BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-258O05
Chromosome11 (Build37)
Map Location 25,037,984 - 25,089,234
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneBcl11a, LOC100042282
Downstream gene5730522E02Rik, LOC100042328
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-258O05.bB6Ng01-258O05.g
ACCGA064210GA064211
length8761,197
definitionB6Ng01-258O05.b B6Ng01-258O05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(25,037,984 - 25,038,859)(25,088,040 - 25,089,234)
sequence
gaattcttgaataactgtatgtgtctagtctttgaggtcaactcttcttg
accttgctgtgtcttaccgcatgtaaaagatatgctgccatgagttagtg
taggttttggtgaaacccaagaaagacaacacaatggtatggtaaaacaa
atctctgcagtaataagctgtgagcttaatagagctgtaagtgatgcaca
gaatgtagactatgtccatttccatggggaaaagatgaagctcagagttt
ctaaataataactactgagtgatagaagcctaaattagttcagctttttc
tataactttggccacagagtcctgctcaagaaaggaattgcaaagcctta
aacaaagagattgatcaaagatgagtcccccattgcttaaaagcaggaca
aactcaggaatatatggctgagttgtatctcttcgtagcagagatatgga
tctgactgcttttacctgccagtatagatgccaaaaggtagaaaatctgc
gcatactctgaatcacagagtctattcatgcaaggaagaactcaagctta
tttggctagatttgctttttgaaaattgataataaattaaggttccaaac
actgtctctaactgggaaccatgtgctcaaaaacctgatcctttgtgggg
catctctcattcaaaccaacatgttctccccacccattggttttttacta
catcataatgcaaaatattttatattatctacttctctgttgctgagata
agtcactgtgatgaaaagtgatgtatagaagagcttattttggcttacag
ttccagagagagagagagagagagagagagagagagagagagggagagag
agagagagagagagagagagagagag
gaattccagaagaagacagaataatttctaaaaagccagaataggaaaag
cattttcggagcatccctgtacagcacatgttgggagagggaagtgagga
tgggtacgaaggccagtgaagggcaaagagtgtaagttggtgaacaagca
tgatggtgcgtacctatagcaccagaacttggagagcaaagaattctaaa
tcccaagtaagcctggactgtaaggtcctgtctcagaacattaaaccata
tcaaaccaaacaaccaaaagtacagccaaaaaaatgtaaaaaagaaaaat
aaaacaatagacataaaaagatgattaaaaagaaattttaaaaatcataa
taaaaagtaatattttatagtaatgtgagttcacagaactccaaactgaa
gtggctctctcagagtgtaggggggaactatctaccttgacctgctgact
gaataggtcaattatattagctctcattactttgtatgactaatttattg
gtttacatgtgttcttatctacctttggatataagataaaaacttggtat
tttaaggacttcattataaatcatatagaaataatttcaggaggactgcc
ttttctcaaaagaaatactaccagaacatagtggtgaatatctttaatcc
cagccctcatgcagcagaggcatgggaatttctttgtgttcagggccagg
cctggtctacataccaagtccaaggccatctagaactatatgataagacc
ctatctcaaaaaaattgatgaagtaataactttgcctgttggtggtacaa
gtctgacttctgtagagccagaaatgtatggtggtacatgcctgcaatat
aaatatatgtcaagtcaggagaatcaaaggaaacctggaatatacaggaa
aacctttccatgagaccccaaaacaaagagaattccacggaatgggctct
tagaaatgcagcatcttctctcacatgagcattagcatcagagtcccagc
atggggctggtggggctctactggtgccttatggatagctgtcttctctg
ctgtgtacccaggaggagttgcttctgcacatcatttctgggtgggagtt
taggagcggagattcttatgagcactaacttaatgtagttacttccgttc
ggactcatgcattctactatttattagttaggtgcttagggacaaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_25037984_25038859
seq2: B6Ng01-258O05.b_47_922

seq1  GAATTCTTGAATAACTGTATGTGTCTAGTCTTTGAGGTCAACTCTTCTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGAATAACTGTATGTGTCTAGTCTTTGAGGTCAACTCTTCTTG  50

seq1  ACCTTGCTGTGTCTTACCGCATGTAAAAGATATGCTGCCATGAGTTAGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTGCTGTGTCTTACCGCATGTAAAAGATATGCTGCCATGAGTTAGTG  100

seq1  TAGGTTTTGGTGAAACCCAAGAAAGACAACACAATGGTATGGTAAAACAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTTTTGGTGAAACCCAAGAAAGACAACACAATGGTATGGTAAAACAA  150

seq1  ATCTCTGCAGTAATAAGCTGTGAGCTTAATAGAGCTGTAAGTGATGCACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTGCAGTAATAAGCTGTGAGCTTAATAGAGCTGTAAGTGATGCACA  200

seq1  GAATGTAGACTATGTCCATTTCCATGGGGAAAAGATGAAGCTCAGAGTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTAGACTATGTCCATTTCCATGGGGAAAAGATGAAGCTCAGAGTTT  250

seq1  CTAAATAATAACTACTGAGTGATAGAAGCCTAAATTAGTTCAGCTTTTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAATAATAACTACTGAGTGATAGAAGCCTAAATTAGTTCAGCTTTTTC  300

seq1  TATAACTTTGGCCACAGAGTCCTGCTCAAGAAAGGAATTGCAAAGCCTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAACTTTGGCCACAGAGTCCTGCTCAAGAAAGGAATTGCAAAGCCTTA  350

seq1  AACAAAGAGATTGATCAAAGATGAGTCCCCCATTGCTTAAAAGCAGGACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAGAGATTGATCAAAGATGAGTCCCCCATTGCTTAAAAGCAGGACA  400

seq1  AACTCAGGAATATATGGCTGAGTTGTATCTCTTCGTAGCAGAGATATGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCAGGAATATATGGCTGAGTTGTATCTCTTCGTAGCAGAGATATGGA  450

seq1  TCTGACTGCTTTTACCTGCCAGTATAGATGCCAAAAGGTAGAAAATCTGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGACTGCTTTTACCTGCCAGTATAGATGCCAAAAGGTAGAAAATCTGC  500

seq1  GCATACTCTGAATCACAGAGTCTATTCATGCAAGGAAGAACTCAAGCTTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATACTCTGAATCACAGAGTCTATTCATGCAAGGAAGAACTCAAGCTTA  550

seq1  TTTGGCTAGATTTGCTTTTTGAAAATTGATAATAAATTAAGGTTCCAAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGCTAGATTTGCTTTTTGAAAATTGATAATAAATTAAGGTTCCAAAC  600

seq1  ACTGTCTCTAACTGGGAACCATGTGCTCAAAAACCTGATCCTTTGTGGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTCTCTAACTGGGAACCATGTGCTCAAAAACCTGATCCTTTGTGGGG  650

seq1  CATCTCTCATTCAAACCAACATGTTCTCCCCACCCATTGGTTTTTTACTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCTCATTCAAACCAACATGTTCTCCCCACCCATTGGTTTTTTACTA  700

seq1  CATCATAATGCAAAATATTTTATATTATCTACTTCTCTGTTGCTGAGATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCATAATGCAAAATATTTTATATTATCTACTTCTCTGTTGCTGAGATA  750

seq1  AGTCACTGTGATGAAAAGTGATGTATAGAAGAGCTTATTTTGGCTTACAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCACTGTGATGAAAAGTGATGTATAGAAGAGCTTATTTTGGCTTACAG  800

seq1  TTCCAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGGAGAGAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGGAGAGAG  850

seq1  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG  876
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG  876

seq1: chr11_25088040_25089234
seq2: B6Ng01-258O05.g_68_1264 (reverse)

seq1  CTTTGTCCCTAAGCA-TTAATTAATTAATTAGTTAGGATTGCATGAGGTC  49
      |||||||||||||||  ||| ||| ||| ||||   || ||||||| |||
seq2  CTTTGTCCCTAAGCACCTAACTAA-TAAATAGT--AGAATGCATGA-GTC  46

seq1  TGGAGGGGAGAGTACTAACATTAGGTTAGTGCCTTCATAAG-ATCT-CGC  97
       | | ||   ||||   |||||| ||||||||  ||||||| |||| |||
seq2  CGAACGG--AAGTAACTACATTAAGTTAGTGC--TCATAAGAATCTCCGC  92

seq1  TC--TAACTCCCA-CCAGAAATGATGTGCAGAAGC-ACTCCT-CTGGGTA  142
      ||   |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||
seq2  TCCTAAACTCCCACCCAGAAATGATGTGCAGAAGCAACTCCTCCTGGGTA  142

seq1  CACAGCAGAGAAGACAGCTATCCATAAGGCA-CAGTAGAGCCCCA-CAGC  190
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||
seq2  CACAGCAGAGAAGACAGCTATCCATAAGGCACCAGTAGAGCCCCACCAGC  192

seq1  CCCATGCTGGGACTCTGATGCTAATGCTCATGTGAGAGAAGATGCTGCAT  240
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATGCTGGGACTCTGATGCTAATGCTCATGTGAGAGAAGATGCTGCAT  242

seq1  TTCTAAGAGCCCATTCCGTGGAATTCTCTTTGTTTTGGGGTCTCATGGAA  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAAGAGCCCATTCCGTGGAATTCTCTTTGTTTTGGGGTCTCATGGAA  292

seq1  AGGTTTTCCTGTATATTCCAGGTTTCCTTTGATTCTCCTGACTTGACATA  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTTTCCTGTATATTCCAGGTTTCCTTTGATTCTCCTGACTTGACATA  342

seq1  TATTTATATTGCAGGCATGTACCACCATACATTTCTGGCTCTACAGAAGT  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTATATTGCAGGCATGTACCACCATACATTTCTGGCTCTACAGAAGT  392

seq1  CAGACTTGTACCACCAACAGGCAAAGTTATTACTTCATCAATTTTTTTGA  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTTGTACCACCAACAGGCAAAGTTATTACTTCATCAATTTTTTTGA  442

seq1  GATAGGGTCTTATCATATAGTTCTAGATGGCCTTGGACTTGGTATGTAGA  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGGGTCTTATCATATAGTTCTAGATGGCCTTGGACTTGGTATGTAGA  492

seq1  CCAGGCCTGGCCCTGAACACAAAGAAATTCCCATGCCTCTGCTGCATGAG  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGCCTGGCCCTGAACACAAAGAAATTCCCATGCCTCTGCTGCATGAG  542

seq1  GGCTGGGATTAAAGATATTCACCACTATGTTCTGGTAGTATTTCTTTTGA  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGGGATTAAAGATATTCACCACTATGTTCTGGTAGTATTTCTTTTGA  592

seq1  GAAAAGGCAGTCCTCCTGAAATTATTTCTATATGATTTATAATGAAGTCC  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGGCAGTCCTCCTGAAATTATTTCTATATGATTTATAATGAAGTCC  642

seq1  TTAAAATACCAAGTTTTTATCTTATATCCAAAGGTAGATAAGAACACATG  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAATACCAAGTTTTTATCTTATATCCAAAGGTAGATAAGAACACATG  692

seq1  TAAACCAATAAATTAGTCATACAAAGTAATGAGAGCTAATATAATTGACC  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACCAATAAATTAGTCATACAAAGTAATGAGAGCTAATATAATTGACC  742

seq1  TATTCAGTCAGCAGGTCAAGGTAGATAGTTCCCCCCTACACTCTGAGAGA  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCAGTCAGCAGGTCAAGGTAGATAGTTCCCCCCTACACTCTGAGAGA  792

seq1  GCCACTTCAGTTTGGAGTTCTGTGAACTCACATTACTATAAAATATTACT  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACTTCAGTTTGGAGTTCTGTGAACTCACATTACTATAAAATATTACT  842

seq1  TTTTATTATGATTTTTAAAATTTCTTTTTAATCATCTTTTTATGTCTATT  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTATGATTTTTAAAATTTCTTTTTAATCATCTTTTTATGTCTATT  892

seq1  GTTTTATTTTTCTTTTTTACATTTTTTTGGCTGTACTTTTGGTTGTTTGG  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTATTTTTCTTTTTTACATTTTTTTGGCTGTACTTTTGGTTGTTTGG  942

seq1  TTTGATATGGTTTAATGTTCTGAGACAGGACCTTACAGTCCAGGCTTACT  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATATGGTTTAATGTTCTGAGACAGGACCTTACAGTCCAGGCTTACT  992

seq1  TGGGATTTAGAATTCTTTGCTCTCCAAGTTCTGGTGCTATAGGTACGCAC  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATTTAGAATTCTTTGCTCTCCAAGTTCTGGTGCTATAGGTACGCAC  1042

seq1  CATCATGCTTGTTCACCAACTTACACTCTTTGCCCTTCACTGGCCTTCGT  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCATGCTTGTTCACCAACTTACACTCTTTGCCCTTCACTGGCCTTCGT  1092

seq1  ACCCATCCTCACTTCCCTCTCCCAACATGTGCTGTACAGGGATGCTCCGA  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCATCCTCACTTCCCTCTCCCAACATGTGCTGTACAGGGATGCTCCGA  1142

seq1  AAATGCTTTTCCTATTCTGGCTTTTTAGAAATTATTCTGTCTTCTTCTGG  1190
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCTTTTCCTATTCTGGCTTTTTAGAAATTATTCTGTCTTCTTCTGG  1192

seq1  AATTC  1195
      |||||
seq2  AATTC  1197