAAACTTCTCAGTAGATTTTTATAAAGATTCTTTATTATG  50

seq1  CTAAGTAAAAAAAAAGAGATTGAAACAAAGGCTGTTTCTATATCAATTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGTAAAAAAAAAGAGATTGAAACAAAGGCTGTTTCTATATCAATTGA  100

seq1  GATAATACAATTTTCTTGTTTAAAATGCTGGACATAATAGATTCTCTGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAATACAATTTTCTTGTTTAAAATGCTGGACATAATAGATTCTCTGTA  150

seq1  AATGGACCATCTTTGTGTTTCTAGTGATAAACTTCAGTTGCTCACTTTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGACCATCTTTGTGTTTCTAGTGATAAACTTCAGTTGCTCACTTTAT  200

seq1  TCCCCCAAGACGGAGTCACATTAAATACTCTTGGCTGGCCTGGAACTTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCCAAGACGGAGTCACATTAAATACTCTTGGCTGGCCTGGAACTTGC  250

seq1  CATGTTAAAGGTGCCTGCCTATATATCCAGCATAACACAATTGTTATTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTAAAGGTGCCTGCCTATATATCCAGCATAACACAATTGTTATTTT  300

seq1  TTTAAAATGCATTTTTCACAGGGTCTTGATACACATCTCATACTGGCCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAATGCATTTTTCACAGGGTCTTGATACACATCTCATACTGGCCTT  350

seq1  GAGCTCTCTTGAAGCTCCTTCCTCAACCTCCACAGTGTGGGGATTATAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTCTCTTGAAGCTCCTTCCTCAACCTCCACAGTGTGGGGATTATAAG  400

seq1  CAGGCCTAATTTTTAAAAGAATAGTCCCCCTCCCAAACTATTTTAGTGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCCTAATTTTTAAAAGAATAGTCCCCCTCCCAAACTATTTTAGTGCT  450

seq1  AATCTTTGTTGTGTTTTGTTTTGTTTTTTAAGACTGTGTTTTTCTGTATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTTTGTTGTGTTTTGTTTTGTTTTTTAAGACTGTGTTTTTCTGTATA  500

seq1  GCCCTGGCTGGCATTGAACCAAAGAGATTTGCCTGCCTCTGCCTCGCAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGGCTGGCATTGAACCAAAGAGATTTGCCTGCCTCTGCCTCGCAAG  550

seq1  TACTGGGATTAAAGGCATGAGCCAACATGCTTGGCTTTAGTGTTAATCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGGGATTAAAGGCATGAGCCAACATGCTTGGCTTTAGTGTTAATCTT  600

seq1  TTTTTTTAAGATTGATTTATTTAAGTTATGTATATGAGTACACTGTAGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTAAGATTGATTTATTTAAGTTATGTATATGAGTACACTGTAGCT  650

seq1  GTACATATGGTTGTGAGCCTTCATGTGGTTGTTGGGAATTGAATTGAATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACATATGGTTGTGAGCCTTCATGTGGTTGTTGGGAATTGAATTGAATT  700

seq1  TTAGGACCTCTGCTTGCTCTAGTCAACCCTGATTGCTCAGTCCTTGCTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGACCTCTGCTTGCTCTAGTCAACCCTGATTGCTCAGTCCTTGCTCA  750

seq1  CTCTGACCCAAAGATTTATTTATTATTATATCTAAGTACACTGTTTCTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGACCCAAAGATTTATTTATTATTATATCTAAGTACACTGTTTCTGA  800

seq1  TTTCAGACATACCA-GAAGAGGGCATCAGATCTCATTAT-GGGTGGTTGT  848
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TTTCAGACATACCAGGAAGAGGGCATCAGATCTCATTATGGGGTGGTTGT  850

seq1  GAGCCACCATGTGGTTGCTGGGATTTG-AACTCAGGACCTC-TGGAAGAG  896
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||
seq2  GAGCCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAAACTCAGGACCTCTTGGAAGAG  900

seq1  CAGTCAGTG-ATCTTACCTGCTG-AGCCATC-TCGCCAGCCCTA-GTGTT  942
      ||||||||| ||||||||||||| ||| ||| |||||||||||| |||||
seq2  CAGTCAGTGAATCTTACCTGCTGAAGCAATCTTCGCCAGCCCTAGGTGTT  950

seq1  -AATCTTAAT-AGCTATTTATAAGTGCTTCA-TTTGTTAC-AGACACTAT  988
       |||||| || | ||||||| |||||  ||| |||||||| |||||||||
seq2  AAATCTTTATAACCTATTTAAAAGTGGCTCATTTTGTTACGAGACACTAT  1000

seq1  C  989
      |
seq2  C  1001

seq1: chr11_78585634_78586633
seq2: B6Ng01-250M10.g_68_1067 (reverse)

seq1  GGAGACAGGAAGTGCCTGAAGGCAGAAGATCAACAGTTAGGACAGGAGCT  50
      ||||||| ||||| ||   |||||| ||||  ||||||||||||||||||
seq2  GGAGACA-GAAGTTCCCTGAGGCAG-AGATTCACAGTTAGGACAGGAGCT  48

seq1  GGC-TCTCCGGATC-AGAAGGGTAACCAGAGGGTGCCTCCAGGAAACTTT  98
      | | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GACTTCTCCGGATCAAGAAGGGTAACCAGAGGGTGCCTCCAAGAAACTTT  98

seq1  TCTTCATGGTCCCAGGCCACATG-TGCTTGCAGCCCTCGTGGGACCACCT  147
      |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCATGGT-CCAGGCCACATGATGCTTGCAGCCCTCGTGGGACCACCT  147

seq1  ATGCCATAGGACCTATGGTGTGGGTGGCTAAAGGGGAGGCTGGTAATCTG  197
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCATAGGACCTATTGTGTGGGTGGCTAAAGGGGAGGCTGGTAATCTG  197

seq1  AGGAGCATGGGGATGCCAAAGAGTATTCTCAAAGTCTGTTCCATAAACCA  247
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCATGGGGATGCCAAAGAGTATTCTCAAAGTCTGTTCCATAAACCA  247

seq1  TTGCTGCCACTGGACCTGCAAAGGCCTGTGTCTCAGGGTGAGCAGCCCCA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGCCACTGGACCTGCAAAGGCCTGTGTCTCAGGGTGAGCAGCCCCA  297

seq1  GCAAGCTCACCTGTCGTCTTGCTTTGTTCAGGTTTGTAAAAGAGTCTGGG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGCTCACCTGTCGTCTTGCTTTGTTCAGGTTTGTAAAAGAGTCTGGG  347

seq1  ATTAAATAAACCAGGAAAACACTAAGTTAATAAAGGGAGACTATTTCTAT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAATAAACCAGGAAAACACTAAGTTAATAAAGGGAGACTATTTCTAT  397

seq1  AGTGACAGATCTCAAATCCATACTTTACTGGAGAACACTGTAAATCCTTA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGACAGATCTCAAATCCATACTTTACTGGAGAACACTGTAAATCCTTA  447

seq1  GACAGGTATCCAACCTATTGACATTGAGACCTTGTAGTGTCTTCAGTCTT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGGTATCCAACCTATTGACATTGAGACCTTGTAGTGTCTTCAGTCTT  497

seq1  GGTGGCAAAGCACCATTCCCTCACTGGGCCATCTCGAAGGGCTTCTGGGT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGCAAAGCACCATTCCCTCACTGGGCCATCTCGAAGGGCTTCTGGGT  547

seq1  TGGGATTCTGAGACTTCAGAGTTAGATGAGCTATTCCCTGAGGGCAGTGG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATTCTGAGACTTCAGAGTTAGATGAGCTATTCCCTGAGGGCAGTGG  597

seq1  ACACAACACAAGGAGGGGGTGGCATTATGGGAAAGTCCTAAGGCTAGGGA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAACACAAGGAGGGGGTGGCATTATGGGAAAGTCCTAAGGCTAGGGA  647

seq1  AGAGGCTCAAGTATTCCTCTGTCTGTATGAATGAATACATTCTACTCTGC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCTCAAGTATTCCTCTGTCTGTATGAATGAATACATTCTACTCTGC  697

seq1  TTCCAGAGACCAAAGAGGCTGCTACACTTGAGGGGTAGAACTGAGCTAGG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGAGACCAAAGAGGCTGCTACACTTGAGGGGTAGAACTGAGCTAGG  747

seq1  AGCTCAGGGCCTGGGGACCTAACTCTTGGGTTGAAGGTCAATGGCACAAG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCAGGGCCTGGGGACCTAACTCTTGGGTTGAAGGTCAATGGCACAAG  797

seq1  TTTTGGTGCCAGGTGAGGCTCCCAGCATCCCTGTTTGAACCTGAAAGTGG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGTGCCAGGTGAGGCTCCCAGCATCCCTGTTTGAACCTGAAAGTGG  847

seq1  ATGACTGTCTCTACGTGGCAAGAAGGGATCAACTGGTCTCCTCTTAGATA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACTGTCTCTACGTGGCAAGAAGGGATCAACTGGTCTCCTCTTAGATA  897

seq1  GGCTGGGGACAAGTACTTCCCGCATAAACAGAAGTCCATACACACTCACC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGGGGACAAGTACTTCCCGCATAAACAGAAGTCCATACACACTCACC  947

seq1  TTCCCACCCACCCCTATGAACTTACTAAAAAGGGGTGACTTAGAAGTGAA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCACCCACCCCTATGAACTTACTAAAAAGGGGTGACTTAGAAGTGAA  997

seq1  TTC  1000
      |||
seq2  TTC  1000