BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-262M09
Chromosome11 (Build37)
Map Location 13,224,515 - 13,344,508
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCobl, LOC627244
Downstream geneLOC432535
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-262M09.bB6Ng01-262M09.g
ACCGA067102GA067103
length1,146970
definitionB6Ng01-262M09.b B6Ng01-262M09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(13,343,363 - 13,344,508)(13,224,515 - 13,225,486)
sequence
gaattctcaaaaaatatttaaaggataaaaagattattagcactgctgtc
acagacatttcacaggaaacaggtaacacagggacatatctactaaaggc
aaagggaatggcaccaatgtcctctacagaaccatgctactgatagccca
catctgcatctcagaacatgctggatccaacatcattgtgtagattgggg
ggaacatttcaaatccaaattacagtggccacatgtatgtgaggtttggg
gtatagattttggaacttttaggcaattataagagcgaagaagattggga
tttattgattcagagtggagattgcattgaaagcaaacaaataataaaac
aggaagaaaacttttaaagacactgttgggccgttcacatgaggggtatt
tgatgcggaacactattgttttgtattggctgtgatcttagtaatgaaaa
aggagagtgaaaagagaaagcaacagggacaaagcacaggatctcaaagt
tctatcacttgtcaccttgaggtccttgctatgtgctgcgtgatgcatac
attttccactctaagttgccatgtgtgcacagaatatagtcactgatgtt
gttagtgtacatgactcttcttccatcattctctgcttttttgtgtagct
tatcaaatacatagaacttaatctgatcatcccacaagtgttaactaaat
ttaaataaatttttaaattttagacaccctcaacaatatcccaatgctta
tgtcattacaaatgattacactaatttattaatattatttatagcttaga
gatacaaaacacttagattttcaaaaaacactatttaacataaatttatt
ttgaatttcgtattagctactcaacgagttataaatgtgcaattaatttg
agaagtttccaagttgtgtcagtgggttctgaatggggcactccaatcat
ccaaacttgaattatcaaaacactttgcagcatcataagtagagataaca
cagttggccctgtgcaaacgttcaccacttggacatgaaattagcactca
cagtcagccattgccacttcccacccacacacacctcagtttggaggaaa
ggaacatgtttgaagttcaagcactggtgtggtaatagaaaagcat

gaattctcattagaagagagcagaaagagaagctacttaaaagagctgcc
agaggaatagaggaaggatacagttttactggggcagtgataaagagaca
ggatgcagggaaagaacaaggtagattgatgtaaacacagaataagacag
aaaatgagaaggagctagaagtctggaacatattgctaacattagtatga
ggccaagcagagaaattcagaaagaaaattgagagaagctagattgaatc
agttagcctggaaaggagtttgagccagacagctgagttgaaccagccag
accgagatcaaaaagaactagaaagaagtgaccttattcatcataggctg
aaagcattgtaagcctagataagattgtataatgtctaggattgggttag
gagatggaagcagtaagaaatggcagtaacatcaggacaataaaagttat
aatagtgggtaggggcacactagatgaataaacagtgtgaaaattaatga
gcattgcaattaaattacaacagctaacaaatggacttagtagacatcta
caaaacactctgctcaaacaccaaacaccaatgaatacatactctcctca
gcagcttgtgaaatcttgtccaaaataaaccaaatacaaggatacaatgt
aactctcaacaaatgcataataactgaactaacatcttatatcctatctg
agtacatgtcatagctacgaatcaacagcaagataaagtacagaaactat
gcaaaaataaagcagattaaacaacacacaattgaagaataaatgagcca
ttgaaatgaaggaaataaaaactttcatagaacaagattaaaatggaaac
aacaaatacaaatatagaaaggacatagtaaagttattctgttgaagttt
acattaaagtatctatattaaacatcagagggtattagaaagatggctca
gcagcaccaggaagcagaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_13343363_13344508
seq2: B6Ng01-262M09.b_46_1191 (reverse)

seq1  ATGCTTTTCTATTA-CACA-CAGTGCTTTTGACTCTCCAACCTGTTTCCT  48
      |||||||||||||| |||| ||||||  ||||   || ||| || |||||
seq2  ATGCTTTTCTATTACCACACCAGTGC--TTGAACTTCAAACATG-TTCCT  47

seq1  TTTCCTCAAACTGA-GTGTGTGTGTGTGG--AGT-GCAATGCTTGACTGT  94
      || |  |||||||| ||||||||| ||||  ||| ||||||  |||||||
seq2  TTCCTCCAAACTGAGGTGTGTGTGGGTGGGAAGTGGCAATGGCTGACTGT  97

seq1  GAGTGCTTAATTTTCATGGTTCAAGT-GTGAACGTTTGCACAGGGCCAAC  143
      |||||||  | |||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGCT--AATTTCAT-GTCCAAGTGGTGAACGTTTGCACAGGGCCAAC  144

seq1  TGTGTTATCTCTACTTTATGATGCTGCAAAGTGTTTTGATAATTCAAGTT  193
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTATCTCTAC-TTATGATGCTGCAAAGTGTTTTGATAATTCAAGTT  193

seq1  TGGATGATTGGAGTGCCCCATTCAGAACCACCTGACACAACTTGGAAACT  243
      |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||
seq2  TGGATGATTGGAGTGCCCCATTCAGAACCCACTGACACAACTTGGAAACT  243

seq1  TCTCAAATTAATTGCACATTTATAACTCGTTGAGTAGCTAATACGAAATT  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAATTAATTGCACATTTATAACTCGTTGAGTAGCTAATACGAAATT  293

seq1  CAAAATAAATTTATGTTAAATAGTGTTTTTTGAAAATCTAAGTGTTTTGT  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATAAATTTATGTTAAATAGTGTTTTTTGAAAATCTAAGTGTTTTGT  343

seq1  ATCTCTAAGCTATAAATAATATTAATAAATTAGTGTAATCATTTGTAATG  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTAAGCTATAAATAATATTAATAAATTAGTGTAATCATTTGTAATG  393

seq1  ACATAAGCATTGGGATATTGTTGAGGGTGTCTAAAATTTAAAAATTTATT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAAGCATTGGGATATTGTTGAGGGTGTCTAAAATTTAAAAATTTATT  443

seq1  TAAATTTAGTTAACACTTGTGGGATGATCAGATTAAGTTCTATGTATTTG  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTTAGTTAACACTTGTGGGATGATCAGATTAAGTTCTATGTATTTG  493

seq1  ATAAGCTACACAAAAAAGCAGAGAATGATGGAAGAAGAGTCATGTACACT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGCTACACAAAAAAGCAGAGAATGATGGAAGAAGAGTCATGTACACT  543

seq1  AACAACATCAGTGACTATATTCTGTGCACACATGGCAACTTAGAGTGGAA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAACATCAGTGACTATATTCTGTGCACACATGGCAACTTAGAGTGGAA  593

seq1  AATGTATGCATCACGCAGCACATAGCAAGGACCTCAAGGTGACAAGTGAT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTATGCATCACGCAGCACATAGCAAGGACCTCAAGGTGACAAGTGAT  643

seq1  AGAACTTTGAGATCCTGTGCTTTGTCCCTGTTGCTTTCTCTTTTCACTCT  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTTTGAGATCCTGTGCTTTGTCCCTGTTGCTTTCTCTTTTCACTCT  693

seq1  CCTTTTTCATTACTAAGATCACAGCCAATACAAAACAATAGTGTTCCGCA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTTCATTACTAAGATCACAGCCAATACAAAACAATAGTGTTCCGCA  743

seq1  TCAAATACCCCTCATGTGAACGGCCCAACAGTGTCTTTAAAAGTTTTCTT  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATACCCCTCATGTGAACGGCCCAACAGTGTCTTTAAAAGTTTTCTT  793

seq1  CCTGTTTTATTATTTGTTTGCTTTCAATGCAATCTCCACTCTGAATCAAT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTTTATTATTTGTTTGCTTTCAATGCAATCTCCACTCTGAATCAAT  843

seq1  AAATCCCAATCTTCTTCGCTCTTATAATTGCCTAAAAGTTCCAAAATCTA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCCAATCTTCTTCGCTCTTATAATTGCCTAAAAGTTCCAAAATCTA  893

seq1  TACCCCAAACCTCACATACATGTGGCCACTGTAATTTGGATTTGAAATGT  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCCAAACCTCACATACATGTGGCCACTGTAATTTGGATTTGAAATGT  943

seq1  TCCCCCCAATCTACACAATGATGTTGGATCCAGCATGTTCTGAGATGCAG  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCCCAATCTACACAATGATGTTGGATCCAGCATGTTCTGAGATGCAG  993

seq1  ATGTGGGCTATCAGTAGCATGGTTCTGTAGAGGACATTGGTGCCATTCCC  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGGCTATCAGTAGCATGGTTCTGTAGAGGACATTGGTGCCATTCCC  1043

seq1  TTTGCCTTTAGTAGATATGTCCCTGTGTTACCTGTTTCCTGTGAAATGTC  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCCTTTAGTAGATATGTCCCTGTGTTACCTGTTTCCTGTGAAATGTC  1093

seq1  TGTGACAGCAGTGCTAATAATCTTTTTATCCTTTAAATATTTTTTGAGAA  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGACAGCAGTGCTAATAATCTTTTTATCCTTTAAATATTTTTTGAGAA  1143

seq1  TTC  1146
      |||
seq2  TTC  1146


seq1: chr11_13224515_13225486
seq2: B6Ng01-262M09.g_68_1037

seq1  GAATTCTCATTAGAAGAGAGCAGAAAGAGAAGCTACTTAAAAGAGCTGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCATTAGAAGAGAGCAGAAAGAGAAGCTACTTAAAAGAGCTGCC  50

seq1  AGAGGAATAGAGGAAGGATACAGTTTTACTGGGGCAGTGATAAAGAGACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGAATAGAGGAAGGATACAGTTTTACTGGGGCAGTGATAAAGAGACA  100

seq1  GGATGCAGGGAAAGAACAAGGTAGATTGATGTAAACACAGAATAAGACAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGCAGGGAAAGAACAAGGTAGATTGATGTAAACACAGAATAAGACAG  150

seq1  AAAATGAGAAGGAGCTAGAAGTCTGGAACATATTGCTAACATTAGTATGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGAGAAGGAGCTAGAAGTCTGGAACATATTGCTAACATTAGTATGA  200

seq1  GGCCAAGCAGAGAAATTCAGAAAGAAAATTGAGAGAAGCTAGATTGAATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAAGCAGAGAAATTCAGAAAGAAAATTGAGAGAAGCTAGATTGAATC  250

seq1  AGTTAGCCTGGAAAGGAGTTTGAGCCAGACAGCTGAGTTGAACCAGCCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAGCCTGGAAAGGAGTTTGAGCCAGACAGCTGAGTTGAACCAGCCAG  300

seq1  ACCGAGATCAAAAAGAACTAGAAAGAAGTGACCTTATTCATCATAGGCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGAGATCAAAAAGAACTAGAAAGAAGTGACCTTATTCATCATAGGCTG  350

seq1  AAAGCATTGTAAGCCTAGATAAGATTGTATAATGTCTAGGATTGGGTTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCATTGTAAGCCTAGATAAGATTGTATAATGTCTAGGATTGGGTTAG  400

seq1  GAGATGGAAGCAGTAAGAAATGGCAGTAACATCAGGACAATAAAAGTTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGGAAGCAGTAAGAAATGGCAGTAACATCAGGACAATAAAAGTTAT  450

seq1  AATAGTGGGTAGGGGCACACTAGATGAATAAACAGTGTGAAAATTAATGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGTGGGTAGGGGCACACTAGATGAATAAACAGTGTGAAAATTAATGA  500

seq1  GCATTGCAATTAAATTACAACAGCTAACAAATGGACTTAGTAGACATCTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTGCAATTAAATTACAACAGCTAACAAATGGACTTAGTAGACATCTA  550

seq1  CAAAACACTCTGCTCAAACACCAAACACCAATGAATACATACTCTCCTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACACTCTGCTCAAACACCAAACACCAATGAATACATACTCTCCTCA  600

seq1  GCAGCTTGTGAAATCTTGTCCAAAATAAACCAAATACAAGGATACAATGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCTTGTGAAATCTTGTCCAAAATAAACCAAATACAAGGATACAATGT  650

seq1  AACTCTCAACAAATGCATAATAACTGAACTAACATCTTATATCCTATCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTCAACAAATGCATAATAACTGAACTAACATCTTATATCCTATCTG  700

seq1  AGTACATGTCATAGCTACGAATCAACAGCAAGATAAAGTACAGAAACTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACATGTCATAGCTACGAATCAACAGCAAGATAAAGTACAGAAACTAT  750

seq1  GCAAAAATAAAGCAGATTAAACAACACACAATTGAAGAATAAATGAGCCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAAATAAAGCAGATTAAACAACACACAATTGAAGAATAAATGAGCCA  800

seq1  TTGAAATGAAGGAAATAAAAACTTTCATAGAACAAGATTAAAATGGAAAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAATGAAGGAAATAAAAACTTTCATAGAACAAGATTAAAATGGAAAC  850

seq1  AACAAATACAAATATAG-AAGGACATAGTAAAGTTATTCTGTTGAAGTTT  899
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAATACAAATATAGAAAGGACATAGTAAAGTTATTCTGTTGAAGTTT  900

seq1  ACATTAAAGTATCTATATTAAACATCAGAGGGTATTTAGAAAAGATGGCT  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||
seq2  ACATTAAAGTATCTATATTAAACATCAGAGGGTA-TTAG-AAAGATGGCT  948

seq1  CAGCAGCACCAGGGAAGCAGAAA  972
      ||||||||||| |||||||||||
seq2  CAGCAGCACCA-GGAAGCAGAAA  970


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |