BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-271K19
Chromosome11 (Build37)
Map Location 11,673,741 - 11,775,152
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFignl1, Ddc
Upstream geneVwc2, Zpbp, LOC625132, EG432534, 4930415F15Rik, Ikzf1
Downstream geneGrb10, Cobl
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-271K19.bB6Ng01-271K19.g
ACCGA073694GA073695
length1,0721,079
definitionB6Ng01-271K19.b B6Ng01-271K19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(11,774,078 - 11,775,152)(11,673,741 - 11,674,840)
sequence
gaattctcagcagccatcagggcccagctgagctgactgctttaccacat
ggcacctgattttcttccagctgggatactgaggggctgggctagtggga
gtcacagctcatgggaagagctgagatggccttcttgctgaactgttgcc
attgctcttaggtcaggcacttggggccttcttctatagaccaagcctag
gatgagtgtatccttttctttcattaaatgttgttgtggcaggtttcatt
ggtgtcattctgctgctccaaaagccactgcatatatttgtctggagacc
caaaatcaacctctgacttatctgcttttctaggatggtcttggttgagg
aagagcctgacacagaggttgtgttgcttgatagctgtggttcataacat
ggaatgttggctcctatactgagaattagcattagcttggctgcagtagc
acccagcaggatggggataaccatctaaccagcagggggaaagtcctcag
ttcctcttgtcatcaatgtgtcataattccagaatgcacaagagcagcct
ggtcaccatgttgtgccccttaggtaaagacccaaaataaatggaggctc
aagtcacttttgcctggacctgagagtacccagctagctactttctgtgt
gcaatgagaggagagaagccagacaccaaatcactggggaattaaaagac
tacatgagatgagtggcttatctgatgttgcctagcagaagaaagtaggc
agtacctgttttcttggctccatcctgccctataaaatttgctcctggcc
atggaggagggtcttctagtagacctttttatattgttctgttatatgat
caagcacaccgagcacaagcaggcaggcatggtgccatcccccttacacc
aatctggatgaatgaaagaagctatatctgagactgagttcagcatttga
ggcccacctgagattgaaagagtttaaatttgggttttagccaggcattg
gccctaaactctcagaactgggctgctgtttcagcattagctcttaaaga
accatgctgttgtatgtggtgg

gaattcagatttctacaagcagaaaatgatgtggaagttctgtgactcct
tagttaaacttccttgccttccttctttgaacccattccaattctcaaga
aacaaagctttgggcactagggatatggctcagccggtagagtgctcatc
aatgcccagtgccctggggttcgatccccacacactgggtgtggtggcag
tacttgtaatccccgtattttgaggaagaggcgggagttgaaggtcttta
gctccacagggagctcaagggaagccttggattcctgacaccctgtttca
taaaaagaaagaaacaaaacgttggctgtttctgaaagttgccttttgcc
atggcttcaactaagacacagagctaggagcaaaagagatagaaaattga
gcaattagtgaaaggctcagaggaagttctcagatgaccaaagtgggaac
tccgtgttcctccatcattctggaaacttctggctctttctctgcaccag
tacccaaagcagcaaccaactggcacagcccccatatgcagaggtgaggt
caaatgttgctattgccacacagcatccacctcttgtgtcttttcccagg
ctactctctccacctgtcacatatacaacctcttgggaaacccaaaggga
ttcccatggcccctagaattacactgcttttagcagccccaaaccctttg
gcttttctattccactattaacctccaccctgagcaaacccactctagga
ttagcacacaagaagcccagcctccagttcatcaactacaaccctgctgg
gtatcagttgctctagactggtatcttagagctcctcaaacttctaccct
tatctaccctatgtcagtgcagcttccagaagtcacttactgaatattct
ggatggaagtatcatgggacacccgccgccccagccctgaaggtgtgtgc
gtggcagcctcagtactggaagcaatcatcagtcagttcactggaggaac
agtagatcgactcttctgagcctggctcacagttgtctgcataaggaaca
gtgctctccccaatggtctgaacgcttag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_11774078_11775152
seq2: B6Ng01-271K19.b_44_1115 (reverse)

seq1  CCACCACATAC-ACAGCCATGGTTCTTTAAGAGCTAATGCTGAAACAGCA  49
      ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCACATACAACAG-CATGGTTCTTTAAGAGCTAATGCTGAAACAGCA  49

seq1  GCCCAGTTCCTGAGGAGTTTAGGGCCAATGCCTGGCTAAAACCCAAATTT  99
      |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAGTT-CTGA-GAGTTTAGGGCCAATGCCTGGCTAAAACCCAAATTT  97

seq1  AAACTCTTTCAATCTCAGGTGGGCCTCAAATGCCTGAACTCAGTCTCAGA  149
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AAACTCTTTCAATCTCAGGTGGGCCTCAAATG-CTGAACTCAGTCTCAGA  146

seq1  TATAGCTTCTTTCATTCATCCAGATTGGTGTAAGGGGGATGGCACCATGC  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGCTTCTTTCATTCATCCAGATTGGTGTAAGGGGGATGGCACCATGC  196

seq1  CTGCCTGCTTGTGCTCGGTGTGCTTGATCATATAACAGAACAATATAAAA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTGCTTGTGCTCGGTGTGCTTGATCATATAACAGAACAATATAAAA  246

seq1  AGGTCTACTAGAAGACCCTCCTCCATGGCCAGGAGCAAATTTTATAGGGC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCTACTAGAAGACCCTCCTCCATGGCCAGGAGCAAATTTTATAGGGC  296

seq1  AGGATGGAGCCAAGAAAACAGGTACTGCCTACTTTCTTCTGCTAGGCAAC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGGAGCCAAGAAAACAGGTACTGCCTACTTTCTTCTGCTAGGCAAC  346

seq1  ATCAGATAAGCCACTCATCTCATGTAGTCTTTTAATTCCCCAGTGATTTG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGATAAGCCACTCATCTCATGTAGTCTTTTAATTCCCCAGTGATTTG  396

seq1  GTGTCTGGCTTCTCTCCTCTCATTGCACACAGAAAGTAGCTAGCTGGGTA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTGGCTTCTCTCCTCTCATTGCACACAGAAAGTAGCTAGCTGGGTA  446

seq1  CTCTCAGGTCCAGGCAAAAGTGACTTGAGCCTCCATTTATTTTGGGTCTT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCAGGTCCAGGCAAAAGTGACTTGAGCCTCCATTTATTTTGGGTCTT  496

seq1  TACCTAAGGGGCACAACATGGTGACCAGGCTGCTCTTGTGCATTCTGGAA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTAAGGGGCACAACATGGTGACCAGGCTGCTCTTGTGCATTCTGGAA  546

seq1  TTATGACACATTGATGACAAGAGGAACTGAGGACTTTCCCCCTGCTGGTT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGACACATTGATGACAAGAGGAACTGAGGACTTTCCCCCTGCTGGTT  596

seq1  AGATGGTTATCCCCATCCTGCTGGGTGCTACTGCAGCCAAGCTAATGCTA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGTTATCCCCATCCTGCTGGGTGCTACTGCAGCCAAGCTAATGCTA  646

seq1  ATTCTCAGTATAGGAGCCAACATTCCATGTTATGAACCACAGCTATCAAG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTCAGTATAGGAGCCAACATTCCATGTTATGAACCACAGCTATCAAG  696

seq1  CAACACAACCTCTGTGTCAGGCTCTTCCTCAACCAAGACCATCCTAGAAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACACAACCTCTGTGTCAGGCTCTTCCTCAACCAAGACCATCCTAGAAA  746

seq1  AGCAGATAAGTCAGAGGTTGATTTTGGGTCTCCAGACAAATATATGCAGT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGATAAGTCAGAGGTTGATTTTGGGTCTCCAGACAAATATATGCAGT  796

seq1  GGCTTTTGGAGCAGCAGAATGACACCAATGAAACCTGCCACAACAACATT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTTTGGAGCAGCAGAATGACACCAATGAAACCTGCCACAACAACATT  846

seq1  TAATGAAAGAAAAGGATACACTCATCCTAGGCTTGGTCTATAGAAGAAGG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGAAAGAAAAGGATACACTCATCCTAGGCTTGGTCTATAGAAGAAGG  896

seq1  CCCCAAGTGCCTGACCTAAGAGCAATGGCAACAGTTCAGCAAGAAGGCCA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAAGTGCCTGACCTAAGAGCAATGGCAACAGTTCAGCAAGAAGGCCA  946

seq1  TCTCAGCTCTTCCCATGAGCTGTGACTCCCACTAGCCCAGCCCCTCAGTA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGCTCTTCCCATGAGCTGTGACTCCCACTAGCCCAGCCCCTCAGTA  996

seq1  TCCCAGCTGGAAGAAAATCAGGTGCCATGTGGTAAAGCAGTCAGCTCAGC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGCTGGAAGAAAATCAGGTGCCATGTGGTAAAGCAGTCAGCTCAGC  1046

seq1  TGGGCCCTGATGGCTGCTGAGAATTC  1075
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCCCTGATGGCTGCTGAGAATTC  1072


seq1: chr11_11673741_11674840
seq2: B6Ng01-271K19.g_64_1142

seq1  GAATTCAGATTTCTACAAGCAGAAAATGATGTGGAAGTTCTGTGACTCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGATTTCTACAAGCAGAAAATGATGTGGAAGTTCTGTGACTCCT  50

seq1  TAGTTAAACTTCCTTGCCTTCCTTCTTTGAACCCATTCCAATTCTCAAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTAAACTTCCTTGCCTTCCTTCTTTGAACCCATTCCAATTCTCAAGA  100

seq1  AACAAAGCTTTGGGCACTAGGGATATGGCTCAGCCGGTAGAGTGCTCATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAGCTTTGGGCACTAGGGATATGGCTCAGCCGGTAGAGTGCTCATC  150

seq1  AATGCCCAGTGCCCTGGGGTTCGATCCCCACACACTGGGTGTGGTGGCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCCCAGTGCCCTGGGGTTCGATCCCCACACACTGGGTGTGGTGGCAG  200

seq1  TACTTGTAATCCCCGTATTTTGAGGAAGAGGCGGGAGTTGAAGGTCTTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTGTAATCCCCGTATTTTGAGGAAGAGGCGGGAGTTGAAGGTCTTTA  250

seq1  GCTCCACAGGGAGCTCAAGGGAAGCCTTGGATTCCTGACACCCTGTTTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCACAGGGAGCTCAAGGGAAGCCTTGGATTCCTGACACCCTGTTTCA  300

seq1  TAAAAAGAAAGAAACAAAACGTTGGCTGTTTCTGAAAGTTGCCTTTTGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAGAAAGAAACAAAACGTTGGCTGTTTCTGAAAGTTGCCTTTTGCC  350

seq1  ATGGCTTCAACTAAGACACAGAGCTAGGAGCAAAAGAGATAGAAAATTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTTCAACTAAGACACAGAGCTAGGAGCAAAAGAGATAGAAAATTGA  400

seq1  GCAATTAGTGAAAGGCTCAGAGGAAGTTCTCAGATGACCAAAGTGGGAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATTAGTGAAAGGCTCAGAGGAAGTTCTCAGATGACCAAAGTGGGAAC  450

seq1  TCCGTGTTCCTCCATCATTCTGGAAACTTCTGGCTCTTTCTCTGCACCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGTGTTCCTCCATCATTCTGGAAACTTCTGGCTCTTTCTCTGCACCAG  500

seq1  TACCCAAAGCAGCAACCAACTGGCACAGCCCCCATATGCAGAGGTGAGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCAAAGCAGCAACCAACTGGCACAGCCCCCATATGCAGAGGTGAGGT  550

seq1  CAAATGTTGCTATTGCCACACAGCATCCACCTCTTGTGTCTTTTCCCAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGTTGCTATTGCCACACAGCATCCACCTCTTGTGTCTTTTCCCAGG  600

seq1  CTACTCTCTCCACCTGTCACATATACAACCTCTTGGGAAACCCAAAGGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTCTCTCCACCTGTCACATATACAACCTCTTGGGAAACCCAAAGGGA  650

seq1  TTCCCATGGCCCCTAGAATTACACTGCTTTTAGCAGCCCCAAACCCTTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCATGGCCCCTAGAATTACACTGCTTTTAGCAGCCCCAAACCCTTTG  700

seq1  GCTTTTCTATTCCACTATTAACCTCCACCCTGAGCAAACCCACTCTAGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTTCTATTCCACTATTAACCTCCACCCTGAGCAAACCCACTCTAGGA  750

seq1  TTAGCACACAAGAAGCCCAGCCTCCAGTTCATCAACTACAACCCTGCTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCACACAAGAAGCCCAGCCTCCAGTTCATCAACTACAACCCTGCTGG  800

seq1  GTATCAGTTGCTCTAGAACTGGTATCTTAGAAGCCTCTCAAAC-TCTACC  849
      |||||||||||||||| ||||||||||||| |||  ||||||| ||||||
seq2  GTATCAGTTGCTCTAG-ACTGGTATCTTAG-AGCTCCTCAAACTTCTACC  848

seq1  C-TATCTTACCCCTATTGTTCAGTTGCAGCTTCCAGAGGTCACTTACTGA  898
      | |||||   ||||||   |||| ||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CTTATCT--ACCCTAT--GTCAG-TGCAGCTTCCAGAAGTCACTTACTGA  893

seq1  ATATTCTGGAGTGGAAAGTATTCATGGGACAACCCGCGGCCCCAGCCCTG  948
      |||||||||| ||| ||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||
seq2  ATATTCTGGA-TGG-AAGTA-TCATGGGAC-ACCCGCCGCCCCAGCCCTG  939

seq1  -AGGTGTGTGCGTGGCCAGCCCTCCAGTACCTGAAGCAAATCATCAGTCA  997
       |||||||||||||| |||||   ||||||  ||||| ||||||||||||
seq2  AAGGTGTGTGCGTGG-CAGCC--TCAGTACTGGAAGC-AATCATCAGTCA  985

seq1  GTTCACT-GAGGACCAGTTAGATCCGGGACTCTCCTGAGCCTGGGCTCAC  1046
      ||||||| ||||| ||| ||||||   |||||| |||||||| |||||||
seq2  GTTCACTGGAGGAACAG-TAGATC---GACTCTTCTGAGCCT-GGCTCAC  1030

seq1  AGTTGTCTGCATAGAGGAACAGTG-TCTTCCCACAAATGGTCTGAAACAG  1095
      ||||||||||||| |||||||||| ||| |||   |||||||||||   |
seq2  AGTTGTCTGCATA-AGGAACAGTGCTCTCCCC---AATGGTCTGAA--CG  1074

seq1  CTTAG  1100
      |||||
seq2  CTTAG  1079


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |