BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-272E12
Chromosome11 (Build37)
Map Location 106,421,830 - 106,620,538
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTex2, Pecam1, Gm885
Upstream geneEG666807, Tanc2, LOC667737, Cyb561, Ace, EG217246, Kcnh6, Wdr68, Ccdc44, Map3k3, Limd2, 2610019A05Rik, 2610204L23Rik, Ddx42, Ftsj3, Psmc5, Smarcd2, Tcam1, Gh, Cd79b, Scn4a, 2310007L24Rik, Icam2, Ern1, LOC100041277
Downstream genePolg2, Ddx5, Ccdc45, Smurf2, LOC666873, Kpna2, 1810010H24Rik, Bptf, LOC100042899, Nol11, LOC671692, Pitpnc1, Psmd12, A830035A12Rik, Helz, Cacng1, Cacng4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-272E12.bB6Ng01-272E12.g
ACCGA074147GA074148
length1,1351,171
definitionB6Ng01-272E12.b B6Ng01-272E12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(106,421,830 - 106,422,939)(106,619,388 - 106,620,538)
sequence
gaattcttgtgctccagtcagtatggctgatgaccagtcgggctaggagc
taatggtggcatattgtggtcctacacagtcacagtcactttgacaatag
ctaccacttggctgcagattggcccttttggattagtgaccccaagctca
ctgtcacagcaccatggtctctgtgtgactaaacatgctaatttattgtg
tacgtgtgtatacgtgcatgtgaagaaccaggtgcacacatggaagtcag
aagacaacttgcaggggctggttctcccactctgccatgtggactccaag
ctgtcaggcttggcagcgcatgatcttacatgctcaccagctcattggcc
cttcagcaccttgcttgaatacaaatgtcaatggtgtatatgtgactcaa
aatttacccagagaaggcacagagcgtctttttgtctccttctcacagag
aaaccagagagaagggatacttcttccttaaattgctcacagggccgata
atggagctacaccctgtcctacgaaggctctgggcatttcctaagtcact
tccttctgtcagtgacaacctccatgaccccggaggagctgaaaaacatc
tgttttagtccaatagtctgttaagtttttgttgagactgagtttcccaa
ggtagcccaagctggccttgaacttgtgtcctcacgcctcaggcaggcaa
gtgctaaaacagttgaaggcaactcagctccagttcagctggttcatggt
tcacaggtggaagtggcttataggtgcgtccaacccatagccccgagggc
gtgtgtcccaggatagctgtgagtggggctcaaacccatttgtagatgac
aaaatccttttgcaatgtcaagaagttgcccgtccctgtctgttagagat
cttaaatgtttgctgccaggtaccatgacctatgggagggctgggggagt
gtcttaagtttttcataccttgtgcttcagatttatatactcatcttctt
acagaagccagtttagtattcacatatacacagaaaacaacaaattcagc
tcatttccatagttcaaattcaaactaattcaaaagtaagaatattttct
acctcaccaagacacaggtttcacagaatgtctta
gaattcagttgcacaagtaccttgacttcctctgaaaagcagaagtggcc
ttgctaaattggtgcaaaggaactgcggaacaggaaatataggactctgg
tctcctgccaagtcctactctttttctacaatttgtttatttacagagtt
atttagtttgctttatttacttgtttatttatctatttattttagttttt
tgaaacagggtctctttgtatagacttggctgtcctgaaactccatggac
caggctggccttaaactcacagagatccacctgcctctgcctcccaagtg
ctgtcttagaattattttattgtatgcgtttgacacatttatgggtttaa
ataaatttttgatagcagtcattcttaagaataaacaatctggggctgga
gagatggctcagcagttaagaacactgactgctcttccagaggtcctgag
ttcaattcccagcaaccacatggtggctcacaaccatctgtaatgggatc
tgatgccctcttctggtgtgtctgaagacagcgacagtgtactcatataa
ataaataaataaataaaccttttaaaaaagagagaaagagagactaaaca
cactggccaggtggtggtggggaacgcctttgatcccaactcttgggaag
caggtgcatctctgagttcaaatcggtctgcacgtgtgagccacgtgcat
gtgtattcaccatggtgcccatggaggccagaagaaggctttgatttccc
tgggcctggagtcaaagatggcggtgatccactatgtgggtgccaggaat
taaacctggatcctctagaagatgagtaggtattcttatccatctctcca
gctcccctactctggtttttgtttgtttgtttgtcttgttttttaagaac
ccaacaatatatgttatgtggttttattaacaaaaatagtacacagaaga
aggatagcccatcttgtcatggttaccccacaatggttacttgggaaaat
aagagctaggagaatcaggagtcagggttaatcctttgctacaatggtgt
gagtaataggagtcagtcttaggctacctggagaaggcttactttctaag
ggggaggaaaaaaaaaaaaggaatgtgcaaggtcacatgctagctaatat
gcagaacattactgcacagcg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_106421830_106422939
seq2: B6Ng01-272E12.b_45_1179

seq1  GAATTCTTGTGCTCCAGTCAGTATGGCTGATGACCAGTCGGGCTAGGAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGTGCTCCAGTCAGTATGGCTGATGACCAGTCGGGCTAGGAGC  50

seq1  TAATGGTGGCATATTGTGGTCCTACACAGTCACAGTCACTTTGACAATAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGGTGGCATATTGTGGTCCTACACAGTCACAGTCACTTTGACAATAG  100

seq1  CTACCACTTGGCTGCAGATTGGCCCTTTTGGATTAGTGACCCCAAGCTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCACTTGGCTGCAGATTGGCCCTTTTGGATTAGTGACCCCAAGCTCA  150

seq1  CTGTCACAGCACCATGGTCTCTGTGTGACTAAACATGCTAATTTATTGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCACAGCACCATGGTCTCTGTGTGACTAAACATGCTAATTTATTGTG  200

seq1  TACGTGTGTATACGTGCATGTGAAGAACCAGGTGCACACATGGAAGTCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGTGTGTATACGTGCATGTGAAGAACCAGGTGCACACATGGAAGTCAG  250

seq1  AAGACAACTTGCAGGGGCTGGTTCTCCCACTCTGCCATGTGGACTCCAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACAACTTGCAGGGGCTGGTTCTCCCACTCTGCCATGTGGACTCCAAG  300

seq1  CTGTCAGGCTTGGCAGCGCATGATCTTACATGCTCACCAGCTCATTGGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCAGGCTTGGCAGCGCATGATCTTACATGCTCACCAGCTCATTGGCC  350

seq1  CTTCAGCACCTTGCTTGAATACAAATGTCAATGGTGTATATGTGACTCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGCACCTTGCTTGAATACAAATGTCAATGGTGTATATGTGACTCAA  400

seq1  AATTTACCCAGAGAAGGCACAGAGCGTCTTTTTGTCTCCTTCTCACAGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTACCCAGAGAAGGCACAGAGCGTCTTTTTGTCTCCTTCTCACAGAG  450

seq1  AAACCAGAGAGAAGGGATACTTCTTCCTTAAATTGCTCACAGGGCCGATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCAGAGAGAAGGGATACTTCTTCCTTAAATTGCTCACAGGGCCGATA  500

seq1  ATGGAGCTACACCCTGTCCTACGAAGGCTCTGGGCATTTCCTAAGTCACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGCTACACCCTGTCCTACGAAGGCTCTGGGCATTTCCTAAGTCACT  550

seq1  TCCTTCTGTCAGTGACAACCTCCATGACCCCGGAGGAGCTGAAAAACATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCTGTCAGTGACAACCTCCATGACCCCGGAGGAGCTGAAAAACATC  600

seq1  TGTTTTAGTCCAATAGTCTGTTAAGTTTTTGTTGAGACTGAGTTTCCCAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTAGTCCAATAGTCTGTTAAGTTTTTGTTGAGACTGAGTTTCCCAA  650

seq1  GGTAGCCCAAGCTGGCCTTGAACTTGTGTCCTCACGCCTCAGGCAGGCAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGCCCAAGCTGGCCTTGAACTTGTGTCCTCACGCCTCAGGCAGGCAA  700

seq1  GTGCTAAAACAGTTGAAGGCAACTCAGCTCCAGTTCAGCTGGTTCATGGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTAAAACAGTTGAAGGCAACTCAGCTCCAGTTCAGCTGGTTCATGGT  750

seq1  TCACAGGTGGAAGTGGCTTATAGGTGCGTCCAACCCATAGCCCCGAGGGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGGTGGAAGTGGCTTATAGGTGCGTCCAACCCATAGCCCCGAGGGC  800

seq1  GTGTGTCCCAGGATAGCTGTGAGTGGGGCTCAAACCCATTTGTAGATGAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTCCCAGGATAGCTGTGAGTGGGGCTCAAACCCATTTGTAGATGAC  850

seq1  AAAATCCTTTTGCAATGTCAAGAAGTTGCCCGTCCCTGTCTG-TAGAGAT  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AAAATCCTTTTGCAATGTCAAGAAGTTGCCCGTCCCTGTCTGTTAGAGAT  900

seq1  CTT-AATG-TTGCTGCCAGGTACCATGACCTATGGGA-GGCT-GGGGAGT  945
      ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||
seq2  CTTAAATGTTTGCTGCCAGGTACCATGACCTATGGGAGGGCTGGGGGAGT  950

seq1  GTCTTAAG-TTTTCATA-CTTGTGCTCAAGATTTATATACTCATCTTC-T  992
      |||||||| |||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||| |
seq2  GTCTTAAGTTTTTCATACCTTGTGCTTCAGATTTATATACTCATCTTCTT  1000

seq1  ACAGAAGCCAG-TTAGTAT---CACATACACAGAAAAC-ACAAA-TCAGC  1036
      ||||||||||| |||||||   || ||||||||||||| ||||| |||||
seq2  ACAGAAGCCAGTTTAGTATTCACATATACACAGAAAACAACAAATTCAGC  1050

seq1  TCATT--CATAGTTCAAA-TCAAACT-ATTCAAAAGTA--GATA-TTTCT  1079
      |||||  ||||||||||| ||||||| |||||||||||   ||| |||||
seq2  TCATTTCCATAGTTCAAATTCAAACTAATTCAAAAGTAAGAATATTTTCT  1100

seq1  A-CTCACC-AGACACAGG-TTCACAG-ATGTCTTA  1110
      | |||||| ||||||||| ||||||| ||||||||
seq2  ACCTCACCAAGACACAGGTTTCACAGAATGTCTTA  1135

seq1: chr11_106619388_106620538
seq2: B6Ng01-272E12.g_66_1236 (reverse)

seq1  CGCTGTGCAGT--TAGTCTGC-TATTTGCTAGCTCTGTGACCTTG-GCAT  46
      |||||||||||  |  ||||| |||| ||||||  ||||||||||  |||
seq2  CGCTGTGCAGTAATGTTCTGCATATTAGCTAGC-ATGTGACCTTGCACAT  49

seq1  TCC-TTTTTTTTTTTCTTCCCCCTTTGGAAGT-AGCC-TCT-CAAGTAGC  92
      ||| |||||||||||| |||||||| | |||| |||| ||| || |||||
seq2  TCCTTTTTTTTTTTTCCTCCCCCTTAGAAAGTAAGCCTTCTCCAGGTAGC  99

seq1  CT-AGGCTGGCT-CTA-TACTCACAC--ATGTAGCCAAGGA-TAACCCTG  136
      || || ||| || ||| |||||||||   |||||| ||||| ||||||||
seq2  CTAAGACTGACTCCTATTACTCACACCATTGTAGCAAAGGATTAACCCTG  149

seq1  ACTCCTGATTCTCCTAGCTC-TATTTT-CCAAGTTACCA-TGT-GGGTAA  182
      |||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||| ||| ||||||
seq2  ACTCCTGATTCTCCTAGCTCTTATTTTCCCAAGTAACCATTGTGGGGTAA  199

seq1  -CATGAC-AGAT-GGCTATCCTTTCTTCTGTGTACTATTTTTGTTAAT-A  228
       |||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CCATGACAAGATGGGCTATCC-TTCTTCTGTGTACTATTTTTGTTAATAA  248

seq1  AACCACATAACATATATTGTTGGGTTCTTAAAAAACAAGACAAACAAACA  278
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCACATAACATATATTGTTGGGTTCTTAAAAAACAAGACAAACAAACA  298

seq1  AACAAAAACCAGAGTAGGGGAGCTGGAGAGATGGATAAGAATACCTACTC  328
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAAACCAGAGTAGGGGAGCTGGAGAGATGGATAAGAATACCTACTC  348

seq1  ATCTTCTAGAGGATCCAGGTTTAATTCCTGGCACCCACATAGTGGATCAC  378
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTCTAGAGGATCCAGGTTTAATTCCTGGCACCCACATAGTGGATCAC  398

seq1  CGCCATCTTTGACTCCAGGCCCAGGGAAATCAAAGCCTTCTTCTGGCCTC  428
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCCATCTTTGACTCCAGGCCCAGGGAAATCAAAGCCTTCTTCTGGCCTC  448

seq1  CATGGGCACCATGGTGAATACACATGCACGTGGCTCACACGTGCAGACCG  478
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGGCACCATGGTGAATACACATGCACGTGGCTCACACGTGCAGACCG  498

seq1  ATTTGAACTCAGAGATGCACCTGCTTCCCAAGAGTTGGGATCAAAGGCGT  528
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGAACTCAGAGATGCACCTGCTTCCCAAGAGTTGGGATCAAAGGCGT  548

seq1  TCCCCACCACCACCTGGCCAGTGTGTTTAGTCTCTCTTTCTCTCTTTTTT  578
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCACCACCACCTGGCCAGTGTGTTTAGTCTCTCTTTCTCTCTTTTTT  598

seq1  AAAAGGTTTATTTATTTATTTATTTATATGAGTACACTGTCGCTGTCTTC  628
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGGTTTATTTATTTATTTATTTATATGAGTACACTGTCGCTGTCTTC  648

seq1  AGACACACCAGAAGAGGGCATCAGATCCCATTACAGATGGTTGTGAGCCA  678
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACACCAGAAGAGGGCATCAGATCCCATTACAGATGGTTGTGAGCCA  698

seq1  CCATGTGGTTGCTGGGAATTGAACTCAGGACCTCTGGAAGAGCAGTCAGT  728
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGTGGTTGCTGGGAATTGAACTCAGGACCTCTGGAAGAGCAGTCAGT  748

seq1  GTTCTTAACTGCTGAGCCATCTCTCCAGCCCCAGATTGTTTATTCTTAAG  778
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTAACTGCTGAGCCATCTCTCCAGCCCCAGATTGTTTATTCTTAAG  798

seq1  AATGACTGCTATCAAAAATTTATTTAAACCCATAAATGTGTCAAACGCAT  828
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGACTGCTATCAAAAATTTATTTAAACCCATAAATGTGTCAAACGCAT  848

seq1  ACAATAAAATAATTCTAAGACAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGTGGATC  878
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATAAAATAATTCTAAGACAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGTGGATC  898

seq1  TCTGTGAGTTTAAGGCCAGCCTGGTCCATGGAGTTTCAGGACAGCCAAGT  928
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGAGTTTAAGGCCAGCCTGGTCCATGGAGTTTCAGGACAGCCAAGT  948

seq1  CTATACAAAGAGACCCTGTTTCAAAAAACTAAAATAAATAGATAAATAAA  978
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATACAAAGAGACCCTGTTTCAAAAAACTAAAATAAATAGATAAATAAA  998

seq1  CAAGTAAATAAAGCAAACTAAATAACTCTGTAAATAAACAAATTGTAGAA  1028
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTAAATAAAGCAAACTAAATAACTCTGTAAATAAACAAATTGTAGAA  1048

seq1  AAAGAGTAGGACTTGGCAGGAGACCAGAGTCCTATATTTCCTGTTCCGCA  1078
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGTAGGACTTGGCAGGAGACCAGAGTCCTATATTTCCTGTTCCGCA  1098

seq1  GTTCCTTTGCACCAATTTAGCAAGGCCACTTCTGCTTTTCAGAGGAAGTC  1128
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTTTGCACCAATTTAGCAAGGCCACTTCTGCTTTTCAGAGGAAGTC  1148

seq1  AAGGTACTTGTGCAACTGAATTC  1151
      |||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTACTTGTGCAACTGAATTC  1171