BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-250P23
Chromosome11 (Build37)
Map Location 91,759,084 - 91,956,907
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG664976, Kif2b
Downstream geneLOC382545
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-250P23.bB6Ng01-250P23.g
ACCGA058383GA058384
length1,050972
definitionB6Ng01-250P23.b B6Ng01-250P23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(91,759,084 - 91,760,136)(91,955,944 - 91,956,907)
sequence
gaattctcagctccaacacattaaatgatatcaccttagagaaacctaat
attattctaatcatatcacattaacaacatctttgtgtactatgtagacc
atgtagaaaccttaaatccatttgtgttatagttgaatagggtttattga
aagcactggatctattatgatttatgtggggagaatcagacttattacaa
atatattgtatatctttccctgggaagccatgactaacactgaaagccca
aagaaatgatcacaccaaagtacaactctgagaactaattgcattatcag
tatttcttacattcttaggagaggattcttgaaggagcacagatgactca
aaattgtatcactaagaaagtccaaaatctctgtccttgggatttccctg
aaggccttgcaggcagctcaaagggtcagaaagtctcttccaacattttg
tcttactgcttctatgatattgaggagagtcttttaatttccacagtctg
gggacttctgagatttcctttatttcctgagtctcaagtatttccctctt
ctttggttcttcagaagacacacaggatatgaagatgttagtagacagga
ggagccacaaaggcatggctacactatgcaacaaagttagccagctgtgt
gagggttatatctgctatagtgtatggtccttgagcctggccaggagtac
agagtggttgttggtctctttcaaaaagaccctgatatagctgtctcttg
tgagactatgccggggcctggcaaacacagaagtggatgctcacagtcag
ctattggatggatcacagggcccccaatagaggacctagagaaagtaccc
aaggagctaaaggggtctgcaaccctataggtggaacaacaatatgaact
aaccagtaccccctggagctcgtgtctctagctgcatgtgtatcagagtt
gggcctagtcggccatcagtggaaagagagggccatggtcgtgcaacttt
atatgctcagtataggggagcgcagggcccagaagtgggagtggggtggg


gaattcagttaataaatggactctatctatctatctatctatctatctat
ctatctatctatctatccatctatcatctatgcagaatggagcttttagt
ggcattccattttcatgaaatcattatagtgtttgcaaagcacttcttac
tttgcttaagctacaggctcaacataaggagagtgtaaagcaggctagct
gtttgactcgtggaagaccaacactgtctagaatttgtcagtttcaaagt
tgaacacttttacagatcagtgctttattgattctggtccagccttcatt
gtttctcttgaatattttttctgcagttaatagggtacacatgacctgaa
aagcaaagtaggaacaatgggagggggctttaattaggaaggatgaggag
gaagataagtacagaagatggagagagtgcagatgtctgaaaatgtcatg
gaagaatcacacaattaacaatttacctaagtctatgtagacatatactc
atacaatttatatttcctatctagatgactatgttgcctccaagagccat
agatgatctaacaaaaatcccaacaccagacatgagaagttcactattgt
ggtttttttttcccttcctttttttttttcttttttttccattttttatt
aggtatttaactcatttacatttccaatgctataccaaaagtcccccata
tccacccacccccactcccctgcccacccactccccctttttggccctgg
tgttcccctgtactggggcatataaagtttgcaagtccaatgggcctctc
tttgcagtgatggccgactaggccatcttttggatatatatgcaggctag
agtcaagagctccgggggttattggtttagttcataatgttgttccacct
atagggttggcagatccctttagctccttggctactttcttctagctcct
caattggggagccctatgatcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_91759084_91760136
seq2: B6Ng01-250P23.b_47_1096

seq1  GAATTCTCAGCTCCAACACATTAAATGATATCACCTTAGAGAAACCTAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAGCTCCAACACATTAAATGATATCACCTTAGAGAAACCTAAT  50

seq1  ATTATTCTAATCATATCACATTAACAACATCTTTGTGTACTATGTAGACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTCTAATCATATCACATTAACAACATCTTTGTGTACTATGTAGACC  100

seq1  ATGTAGAAACCTTAAATCCATTTGTGTTATAGTTGAATAGGGTTTATTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAGAAACCTTAAATCCATTTGTGTTATAGTTGAATAGGGTTTATTGA  150

seq1  AAGCACTGGATCTATTATGATTTATGTGGGGAGAATCAGACTTATTACAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCACTGGATCTATTATGATTTATGTGGGGAGAATCAGACTTATTACAA  200

seq1  ATATATTGTATATCTTTCCCTGGGAAGCCATGACTAACACTGAAAGCCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATTGTATATCTTTCCCTGGGAAGCCATGACTAACACTGAAAGCCCA  250

seq1  AAGAAATGATCACACCAAAGTACAACTCTGAGAACTAATTGCATTATCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAATGATCACACCAAAGTACAACTCTGAGAACTAATTGCATTATCAG  300

seq1  TATTTCTTACATTCTTAGGAGAGGATTCTTGAAGGAGCACAGATGACTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCTTACATTCTTAGGAGAGGATTCTTGAAGGAGCACAGATGACTCA  350

seq1  AAATTGTATCACTAAGAAAGTCCAAAATCTCTGTCCTTGGGATTTCCCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGTATCACTAAGAAAGTCCAAAATCTCTGTCCTTGGGATTTCCCTG  400

seq1  AAGGCCTTGCAGGCAGCTCAAAGGGTCAGAAAGTCTCTTCCAACATTTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCCTTGCAGGCAGCTCAAAGGGTCAGAAAGTCTCTTCCAACATTTTG  450

seq1  TCTTACTGCTTCTATGATATTGAGGAGAGTCTTTTAATTTCCACAGTCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTACTGCTTCTATGATATTGAGGAGAGTCTTTTAATTTCCACAGTCTG  500

seq1  GGGACTTCTGAGATTTCCTTTATTTCCTGAGTCTCAAGTATTTCCCTCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACTTCTGAGATTTCCTTTATTTCCTGAGTCTCAAGTATTTCCCTCTT  550

seq1  CTTTGGTTCTTCAGAAGACACACAGGATATGAAGATGTTAGTAGACAGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGGTTCTTCAGAAGACACACAGGATATGAAGATGTTAGTAGACAGGA  600

seq1  GGAGCCACAAAGGCATGGCTACACTATGCAACAAAGTTAGCCAGCTGTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCCACAAAGGCATGGCTACACTATGCAACAAAGTTAGCCAGCTGTGT  650

seq1  GAGGGTTATATCTGCTATAGTGTATGGTCCTTGAGCCTGGCCAGGAGTAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGTTATATCTGCTATAGTGTATGGTCCTTGAGCCTGGCCAGGAGTAC  700

seq1  AGAGTGGTTGTTGGTCTCTTTCAAAAAGACCCTGATATAGCTGTCTCTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGGTTGTTGGTCTCTTTCAAAAAGACCCTGATATAGCTGTCTCTTG  750

seq1  TGAGACTATGCCGGGGCCTGGCAAACACAGAAGTGGATGCTCACAGTCAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGACTATGCCGGGGCCTGGCAAACACAGAAGTGGATGCTCACAGTCAG  800

seq1  CTATTGGATGGATCACAGGGCCCCCAATAGAGGACCTAGAGAAAGTACCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTGGATGGATCACAGGGCCCCCAATAGAGGACCTAGAGAAAGTACCC  850

seq1  AAGGAGCTAAAGGGGTCTGCAACCCTATAGGTGGAACAACAATATGAACT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGCTAAAGGGGTCTGCAACCCTATAGGTGGAACAACAATATGAACT  900

seq1  AACCAGTACCCCCTGGAGCTCGTGTCTCTAGCTGCATGTGTATCAGAAGT  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |
seq2  AACCAGTACCCCCTGGAGCTCGTGTCTCTAGCTGCATGTGTATCAGAGTT  950

seq1  TGGCCTAGTCGGCCATCAGTGGAAAGAGAGGCCCATTGGTCGTGCAAACT  1000
       |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||
seq2  GGGCCTAGTCGGCCATCAGTGGAAAGAGAGGGCCA-TGGTCGTGC-AACT  998

seq1  TTATATGCCTCAGTATAGGGGAGCGCCAGGGCCAAGAAGTGGGAGT-GGG  1049
      ||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||
seq2  TTATATG-CTCAGTATAGGGGAGCG-CAGGGCCCAGAAGTGGGAGTGGGG  1046

seq1  TGGG  1053
      ||||
seq2  TGGG  1050


seq1: chr11_91955944_91956907
seq2: B6Ng01-250P23.g_66_1037 (reverse)

seq1  GGATCATAGGGCT-CCCAATGGAGGAGCTAG-AGAAAGTAGCCAAGGAGC  48
      ||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GGATCATAGGGCTCCCCAATTGAGGAGCTAGAAGAAAGTAGCCAAGGAGC  50

seq1  TAAAGGGATCTG-CAACCCTATAGGTGGAACAACATTATGAACT-AACCA  96
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TAAAGGGATCTGCCAACCCTATAGGTGGAACAACATTATGAACTAAACCA  100

seq1  ATA--CCCCGGAGCTCTTGACTCTAG-CTGCATATATAT-CAAAAGATGG  142
      |||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||
seq2  ATAACCCCCGGAGCTCTTGACTCTAGCCTGCATATATATCCAAAAGATGG  150

seq1  CCTAGTCGGCCATCACTGCAAAGAGAGGCCCATTGGACTTGCAAACTTTA  192
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGTCGGCCATCACTGCAAAGAGAGGCCCATTGGACTTGCAAACTTTA  200

seq1  TATGCCCCAGTACAGGGGAACACCAGGGCCAAAAAGGGGGAGTGGGTGGG  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCCCCAGTACAGGGGAACACCAGGGCCAAAAAGGGGGAGTGGGTGGG  250

seq1  CAGGGGAGTGGGGGTGGGTGGATATGGGGGACTTTTGGTATAGCATTGGA  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGGAGTGGGGGTGGGTGGATATGGGGGACTTTTGGTATAGCATTGGA  300

seq1  AATGTAAATGAGTTAAATACCTAATAAAAAATGGAAAAAAAAGAAAAAAA  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTAAATGAGTTAAATACCTAATAAAAAATGGAAAAAAAAGAAAAAAA  350

seq1  AAAAGGAAGGGAAAAAAAAACCACAATAGTGAACTTCTCATGTCTGGTGT  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGGAAGGGAAAAAAAAACCACAATAGTGAACTTCTCATGTCTGGTGT  400

seq1  TGGGATTTTTGTTAGATCATCTATGGCTCTTGGAGGCAACATAGTCATCT  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATTTTTGTTAGATCATCTATGGCTCTTGGAGGCAACATAGTCATCT  450

seq1  AGATAGGAAATATAAATTGTATGAGTATATGTCTACATAGACTTAGGTAA  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGGAAATATAAATTGTATGAGTATATGTCTACATAGACTTAGGTAA  500

seq1  ATTGTTAATTGTGTGATTCTTCCATGACATTTTCAGACATCTGCACTCTC  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTTAATTGTGTGATTCTTCCATGACATTTTCAGACATCTGCACTCTC  550

seq1  TCCATCTTCTGTACTTATCTTCCTCCTCATCCTTCCTAATTAAAGCCCCC  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATCTTCTGTACTTATCTTCCTCCTCATCCTTCCTAATTAAAGCCCCC  600

seq1  TCCCATTGTTCCTACTTTGCTTTTCAGGTCATGTGTACCCTATTAACTGC  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCATTGTTCCTACTTTGCTTTTCAGGTCATGTGTACCCTATTAACTGC  650

seq1  AGAAAAAATATTCAAGAGAAACAATGAAGGCTGGACCAGAATCAATAAAG  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAAATATTCAAGAGAAACAATGAAGGCTGGACCAGAATCAATAAAG  700

seq1  CACTGATCTGTAAAAGTGTTCAACTTTGAAACTGACAAATTCTAGACAGT  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGATCTGTAAAAGTGTTCAACTTTGAAACTGACAAATTCTAGACAGT  750

seq1  GTTGGTCTTCCACGAGTCAAACAGCTAGCCTGCTTTACACTCTCCTTATG  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGTCTTCCACGAGTCAAACAGCTAGCCTGCTTTACACTCTCCTTATG  800

seq1  TTGAGCCTGTAGCTTAAGCAAAGTAAGAAGTGCTTTGCAAACACTATAAT  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGCCTGTAGCTTAAGCAAAGTAAGAAGTGCTTTGCAAACACTATAAT  850

seq1  GATTTCATGAAAATGGAATGCCACTAAAAGCTCCATTCTGCATAGATGAT  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTCATGAAAATGGAATGCCACTAAAAGCTCCATTCTGCATAGATGAT  900

seq1  AGATGGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAG  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAG  950

seq1  AGTCCATTTATTAACTGAATTC  964
      ||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCATTTATTAACTGAATTC  972


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |