BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-270K17
Chromosome11 (Build37)
Map Location 24,941,882 - 25,092,920
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneA830031A19Rik, LOC100042256, Bcl11a, LOC100042282
Downstream gene5730522E02Rik, LOC100042328
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-270K17.bB6Ng01-270K17.g
ACCGA072951GA072952
length1,1831,123
definitionB6Ng01-270K17.b B6Ng01-270K17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(25,091,754 - 25,092,920)(24,941,882 - 24,942,982)
sequence
gaattctatgagtttgagactagtttggcctacatgtcaatttcaggaca
gccaaggctatacagtatgaccctgtttcaaacaaagcaaacaaaccaac
aaacaaacaaatcatgtcggagctattcatgacatatatttaaaaattgg
caagcatgtaaacaaaaatattagttgtggaatcatgaaaataaattgaa
gatacacttaacctggaagacagaggtctcactcccccaaccagaccatc
cccatgccatggctgacatgagtctgggaaatacactgattaagaaataa
tgagctttgtgcaacaacctgtgcacaaacactgcacacactgccatctg
tgcactaacacagcatgcactgtcatttgatcgggagttgatttgtttgt
ggtcaaatcctgaagattcatgacctttctttgaatcttaagatatattt
tccttcttcatcatacaactctctcctcaatgtctccgttttctgcatat
ggtttgtcttcctagaatcatcatcacctgaaacccatgtatgtatccct
caacacactcctctaatatgtaagttgcatgtgtgcaagagctgtgttgt
aatcactagtgtctcctacacactgaatagacctgccatgtgctaaggtc
ttgctcaataaatatcagttaagtaattgattgattgattgagcaaatca
atggatggatgactgttttacgatcccctaagtgaaagtctcaaatctgt
catgttgtgcctcaggtgagtgccctctgtgagggataaaatgagtaaga
gacaagagctcatgtcatttatctatggctcagaggaggaagagtttgca
cctgggtcagagggtgtccaaactcttcagatcccttgcacatgaacaaa
agaaagaaatggaaaacaagagttcggtattacaaataggtgtttctgaa
taaatgaatgcacagatgcaaagtgttgtaggggaaaatttaatcttgac
ctaatttccttcagcagagttgtgtgcaacaatttttattcccatctcct
ctggttccctggtgaaattcacatgtttggcataattctagtctgacctc
tctttgttcctcttttcctgggctcttttgaaataagtctggccaatata
actccacttaccagtgctaagagagataaaaaa
gaattctttgcatgtgagcatggccacagaatcaaaagtaaacagaaaaa
tcactgttgtttccaaactgacatagtttccccattagtttttgtttaaa
tacaattctctgtaagcatcaagtcacaatttgccagaagaatgttactg
gggaaaactaagaggagcagctaaggcaggcttttaatcagaagaggtgt
aagggggccacacagtcacagtatcaagtcctagtaagtgggctttgcct
ttagtgtttgcgctctttcgggttagtgtgtgggtctctttggcttattc
tttgctttttggaggaaattattttacttcaaaactaatgtatgttgtgc
tttttaaaatgataaacactgtgatttaacttatttttaaatacaagaaa
caatttggggaaagaattggcaatgacagcacagcctgagtgagactatg
acactggtcatcctggaccagcaaactgctctgtgtatggtcatctggta
ctgaagcactgacaagtgtacttcccaccaacccctgaaatggtgattac
ctttctgcctgtagccagagaggtacagcagaaacagaagcaagtgggcc
acagaaggaggctttgtgtgcccttgctttgtgtgcgtcctgagttaatg
cccgtagtagcatgtggatattcagattttcaaggctggacataccacat
atcaccaccgtgccttttgttacttgcataaagcaattaccccatggaca
gtggcttcatagttgtctacacaacatgcttcagatggcatcgataacct
cagacacaccaggctagctctaaattagtgatgagcagagctggagggat
gtatcatttgagttataaaccataagaagggtatttaaaatagatagata
agacacatgcaaatctttttcattgccatgaccaccatccttgatatagg
ttttccatatgtagccaggaagggcaagagcaaaggccactgggaaaaaa
aatagcaccgaaccctgtaatgaaaattaaccctgggcaagggattagtt
cggaatttctgggtcacttataaactcataattcaggacacaaaggcttc
ttgttgctaatggccttgctggc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_25091754_25092920
seq2: B6Ng01-270K17.b_46_1228 (reverse)

seq1  TTTTTTATCTTCCTCTAGCACTGGT-AGT-GAG-TATATGTGCCAGACTA  47
      ||||||||||  || |||||||||| ||| ||| |||||  |||||||| 
seq2  TTTTTTATCTCTCT-TAGCACTGGTAAGTGGAGTTATATTGGCCAGACTT  49

seq1  ATGTCAAAAGAG-CCAGGAAAAGAG--AC-AAGAGA-GTCAGACTAG-AT  91
      || ||||||||| ||||||||||||  || |||||| |||||||||| ||
seq2  ATTTCAAAAGAGCCCAGGAAAAGAGGAACAAAGAGAGGTCAGACTAGAAT  99

seq1  TATG-CAAACATGTGAATTTCA-CAGGG-ACCAGA-GAGATGGGAATAAA  137
      |||| ||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||
seq2  TATGCCAAACATGTGAATTTCACCAGGGAACCAGAGGAGATGGGAATAAA  149

seq1  A--TGTTGCACACAACTCTGCTGAAGG-AATTAGGTCAAGATTAAATTTT  184
      |  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGTTGCACACAACTCTGCTGAAGGAAATTAGGTCAAGATTAAATTTT  199

seq1  CCCCTAC-ACACTTTGCATCTGTGCATTCATTTATTCAGAAACACCTATT  233
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTACAACACTTTGCATCTGTGCATTCATTTATTCAGAAACACCTATT  249

seq1  TGTAATACCGAACTCTTGTTTTCCATTTCTTTCTTTTGTTCATGTGCAAG  283
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAATACCGAACTCTTGTTTTCCATTTCTTTCTTTTGTTCATGTGCAAG  299

seq1  GGATCTGAAGAGTTTGGACACCCTCTGACCCAGGTGCAAACTCTTCCTCC  333
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCTGAAGAGTTTGGACACCCTCTGACCCAGGTGCAAACTCTTCCTCC  349

seq1  TCTGAGCCATAGATAAATGACATGAGCTCTTGTCTCTTACTCATTTTATC  383
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGCCATAGATAAATGACATGAGCTCTTGTCTCTTACTCATTTTATC  399

seq1  CCTCACAGAGGGCACTCACCTGAGGCACAACATGACAGATTTGAGACTTT  433
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCACAGAGGGCACTCACCTGAGGCACAACATGACAGATTTGAGACTTT  449

seq1  CACTTAGGGGATCGTAAAACAGTCATCCATCCATTGATTTGCTCAATCAA  483
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTAGGGGATCGTAAAACAGTCATCCATCCATTGATTTGCTCAATCAA  499

seq1  TCAATCAATTACTTAACTGATATTTATTGAGCAAGACCTTAGCACATGGC  533
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATCAATTACTTAACTGATATTTATTGAGCAAGACCTTAGCACATGGC  549

seq1  AGGTCTATTCAGTGTGTAGGAGACACTAGTGATTACAACACAGCTCTTGC  583
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCTATTCAGTGTGTAGGAGACACTAGTGATTACAACACAGCTCTTGC  599

seq1  ACACATGCAACTTACATATTAGAGGAGTGTGTTGAGGGATACATACATGG  633
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATGCAACTTACATATTAGAGGAGTGTGTTGAGGGATACATACATGG  649

seq1  GTTTCAGGTGATGATGATTCTAGGAAGACAAACCATATGCAGAAAACGGA  683
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCAGGTGATGATGATTCTAGGAAGACAAACCATATGCAGAAAACGGA  699

seq1  GACATTGAGGAGAGAGTTGTATGATGAAGAAGGAAAATATATCTTAAGAT  733
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATTGAGGAGAGAGTTGTATGATGAAGAAGGAAAATATATCTTAAGAT  749

seq1  TCAAAGAAAGGTCATGAATCTTCAGGATTTGACCACAAACAAATCAACTC  783
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGAAAGGTCATGAATCTTCAGGATTTGACCACAAACAAATCAACTC  799

seq1  CCGATCAAATGACAGTGCATGCTGTGTTAGTGCACAGATGGCAGTGTGTG  833
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGATCAAATGACAGTGCATGCTGTGTTAGTGCACAGATGGCAGTGTGTG  849

seq1  CAGTGTTTGTGCACAGGTTGTTGCACAAAGCTCATTATTTCTTAATCAGT  883
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTTTGTGCACAGGTTGTTGCACAAAGCTCATTATTTCTTAATCAGT  899

seq1  GTATTTCCCAGACTCATGTCAGCCATGGCATGGGGATGGTCTGGTTGGGG  933
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTCCCAGACTCATGTCAGCCATGGCATGGGGATGGTCTGGTTGGGG  949

seq1  GAGTGAGACCTCTGTCTTCCAGGTTAAGTGTATCTTCAATTTATTTTCAT  983
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGAGACCTCTGTCTTCCAGGTTAAGTGTATCTTCAATTTATTTTCAT  999

seq1  GATTCCACAACTAATATTTTTGTTTACATGCTTGCCAATTTTTAAATATA  1033
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCCACAACTAATATTTTTGTTTACATGCTTGCCAATTTTTAAATATA  1049

seq1  TGTCATGAATAGCTCCGACATGATTTGTTTGTTTGTTGGTTTGTTTGCTT  1083
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATGAATAGCTCCGACATGATTTGTTTGTTTGTTGGTTTGTTTGCTT  1099

seq1  TGTTTGAAACAGGGTCATACTGTATAGCCTTGGCTGTCCTGAAATTGACA  1133
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGAAACAGGGTCATACTGTATAGCCTTGGCTGTCCTGAAATTGACA  1149

seq1  TGTAGGCCAAACTAGTCTCAAACTCATAGAATTC  1167
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGGCCAAACTAGTCTCAAACTCATAGAATTC  1183

seq1: chr11_24941882_24942982
seq2: B6Ng01-270K17.g_64_1186

seq1  GAATTCTTTGCATGTGAGCATGGCCACAGAATCAAAAGTAAACAGAAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGCATGTGAGCATGGCCACAGAATCAAAAGTAAACAGAAAAA  50

seq1  TCACTGTTGTTTCCAAACTGACATAGTTTCCCCATTAGTTTTTGTTTAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGTTGTTTCCAAACTGACATAGTTTCCCCATTAGTTTTTGTTTAAA  100

seq1  TACAATTCTCTGTAAGCATCAAGTCACAATTTGCCAGAAGAATGTTACTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATTCTCTGTAAGCATCAAGTCACAATTTGCCAGAAGAATGTTACTG  150

seq1  GGGAAAACTAAGAGGAGCAGCTAAGGCAGGCTTTTAATCAGAAGAGGTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAAACTAAGAGGAGCAGCTAAGGCAGGCTTTTAATCAGAAGAGGTGT  200

seq1  AAGGGGGCCACACAGTCACAGTATCAAGTCCTAGTAAGTGGGCTTTGCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGGGCCACACAGTCACAGTATCAAGTCCTAGTAAGTGGGCTTTGCCT  250

seq1  TTAGTGTTTGCGCTCTTTCGGGTTAGTGTGTGGGTCTCTTTGGCTTATTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTGTTTGCGCTCTTTCGGGTTAGTGTGTGGGTCTCTTTGGCTTATTC  300

seq1  TTTGCTTTTTGGAGGAAATTATTTTACTTCAAAACTAATGTATGTTGTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTTTTTGGAGGAAATTATTTTACTTCAAAACTAATGTATGTTGTGC  350

seq1  TTTTTAAAATGATAAACACTGTGATTTAACTTATTTTTAAATACAAGAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAAAATGATAAACACTGTGATTTAACTTATTTTTAAATACAAGAAA  400

seq1  CAATTTGGGGAAAGAATTGGCAATGACAGCACAGCCTGAGTGAGACTATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTTGGGGAAAGAATTGGCAATGACAGCACAGCCTGAGTGAGACTATG  450

seq1  ACACTGGTCATCCTGGACCAGCAAACTGCTCTGTGTATGGTCATCTGGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGGTCATCCTGGACCAGCAAACTGCTCTGTGTATGGTCATCTGGTA  500

seq1  CTGAAGCACTGACAAGTGTACTTCCCACCAACCCCTGAAATGGTGATTAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGCACTGACAAGTGTACTTCCCACCAACCCCTGAAATGGTGATTAC  550

seq1  CTTTCTGCCTGTAGCCAGAGAGGTACAGCAGAAACAGAAGCAAGTGGGCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTGCCTGTAGCCAGAGAGGTACAGCAGAAACAGAAGCAAGTGGGCC  600

seq1  ACAGAAGGAGGCTTTGTGTGCCCTTGCTTTGTGTGCGTCCTGAGTTAATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAGGAGGCTTTGTGTGCCCTTGCTTTGTGTGCGTCCTGAGTTAATG  650

seq1  CCCGTAGTAGCATGTGGATATTCAGA-TTTCAAGGCTGGACATACCACAT  699
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGTAGTAGCATGTGGATATTCAGATTTTCAAGGCTGGACATACCACAT  700

seq1  ATCACCACCGTGCCTTTTGTTACTTGCATAAAGCAATTACCCCATGGACA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACCACCGTGCCTTTTGTTACTTGCATAAAGCAATTACCCCATGGACA  750

seq1  GTGGCTTCATAGTTGTCTACACAACATGCTTCAGATGGCATCGATAACCT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCTTCATAGTTGTCTACACAACATGCTTCAGATGGCATCGATAACCT  800

seq1  CAGACACACCAGGCTAGCTCTAAATTAGTGATGAGCAGAGCTGGAGGGAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACACACCAGGCTAGCTCTAAATTAGTGATGAGCAGAGCTGGAGGGAT  850

seq1  GTATCATTTGAGTTATAAACCATAAGAA-GGTATTT-AAATAGATAGATA  897
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||
seq2  GTATCATTTGAGTTATAAACCATAAGAAGGGTATTTAAAATAGATAGATA  900

seq1  AGACACATGCAAATC-TTTTCATTGCCATGACAACCAT-CTTGATATAGG  945
      ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||
seq2  AGACACATGCAAATCTTTTTCATTGCCATGACCACCATCCTTGATATAGG  950

seq1  TTTTCCATATGTAG-CAGGAAGGGC-AGAGCAAAAGGCACT-GGAAAAAA  992
      |||||||||||||| |||||||||| |||||||| | |||| ||||||||
seq2  TTTTCCATATGTAGCCAGGAAGGGCAAGAGCAAAGGCCACTGGGAAAAAA  1000

seq1  AATAGCA-CGAA-CCTGTAATGAAAATAAACC--TGGCAGGGAATTAGTT  1038
      ||||||| |||| |||||||||||||| ||||   |||| || |||||||
seq2  AATAGCACCGAACCCTGTAATGAAAATTAACCCTGGGCAAGGGATTAGTT  1050

seq1  CGGA--TTCT-GGTCACTTATTAACTCATAA-TCA-GACACAA--GCTTC  1081
      ||||  |||| |||||||||| ||||||||| ||| |||||||  |||||
seq2  CGGAATTTCTGGGTCACTTATAAACTCATAATTCAGGACACAAAGGCTTC  1100

seq1  T--GTGCTAAT-GCCCTGCTGGC  1101
      |   ||||||| ||| |||||||
seq2  TTGTTGCTAATGGCCTTGCTGGC  1123