BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-258L23
Chromosome11 (Build37)
Map Location 32,019,027 - 32,129,534
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC669207, Il9r, 3300001G02Rik, Rhbdf1, Mpg
Upstream geneStc2, 2310022M17Rik, Cpeb4, 4930524B15Rik, Nsg2
Downstream geneMare, Hba-x, Hba-a1, F830116E18Rik, Hbq1, Sh3pxd2b, Ubtd2, 1700007I06Rik, Stk10, Fbxw11, LOC666616, 1700008A04Rik, LOC666620, LOC670035, LOC432548, Fgf18, Npm1, LOC666646, Tlx3, Ranbp17
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-258L23.bB6Ng01-258L23.g
ACCGA064106GA064107
length1,1601,105
definitionB6Ng01-258L23.b B6Ng01-258L23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(32,019,027 - 32,020,197)(32,128,430 - 32,129,534)
sequence
gaattcatgaacggttcaaggaaggctggcatgccctgcctgctgagtgc
aaaggagatcattattcaccctctgctggccaattaatgctgaactcggg
ctgaacctttccctctccatttaaatcctgcccttaagcccagaggaaag
aggaatcctcttcccaacttcagagggaaaaagaaatggaacagaacccc
caagatcagccttggttttctccttctaaataaagacttccgagcaagcc
tgagctattagtgttcatagtggggactgtgttctcggctgcttcccctc
tgcagctgcatcctgatagctctggaatggggcagcatgagccatctgct
tgacagtttgttttatttggtaaccttgactgcagactgatttgtcgctc
gctcgggcagtttactgcccccggggacagaggttgctctcagcaagtca
gtggtgggcactagggtatgagactgagctagtgaggagcctttgaggat
ggaaacacacccatacagcatggctggcttctccaaacccattcgttgcc
atggcaacagtagctgccaccaatctagaccactgtgcacctatttatta
gcattgggagaggataggccttgggttcaattcctgcttcagctattctc
tacaagtcagccagccttgacaattccctcctgcaggtccaggtaaaatc
acttacagcgtgggaattatggtaaaggtaagatacaggctgcctgggaa
ccctattctcctgcctcagcctctggaatgatgagattactaagacacca
ccttgcccagctaatgacacttattttttgagacagagtctcactatgta
accttggctggtctggaactatggagaccaggctggcctcaaactcacag
agctctgccgccctctgcatcctgagtgctgggattaaaggtatgtgtca
cattcctggctctaatgacacttttctaaataagtgaaatatctaaactt
ggtaatagtatctcacactgtaaggtcaatatataacacggtgctcacat
gggatattctctgtatagcatcagaaacggtggtcatagaaacattgcac
tataattcccacacaggcctcacttaataaacttgcatttcatagttgtc
tcacagtcat
gaattccctttagagaacttagtgagaaacagggccagctggtccagcca
tgcaatgccttgcttggactatgatcccaagaatggccaacagtcttaat
tcagccaaggcttgtagaaggatttcagcatccaaccgtgtccattcctt
cacaggtttgagggattatttgattagaaggcaccttcttctcagcccac
gtagacccatggtgcctcagggtcagctggtaacaggcagggtagaggaa
aagaggtggccagtgtttgtcatggaagcctggaaacactggagacaggg
gtgaatgttttaggagaaaaaggccagcaagcattccttcactaactacc
tacatgctcccatgtctccaagggccaaactgggaaccccacctcagctt
ctcgagggacctcctggagcttttctggcagagggtctagaaaaacaaca
tgctgagcagtccacagtcgtctgctgtcctggcagcccactgcagcgaa
ccttttactgggcttatgacccacatctgggttttccttgaccgaaggga
tacacaggcgagaatacccctttctctgccagacaccatcttgtctacca
gtgtgggttcaagtgggcatgacaggggccagctgatgtgccaggaagct
gagtagaggtaggcagatgtgtaatggtggtggtagtgctgttgggccat
ccttgagcccttgacctgaacctgagataaatctgcaccatgttttatat
catagctgttgaaggaacacagatccctgcagcttaaaacatcctgagaa
cagaatctcgtcccttctctagtaggtcaggtctgttcctggaactctta
gcaccagttctagcaaagaaactggctgtccttggccatggtcccataaa
ggatagctttgttaaagggaaaggtaggccagcgaacctctaaccagagg
atccagcttaagctctagcacccggagtagtggatttagatgaaccttgg
ctagccccatgaagtggagaggcttcaagaaagttgacagctgtactgta
ggccacaccaaggctgggcttggtagtccccacttctactgccagcatga
ctggc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_32019027_32020197
seq2: B6Ng01-258L23.b_49_1208

seq1  GAATTCATGAACGGTTCAAGGAAGGCTGGCATGCCCTGCCTGCTGAGTGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGAACGGTTCAAGGAAGGCTGGCATGCCCTGCCTGCTGAGTGC  50

seq1  AAAGGAGATCATTATTCACCCTCTGCTGGCCAATTAATGCTGAACTCGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAGATCATTATTCACCCTCTGCTGGCCAATTAATGCTGAACTCGGG  100

seq1  CTGAACCTTTCCCTCTCCATTTAAATCCTGCCCTTAAGCCCAGAGGAAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAACCTTTCCCTCTCCATTTAAATCCTGCCCTTAAGCCCAGAGGAAAG  150

seq1  AGGAATCCTCTTCCCAACTTCAGAGGGAAAAAGAAATGGAACAGAACCCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATCCTCTTCCCAACTTCAGAGGGAAAAAGAAATGGAACAGAACCCC  200

seq1  CAAGATCAGCCTTGGTTTTCTCCTTCTAAATAAAGACTTCCGAGCAAGCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGATCAGCCTTGGTTTTCTCCTTCTAAATAAAGACTTCCGAGCAAGCC  250

seq1  TGAGCTATTAGTGTTCATAGTGGGGACTGTGTTCTCGGCTGCTTCCCCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTATTAGTGTTCATAGTGGGGACTGTGTTCTCGGCTGCTTCCCCTC  300

seq1  TGCAGCTGCATCCTGATAGCTCTGGAATGGGGCAGCATGAGCCATCTGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCTGCATCCTGATAGCTCTGGAATGGGGCAGCATGAGCCATCTGCT  350

seq1  TGACAGTTTGTTTTATTTGGTAACCTTGACTGCAGACTGATTTGTCGCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAGTTTGTTTTATTTGGTAACCTTGACTGCAGACTGATTTGTCGCTC  400

seq1  GCTCGGGCAGTTTACTGCCCCCGGGGACAGAGGTTGCTCTCAGCAAGTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCGGGCAGTTTACTGCCCCCGGGGACAGAGGTTGCTCTCAGCAAGTCA  450

seq1  GTGGTGGGCACTAGGGTATGAGACTGAGCTAGTGAGGAGCCTTTGAGGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGGGCACTAGGGTATGAGACTGAGCTAGTGAGGAGCCTTTGAGGAT  500

seq1  GGAAACACACCCATACAGCATGGCTGGCTTCTCCAAACCCATTCGTTGCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAACACACCCATACAGCATGGCTGGCTTCTCCAAACCCATTCGTTGCC  550

seq1  ATGGCAACAGTAGCTGCCACCAATCTAGACCACTGTGCACCTATTTATTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCAACAGTAGCTGCCACCAATCTAGACCACTGTGCACCTATTTATTA  600

seq1  GCATTGGGAGAGGATAGGCCTTGGGTTCAATTCCTGCTTCAGCTATTCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTGGGAGAGGATAGGCCTTGGGTTCAATTCCTGCTTCAGCTATTCTC  650

seq1  TACAAGTCAGCCAGCCTTGACAATTCCCTCCTGCAGGTCCAGGTAAAATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAGTCAGCCAGCCTTGACAATTCCCTCCTGCAGGTCCAGGTAAAATC  700

seq1  ACTTACAGCGTGGGAATTATGGTAAAGGTAAGATACAGGCTGCCTGGGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTACAGCGTGGGAATTATGGTAAAGGTAAGATACAGGCTGCCTGGGAA  750

seq1  CCCTATTCTCCTGCCTCAGCCTCTGGAATGATGAGATTACTAAGACACCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTATTCTCCTGCCTCAGCCTCTGGAATGATGAGATTACTAAGACACCA  800

seq1  CCTTGCCCAGCTAATGACACTTATTTTTTGAGACAGAGTCTCACTATGTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGCCCAGCTAATGACACTTATTTTTTGAGACAGAGTCTCACTATGTA  850

seq1  ACCTTGGCTGGTCTGGAACTATGGAGACCAGGCTGGCCTCAAACTCACAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTGGCTGGTCTGGAACTATGGAGACCAGGCTGGCCTCAAACTCACAG  900

seq1  AGCTCTGCCGCCCTCTGCATCCTGAGTGCTGGGATTAAAGGTATGTGTCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTGCCGCCCTCTGCATCCTGAGTGCTGGGATTAAAGGTATGTGTCA  950

seq1  CATTCCTGGCTCTAATGACACTTTTCTAAATAAGGTGAAATATCTAAACT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CATTCCTGGCTCTAATGACACTTTTCTAAATAA-GTGAAATATCTAAACT  999

seq1  TGGTATAAGTATCTCACACTGTAAAGGTTCCAATATAT-ACACGGTGCTC  1049
      |||||  ||||||||||||||| |||||  |||||||| |||||||||||
seq2  TGGTAATAGTATCTCACACTGT-AAGGT--CAATATATAACACGGTGCTC  1046

seq1  ACATGGGATATTCTCTGTAATAGCATCAGAAAACGGTGGCCATAGAAACA  1099
      |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||
seq2  ACATGGGATATTCTCTGT-ATAGCATCAG-AAACGGTGGTCATAGAAACA  1094

seq1  ATGCACTATAAAT-CCACACAGG-CTCACTAAATAAAACTTGTATTTCCA  1147
       |||||||||| | ||||||||| |||||| ||| ||||||| |||| ||
seq2  TTGCACTATAATTCCCACACAGGCCTCACTTAAT-AAACTTGCATTT-CA  1142

seq1  TAGTGTGGGTTCTTCTACAGTCAT  1171
      |||| ||   |||   ||||||||
seq2  TAGT-TG---TCT--CACAGTCAT  1160

seq1: chr11_32128430_32129534
seq2: B6Ng01-258L23.g_65_1169 (reverse)

seq1  GCCAGTCATGCTTGCAGTAGAAGTGGGGACTACCCCAGGCCCAGCC-TGG  49
      |||||||||||| |||||||||||||||||||  ||| |||||||| |||
seq2  GCCAGTCATGCTGGCAGTAGAAGTGGGGACTA--CCAAGCCCAGCCTTGG  48

seq1  TGTGGCTTACAGTACAGCCTGTC-ACCTTCT--GAGCCTCTCCACTTCAT  96
      |||||| |||||||||| ||||| || ||||   ||||||||||||||||
seq2  TGTGGCCTACAGTACAG-CTGTCAACTTTCTTGAAGCCTCTCCACTTCAT  97

seq1  GGGGCTAGCC-AGGTTCATCTAAATCCCACTACTCCGGGGTGCTAGAGCT  145
      |||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||
seq2  GGGGCTAGCCAAGGTTCATCTAAAT-CCACTACTCC-GGGTGCTAGAGCT  145

seq1  TAAGCTGGATCCTCTGGTTAGAGGTTCGCTGGCCTACCTTTCCCTTTAAC  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCTGGATCCTCTGGTTAGAGGTTCGCTGGCCTACCTTTCCCTTTAAC  195

seq1  -AAGCTATCCTTTATGGGACCATGGCCAAGGACAGCCAGTTTCTTTGCTA  244
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTATCCTTTATGGGACCATGGCCAAGGACAGCCAGTTTCTTTGCTA  245

seq1  GAACTGGTGCTAAGAGTTCCAGGAACAGACCCTGACCTACTAGAGAAGGG  294
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GAACTGGTGCTAAGAGTTCCAGGAACAGA-CCTGACCTACTAGAGAAGGG  294

seq1  ACGAGATTCTGTTCTCAGGATGTTTTAAGCTGCAGGGATCTGTGTTCCTT  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGAGATTCTGTTCTCAGGATGTTTTAAGCTGCAGGGATCTGTGTTCCTT  344

seq1  CAACAGCTATGATATAAAACATGGTGCAGATTTATCTCAGGTTCAGGTCA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAGCTATGATATAAAACATGGTGCAGATTTATCTCAGGTTCAGGTCA  394

seq1  AGGGCTCAAGGATGGCCCAACAGCACTACCACCACCATTACACATCTGCC  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCTCAAGGATGGCCCAACAGCACTACCACCACCATTACACATCTGCC  444

seq1  TACCTCTACTCAGCTTCCTGGCACATCAGCTGGCCCCTGTCATGCCCACT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTCTACTCAGCTTCCTGGCACATCAGCTGGCCCCTGTCATGCCCACT  494

seq1  TGAACCCACACTGGTAGACAAGATGGTGTCTGGCAGAGAAAGGGGTATTC  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACCCACACTGGTAGACAAGATGGTGTCTGGCAGAGAAAGGGGTATTC  544

seq1  TCGCCTGTGTATCCCTTCGGTCAAGGAAAACCCAGATGTGGGTCATAAGC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGCCTGTGTATCCCTTCGGTCAAGGAAAACCCAGATGTGGGTCATAAGC  594

seq1  CCAGTAAAAGGTTCGCTGCAGTGGGCTGCCAGGACAGCAGACGACTGTGG  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTAAAAGGTTCGCTGCAGTGGGCTGCCAGGACAGCAGACGACTGTGG  644

seq1  ACTGCTCAGCATGTTGTTTTTCTAGACCCTCTGCCAGAAAAGCTCCAGGA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTCAGCATGTTGTTTTTCTAGACCCTCTGCCAGAAAAGCTCCAGGA  694

seq1  GGTCCCTCGAGAAGCTGAGGTGGGGTTCCCAGTTTGGCCCTTGGAGACAT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCCTCGAGAAGCTGAGGTGGGGTTCCCAGTTTGGCCCTTGGAGACAT  744

seq1  GGGAGCATGTAGGTAGTTAGTGAAGGAATGCTTGCTGGCCTTTTTCTCCT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGCATGTAGGTAGTTAGTGAAGGAATGCTTGCTGGCCTTTTTCTCCT  794

seq1  AAAACATTCACCCCTGTCTCCAGTGTTTCCAGGCTTCCATGACAAACACT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACATTCACCCCTGTCTCCAGTGTTTCCAGGCTTCCATGACAAACACT  844

seq1  GGCCACCTCTTTTCCTCTACCCTGCCTGTTACCAGCTGACCCTGAGGCAC  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCACCTCTTTTCCTCTACCCTGCCTGTTACCAGCTGACCCTGAGGCAC  894

seq1  CATGGGTCTACGTGGGCTGAGAAGAAGGTGCCTTCTAATCAAATAATCCC  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGGTCTACGTGGGCTGAGAAGAAGGTGCCTTCTAATCAAATAATCCC  944

seq1  TCAAACCTGTGAAGGAATGGACACGGTTGGATGCTGAAATCCTTCTACAA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAACCTGTGAAGGAATGGACACGGTTGGATGCTGAAATCCTTCTACAA  994

seq1  GCCTTGGCTGAATTAAGACTGTTGGCCATTCTTGGGATCATAGTCCAAGC  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGGCTGAATTAAGACTGTTGGCCATTCTTGGGATCATAGTCCAAGC  1044

seq1  AAGGCATTGCATGGCTGGACCAGCTGGCCCTGTTTCTCACTAAGTTCTCT  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCATTGCATGGCTGGACCAGCTGGCCCTGTTTCTCACTAAGTTCTCT  1094

seq1  AAAGGGAATTC  1105
      |||||||||||
seq2  AAAGGGAATTC  1105