BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-263O18
Chromosome11 (Build37)
Map Location 43,492,724 - 43,662,227
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4631424J17Rik, Ttc1, Adra1b
Upstream geneAtp10b, EG544767, Pttg1, Slu7, LOC100039392, C1qtnf2, Ccnjl, Fabp6, LOC620562
Downstream geneIl12b, Ublcp1, 3732413I11Rik, Ebf1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-263O18.bB6Ng01-263O18.g
ACCGA067964GA067965
length1,139992
definitionB6Ng01-263O18.b B6Ng01-263O18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(43,661,118 - 43,662,227)(43,492,724 - 43,493,521)
sequence
gaattcttcttcttttaattttctagatccctggggtggtgccatcctag
attgaacagagagggaattataaagtcttgagttgacaacaaaaagccaa
ttcttccgtgtgctacagatgacccatcactgttaagtcagttctcagct
tgactagagaaccttagtcagttcctggggtgtaactagaatacatattc
acagcatttattttctgcttttctgtccccttccttctcagcatcccagc
cctctggagggcaggaatcagggagtgtgtgcatgagcatcatcactgtc
cttccttccctgtgttcctagggcgtgaatggtctcccttgactaaaggg
ttattatctatgagccactttggcctggtacacaaggaaaattcctgttg
acataattgttccagtggccaagaatcacaagccgagggcttgctgccct
gctgtgggcttgagctgggtttctctttctctctgcacagcaagctccat
tgggccaactgcccaccacactccactccctgagatcgccaacacccaca
ctggctttgcctccaatccaagaattctttctgcatacagaatgatttcc
agagagctctgggctctctgaatatggccatttgaaaagcaaaggcggat
agactacttatgtgtacctgggattcttgtcttaaactgagaggatatag
tgacctgggatgacagttccattggtaatagatctcccatgcaaaaaaaa
aaaaagaggtcctgggttcaaatccctacacccacgtaaaaaggctgggt
gtggtgtgctgggtgtggtggcacgtgtttcttaattgaaagtactgcaa
cctaaaacagagtaattgctaggactcagtttgccagcccaggccttaca
tagtcagtgagccccagtgagagatctttgtctcagaccaggttggaatc
gtactttaagatgaatgatgtcagagacttgttcctttcacacacacaca
cacacacatcatcacacacacactaccactgtggcatattattacacctg
tttgtacacgatttaccttaatcacaaacacgtagagggagggtaatctt
ttttaaaggctatacatgggaatatatccttaggaatac
gaattcagggtgtcatggctccatagactatatgttattgtttaattagc
tgattgtggtgaactatagatgtagagtcataatgaaaattctgtaaggc
aagacctgtgtatgtctaatgtaagcataacgtaatccccgtaagagatg
tttttggctttcttactctgtctaggtatcaaaaccaatgcgtgtgcatg
ttagcaagcacagtttgtttgcttgtttgttgaggaaggcccagtttttt
catttgtaaagagagttaaaacatattagtgtgctttaaaagctgattac
taagatacagtctcattacgatagatgccctaattggttgtcttagtcag
ggtttctattcctgcacaaacatgaccaagaagcacttggggaggaaagg
gtttattcagcttactcttccacattgctgttcatcaccaaaggaagtca
ggactggaactcaagcaggtcaggaagcaggagctgatgcagaggccatg
gagggatgttcttcactggcttgcttccactggctttttcagcctgctct
cttatagaaccaagactaccagcccagagatggccccacccacaaggggc
ctttcccccttgatcactaattgagaaaatgccttacagttgtatctcat
ggaggcatttccccaactgaagctcctttctctgtgataataactccagc
ctgtgtcaagttgacacaaaactagccagtacactggtctagaacttgct
atataaaccaagatggccttgaactgagatccatttgtctctgtctcctt
cactaaaaacatgcaccatcatgcctgggttattttcactacttttagct
attcattctctgtatgtctgggaagtaggtttgtgcacaaggtagctaga
ggagggcattgaattccccctggagtgctgggaaccaactatgattctct
gcaatagaagcaccatggttcttcactgctgagccattgctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_43661118_43662227
seq2: B6Ng01-263O18.b_47_1185 (reverse)

seq1  GTATTC--TAGGATATA-TCCATTGTAT-GC--TTTAAAAAGATTA-CCT  43
      ||||||   |||||||| |||  ||||| ||  || |||||||||| |||
seq2  GTATTCCTAAGGATATATTCCCATGTATAGCCTTTAAAAAAGATTACCCT  50

seq1  TCCTCTACGTGTTTGT-AT--AGGT-AATCGTGTACAAACA-GTGTA--T  86
       ||||||||||||||| ||  |||| ||||||||||||||| |||||   
seq2  CCCTCTACGTGTTTGTGATTAAGGTAAATCGTGTACAAACAGGTGTAATA  100

seq1  ATATG-CACATGTGTAGTGTGTGTGTG-TG-TGTGTGTGTGTGTGTGTGT  133
      ||||| ||||   |||||||||||||| || |||||||||||||||||||
seq2  ATATGCCACAGTGGTAGTGTGTGTGTGATGATGTGTGTGTGTGTGTGTGT  150

seq1  G-AAGGA--CAGTCTCTGACATCATTCATCTTAAGGTACGAT--CCACCT  178
      | |||||   |||||||||||||||||||||||| |||||||  | ||||
seq2  GAAAGGAACAAGTCTCTGACATCATTCATCTTAAAGTACGATTCCAACCT  200

seq1  GTTCTGAGAC-AAGATCTCTCACTGGGGCTCACTGACTATGTAAGGC--T  225
      | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||   
seq2  GGTCTGAGACAAAGATCTCTCACTGGGGCTCACTGACTATGTAAGGCCTG  250

seq1  GGCTGGC-AACTGAGTCCTAGCAATTACTCTGTTTTTAGGTTGCAGTAC-  273
      ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| 
seq2  GGCTGGCAAACTGAGTCCTAGCAATTACTCTG-TTTTAGGTTGCAGTACT  299

seq1  TTCAATT-AGAAACACGTGCCACCACACCCAGCACACCACACCCAGCCTT  322
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAATTAAGAAACACGTGCCACCACACCCAGCACACCACACCCAGCCTT  349

seq1  TTTACGTGGGTGTAGGGA-TTGAACCCAGGACCTC-TTTTTTTTTTTTGC  370
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TTTACGTGGGTGTAGGGATTTGAACCCAGGACCTCTTTTTTTTTTTTTGC  399

seq1  ATGGGAGATCTATTACCAATGGAACTGTCATCCCAGGTCACTATATCCTC  420
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGAGATCTATTACCAATGGAACTGTCATCCCAGGTCACTATATCCTC  449

seq1  TCAGTTTAAGACAAGAATCCCAGGTACACATAAGTAGTCTATCCGCCTTT  470
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTTAAGACAAGAATCCCAGGTACACATAAGTAGTCTATCCGCCTTT  499

seq1  GCTTTTCAAATGGCCATATTCAGAGAGCCCAGAGCTCTCTGGAAATCATT  520
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTTCAAATGGCCATATTCAGAGAGCCCAGAGCTCTCTGGAAATCATT  549

seq1  CTGTATGCAGAAAGAATTCTTGGATTGGAGGCAAAGCCAGTGTGGGTGTT  570
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTATGCAGAAAGAATTCTTGGATTGGAGGCAAAGCCAGTGTGGGTGTT  599

seq1  GGCGATCTCAGGGAGTGGAGTGTGGTGGGCAGTTGGCCCAATGGAGCTTG  620
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCGATCTCAGGGAGTGGAGTGTGGTGGGCAGTTGGCCCAATGGAGCTTG  649

seq1  CTGTGCAGAGAGAAAGAGAAACCCAGCTCAAGCCCACAGCAGGGCAGCAA  670
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCAGAGAGAAAGAGAAACCCAGCTCAAGCCCACAGCAGGGCAGCAA  699

seq1  GCCCTCGGCTTGTGATTCTTGGCCACTGGAACAATTATGTCAACAGGAAT  720
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTCGGCTTGTGATTCTTGGCCACTGGAACAATTATGTCAACAGGAAT  749

seq1  TTTCCTTGTGTACCAGGCCAAAGTGGCTCATAGATAATAACCCTTTAGTC  770
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTTGTGTACCAGGCCAAAGTGGCTCATAGATAATAACCCTTTAGTC  799

seq1  AAGGGAGACCATTCACGCCCTAGGAACACAGGGAAGGAAGGACAGTGATG  820
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGAGACCATTCACGCCCTAGGAACACAGGGAAGGAAGGACAGTGATG  849

seq1  ATGCTCATGCACACACTCCCTGATTCCTGCCCTCCAGAGGGCTGGGATGC  870
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTCATGCACACACTCCCTGATTCCTGCCCTCCAGAGGGCTGGGATGC  899

seq1  TGAGAAGGAAGGGGACAGAAAAGCAGAAAATAAATGCTGTGAATATGTAT  920
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAAGGAAGGGGACAGAAAAGCAGAAAATAAATGCTGTGAATATGTAT  949

seq1  TCTAGTTACACCCCAGGAACTGACTAAGGTTCTCTAGTCAAGCTGAGAAC  970
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGTTACACCCCAGGAACTGACTAAGGTTCTCTAGTCAAGCTGAGAAC  999

seq1  TGACTTAACAGTGATGGGTCATCTGTAGCACACGGAAGAATTGGCTTTTT  1020
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTAACAGTGATGGGTCATCTGTAGCACACGGAAGAATTGGCTTTTT  1049

seq1  GTTGTCAACTCAAGACTTTATAATTCCCTCTCTGTTCAATCTAGGATGGC  1070
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTCAACTCAAGACTTTATAATTCCCTCTCTGTTCAATCTAGGATGGC  1099

seq1  ACCACCCCAGGGATCTAGAAAATTAAAAGAAGAAGAATTC  1110
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACCCCAGGGATCTAGAAAATTAAAAGAAGAAGAATTC  1139

seq1: chr11_43492724_43493521
seq2: B6Ng01-263O18.g_68_865

seq1  GAATTCAGGGTGTCATGGCTCCATAGACTATATGTTATTGTTTAATTAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGGTGTCATGGCTCCATAGACTATATGTTATTGTTTAATTAGC  50

seq1  TGATTGTGGTGAACTATAGATGTAGAGTCATAATGAAAATTCTGTAAGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTGTGGTGAACTATAGATGTAGAGTCATAATGAAAATTCTGTAAGGC  100

seq1  AAGACCTGTGTATGTCTAATGTAAGCATAACGTAATCCCCGTAAGAGATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACCTGTGTATGTCTAATGTAAGCATAACGTAATCCCCGTAAGAGATG  150

seq1  TTTTTGGCTTTCTTACTCTGTCTAGGTATCAAAACCAATGCGTGTGCATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGGCTTTCTTACTCTGTCTAGGTATCAAAACCAATGCGTGTGCATG  200

seq1  TTAGCAAGCACAGTTTGTTTGCTTGTTTGTTGAGGAAGGCCCAGTTTTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCAAGCACAGTTTGTTTGCTTGTTTGTTGAGGAAGGCCCAGTTTTTT  250

seq1  CATTTGTAAAGAGAGTTAAAACATATTAGTGTGCTTTAAAAGCTGATTAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGTAAAGAGAGTTAAAACATATTAGTGTGCTTTAAAAGCTGATTAC  300

seq1  TAAGATACAGTCTCATTACGATAGATGCCCTAATTGGTTGTCTTAGTCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGATACAGTCTCATTACGATAGATGCCCTAATTGGTTGTCTTAGTCAG  350

seq1  GGTTTCTATTCCTGCACAAACATGACCAAGAAGCACTTGGGGAGGAAAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTCTATTCCTGCACAAACATGACCAAGAAGCACTTGGGGAGGAAAGG  400

seq1  GTTTATTCAGCTTACTCTTCCACATTGCTGTTCATCACCAAAGGAAGTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTATTCAGCTTACTCTTCCACATTGCTGTTCATCACCAAAGGAAGTCA  450

seq1  GGACTGGAACTCAAGCAGGTCAGGAAGCAGGAGCTGATGCAGAGGCCATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTGGAACTCAAGCAGGTCAGGAAGCAGGAGCTGATGCAGAGGCCATG  500

seq1  GAGGGATGTTCTTCACTGGCTTGCTTCCACTGGCTTTTTCAGCCTGCTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGATGTTCTTCACTGGCTTGCTTCCACTGGCTTTTTCAGCCTGCTCT  550

seq1  CTTATAGAACCAAGACTACCAGCCCAGAGATGGCCCCACCCACAAGGGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATAGAACCAAGACTACCAGCCCAGAGATGGCCCCACCCACAAGGGGC  600

seq1  CTTTCCCCCTTGATCACTAATTGAGAAAATGCCTTACAGTTGTATCTCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCCCCTTGATCACTAATTGAGAAAATGCCTTACAGTTGTATCTCAT  650

seq1  GGAGGCATTTCCCCAACTGAAGCTCCTTTCTCTGTGATAATAACTCCAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGCATTTCCCCAACTGAAGCTCCTTTCTCTGTGATAATAACTCCAGC  700

seq1  CTGTGTCAAGTTGACACAAAACTAGCCAGTACACTGGTCTAGAACTTGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTCAAGTTGACACAAAACTAGCCAGTACACTGGTCTAGAACTTGCT  750

seq1  ATATAAACCAAGATGGCCTTGAACTGAGATCCATTTGTCTCTGTCTCC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAAACCAAGATGGCCTTGAACTGAGATCCATTTGTCTCTGTCTCC  798