BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-265F03
Chromosome11 (Build37)
Map Location 111,866,205 - 112,006,964
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041589, LOC100043020
Upstream geneKcnj16, Kcnj2, LOC667003, LOC100041539, LOC100041559, EG629966, LOC629967
Downstream geneEG668396, EG667038, LOC100041610, LOC671963, LOC667047, BC006965, Sox9, 2610035D17Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-265F03.bB6Ng01-265F03.g
ACCGA069002GA069003
length1,2171,134
definitionB6Ng01-265F03.b B6Ng01-265F03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(112,005,751 - 112,006,964)(111,866,205 - 111,867,345)
sequence
gaattcactaggatagatgctggcattgcctaatacactgaagaagtgaa
ggaatacactcagattataataccctagacaagcttacactttacttcaa
agaaagtccagccaacctgtagctaaagaacaaatcatggtggcctttac
acacaaatcagcaaaacaggaggatgttcaggaacgagacagttagtgtt
tctttaactctttactgtgtatgttaaattgagatgtaaaggcaaagtca
tttttatcccgtgggagttatagtagtgagaatataaagaagccaatcga
tacagcagggctcataggagaacaatagagaggatgttcgtaaataatag
atatttcaccagagccaatgtgtccagtagtttatggtcacattctgccc
actttggcaatggtccagaaggaagcggtttgtattgacattgtatcaac
ttgaggtaaagtgagacttgacagtattcagtgcattgcttgataacttc
ttgcgtggaggactccagtcaaagcccggctccatctaactccgtgattc
tttccaacaagtcaatccccatctaagacacagtcctattcatacctctg
acatcagatttaacttgtccttagttgatgtctccaaatcaattgttttt
ccccatgaattaatttagttattcattttacatcctgtctgcagccccct
gccccccatgccttcccctcacatacacataaaagaaaacaattattgtc
ttgtgtgtgttgtgagagccaaggacacatctcagttaatgtcagtaagc
caggaaggatgtatgtctgaaaagcattagcaaggtgctcacagtagctc
agagactaaatactctttgataaaggggacaggtttgatcaaaatacatt
ctgtgtatgtataatattatcaaacaataacaaagattctaaaatactct
ggacatttgatcctagaaagaatgcccattctctaagcaaacagctgcca
acctctatcccagaagccaggacatgggtatgagagcttattttcctgca
tcatatacagggcctaatagaacatcttcttcattcatgtgacagtttac
ctctactgcacagactgtgtggggaatcggtgctgaaagcctgtctggac
agttgaagtcagaaggtagatacagaagcacatttcatacatacctatca
cctgtgtgtcgcatgtg

gaattccaggacagccagggatacacagagaaaccctgtctcaaatcccc
tcccacacccccccccaaatgctgattgatggttaaaatgagttaaaggc
atccatcagcatttctggagaagtgctgtaaagctgtgtctgtgtcctag
agagaccagagcaggactgaaatctggaagtcttttgtgcagaaataata
gtggaaaacttcacaaaggggggaggggggaaggtctggctagcgaaaga
aaaggattgatgtgttctctacctacaatcaataaccacattgttgtaaa
gataaaatagtgattacttcttgcgcgcatccgactcgccagcaagaacg
atgctgcaacaggatccttctgcacatgtttattgggagagcttgattgc
agaggcaaagagcccccgagcccagacctggtgctgcttatataggccta
ggagaggtgtgtctcacacccggattggttatgcactatacctcatttgc
atgttcctcatctgattggttactctctctcagtacctcacagaacctca
ttatcatacctcatttgcatgtctcacatctgattggttatactctcaga
acctcattgtcatgcccgggccaggcagtgtcttggcaaaaaaaacttta
ctgcatatgtacacattggttgttttgcccaaacttatgcgtggtggcca
gcagtagccagcaccaccttgcaacggcacatgtggcttcccacaattta
ctttgattttcacaccaaaagaccccatttgcatttgagatatttgctat
caaaattaaatcaggataagagtattgttatagcaggcagcgaagactat
ggaaagttcaacatgtcatttttcaaactaatttttgggaagaggtcatt
tatttcagaaaagacaatttgtacgccaatctgaacttcccatacctatt
tcatccatagtttggttttgcaacaaaccagagcgattagattacctgaa
catagcatcatctttaaagtactaccctttaagatctgggataacttacc
tcactccattttggacgatgacgtcatattctatatgcagtcacacggca
tagaaagtttttgaatgactctggcatccgaaac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_112005751_112006964
seq2: B6Ng01-265F03.b_44_1260 (reverse)

seq1  CACATGCG---CACAGGTG-TATGTATGATTGAAA--TGCTTCTGTATCT  44
      ||||||||   |||||||| || |||||  |||||  |||||||||||||
seq2  CACATGCGACACACAGGTGATAGGTATGTATGAAATGTGCTTCTGTATCT  50

seq1  ACCTCCTGGCCTCAACCTGCCCAGACAGGCTCTCAGCAACCGATTCCCAC  94
      |||| ||| | |||| ||| ||||||||||| ||||| |||||||||| |
seq2  ACCTTCTGACTTCAA-CTGTCCAGACAGGCTTTCAGC-ACCGATTCCC-C  97

seq1  ACA-AGTCTGTGCAGGTAGA-GTAACTTGTCACATGAATTGAAG-AGATG  141
      ||| |||||||||| ||||| ||||  ||||||||||| ||||| |||| 
seq2  ACACAGTCTGTGCA-GTAGAGGTAAACTGTCACATGAA-TGAAGAAGAT-  144

seq1  GTTCTATTAGG-CCTGTATAATGATGCAGGAAAAT-AGCTCTCATACCCA  189
      ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GTTCTATTAGGCCCTGTAT-ATGATGCAGGAAAATAAGCTCTCATACCCA  193

seq1  TGTCCTGGCTTCTGGGATAGAGGTTGGCAGCTGTTTGCTTAGAGAATGGG  239
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTGGCTTCTGGGATAGAGGTTGGCAGCTGTTTGCTTAGAGAATGGG  243

seq1  CATTCTTTCTAGGATCAAATGTCCAGAGTATTTTAGAATCTTTGTTATTG  289
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTTTCTAGGATCAAATGTCCAGAGTATTTTAGAATCTTTGTTATTG  293

seq1  TTTGATAATATTATACATACACAGAATGTATTTTGATCAAACCTGTCCCC  339
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATAATATTATACATACACAGAATGTATTTTGATCAAACCTGTCCCC  343

seq1  TTTATCAAAGAGTATTTAGTCTCCTGAGCTACTGTGAGCACCTTGCTAAT  389
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCAAAGAGTATTTAGTCT-CTGAGCTACTGTGAGCACCTTGCTAAT  392

seq1  GCTTTTCAGACATACATCCTTCCTGGCTTACTGACATTAACTGAGATGTG  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTTCAGACATACATCCTTCCTGGCTTACTGACATTAACTGAGATGTG  442

seq1  TCCTTGGCTCTCACAACACACACAAGACAATAATTGTTTTCTTTTATGTG  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGGCTCTCACAACACACACAAGACAATAATTGTTTTCTTTTATGTG  492

seq1  TATGTGAGGGGAAGGCATGGGGGGCAGGGGGCTGCAGACAGGATGTAAAA  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGAGGGGAAGGCATGGGGGGCAGGGGGCTGCAGACAGGATGTAAAA  542

seq1  TGAATAACTAAATTAATTCATGGGGAAAAACAATTGATTTGGAGACATCA  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATAACTAAATTAATTCATGGGGAAAAACAATTGATTTGGAGACATCA  592

seq1  ACTAAGGACAAGTTAAATCTGATGTCAGAGGTATGAATAGGACTGTGTCT  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAGGACAAGTTAAATCTGATGTCAGAGGTATGAATAGGACTGTGTCT  642

seq1  TAGATGGGGATTGACTTGTTGGAAAGAATCACGGAGTTAGATGGAGCCGG  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATGGGGATTGACTTGTTGGAAAGAATCACGGAGTTAGATGGAGCCGG  692

seq1  GCTTTGACTGGAGTCCTCCACGCAAGAAGTTATCAAGCAATGCACTGAAT  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGACTGGAGTCCTCCACGCAAGAAGTTATCAAGCAATGCACTGAAT  742

seq1  ACTGTCAAGTCTCACTTTACCTCAAGTTGATACAATGTCAATACAAACCG  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTCAAGTCTCACTTTACCTCAAGTTGATACAATGTCAATACAAACCG  792

seq1  CTTCCTTCTGGACCATTGCCAAAGTGGGCAGAATGTGACCATAAACTACT  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTTCTGGACCATTGCCAAAGTGGGCAGAATGTGACCATAAACTACT  842

seq1  GGACACATTGGCTCTGGTGAAATATCTATTATTTACGAACATCCTCTCTA  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACACATTGGCTCTGGTGAAATATCTATTATTTACGAACATCCTCTCTA  892

seq1  TTGTTCTCCTATGAGCCCTGCTGTATCGATTGGCTTCTTTATATTCTCAC  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTCTCCTATGAGCCCTGCTGTATCGATTGGCTTCTTTATATTCTCAC  942

seq1  TACTATAACTCCCACGGGATAAAAATGACTTTGCCTTTACATCTCAATTT  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTATAACTCCCACGGGATAAAAATGACTTTGCCTTTACATCTCAATTT  992

seq1  AACATACACAGTAAAGAGTTAAAGAAACACTAACTGTCTCGTTCCTGAAC  1039
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATACACAGTAAAGAGTTAAAGAAACACTAACTGTCTCGTTCCTGAAC  1042

seq1  ATCCTCCTGTTTTGCTGATTTGTGTGTAAAGGCCACCATGATTTGTTCTT  1089
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTCCTGTTTTGCTGATTTGTGTGTAAAGGCCACCATGATTTGTTCTT  1092

seq1  TAGCTACAGGTTGGCTGGACTTTCTTTGAAGTAAAGTGTAAGCTTGTCTA  1139
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTACAGGTTGGCTGGACTTTCTTTGAAGTAAAGTGTAAGCTTGTCTA  1142

seq1  GGGTATTATAATCTGAGTGTATTCCTTCACTTCTTCAGTGTATTAGGCAA  1189
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTATTATAATCTGAGTGTATTCCTTCACTTCTTCAGTGTATTAGGCAA  1192

seq1  TGCCAGCATCTATCCTAGTGAATTC  1214
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAGCATCTATCCTAGTGAATTC  1217


seq1: chr11_111866205_111867345
seq2: B6Ng01-265F03.g_63_1196

seq1  GAATTCCAGGACAGCCAGGGATACACAGAGAAACCCTGTCTCAAATCCCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGACAGCCAGGGATACACAGAGAAACCCTGTCTCAAATCCCC  50

seq1  TCCCACACCCCCCCCCAAATGCTGATTGATGGTTAAAATGAGTTAAAGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCACACCCCCCCCCAAATGCTGATTGATGGTTAAAATGAGTTAAAGGC  100

seq1  ATCCATCAGCATTTCTGGAGAAGTGCTGTAAAGCTGTGTCTGTGTCCTAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCATCAGCATTTCTGGAGAAGTGCTGTAAAGCTGTGTCTGTGTCCTAG  150

seq1  AGAGACCAGAGCAGGACTGAAATCTGGAAGTCTTTTGTGCAGAAATAATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACCAGAGCAGGACTGAAATCTGGAAGTCTTTTGTGCAGAAATAATA  200

seq1  GTGGAAAACTTCACAAAGGGGGGAGGGGGGAAGGTCTGGCTAGCGAAAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAAAACTTCACAAAGGGGGGAGGGGGGAAGGTCTGGCTAGCGAAAGA  250

seq1  AAAGGATTGATGTGTTCTCTACCTACAATCAATAACCACATTGTTGTAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGATTGATGTGTTCTCTACCTACAATCAATAACCACATTGTTGTAAA  300

seq1  GATAAAATAGTGATTACTTCTTGCGCGCATCCGACTCGCCAGCAAGAACG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAAATAGTGATTACTTCTTGCGCGCATCCGACTCGCCAGCAAGAACG  350

seq1  ATGCTGCAACAGGATCCTTCTGCACATGTTTATTGGGAGAGCTTGATTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGCAACAGGATCCTTCTGCACATGTTTATTGGGAGAGCTTGATTGC  400

seq1  AGAGGCAAAGAGCCCCCGAGCCCAGACCTGGTGCTGCTTATATAGGCCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCAAAGAGCCCCCGAGCCCAGACCTGGTGCTGCTTATATAGGCCTA  450

seq1  GGAGAGGTGTGTCTCACACCCGGATTGGTTATGCACTATACCTCATTTGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGGTGTGTCTCACACCCGGATTGGTTATGCACTATACCTCATTTGC  500

seq1  ATGTTCCTCATCTGATTGGTTACTCTCTCTCAGTACCTCACAGAACCTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTCCTCATCTGATTGGTTACTCTCTCTCAGTACCTCACAGAACCTCA  550

seq1  TTATCATACCTCATTTGCATGTCTCACATCTGATTGGTTATACTCTCAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCATACCTCATTTGCATGTCTCACATCTGATTGGTTATACTCTCAGA  600

seq1  ACCTCATTGTCATGCCCGGGCCAGGCAGTGTCTTGGCAAAAAAAACTTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCATTGTCATGCCCGGGCCAGGCAGTGTCTTGGCAAAAAAAACTTTA  650

seq1  CTGCATATGTACACATTGGTTG-TTTGCCCAAACTTATGCGTGGTGGCCA  699
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATATGTACACATTGGTTGTTTTGCCCAAACTTATGCGTGGTGGCCA  700

seq1  GCAGTAGCCAGCACCACCTTGCAACGGCACATGTGGCTTCCCACAA-TTA  748
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GCAGTAGCCAGCACCACCTTGCAACGGCACATGTGGCTTCCCACAATTTA  750

seq1  CTTTGATTTTCACACC-AAAGA-CCCATTTGCATTTGAGATATTTGCTAT  796
      |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGATTTTCACACCAAAAGACCCCATTTGCATTTGAGATATTTGCTAT  800

seq1  C-AAATTAAATCAGGATAAGAGTATTGTTATAGCAGGCAGCGAAGACTAT  845
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATTAAATCAGGATAAGAGTATTGTTATAGCAGGCAGCGAAGACTAT  850

seq1  GG-AAGTTCAACATGTCATTTTTCAAACTAA-TTTTGGGAAGAGGTCATT  893
      || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGTTCAACATGTCATTTTTCAAACTAATTTTTGGGAAGAGGTCATT  900

seq1  --ATTCAGAAAAGAAAAATTTGTACGCCAATCTGAACTCCCCATA-CTAT  940
         |||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||| ||||
seq2  TATTTCAGAAAAG-ACAATTTGTACGCCAATCTGAACTTCCCATACCTAT  949

seq1  TTCATCCATAGTTT-GTTTTGTAACCAAACCAGAGCAGATTAAAAATACT  989
      |||||||||||||| |||||| || ||||||||||| ||||| |    ||
seq2  TTCATCCATAGTTTGGTTTTGCAA-CAAACCAGAGC-GATTAGATTACCT  997

seq1  GAACATAGCAATCATCTTTTAAAGCACTACCCTTTAAGGGTCTGGGATAC  1039
      ||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||| | ||||||||| 
seq2  GAACATAGC-ATCATC-TTTAAAGTACTACCCTTTAA-GATCTGGGATA-  1043

seq1  TTTTACCTTAATTCACATTTGTGACGATGACGTCATTATTTATATGAAAT  1089
        |||||| | |   |||||  ||||||||||||||  | |||||| | |
seq2  ACTTACCTCACT--CCATTTTGGACGATGACGTCATATTCTATATGCAGT  1091

seq1  CAACAAAGGCTAAAGGAGAGTTTTTAGAAATGACTCTGGCATCCCCAGAA  1139
      ||   | |||  |  || |||||||   ||||||||||||||||   |||
seq2  CA--CACGGC--ATAGAAAGTTTTT--GAATGACTCTGGCATCC---GAA  1132

seq1  AC  1141
      ||
seq2  AC  1134


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |