BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-271F04
Chromosome11 (Build37)
Map Location 33,029,979 - 33,181,550
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFgf18, Npm1, LOC666646, Tlx3, Ranbp17, LOC666258
Upstream geneLOC669207, Il9r, 3300001G02Rik, Rhbdf1, Mpg, Mare, Hba-x, Hba-a1, F830116E18Rik, Hbq1, Sh3pxd2b, Ubtd2, 1700007I06Rik, Stk10, Fbxw11, LOC666616, 1700008A04Rik, LOC666620, LOC670035, LOC432548
Downstream geneAnp32c, LOC669306, LOC666269, Gabrp, D130052B06Rik, Kcnip1, Kcnmb1, Lcp2, Foxi1, Dock2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-271F04.bB6Ng01-271F04.g
ACCGA073438GA073439
length5121,123
definitionB6Ng01-271F04.b B6Ng01-271F04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(33,029,979 - 33,030,496)(33,180,437 - 33,181,550)
sequence
agtgagtggctcatccctttcccagtgccacttccaggtcaccttgaaag
gggaggagccccaggccaccttgaggaggactcctggagtcaacatggag
agattagggaaacccgtgggagttcccagggcttggctaaggccatagac
agtaaaggaaaggaaggaagctttctcccaaaaccctccaagaaggtggg
gcagagggtggagagaaagctgtatgggcagagtgagggaagacatgggc
ctcatggcaagaagggacaagtggccctatgcatggactgacgttgaaat
gtaggtccttaccaaatgcttactcagggcctctgcttttagattgtgag
tttgaacggtgggaaatggtagggggagatacagaaaatagagtcagagg
gacttgggagcttgctttcatcataggcaaatcagagaacaaagccaggg
tgggttagagctccttgtaccagggagatccccaggatgggttcagagca
caagtaggtgtg
gaattcactcatactgtcctgaaaggccttagaccaattagccagaccag
ctatttgtgattactgtaaccagaaattgacattgaagttgttggcacga
agaagcttaccaggtattagatagctagcggttggtgggattggaagtca
gtgtgactgtaggcggtaacttctccatatccctttactgctccttaaga
agaattaggacgtttatgacaagctcttgtgttttggtgatttttgtccc
aaagcttgagagaaaccaaagtacaagtgggaaactatccttcaactgtg
ttactactggctttaacacgtgcatttcacatgacctcatagaagactct
ccctgtctctgtggatcccatcctggcttccaccagccttctggggcctg
gcatgctttttttaccatgcttttcctctggagagtcttgaatgctcgtt
ggagggagattgtgttggaacccgttggagggctgccatctaggaatctg
gaagatgaaagagttaacagtagagactgagcagagcttgaaattcttct
ttgggttatccaaggtgaaggacaaggcctcgtaaaggaccagcatatcc
tacagtccctctgtccccatccccactgagcttccctttgctcccctctc
ctagacagtgcttggagtcaggggaggggtggacctagagaagctcactt
cttaatgcatctgatttactgcgtattttgaagactatctcttcttcact
gctctgtgagactggcagaaaaataatacttttgatatgctgttttattt
atctacattctgtcatgatatactttgatgtaagtttttaattttgcttc
agctctcagctgctcttgccgttacagctcagggtcagcactgaggttag
cccacagtagcacaaaacaattttcctgtttgtacagccaggtaacattt
gggatgaggattaaattttaccacattttctactagccctaggcctatta
ttttctaatgagttttaattgctttcaagaacatggtatttcaaacttag
ttgcattgatccctcagccctggagcaaccttaataaaagaaggttcttc
ttctcaacttttggtttaaatgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_33029979_33030496
seq2: B6Ng01-271F04.b_46_563

seq1  GAATTCAGTGAGTGGCTCATCCCTTTCCCAGTGCCACTTCCAGGTCACCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTGAGTGGCTCATCCCTTTCCCAGTGCCACTTCCAGGTCACCT  50

seq1  TGAAAGGGGAGGAGCCCCAGGCCACCTTGAGGAGGACTCCTGGAGTCAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGGGGAGGAGCCCCAGGCCACCTTGAGGAGGACTCCTGGAGTCAAC  100

seq1  ATGGAGAGATTAGGGAAACCCGTGGGAGTTCCCAGGGCTTGGCTAAGGCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGAGATTAGGGAAACCCGTGGGAGTTCCCAGGGCTTGGCTAAGGCC  150

seq1  ATAGACAGTAAAGGAAAGGAAGGAAGCTTTCTCCCAAAACCCTCCAAGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGACAGTAAAGGAAAGGAAGGAAGCTTTCTCCCAAAACCCTCCAAGAA  200

seq1  GGTGGGGCAGAGGGTGGAGAGAAAGCTGTATGGGCAGAGTGAGGGAAGAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGGGCAGAGGGTGGAGAGAAAGCTGTATGGGCAGAGTGAGGGAAGAC  250

seq1  ATGGGCCTCATGGCAAGAAGGGACAAGTGGCCCTATGCATGGACTGACGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGCCTCATGGCAAGAAGGGACAAGTGGCCCTATGCATGGACTGACGT  300

seq1  TGAAATGTAGGTCCTTACCAAATGCTTACTCAGGGCCTCTGCTTTTAGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATGTAGGTCCTTACCAAATGCTTACTCAGGGCCTCTGCTTTTAGAT  350

seq1  TGTGAGTTTGAACGGTGGGAAATGGTAGGGGGAGATACAGAAAATAGAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAGTTTGAACGGTGGGAAATGGTAGGGGGAGATACAGAAAATAGAGT  400

seq1  CAGAGGGACTTGGGAGCTTGCTTTCATCATAGGCAAATCAGAGAACAAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGGACTTGGGAGCTTGCTTTCATCATAGGCAAATCAGAGAACAAAG  450

seq1  CCAGGGTGGGTTAGAGCTCCTTGTACCAGGGAGATCCCCAGGATGGGTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGGTGGGTTAGAGCTCCTTGTACCAGGGAGATCCCCAGGATGGGTTC  500

seq1  AGAGCACAAGTAGGTGTG  518
      ||||||||||||||||||
seq2  AGAGCACAAGTAGGTGTG  518

seq1: chr11_33180437_33181550
seq2: B6Ng01-271F04.g_66_1188 (reverse)

seq1  ACATTTTAACCAAAAATTTAG-AGAAGAACTTTCTTTTATTAA-GTTGCT  48
      |||||| |||||||| || || |||||||| |||||||||||| ||||||
seq2  ACATTTAAACCAAAAGTTGAGAAGAAGAACCTTCTTTTATTAAGGTTGCT  50

seq1  C--AGGCTGAAGGATCATTGC-ACTAAGTTTTGAAATA-CATGTTCTTG-  93
      |   |||||| |||||| ||| |||||| ||||||||| |||||||||| 
seq2  CCAGGGCTGAGGGATCAATGCAACTAAG-TTTGAAATACCATGTTCTTGA  99

seq1  AAGCAATTTAAAACTCATTAG-AAATAATAGG-CTAGGGCTAGTAGAAAA  141
      |||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AAGCAA-TTAAAACTCATTAGAAAATAATAGGCCTAGGGCTAGTAGAAAA  148

seq1  TGTGGTAAAATTTAATCCTCAT-CCAAATGTTACCTGGGCTGTACAAACA  190
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TGTGGTAAAATTTAATCCTCATCCCAAATGTTACCT-GGCTGTACAAACA  197

seq1  GG-AAATTGTTTTGTGCTACTGT-GGCTAACCTCAGTGCTGACCCTGAGC  238
      || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAATTGTTTTGTGCTACTGTGGGCTAACCTCAGTGCTGACCCTGAGC  247

seq1  TGTAACGGCAAGAGCAGCTGAGAGCTGAAGCAAAATTAAAAACTTACATC  288
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAACGGCAAGAGCAGCTGAGAGCTGAAGCAAAATTAAAAACTTACATC  297

seq1  AAAGTATATCATGACAGAATGTAGATAAATAAAACAGCATATCAAAAGTA  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTATATCATGACAGAATGTAGATAAATAAAACAGCATATCAAAAGTA  347

seq1  TTATTTTTCTGCCAGTCTCACAGAGCAGTGAAGAAGAGATAGTCTTCAAA  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTTCTGCCAGTCTCACAGAGCAGTGAAGAAGAGATAGTCTTCAAA  397

seq1  ATACGCAGTAAATCAGATGCATTAAGAAGTGAGCTTCTCTAGGTCCACCC  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACGCAGTAAATCAGATGCATTAAGAAGTGAGCTTCTCTAGGTCCACCC  447

seq1  CTCCCCTGACTCCAAGCACTGTCTAGGAGAGGGGAGCAAAGGGAAGCTCA  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCCTGACTCCAAGCACTGTCTAGGAGAGGGGAGCAAAGGGAAGCTCA  497

seq1  GTGGGGATGGGGACAGAGGGACTGTAGGATATGCTGGTCCTTTACGAGGC  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGGATGGGGACAGAGGGACTGTAGGATATGCTGGTCCTTTACGAGGC  547

seq1  CTTGTCCTTCACCTTGGATAACCCAAAGAAGAATTTCAAGCTCTGCTCAG  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTCCTTCACCTTGGATAACCCAAAGAAGAATTTCAAGCTCTGCTCAG  597

seq1  TCTCTACTGTTAACTCTTTCATCTTCCAGATTCCTAGATGGCAGCCCTCC  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTACTGTTAACTCTTTCATCTTCCAGATTCCTAGATGGCAGCCCTCC  647

seq1  AACGGGTTCCAACACAATCTCCCTCCAACGAGCATTCAAGACTCTCCAGA  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGGGTTCCAACACAATCTCCCTCCAACGAGCATTCAAGACTCTCCAGA  697

seq1  GGAAAAGCATGGTAAAAAAAGCATGCCAGGCCCCAGAAGGCTGGTGGAAG  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAAGCATGGTAAAAAAAGCATGCCAGGCCCCAGAAGGCTGGTGGAAG  747

seq1  CCAGGATGGGATCCACAGAGACAGGGAGAGTCTTCTATGAGGTCATGTGA  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGATGGGATCCACAGAGACAGGGAGAGTCTTCTATGAGGTCATGTGA  797

seq1  AATGCACGTGTTAAAGCCAGTAGTAACACAGTTGAAGGATAGTTTCCCAC  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCACGTGTTAAAGCCAGTAGTAACACAGTTGAAGGATAGTTTCCCAC  847

seq1  TTGTACTTTGGTTTCTCTCAAGCTTTGGGACAAAAATCACCAAAACACAA  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTACTTTGGTTTCTCTCAAGCTTTGGGACAAAAATCACCAAAACACAA  897

seq1  GAGCTTGTCATAAACGTCCTAATTCTTCTTAAGGAGCAGTAAAGGGATAT  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTTGTCATAAACGTCCTAATTCTTCTTAAGGAGCAGTAAAGGGATAT  947

seq1  GGAGAAGTTACCGCCTACAGTCACACTGACTTCCAATCCCACCAACCGCT  988
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAAGTTACCGCCTACAGTCACACTGACTTCCAATCCCACCAACCGCT  997

seq1  AGCTATCTAATACCTGGTAAGCTTCTTCGTGCCAACAACTTCAATGTCAA  1038
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTATCTAATACCTGGTAAGCTTCTTCGTGCCAACAACTTCAATGTCAA  1047

seq1  TTTCTGGTTACAGTAATCACAAATAGCTGGTCTGGCTAATTGGTCTAAGG  1088
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGGTTACAGTAATCACAAATAGCTGGTCTGGCTAATTGGTCTAAGG  1097

seq1  CCTTTCAGGACAGTATGAGTGAATTC  1114
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCAGGACAGTATGAGTGAATTC  1123