BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-259P17
Chromosome11 (Build37)
Map Location 91,521,705 - 91,630,755
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneTom1l1, LOC638903, EG664976, Kif2b
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-259P17.bB6Ng01-259P17.g
ACCGA065024GA065025
length1,1341,173
definitionB6Ng01-259P17.b B6Ng01-259P17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(91,521,705 - 91,522,836)(91,629,581 - 91,630,755)
sequence
gaattctatgtaaacacttggtcaagattgatggtaggatatgtattcct
aggaccacagattcagattgaatatggaaagcatagggccaaacttgtat
ctaggaatcacaacaccagccaaaagacttctcttgaattcaagcaaact
catgtagccatctgctgaactaacaagagttgaaagcaactgaaccttca
gagtcatttcttaccaaagttaaacatgaaccaatggtttgtgcatcatt
gactagaaatgcaacgtttttgtttgtttgtttgtttgcttgtttgtttt
agtttaccggtgttcattaatagaagcagtggatgaaaaatacatcatga
gtcatctaagtggggtgagaatgtagatagatgaacatgagattgtgggt
atgtgggcaaggttcatactagttaagtttatgacattgcacaagcaaag
gtgacgtaaaatgctttctcaaattcatacatacgttaccgaagagtttg
taaataattaccagaatatattcagattaagaataaaaaggcatgtagca
ctgatgaggaaacatccatgtgcaaaattctatcttcagaaagaacatat
aattattgggttttcttagatgttcttgttggcagcttttagcatatttc
tgatcaacaactttgaagggataaaaaaacaagttcaaggttttacatag
gactgattaacagtcatttatgaaagaagacattatgctcaagagcaata
atactgcagtaaagactatagtcaaaatctgatctttcttcactgttact
gtgaaattgagaaagttatttattccttctctcattcctcttgtttatgc
aatgaaaatgaaaactttcacataaggatagcttattaaaaacacttaca
agcaagattaagagtggaatgttttcataaacatagtgattaaatattga
tatgtcctttatatgatttattttaattatctgtctgtatatatgcaaaa
gtttgtccttaggaagtcaggaggccagttaaaggtttgtggatccctag
agctgggagttgaatggtgatgggagctagacctgatatgagtgtggtaa
ctgaaatggaggtccaagaggcagcatatgctct

gaattcaccttataaattgttctttttcaattttttaaaaaaaatgtgaa
ttacttagggttttaatataaataaatgactataatataataatatatta
aaatacattttaatataaacaccacatccaactatgtatattaatgagga
atatatttccttccgttcgtttgaatatttcattttgattgtatggtaga
ttaataaaacttcaagacactcttacttcatatgtgctgttagaattcaa
tgaaatggagttttattgcaaacgatggttagagggaaggaagaggaatc
actggaattcttctgaattgtgttgaaatagttggtcttaagtgaccaaa
catgggcaaccaacctaatttcagattcaaattttgacaagtgtcactat
cagagtgtgcgatatgcatcttccttcaactgagagaattggattaaagt
tccttagctgatctgttttcattttacgcttctgacataattttcctgct
gactgatccaattatccttttgatttaatgcttgattccactattctagc
catatatatgtacatttaagtacatttttaaagggaaatataatgtagtt
aagttgtggtgtacctccaaaattatctatcaccttttgtttgtttgttg
tttgtttttgttgtgttttattttgagttatttattaatcatccaatcag
tttacatctcaaatgataccctggttactcttccacaagcctcccatgcc
acaacctctctctcctccctgccctttgcctctaagagggcgctatacca
accaactaccctcttctgctacaccctccaacatccacctattctggggg
catcaaacttccattaaactagggtctcccctccctttaatgtcagacaa
ggtcgtcttctgctaagtatctaccttgaaaccatgggatctcctccttg
tacactctatgggttggtagtctagtcccctcggatcactgggtggtttg
ggtcagctgatatgttcttcctatggggttaccaatcctctcaactctca
atctttggcagctctgccatgaggttcctagcctccctctgatggtgatc
cagccatccatatctggcattgtagtgctggctgacaccaaggaccagct
ccatactcaggtattcctgtcag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_91521705_91522836
seq2: B6Ng01-259P17.b_48_1181

seq1  GAATTCTATGTAAACACTTGGTCAAGATTGATGGTAGGATATGTATTCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATGTAAACACTTGGTCAAGATTGATGGTAGGATATGTATTCCT  50

seq1  AGGACCACAGATTCAGATTGAATATGGAAAGCATAGGGCCAAACTTGTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACCACAGATTCAGATTGAATATGGAAAGCATAGGGCCAAACTTGTAT  100

seq1  CTAGGAATCACAACACCAGCCAAAAGACTTCTCTTGAATTCAAGCAAACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGAATCACAACACCAGCCAAAAGACTTCTCTTGAATTCAAGCAAACT  150

seq1  CATGTAGCCATCTGCTGAACTAACAAGAGTTGAAAGCAACTGAACCTTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTAGCCATCTGCTGAACTAACAAGAGTTGAAAGCAACTGAACCTTCA  200

seq1  GAGTCATTTCTTACCAAAGTTAAACATGAACCAATGGTTTGTGCATCATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCATTTCTTACCAAAGTTAAACATGAACCAATGGTTTGTGCATCATT  250

seq1  GACTAGAAATGCAACGTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGCTTGTTTGTTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTAGAAATGCAACGTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGCTTGTTTGTTTT  300

seq1  AGTTTACCGGTGTTCATTAATAGAAGCAGTGGATGAAAAATACATCATGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTACCGGTGTTCATTAATAGAAGCAGTGGATGAAAAATACATCATGA  350

seq1  GTCATCTAAGTGGGGTGAGAATGTAGATAGATGAACATGAGATTGTGGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATCTAAGTGGGGTGAGAATGTAGATAGATGAACATGAGATTGTGGGT  400

seq1  ATGTGGGCAAGGTTCATACTAGTTAAGTTTATGACATTGCACAAGCAAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGGCAAGGTTCATACTAGTTAAGTTTATGACATTGCACAAGCAAAG  450

seq1  GTGACGTAAAATGCTTTCTCAAATTCATACATACGTTACCGAAGAGTTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACGTAAAATGCTTTCTCAAATTCATACATACGTTACCGAAGAGTTTG  500

seq1  TAAATAATTACCAGAATATATTCAGATTAAGAATAAAAAGGCATGTAGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAATTACCAGAATATATTCAGATTAAGAATAAAAAGGCATGTAGCA  550

seq1  CTGATGAGGAAACATCCATGTGCAAAATTCTATCTTCAGAAAGAACATAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATGAGGAAACATCCATGTGCAAAATTCTATCTTCAGAAAGAACATAT  600

seq1  AATTATTGGGTTTTCTTAGATGTTCTTGTTGGCAGCTTTTAGCATATTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATTGGGTTTTCTTAGATGTTCTTGTTGGCAGCTTTTAGCATATTTC  650

seq1  TGATCAACAACTTTGAAGGGATAAAAAAACAAGTTCAAGGTTTTACATAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCAACAACTTTGAAGGGATAAAAAAACAAGTTCAAGGTTTTACATAG  700

seq1  GACTGATTAACAGTCATTTATGAAAGAAGACATTATGCTCAAGAGCAATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGATTAACAGTCATTTATGAAAGAAGACATTATGCTCAAGAGCAATA  750

seq1  ATACTGCAGTAAAGACTATAGTCAAAATCTGATCTTTCTTCACTGTTACT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTGCAGTAAAGACTATAGTCAAAATCTGATCTTTCTTCACTGTTACT  800

seq1  GTGAAATTGAGAAAGTTATTTATTCCTTCTCTCATTCCTCTTGTTTATGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAATTGAGAAAGTTATTTATTCCTTCTCTCATTCCTCTTGTTTATGC  850

seq1  AATGAAAATGAAAACTTTCACATAA-GATAGCTTATTAAAAACACTTACA  899
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAAATGAAAACTTTCACATAAGGATAGCTTATTAAAAACACTTACA  900

seq1  AGCAAGATTAAGAGTGGAATGTTTTCATAAACATAGTGATTAAATATTGA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGATTAAGAGTGGAATGTTTTCATAAACATAGTGATTAAATATTGA  950

seq1  TATGTCCTTTATATGATTTATTTTAATTATCTGTCTGTATATATGCAAAA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTCCTTTATATGATTTATTTTAATTATCTGTCTGTATATATGCAAAA  1000

seq1  GTTTGTCCTAAGGAAGTCA-GAGGCCAG-TAAAGGTTGTTGGATCCCCTA  1047
      ||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||  ||||| |||||
seq2  GTTTGTCCTTAGGAAGTCAGGAGGCCAGTTAAAGGTTTGTGGAT-CCCTA  1049

seq1  GAGCT-GGAGTTGAATGGTGAATGGGAGCTAGACCTGATATGAGTGTTGG  1096
      ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GAGCTGGGAGTTGAATGGTG-ATGGGAGCTAGACCTGATATGAGTG-TGG  1097

seq1  TAACTGAAAT-GAGGTCCAAAGAGCAGCATATGCTCT  1132
      |||||||||| |||||||||   ||||||||||||||
seq2  TAACTGAAATGGAGGTCCAAGAGGCAGCATATGCTCT  1134


seq1: chr11_91629581_91630755
seq2: B6Ng01-259P17.g_66_1238 (reverse)

seq1  CTGACAGGAAT--CTGGGTGTG--GCTGGTCCTTGGGTGGTTCAGCCAGC  46
      |||||||||||  ||| || ||  |||||||||| ||||  |||||||||
seq2  CTGACAGGAATACCTGAGTATGGAGCTGGTCCTT-GGTG--TCAGCCAGC  47

seq1  AACTTACCAATG-CAGATATGAATGCTTGGAACCAACCATCAGAGTGAGC  95
       |||   ||||| |||||||| |||  |||| |  |||||||||| ||| 
seq2  -ACT--ACAATGCCAGATATGGATGGCTGGATC--ACCATCAGAGGGAGG  92

seq1  CTAGGGACCCTCATGGCAGAGCTGGCAAAAGAATTGGAGGAGTTGAGGAA  145
      ||| ||| |||||||||||||||| ||||   ||||   ||||||| || 
seq2  CTA-GGAACCTCATGGCAGAGCTGCCAAA--GATTG--AGAGTTGA-GAG  136

seq1  GA-TGGTAACCCCATAGGAAGAACAATATCAGCTGA-CCAAACCACCCAG  193
      || ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
seq2  GATTGGTAACCCCATAGGAAGAAC-ATATCAGCTGACCCAAACCACCCAG  185

seq1  TGATCCGA-GGGACTAGACTACCAA-CCATAGAGTGTACAAGGA-GAGAT  240
      |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||
seq2  TGATCCGAGGGGACTAGACTACCAACCCATAGAGTGTACAAGGAGGAGAT  235

seq1  -CCATGG-TTCCAGGTAGATACTTAGCAGAAGACGACCTTGTCTGACATT  288
       |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATGGTTTCAAGGTAGATACTTAGCAGAAGACGACCTTGTCTGACATT  285

seq1  AAAGGGAGGGGAGACCCTAGTTTAATGGAAGTTTGATG-CCCCAGAATAG  337
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AAAGGGAGGGGAGACCCTAGTTTAATGGAAGTTTGATGCCCCCAGAATAG  335

seq1  GTGGATGTTGGAGGGTGTAGCAGAAGAGGGTAGTTGGTTGGTATAGCGCC  387
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGATGTTGGAGGGTGTAGCAGAAGAGGGTAGTTGGTTGGTATAGCGCC  385

seq1  CTCTTAGAGGCAAAGGGCAGGGAGGAGAGAGAGGTTGTGGCATGGGAGGC  437
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTAGAGGCAAAGGGCAGGGAGGAGAGAGAGGTTGTGGCATGGGAGGC  435

seq1  TTGTGGAAGAGTAACCAGGGTATCATTTGAGATGTAAACTGATTGGATGA  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGGAAGAGTAACCAGGGTATCATTTGAGATGTAAACTGATTGGATGA  485

seq1  TTAATAAATAACTCAAAATAAAACACAACAAAAACAAACAACAAACAAAC  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATAAATAACTCAAAATAAAACACAACAAAAACAAACAACAAACAAAC  535

seq1  AAAAGGTGATAGATAATTTTGGAGGTACACCACAACTTAACTACATTATA  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGGTGATAGATAATTTTGGAGGTACACCACAACTTAACTACATTATA  585

seq1  TTTCCCTTTAAAAATGTACTTAAATGTACATATATATGGCTAGAATAGTG  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCTTTAAAAATGTACTTAAATGTACATATATATGGCTAGAATAGTG  635

seq1  GAATCAAGCATTAAATCAAAAGGATAATTGGATCAGTCAGCAGGAAAATT  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCAAGCATTAAATCAAAAGGATAATTGGATCAGTCAGCAGGAAAATT  685

seq1  ATGTCAGAAGCGTAAAATGAAAACAGATCAGCTAAGGAACTTTAATCCAA  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCAGAAGCGTAAAATGAAAACAGATCAGCTAAGGAACTTTAATCCAA  735

seq1  TTCTCTCAGTTGAAGGAAGATGCATATCGCACACTCTGATAGTGACACTT  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTCAGTTGAAGGAAGATGCATATCGCACACTCTGATAGTGACACTT  785

seq1  GTCAAAATTTGAATCTGAAATTAGGTTGGTTGCCCATGTTTGGTCACTTA  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAAATTTGAATCTGAAATTAGGTTGGTTGCCCATGTTTGGTCACTTA  835

seq1  AGACCAACTATTTCAACACAATTCAGAAGAATTCCAGTGATTCCTCTTCC  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCAACTATTTCAACACAATTCAGAAGAATTCCAGTGATTCCTCTTCC  885

seq1  TTCCCTCTAACCATCGTTTGCAATAAAACTCCATTTCATTGAATTCTAAC  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTCTAACCATCGTTTGCAATAAAACTCCATTTCATTGAATTCTAAC  935

seq1  AGCACATATGAAGTAAGAGTGTCTTGAAGTTTTATTAATCTACCATACAA  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACATATGAAGTAAGAGTGTCTTGAAGTTTTATTAATCTACCATACAA  985

seq1  TCAAAATGAAATATTCAAACGAACGGAAGGAAATATATTCCTCATTAATA  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAATGAAATATTCAAACGAACGGAAGGAAATATATTCCTCATTAATA  1035

seq1  TACATAGTTGGATGTGGTGTTTATATTAAAATGTATTTTAATATATTATT  1087
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATAGTTGGATGTGGTGTTTATATTAAAATGTATTTTAATATATTATT  1085

seq1  ATATTATAGTCATTTATTTATATTAAAACCCTAAGTAATTCACATTTTTT  1137
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTATAGTCATTTATTTATATTAAAACCCTAAGTAATTCACATTTTTT  1135

seq1  TTAAAAAATTGAAAAAGAACAATTTATAAGGTGAATTC  1175
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAAATTGAAAAAGAACAATTTATAAGGTGAATTC  1173


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |