BAC Information

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BAC

Clone NameB6Ng01-270F17
Chromosome5 (Build37)11 (Build37)
Map Location 59,979,233 - 59,980,347101,990,798 - 101,990,990
singlet/doubletsingletsinglet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100041396, LOC666499, EG625870, LOC100041425
Downstream geneLOC546866, Cbfa2t2-ps1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-270F17.bB6Ng01-270F17.g
ACCGA072718GA072719
length1,108161
definitionB6Ng01-270F17.b B6Ng01-270F17.g
singlet/doubletsingletsinglet
BLAST hituniqueunique
Map location.(59,979,233 - 59,980,347)(101,990,798 - 101,990,990)
sequence
gaattcttcaaaactagaacaggggatgccactgactcatttgcctactt
ttggatattttccccctagttaagatgctttgtctggcctcagtggaaga
gggttcccttattcctgctgcaacttaattggtatccattggagacccta
cagttctattagaataaagggaagaggaaactggagaagggaaagtgaga
gtgaaaattagaggcaaggagttaggcagctgtgattaagatgtaaattg
aataaataaattaatgaaaaagaaggtattttataatgcacttaaagcat
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tttttatcatatacaatattgaatatatcacagcttttataataccttat
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tttgcaatggacctccaaatgatgaaatttatgcatttagtataaatgat
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tgaaatctcaaacaaatatccatttcaaatattgttttatattatgtttg
cctatcca

atgaaaactcaacagtgatttattttatcctccatttatgtgtatgtgtg
tgtataagtggtataagtgtgtgtgtgtataagtggtataagtgtgtgtg
tgtatgtgtgtgtataactgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
tgtgtgtgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_59979233_59980347
seq2: B6Ng01-270F17.b_45_1152

seq1  GAATTCTTCAAAACTAGAACAGGGGATGCCACTGACTCATTTGCCTACTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  TTGGATATTTTCCCCCTAGTTAAGATGCTTTGTCTGGCCTCAGTGGAAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGATATTTTCCCCCTAGTTAAGATGCTTTGTCTGGCCTCAGTGGAAGA  100

seq1  GGGTTCCCTTATTCCTGCTGCAACTTAATTGGTATCCATTGGAGACCCTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTCCCTTATTCCTGCTGCAACTTAATTGGTATCCATTGGAGACCCTA  150

seq1  CAGTTCTATTAGAATAAAGGGAAGAGGAAACTGGAGAAGGGAAAGTGAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTCTATTAGAATAAAGGGAAGAGGAAACTGGAGAAGGGAAAGTGAGA  200

seq1  GTGAAAATTAGAGGCAAGGAGTTAGGCAGCTGTGATTAAGATGTAAATTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAAATTAGAGGCAAGGAGTTAGGCAGCTGTGATTAAGATGTAAATTG  250

seq1  AATAAATAAATTAATGAAAAAGAAGGTATTTTATAATGCACTTAAAGCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  AGAAAATCTCACGCATTTAGACATTTTATGATAGAAAATTATTAATAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAATCTCACGCATTTAGACATTTTATGATAGAAAATTATTAATAAAA  350

seq1  TTATGTTTTACTAATATTGCATTATTTATATTTTATTGAAGTCTAGCATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTTTTACTAATATTGCATTATTTATATTTTATTGAAGTCTAGCATG  400

seq1  TTCAAGTTTAATTATTAAAATAGATGTAGAAGTTAGAGAATAGATGAACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGTTTAATTATTAAAATAGATGTAGAAGTTAGAGAATAGATGAACA  450

seq1  TGGTAAGATAAAAACATTAACAACCCAACAGAGAAGTAACACTGAATATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAAGATAAAAACATTAACAACCCAACAGAGAAGTAACACTGAATATC  500

seq1  TTTTTATCATATACAATATTGAATATATCACAGCTTTTATAATACCTTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTATCATATACAATATTGAATATATCACAGCTTTTATAATACCTTAT  550

seq1  TAAAATAGTAATTTAGTATTTAGAATAAATTAATACTCTTACATAGTATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATAGTAATTTAGTATTTAGAATAAATTAATACTCTTACATAGTATT  600

seq1  TCATATAAGTTAGGCTAACATTTAACTTGCTCAGTATAAGGTAATGACCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  TTTGCAATGGACCTCCAAATGATGAAATTTATGCATTTAGTATAAATGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  TCGAATTTAAAACTATATTGCAGGCAGTTCAAAAATTTGCTTAAACTTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  CTGTTCAAAATAATTGTGTTTATTTCCTGTTGTTTCTATAGCAAAAAAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTCAAAATAATTGTGTTTATTTCCTGTTGTTTCTATAGCAAAAAAAA  800

seq1  AATTACTGATATGAAGTGTGTCATGGCCTCAAGTGAATTTCTTCACTGTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTACTGATATGAAGTGTGTCATGGCCTCAAGTGAATTTCTTCACTGTT  850

seq1  A-TTTTTTTTTAATAGTGTGCCATGTGCTGTCTATAGACACCTTGTTAAA  899
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTTTTTTAATAGTGTGCCATGTGCTGTCTATAGACACCTTGTTAAA  900

seq1  ACAGAAAGTTTTCTCCTAAATGCTTAGCAACTTTTCATTATATCATTTAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAAGTTTTCTCCTAAATGCTTAGCAACTTTTCATTATATCATTTAG  950

seq1  ATCTCATGGTAATAAATATCAATTTATTTGTTATGTTGACATTCTTTTAA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCATGGTAATAAATATCAATTTATTTGTTATGTTGACATTCTTTTAA  1000

seq1  TAATCAATGAGTATGAACGACAAAGTATACCTTGTCAGTATTTAATTATT  1049
      | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||
seq2  T-ATCAATGAGTATGAACGACAAAGTATA-CTTGTCAGTATTT-ATTATT  1047

seq1  ACGTGAAATTCTCAAACCAAATATCCCATTTCAAATA-TGTTTTATATTT  1098
      |||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||| ||
seq2  ACGTGAAA-TCTCAAA-CAAATAT-CCATTTCAAATATTGTTTTATA-TT  1093

seq1  ATTGTTTTGCCTATCCA  1115
      ||   ||||||||||||
seq2  AT--GTTTGCCTATCCA  1108


seq1: chr11_101990798_101990990
seq2: B6Ng01-270F17.g_107_229 (reverse)

seq1  ACACACACACATATATACACACACACACACACACATACATACACACACAT  50
                        ||||||||||||||||| ||| ||||||||| 
seq2  ------------------ACACACACACACACACACACACACACACACAC  32

seq1  ACATATACACACATATACACACATACATACATACACACACACACATACAT  100
      ||| | |||||  |||||||||      |||||||||||||||| |    
seq2  ACACACACACAGTTATACACAC------ACATACACACACACACTT----  72

seq1  ACATACACACACATACACACATACATACACACACATACATATACACACAT  150
                  |||| ||| |  ||||||||||| || ||||| ||| |
seq2  ------------ATAC-CACTT--ATACACACACACACTTATAC-CACTT  106

seq1  ATACACACATACATACACACACACATACACACATACATACACA  193
      ||||||||  |||||||||                        
seq2  ATACACAC--ACATACACA------------------------  123


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