BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-268J20
Chromosome11 (Build37)
Map Location 11,720,227 - 11,847,983
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDdc, Grb10
Upstream geneVwc2, Zpbp, LOC625132, EG432534, 4930415F15Rik, Ikzf1, Fignl1
Downstream geneCobl, LOC627244
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-268J20.bB6Ng01-268J20.g
ACCGA071427GA071428
length1,1471,133
definitionB6Ng01-268J20.b B6Ng01-268J20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(11,846,834 - 11,847,983)(11,720,227 - 11,721,378)
sequence
gaattctcccagatagaagtaaatggaaactattctaggtttgcatcaag
catggctttttacgccctatgagatttgtaactgccagtgggaacagatc
ttgcttttaaatatgtttctgccaagatgtccccttctcgcagtatcaaa
atggaagctaagatgtgttggctcagaaactgctcttgggaacggtcctc
gcagagcagtgcctgtagccacagttctcctttgtaacctgaaattctct
ctaccaatcctgtgaccctttaaagtggcttttcctaagggtctcccttc
cttcaaagatgagatttttctagatattcagccctggcttcatgagagat
agtagggactcaagatagagaatgcccatgttcacttaaactgtgaatgc
ctagctggcatcaggtcacacatgtagcctggggtggacttgtcgataca
gtttatcctgttgtttggtgtggttagttttgtgtcactaccacctccat
tatggcttttcagaagctctgtaggaggaactccgatctccattccacag
aagaaaggcacattctcctctgaatatcagcagggagcaggctgagtcct
tcatgctccttgtaaaagcagactagaaaagggactagccagcctttcgg
gatccttacataaggtgttctaagaagtgtgtataatctacctggtgaag
gcaagaggtgaaaaatccagctgctgccttcgttccacgatatggccagt
gctgactagctaggtataaacaatgagtaccttgtatatcccattgctta
tggtgtctccctggtcttaccacctgtatgcccagtggtcctatctgccc
tgcctcttgcaggttctccttacctgcttgctgtctttgcctttcctttg
cctttaaatgagagatgagattttgtagtgtaaagggcaaaatcatttgt
actctctcattaatgttgtgtcaattccaattgtaaagaaatacttacat
gcccagtactaacctgaactttgcattttagtgatttaggacctctttta
gatacccatcagcaaataaaaaagagtaaaatttagtggtggtctggtgc
tttaaaacagctcttgaaccttgtgaatgcctggagggttctgtcac

gaattcaaaaactgattaaaaccacatatgaacatttgctcactctccaa
gggcacacttagctaattggagcctcctggcatccagcactaccttccac
aaggcccatcctttagaggagctgaagcacacacagcttgtttggtcata
gatgccacagaagcaattgtctcaagtcttcccaccagagggcaccaaag
attcaggactaaaatgctcttcaattagctcaagcctaggaacgccatct
ttgaccattcctatggtctcctgtgaaggctggattggggcctttccaga
aagaggtgtggtgtgtctttaacctggcacaagctaatcgcagtgagctg
tcctgaactgagagtcatcaccacctttgactgataaaccacttggggtt
tctttcttattacacacaagttgactcaccctccttatcccgtttgcaat
tggatcagggactatctagaaatctacacacactctaggtttctagttct
ttcccctgtgtagcttcttacactgctcaatgtttgcatacatttcctta
caacagttttgtgacctggacagatgccagtttagaagagacacgggtac
tcttctaacaactgcttttctgcatcctgtcatagaagagggcccgagac
actcagcccctgcctttagctgcacatctggtaatgcagtgggacttaag
gggaaagctgtcaccaccacaggctggaaaccacaggcatgcttgcctca
tcaagatgatgttgtggcttagaaaggactcagctgaagtcactgggccc
tctgcatctgactaaatgggtagacatgtcctggctcatactcagggctt
agcctggaaacaaacaaacaaacaaaaaaagtagggtagtaggacttaga
ataataagcggctcctcaagctactttaagcacatcatagtgactgggtg
gcttattggaaccgaagttccatactgcccagaagcctccttgagaacaa
aagactagatgtatctatcccacaactcaaagttttctagttagggaggt
tgggttgtgtgctgctgtggtcgttggctgcttgtttatttcattggtgg
cggtaagtgggggagaaaactatgcctcattac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_11846834_11847983
seq2: B6Ng01-268J20.b_50_1196 (reverse)

seq1  GTGACAGAACCTTCAAGGCCATTTCACAAGG-TCAAGAGCTGTTTTTAAG  49
      ||||||||||| || ||||   ||||||||| |||||||||||||| |||
seq2  GTGACAGAACCCTCCAGGC--ATTCACAAGGTTCAAGAGCTGTTTTAAAG  48

seq1  CACCAGGAACAACACTAAATTTTACTCTTTTTAATTTGCTGATGGGTATC  99
      ||||| || || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CACCA-GACCACCACTAAATTTTACTCTTTTTTATTTGCTGATGGGTATC  97

seq1  TAAAAGAGGTCTTAAAATTCACTAAAATGCAAAGTTCAGGTTAGTACT-G  148
      ||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TAAAAGAGGTCCTAAA--TCACTAAAATGCAAAGTTCAGGTTAGTACTGG  145

seq1  GCATGTAAGTATTTCTTTTACAATTGGAATTGACACAACATTAATGAGAG  198
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGTAAGTATTTC-TTTACAATTGGAATTGACACAACATTAATGAGAG  194

seq1  AGTACAAATGATTTTGCCC-TTACACTACAAAATCTCATCTCTCATTTAA  247
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACAAATGATTTTGCCCTTTACACTACAAAATCTCATCTCTCATTTAA  244

seq1  AGGCAAAGGAAAGGCAAAGACAGCAAGCAGGTAAGGAGAACCTGCAAGAG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAAAGGAAAGGCAAAGACAGCAAGCAGGTAAGGAGAACCTGCAAGAG  294

seq1  GCAGGGCAGATAGGACCACTGGGCATACAGGTGGTAAGACCAGGGAGACA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGGCAGATAGGACCACTGGGCATACAGGTGGTAAGACCAGGGAGACA  344

seq1  CCATAAGCAATGGGATATACAAGGTACTCATTGTTTATACCTAGCTAGTC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAAGCAATGGGATATACAAGGTACTCATTGTTTATACCTAGCTAGTC  394

seq1  AGCACTGGCCATATCGTGGAACGAAGGCAGCAGCTGGATTTTTCACCTCT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTGGCCATATCGTGGAACGAAGGCAGCAGCTGGATTTTTCACCTCT  444

seq1  TGCCTTCACCAGGTAGATTATACACACTTCTTAGAACACCTTATGTAAGG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTCACCAGGTAGATTATACACACTTCTTAGAACACCTTATGTAAGG  494

seq1  ATCCCGAAAGGCTGGCTAGTCCCTTTTCTAGTCTGCTTTTACAAGGAGCA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCGAAAGGCTGGCTAGTCCCTTTTCTAGTCTGCTTTTACAAGGAGCA  544

seq1  TGAAGGACTCAGCCTGCTCCCTGCTGATATTCAGAGGAGAATGTGCCTTT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGACTCAGCCTGCTCCCTGCTGATATTCAGAGGAGAATGTGCCTTT  594

seq1  CTTCTGTGGAATGGAGATCGGAGTTCCTCCTACAGAGCTTCTGAAAAGCC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGTGGAATGGAGATCGGAGTTCCTCCTACAGAGCTTCTGAAAAGCC  644

seq1  ATAATGGAGGTGGTAGTGACACAAAACTAACCACACCAAACAACAGGATA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGGAGGTGGTAGTGACACAAAACTAACCACACCAAACAACAGGATA  694

seq1  AACTGTATCGACAAGTCCACCCCAGGCTACATGTGTGACCTGATGCCAGC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTATCGACAAGTCCACCCCAGGCTACATGTGTGACCTGATGCCAGC  744

seq1  TAGGCATTCACAGTTTAAGTGAACATGGGCATTCTCTATCTTGAGTCCCT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCATTCACAGTTTAAGTGAACATGGGCATTCTCTATCTTGAGTCCCT  794

seq1  ACTATCTCTCATGAAGCCAGGGCTGAATATCTAGAAAAATCTCATCTTTG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATCTCTCATGAAGCCAGGGCTGAATATCTAGAAAAATCTCATCTTTG  844

seq1  AAGGAAGGGAGACCCTTAGGAAAAGCCACTTTAAAGGGTCACAGGATTGG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAGGGAGACCCTTAGGAAAAGCCACTTTAAAGGGTCACAGGATTGG  894

seq1  TAGAGAGAATTTCAGGTTACAAAGGAGAACTGTGGCTACAGGCACTGCTC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGAGAATTTCAGGTTACAAAGGAGAACTGTGGCTACAGGCACTGCTC  944

seq1  TGCGAGGACCGTTCCCAAGAGCAGTTTCTGAGCCAACACATCTTAGCTTC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGAGGACCGTTCCCAAGAGCAGTTTCTGAGCCAACACATCTTAGCTTC  994

seq1  CATTTTGATACTGCGAGAAGGGGACATCTTGGCAGAAACATATTTAAAAG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTGATACTGCGAGAAGGGGACATCTTGGCAGAAACATATTTAAAAG  1044

seq1  CAAGATCTGTTCCCACTGGCAGTTACAAATCTCATAGGGCGTAAAAAGCC  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGATCTGTTCCCACTGGCAGTTACAAATCTCATAGGGCGTAAAAAGCC  1094

seq1  ATGCTTGATGCAAACCTAGAATAGTTTCCATTTACTTCTATCTGGGAGAA  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTGATGCAAACCTAGAATAGTTTCCATTTACTTCTATCTGGGAGAA  1144

seq1  TTC  1150
      |||
seq2  TTC  1147


seq1: chr11_11720227_11721378
seq2: B6Ng01-268J20.g_63_1195

seq1  GAATTCAAAAACTGATTAAAACCACATATGAACATTTGCTCACTCTCCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAAACTGATTAAAACCACATATGAACATTTGCTCACTCTCCAA  50

seq1  GGGCACACTTAGCTAATTGGAGCCTCCTGGCATCCAGCACTACCTTCCAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCACACTTAGCTAATTGGAGCCTCCTGGCATCCAGCACTACCTTCCAC  100

seq1  AAGGCCCATCCTTTAGAGGAGCTGAAGCACACACAGCTTGTTTGGTCATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCCCATCCTTTAGAGGAGCTGAAGCACACACAGCTTGTTTGGTCATA  150

seq1  GATGCCACAGAAGCAATTGTCTCAAGTCTTCCCACCAGAGGGCACCAAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCCACAGAAGCAATTGTCTCAAGTCTTCCCACCAGAGGGCACCAAAG  200

seq1  ATTCAGGACTAAAATGCTCTTCAATTAGCTCAAGCCTAGGAACGCCATCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAGGACTAAAATGCTCTTCAATTAGCTCAAGCCTAGGAACGCCATCT  250

seq1  TTGACCATTCCTATGGTCTCCTGTGAAGGCTGGATTGGGGCCTTTCCAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACCATTCCTATGGTCTCCTGTGAAGGCTGGATTGGGGCCTTTCCAGA  300

seq1  AAGAGGTGTGGTGTGTCTTTAACCTGGCACAAGCTAATCGCAGTGAGCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGTGTGGTGTGTCTTTAACCTGGCACAAGCTAATCGCAGTGAGCTG  350

seq1  TCCTGAACTGAGAGTCATCACCACCTTTGACTGATAAACCACTTGGGGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGAACTGAGAGTCATCACCACCTTTGACTGATAAACCACTTGGGGTT  400

seq1  TCTTTCTTATTACACACAAGTTGACTCACCCTCCTTATCCCGTTTGCAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCTTATTACACACAAGTTGACTCACCCTCCTTATCCCGTTTGCAAT  450

seq1  TGGATCAGGGACTATCTAGAAATCTACACACACTCTAGGTTTCTAGTTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATCAGGGACTATCTAGAAATCTACACACACTCTAGGTTTCTAGTTCT  500

seq1  TTCCCCTGTGTAGCTTCTTACACTGCTCAATGTTTGCATACATTTCCTTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCCTGTGTAGCTTCTTACACTGCTCAATGTTTGCATACATTTCCTTA  550

seq1  CAACAGTTTTGTGACCTGGACAGATGCCAGTTTAGAAGAGACACGGGTAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAGTTTTGTGACCTGGACAGATGCCAGTTTAGAAGAGACACGGGTAC  600

seq1  TCTTCTAACAACTGCTTTTCTGCATCCTGTCATAGAAGAGGGCCCGAGAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTAACAACTGCTTTTCTGCATCCTGTCATAGAAGAGGGCCCGAGAC  650

seq1  ACTCAGCCCCTGCCTTTAGCTGCACATCTGGTAATGCAGTGGGACTTAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGCCCCTGCCTTTAGCTGCACATCTGGTAATGCAGTGGGACTTAAG  700

seq1  GGGAAAGCTGTCACCACCACAGGCTGGAAACCACAGGCATGCTTGCCTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAAGCTGTCACCACCACAGGCTGGAAACCACAGGCATGCTTGCCTCA  750

seq1  TCAAGATGATGTTGTGGCTTAGAAAGGACTCAGCTGAAGTCACTGGGCCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGATGATGTTGTGGCTTAGAAAGGACTCAGCTGAAGTCACTGGGCCC  800

seq1  TCTGCATCTGACTAAATGGGTAGACATGTCCTGGCTCATACTCAGGGCTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCATCTGACTAAATGGGTAGACATGTCCTGGCTCATACTCAGGGCTT  850

seq1  AGCCTGGAAACAAACAAACAAACAAAAAAAGTAGGGTAGTAGGACTTAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGGAAACAAACAAACAAACAAAAAAAGTAGGGTAGTAGGACTTAGA  900

seq1  ATAATAAGCGGCTCCTCAAGCTACTTTAAGGCACATCATAGTGACTGGGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  ATAATAAGCGGCTCCTCAAGCTACTTTAA-GCACATCATAGTGACTGGGT  949

seq1  GGCTTATTGGAACCGAAGTTCCATACTGCCCAGAAAGCCTCCTTGAGACA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  
seq2  GGCTTATTGGAACCGAAGTTCCATACTGCCCAG-AAGCCTCCTTGAGAAC  998

seq1  AAAGGACTAGATGGTATCTATCCCAACCAACTCAAAGGTTTTCTTAGTTT  1050
      ||| |||||||| ||||||||||||  ||||||||| |||||| ||||| 
seq2  AAAAGACTAGAT-GTATCTATCCCA--CAACTCAAA-GTTTTC-TAGTTA  1043

seq1  GGGAGGTTTGGGTTGTTGTTGCTGCTGTTGTTCGTTTGCTTGCTTGTTTT  1100
      |||||| |||||||||   |||||||| || ||||| || |||||| |||
seq2  GGGAGG-TTGGGTTGT--GTGCTGCTG-TGGTCGTTGGC-TGCTTG-TTT  1087

seq1  ATTTCATTTTGTTTGGCGGT-AGTGGGGGAGAAAAACATTATGCTCTCAT  1149
      ||||||||     ||||||| |||||||||||||   | ||||| |||||
seq2  ATTTCATT---GGTGGCGGTAAGTGGGGGAGAAA---ACTATGC-CTCAT  1130

seq1  TAC  1152
      |||
seq2  TAC  1133


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |