BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-270I05
Chromosome11 (Build37)
Map Location 80,406,419 - 80,570,878
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMyo1d
Upstream geneRab11fip4, OTTMUSG00000000185, LOC432584, Utp6, ENSMUSG00000072631, Suz12, Crlf3, Atad5, 1110002N22Rik, Centa2, Rnf135, Rhot1, Rhbdl3, 5730455P16Rik, Zfp207, LOC100043601, LOC100042726, Psmd11, Cdk5r1
Downstream geneTmem98, Spaca3, Accn1, 1700071K01Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-270I05.bB6Ng01-270I05.g
ACCGA072833GA072834
length1,0141,149
definitionB6Ng01-270I05.b B6Ng01-270I05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(80,569,860 - 80,570,878)(80,406,419 - 80,407,573)
sequence
gaattccaggacagccagggctacatggaaaaaaccttgtctcaaaacaa
aagaatacctcacagacttgcttatggaggcattttctcaattgaggctt
ctctgatgactgtaccttgtgtgtcaagtttacagagctatccaggacaa
taatctttttcttttccattttatgcacattgctcttttgcctacatgta
tgtctgtgtgaaggtgtcaaatcctctggaactggagttacagacagttg
tgagctgccatgtaggtgctgggaattgaacctggaccctctggaagagc
agctgatgctcttagcagctgagccatctctctagctccaacaatcttat
gttcttgaagtaacataatttggtaaaatgtgtgagtcattgggaaatac
atccaatcatctttccacatagttgtatgaatatgtgctgccagtgatag
atagccctaatattccatggttttatggaaggaaaagtctgttgaaccag
aaaataatgatacaaagagaaagcaacaggtctgtgagagtttctggaat
gaagcacgatgctgaagagaggtcacattaaagaaaaagtggatgaactc
attaggttgggtgatgagaggagtcagcacaatggtaaggagttgacatg
gatagctcattccagatttctagttacggtgggcaagggggaaaagaatt
gatagaaagaccacagacttgatggaaggtacggtaatggtttttttagt
gtagattttaagcacagttgtgagaataagagttgataacaagacagaag
tgtggtgatgtggggtctggagctctgagtcctgactttttcctaggtag
ggcaaagagcagctaatgtgcaaggggttcagatgtagtatggatggagg
agattggaggatttctgaaagatttcattttgctttgtgacaaaagacag
aggttccaagtaatgaaagtagaaacatcatggttgaggaacagtaggtt
taccttccgatgtg
gaattcttagacggtaggtgctccgtctactgcgtgacaactatacctac
acagcttcacatgcatcctttcatcttcccgccaagatgttagactagca
aggggtagtaccatatcaaaggtcctatcaaaacgttaaattgggcagta
agagggaagaggagttacagccttgagaataatataaagtttataattaa
aaatgggggcggagagatggctcagtgattaagagcgccgactgttcttc
ctgagatcctgagttcaattcccagcatccacatggtggctcacaaccat
ctgtaatggggtctggtgccctcttctggtgtgactgaagatagcaatgg
tggtatactcatatgtataaaataaatatttaaatcttaaaaataaataa
ataaaaatggctgctgaagttgggtgtggtggtgcacacctttgattcta
gcactcaggaggcagaggcaggtggatgtcttgtagtctggtttgcacag
tgagttccaggacagcaggagctatgtagagaggcttctgaatagaggtt
gaagtggtcaaaggccaagctctagagtatgctaatatatgtatgtacta
taacccttttcaaagtagatgatgcatcaagcgatggatcttttagctca
gtaccgcagagaagttacctagtttctctatgagctattaatgtgcttca
cagtgctgaggctagaacctatacatcccttaaacatcccccccactccc
attctgaaaagtcttaggaaacattctttctttgcagagctgcaggaatt
cagactattcttctggacttaccgaagcaagatagttgccttcccaggct
ctctggagtccaaggtctgccctttgacctttcagcatctccatggctgc
aacctttgccctgacctggggaaggtctgatgcaggtatggtcttgatga
gttgggatgctctccatctacagcaaataaacaagatgtataggcttaga
acatcatccactcccccaaagggttcaggtgtcaataatagcatgagtac
tgtaatattgtgctaaaaaaaagggaaatgattccaggccactgggagca
gaggccaggttagatttctggttccaaggccaggcctgccttacagagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_80569860_80570878
seq2: B6Ng01-270I05.b_42_1055 (reverse)

seq1  CACATCGGAAGGTAAACCTACTTGTTCCTCAAACATTGATGTTTCTACCT  50
      ||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||| ||
seq2  CACATCGGAAGGTAAACCTAC-TGTTCCTCAACCA-TGATGTTTCTA-CT  47

seq1  TTCCTTACTGGGAACCTCTTGTCTTTTGTCACAAAGCAAAATGAAATCTT  100
      ||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTACTTGGAACCTC-TGTCTTTTGTCACAAAGCAAAATGAAATCTT  96

seq1  TCAGAAATTCCTCCAATCTCCTCCATCCATACTACATCTGAACCCCTTGC  150
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAAA-TCCTCCAATCTCCTCCATCCATACTACATCTGAACCCCTTGC  145

seq1  ACATTAGCTGCTCTTTGCCCTACCTAGGAAAAAGTCAGGACTCAGAGCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTAGCTGCTCTTTGCCCTACCTAGGAAAAAGTCAGGACTCAGAGCTC  195

seq1  CAGACCCCACATCACCACACTTCTGTCTTGTTATCAACTCTTATTCTCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACCCCACATCACCACACTTCTGTCTTGTTATCAACTCTTATTCTCAC  245

seq1  AACTGTGCTTAAAATCTACACTAAAAAAACCATTACCGTACCTTCCATCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTGCTTAAAATCTACACTAAAAAAACCATTACCGTACCTTCCATCA  295

seq1  AGTCTGTGGTCTTTCTATCAATTCTTTTCCCCCTTGCCCACCGTAACTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTGTGGTCTTTCTATCAATTCTTTTCCCCCTTGCCCACCGTAACTAG  345

seq1  AAATCTGGAATGAGCTATCCATGTCAACTCCTTACCATTGTGCTGACTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTGGAATGAGCTATCCATGTCAACTCCTTACCATTGTGCTGACTCC  395

seq1  TCTCATCACCCAACCTAATGAGTTCATCCACTTTTTCTTTAATGTGACCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATCACCCAACCTAATGAGTTCATCCACTTTTTCTTTAATGTGACCT  445

seq1  CTCTTCAGCATCGTGCTTCATTCCAGAAACTCTCACAGACCTGTTGCTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCAGCATCGTGCTTCATTCCAGAAACTCTCACAGACCTGTTGCTTT  495

seq1  CTCTTTGTATCATTATTTTCTGGTTCAACAGACTTTTCCTTCCATAAAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTGTATCATTATTTTCTGGTTCAACAGACTTTTCCTTCCATAAAAC  545

seq1  CATGGAATATTAGGGCTATCTATCACTGGCAGCACATATTCATACAACTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGAATATTAGGGCTATCTATCACTGGCAGCACATATTCATACAACTA  595

seq1  TGTGGAAAGATGATTGGATGTATTTCCCAATGACTCACACATTTTACCAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGAAAGATGATTGGATGTATTTCCCAATGACTCACACATTTTACCAA  645

seq1  ATTATGTTACTTCAAGAACATAAGATTGTTGGAGCTAGAGAGATGGCTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATGTTACTTCAAGAACATAAGATTGTTGGAGCTAGAGAGATGGCTCA  695

seq1  GCTGCTAAGAGCATCAGCTGCTCTTCCAGAGGGTCCAGGTTCAATTCCCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTAAGAGCATCAGCTGCTCTTCCAGAGGGTCCAGGTTCAATTCCCA  745

seq1  GCACCTACATGGCAGCTCACAACTGTCTGTAACTCCAGTTCCAGAGGATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCTACATGGCAGCTCACAACTGTCTGTAACTCCAGTTCCAGAGGATT  795

seq1  TGACACCTTCACACAGACATACATGTAGGCAAAAGAGCAATGTGCATAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACACCTTCACACAGACATACATGTAGGCAAAAGAGCAATGTGCATAAA  845

seq1  ATGGAAAAGAAAAAGATTATTGTCCTGGATAGCTCTGTAAACTTGACACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAAAAGAAAAAGATTATTGTCCTGGATAGCTCTGTAAACTTGACACA  895

seq1  CAAGGTACAGTCATCAGAGAAGCCTCAATTGAGAAAATGCCTCCATAAGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGTACAGTCATCAGAGAAGCCTCAATTGAGAAAATGCCTCCATAAGC  945

seq1  AAGTCTGTGAGGTATTCTTTTGTTTTGAGACAAGGTTTTTTCCATGTAGC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCTGTGAGGTATTCTTTTGTTTTGAGACAAGGTTTTTTCCATGTAGC  995

seq1  CCTGGCTGTCCTGGAATTC  1019
      |||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCTGTCCTGGAATTC  1014

seq1: chr11_80406419_80407573
seq2: B6Ng01-270I05.g_66_1214

seq1  GAATTCTTAGACGGTAGGTGCTCCGTCTACTGCGTGACAACTATACCTAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTAGACGGTAGGTGCTCCGTCTACTGCGTGACAACTATACCTAC  50

seq1  ACAGCTTCACATGCATCCTTTCATCTTCCCGCCAAGATGTTAGACTAGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTTCACATGCATCCTTTCATCTTCCCGCCAAGATGTTAGACTAGCA  100

seq1  AGGGGTAGTACCATATCAAAGGTCCTATCAAAACGTTAAATTGGGCAGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGTAGTACCATATCAAAGGTCCTATCAAAACGTTAAATTGGGCAGTA  150

seq1  AGAGGGAAGAGGAGTTACAGCCTTGAGAATAATATAAAGTTTATAATTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGGAAGAGGAGTTACAGCCTTGAGAATAATATAAAGTTTATAATTAA  200

seq1  AAATGGGGGCGGAGAGATGGCTCAGTGATTAAGAGCGCCGACTGTTCTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGGGGGCGGAGAGATGGCTCAGTGATTAAGAGCGCCGACTGTTCTTC  250

seq1  CTGAGATCCTGAGTTCAATTCCCAGCATCCACATGGTGGCTCACAACCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGATCCTGAGTTCAATTCCCAGCATCCACATGGTGGCTCACAACCAT  300

seq1  CTGTAATGGGGTCTGGTGCCCTCTTCTGGTGTGACTGAAGATAGCAATGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAATGGGGTCTGGTGCCCTCTTCTGGTGTGACTGAAGATAGCAATGG  350

seq1  TGGTATACTCATATGTATAAAATAAATATTTAAATCTTAAAAATAAATAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTATACTCATATGTATAAAATAAATATTTAAATCTTAAAAATAAATAA  400

seq1  ATAAAAATGGCTGCTGAAGTTGGGTGTGGTGGTGCACACCTTTGATTCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAATGGCTGCTGAAGTTGGGTGTGGTGGTGCACACCTTTGATTCTA  450

seq1  GCACTCAGGAGGCAGAGGCAGGTGGATGTCTTGTAGTCTGGTTTGCACAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTCAGGAGGCAGAGGCAGGTGGATGTCTTGTAGTCTGGTTTGCACAG  500

seq1  TGAGTTCCAGGACAGCAGGAGCTATGTAGAGAGGCTTCTGAATAGAGGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTCCAGGACAGCAGGAGCTATGTAGAGAGGCTTCTGAATAGAGGTT  550

seq1  GAAGTGGTCAAAGGCCAAGCTCTAGAGTATGCTAATATATGTATGTACTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGGTCAAAGGCCAAGCTCTAGAGTATGCTAATATATGTATGTACTA  600

seq1  TAACCCTTTTCAAAGTAGATGATGCATCAAGCGATGGATCTTTTAGCTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCCTTTTCAAAGTAGATGATGCATCAAGCGATGGATCTTTTAGCTCA  650

seq1  GTACCGCAGAGAAGTTACCTAGTTTCTCTATGAGCTATTAATGTGCTTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCGCAGAGAAGTTACCTAGTTTCTCTATGAGCTATTAATGTGCTTCA  700

seq1  CAGTGCTGAGGCTAGAACCTATACATCCCTTAAACATCCCCCCCACTCCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGCTGAGGCTAGAACCTATACATCCCTTAAACATCCCCCCCACTCCC  750

seq1  ATTCTGAAAAGTCTTAGGAAACATTCTTTCTTTGCAGAGCTGCAGGAATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGAAAAGTCTTAGGAAACATTCTTTCTTTGCAGAGCTGCAGGAATT  800

seq1  CAGACTATTCTTCTGGACTTACCGAAGCAAGATAGTTGCCTTCCCAGGCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTATTCTTCTGGACTTACCGAAGCAAGATAGTTGCCTTCCCAGGCT  850

seq1  CTCTGGAGTCCAAGGTCTGCCCTTTGACCTTTCAGCATCTCCATGGCTGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGAGTCCAAGGTCTGCCCTTTGACCTTTCAGCATCTCCATGGCTGC  900

seq1  AACCTTTGCCCTGACCTGGGGAAGGTCTGATGCAGGTATGGTCTTGATGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTTTGCCCTGACCTGGGGAAGGTCTGATGCAGGTATGGTCTTGATGA  950

seq1  GTTGGGATGCTCTCCATCTACAAGCAAATAAACAAGATGTATAGGCTTTA  1000
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GTTGGGATGCTCTCCATCTAC-AGCAAATAAACAAGATGTATAGGC-TTA  998

seq1  GACATTCATCCACTCCCCAAAGGGTTTCAAGGTGTCATTAAATAGCATGA  1050
      ||   ||||||||||||| || || ||| |||||||| | ||||||||| 
seq2  GAACATCATCCACTCCCCCAAAGGGTTC-AGGTGTCAAT-AATAGCATG-  1045

seq1  AGTAACTGT-ATATTGTGCTTAAAAAAAAAAGGGAAAATGATCCCAG--C  1097
      ||| ||||| ||||||||||   ||||||||||| ||||||| ||||  |
seq2  AGT-ACTGTAATATTGTGCT---AAAAAAAAGGG-AAATGATTCCAGGCC  1090

seq1  ACTTGGGAGGCAGAGG-CAGG-TAGATTTCTGAGTTCGAGGCCA-GCCTG  1144
      || ||||| ||||||| |||| ||||||||||  | | |||||| |||||
seq2  AC-TGGGA-GCAGAGGCCAGGTTAGATTTCTGGTTCCAAGGCCAGGCCTG  1138

seq1  GTCTACAGAGT  1155
         ||||||||
seq2  CCTTACAGAGT  1149