BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-261D04
Chromosome11 (Build37)
Map Location 37,496,119 - 37,633,607
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneOdz2, LOC100039148
Downstream geneLOC276941
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-261D04.bB6Ng01-261D04.g
ACCGA065927GA065928
length1,1161,103
definitionB6Ng01-261D04.b B6Ng01-261D04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(37,496,119 - 37,497,233)(37,632,502 - 37,633,607)
sequence
gaattcagtgttctctgaagaaggatagagtccttccctggcaaggctct
taactcagagggtcattgctgacctttaacatacatttttataaattccc
ttaatccacggtgcaaagaaaacaaccttatggctctgaagttctcatgg
gcttatatgctcatgttgaaccagttatgttacattaggtgtggctgcta
agagcaacttagttaatcataatgagatacatggaagatgtgacaggtgg
gtcatggggaatccagcaacctgaagttatagacaaattattctgatgga
cacacggtcccctcgacatactgaagtggcagggctttgagagacttcat
tctaagcatgcacatcaagtacctggaagctactttattagacagattgt
atgtaagaatgaacactgagcactgataatcaagaggggaagaaagatac
atatccacagaagggcaaaataattattattcagtgtatcagagcatgag
tttggattttgacagactcagaagagggttctcttgctgcatttattagc
tgtgaggctatgaccaagttgtttatattgttaaaggtttagtttcctta
cctggcagatgagaccagtaaaactaattactcatcctacagacttcttt
ggacagtgattgagaacaacgtctgtttcttaataacaactgtacacctg
cactaatacttttagaaataatatcagaaaggatgataagagtggaggtg
tgctcatattaaatgagtgtattatacagagcttcaattataggtggaat
atataatagagagaacatttttacttgggtcagtaaagaagtcatatgaa
ttagacagagtagcacactgaaaactaaactaagaggacaggagcttaaa
tagaaatgagtgatatgaatgatagaaaaggaggcaaaacccatatacca
aagatacaaggatttctgaatgtaaagcttataatttaatgctggctata
aagaggaggcattcttaccatgagcaataagtcacttatagtggtcatat
agtctacgagcctatggaacactaactgtcctaagtggtaggtctctgag
aaatattgttttgaat

gaattcacctctccagatcttcccctgcctgaaaggttcttgtaggcaca
ccattacagaaggtatggatggtcttcttatccctagggggaaacagtat
ttgttcattaatctatttgtggttggcactttcaattctggaagaggaag
agaagaactagcctttgatgaagcaatttgtacaaatgtaattctaatat
tttctctagaacattcccaacatatatttctctttctctaatgaactttg
ttttaagatcattagtcacttccctaaaaaaagttctattaatttctaga
tgatacttaatatttaaacatctatcagagtatgagactactaatatctg
atggaccctaatatgttaccattgactataatttggcaccttaggttcaa
gaagattaaattatacttcctgtgacatttgtttttatttgtactaacag
caggctcaccctttgttttcatttgtttcttctccaggataaaatatttc
taacgaccaagagtatagtagcaccctaaaatttgaattaaatttaggaa
aatatagttaagtcttaagcatgtgtagaagctccataacagtgtaggag
cctaaatctttcaacatgaggccacagagaggacaaagagagagacatct
tccttggataaatgtctttgctttaggatttcattattttatttgtaagt
tttgaagaggggcttagatggtgttatgactttcaattctaaatcttcat
cttttattctggaaaactggtagcaggcatactgcttcctttaaatgctc
ttgtgtgtataggtggtagcttaatctatgcctgacaagcaacatcgaca
gatgcctgaagatgaatgtcctgaacaggccttactagaagtttactttc
caactctagaagtgaggaagagaaaccacatgctggctgttgcccatttt
atgaatatcatgccaactggtggcaagcagattcaacagactttgagaca
gtgaatcttcaaaaccttgcttaaatgtcatgctgaatatacgtttttta
aatgctagcatcactttgcatatctatatctatatctacataatatatgt
tga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_37496119_37497233
seq2: B6Ng01-261D04.b_45_1160

seq1  GAATTCAGTGTTCTCTGAAGAAGGATAGAGTCCTTCCCTGGCAAGGCTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTGTTCTCTGAAGAAGGATAGAGTCCTTCCCTGGCAAGGCTCT  50

seq1  TAACTCAGAGGGTCATTGCTGACCTTTAACATACATTTTTATAAATTCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTCAGAGGGTCATTGCTGACCTTTAACATACATTTTTATAAATTCCC  100

seq1  TTAATCCACGGTGCAAAGAAAACAACCTTATGGCTCTGAAGTTCTCATGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATCCACGGTGCAAAGAAAACAACCTTATGGCTCTGAAGTTCTCATGG  150

seq1  GCTTATATGCTCATGTTGAACCAGTTATGTTACATTAGGTGTGGCTGCTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTATATGCTCATGTTGAACCAGTTATGTTACATTAGGTGTGGCTGCTA  200

seq1  AGAGCAACTTAGTTAATCATAATGAGATACATGGAAGATGTGACAGGTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCAACTTAGTTAATCATAATGAGATACATGGAAGATGTGACAGGTGG  250

seq1  GTCATGGGGAATCCAGCAACCTGAAGTTATAGACAAATTATTCTGATGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATGGGGAATCCAGCAACCTGAAGTTATAGACAAATTATTCTGATGGA  300

seq1  CACACGGTCCCCTCGACATACTGAAGTGGCAGGGCTTTGAGAGACTTCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACGGTCCCCTCGACATACTGAAGTGGCAGGGCTTTGAGAGACTTCAT  350

seq1  TCTAAGCATGCACATCAAGTACCTGGAAGCTACTTTATTAGACAGATTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGCATGCACATCAAGTACCTGGAAGCTACTTTATTAGACAGATTGT  400

seq1  ATGTAAGAATGAACACTGAGCACTGATAATCAAGAGGGGAAGAAAGATAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAAGAATGAACACTGAGCACTGATAATCAAGAGGGGAAGAAAGATAC  450

seq1  ATATCCACAGAAGGGCAAAATAATTATTATTCAGTGTATCAGAGCATGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCCACAGAAGGGCAAAATAATTATTATTCAGTGTATCAGAGCATGAG  500

seq1  TTTGGATTTTGACAGACTCAGAAGAGGGTTCTCTTGCTGCATTTATTAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGATTTTGACAGACTCAGAAGAGGGTTCTCTTGCTGCATTTATTAGC  550

seq1  TGTGAGGCTATGACCAAGTTGTTTATATTGTTAAAGGTTTAGTTTCCTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAGGCTATGACCAAGTTGTTTATATTGTTAAAGGTTTAGTTTCCTTA  600

seq1  CCTGGCAGATGAGACCAGTAAAACTAATTACTCATCCTACAGACTTCTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCAGATGAGACCAGTAAAACTAATTACTCATCCTACAGACTTCTTT  650

seq1  GGACAGTGATTGAGAACAACGTCTGTTTCTTAATAACAACTGTACACCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGTGATTGAGAACAACGTCTGTTTCTTAATAACAACTGTACACCTG  700

seq1  CACTAATACTTTTAGAAATAATATCAGAAAGGATGATAAGAGTGGAGGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTAATACTTTTAGAAATAATATCAGAAAGGATGATAAGAGTGGAGGTG  750

seq1  TGCTCATATTAAATGAGTGTATTATACAGAGCTTCAATTATAGGTGGAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCATATTAAATGAGTGTATTATACAGAGCTTCAATTATAGGTGGAAT  800

seq1  ATATAATAGAGAGAACATTTTTACTTGGGTCAGTAAAGAAGTCATATGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAATAGAGAGAACATTTTTACTTGGGTCAGTAAAGAAGTCATATGAA  850

seq1  TTAGACAGAGTAGCACACTGAAAACTAAACTAAGAGGACAGGAGCTTAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGACAGAGTAGCACACTGAAAACTAAACTAAGAGGACAGGAGCTTAAA  900

seq1  TAGAAATGAGTGATATGAATGATAGAAAAGGAGGCAAAA-CCATATACCA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TAGAAATGAGTGATATGAATGATAGAAAAGGAGGCAAAACCCATATACCA  950

seq1  AAGATACAAGGATTTCTGAATGTAAAGCTATAAATTTAAATGCTGGCTAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||| || | || ||||||||||||
seq2  AAGATACAAGGATTTCTGAATGTAAAGCT-TATAATTTAATGCTGGCTAT  999

seq1  AAAGAGGAAGGCATTC-TACCATGAGCAATAAGTCACTTATAGTGGTCAT  1048
      ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGG-AGGCATTCTTACCATGAGCAATAAGTCACTTATAGTGGTCAT  1048

seq1  ATAGTCTACGAGGCTATGG-ACACTTACTGTCCTAAGTGGTAGGTGTTTC  1097
      |||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||  || ||
seq2  ATAGTCTACGAGCCTATGGAACACTAACTGTCCTAAGTGGTAG--GTCTC  1096

seq1  TGAG-AATA-TGTTTTGAAT  1115
      |||| |||| ||||||||||
seq2  TGAGAAATATTGTTTTGAAT  1116


seq1: chr11_37632502_37633607
seq2: B6Ng01-261D04.g_67_1169 (reverse)

seq1  TCAACATATA-TATGTAGATATAGATATAGATATGCAAAATTGATTGCTA  49
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||
seq2  TCAACATATATTATGTAGATATAGATATAGATATGC-AAAGTGA-TGCTA  48

seq1  GCATTTAAAAAACGGTATA-TCAGCATGGACAATTTAAGCAAGGTTTTTG  98
      ||||||||||||| ||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||  
seq2  GCATTTAAAAAAC-GTATATTCAGCAT-GAC-ATTTAAGCAAGGTTTTGA  95

seq1  AGATTCACTGTCTCAAAGTCTGTTGAATCTGCTTGCCACCAGTTGGCATG  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTCACTGTCTCAAAGTCTGTTGAATCTGCTTGCCACCAGTTGGCATG  145

seq1  ATATTCATAAAATGGGCAACAGCCAGCATGTGGTTTCTCTTCCTCACTTC  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTCATAAAATGGGCAACAGCCAGCATGTGGTTTCTCTTCCTCACTTC  195

seq1  TAGAGTTGGAAAGTAAACTTCTAGTAAGGCCTGTTCAGGACATTCATCTT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTTGGAAAGTAAACTTCTAGTAAGGCCTGTTCAGGACATTCATCTT  245

seq1  CAGGCATCTGTCGATGTTGCTTGTCAGGCATAGATTAAGCTACCACCTAT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCATCTGTCGATGTTGCTTGTCAGGCATAGATTAAGCTACCACCTAT  295

seq1  ACACACAAGAGCATTTAAAGGAAGCAGTATGCCTGCTACCAGTTTTCCAG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACAAGAGCATTTAAAGGAAGCAGTATGCCTGCTACCAGTTTTCCAG  345

seq1  AATAAAAGATGAAGATTTAGAATTGAAAGTCATAACACCATCTAAGCCCC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAAGATGAAGATTTAGAATTGAAAGTCATAACACCATCTAAGCCCC  395

seq1  TCTTCAAAACTTACAAATAAAATAATGAAATCCTAAAGCAAAGACATTTA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCAAAACTTACAAATAAAATAATGAAATCCTAAAGCAAAGACATTTA  445

seq1  TCCAAGGAAGATGTCTCTCTCTTTGTCCTCTCTGTGGCCTCATGTTGAAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAGGAAGATGTCTCTCTCTTTGTCCTCTCTGTGGCCTCATGTTGAAA  495

seq1  GATTTAGGCTCCTACACTGTTATGGAGCTTCTACACATGCTTAAGACTTA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTAGGCTCCTACACTGTTATGGAGCTTCTACACATGCTTAAGACTTA  545

seq1  ACTATATTTTCCTAAATTTAATTCAAATTTTAGGGTGCTACTATACTCTT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATATTTTCCTAAATTTAATTCAAATTTTAGGGTGCTACTATACTCTT  595

seq1  GGTCGTTAGAAATATTTTATCCTGGAGAAGAAACAAATGAAAACAAAGGG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCGTTAGAAATATTTTATCCTGGAGAAGAAACAAATGAAAACAAAGGG  645

seq1  TGAGCCTGCTGTTAGTACAAATAAAAACAAATGTCACAGGAAGTATAATT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCCTGCTGTTAGTACAAATAAAAACAAATGTCACAGGAAGTATAATT  695

seq1  TAATCTTCTTGAACCTAAGGTGCCAAATTATAGTCAATGGTAACATATTA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCTTCTTGAACCTAAGGTGCCAAATTATAGTCAATGGTAACATATTA  745

seq1  GGGTCCATCAGATATTAGTAGTCTCATACTCTGATAGATGTTTAAATATT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCCATCAGATATTAGTAGTCTCATACTCTGATAGATGTTTAAATATT  795

seq1  AAGTATCATCTAGAAATTAATAGAACTTTTTTTAGGGAAGTGACTAATGA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTATCATCTAGAAATTAATAGAACTTTTTTTAGGGAAGTGACTAATGA  845

seq1  TCTTAAAACAAAGTTCATTAGAGAAAGAGAAATATATGTTGGGAATGTTC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAAAACAAAGTTCATTAGAGAAAGAGAAATATATGTTGGGAATGTTC  895

seq1  TAGAGAAAATATTAGAATTACATTTGTACAAATTGCTTCATCAAAGGCTA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGAAAATATTAGAATTACATTTGTACAAATTGCTTCATCAAAGGCTA  945

seq1  GTTCTTCTCTTCCTCTTCCAGAATTGAAAGTGCCAACCACAAATAGATTA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTCTCTTCCTCTTCCAGAATTGAAAGTGCCAACCACAAATAGATTA  995

seq1  ATGAACAAATACTGTTTCCCCCTAGGGATAAGAAGACCATCCATACCTTC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAACAAATACTGTTTCCCCCTAGGGATAAGAAGACCATCCATACCTTC  1045

seq1  TGTAATGGTGTGCCTACAAGAACCTTTCAGGCAGGGGAAGATCTGGAGAG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAATGGTGTGCCTACAAGAACCTTTCAGGCAGGGGAAGATCTGGAGAG  1095

seq1  GTGAATTC  1106
      ||||||||
seq2  GTGAATTC  1103


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |