BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-278F19
Chromosome11 (Build37)
Map Location 24,633,466 - 24,820,159
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042282
Upstream geneRel, Papolg, A830031A19Rik, LOC100042256, Bcl11a
Downstream gene5730522E02Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-278F19.bB6Ng01-278F19.g
ACCGA078627GA078628
length1,175701
definitionB6Ng01-278F19.b B6Ng01-278F19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(24,818,990 - 24,820,159)(24,633,466 - 24,634,166)
sequence
gaattccctctcatgaactctgggacagagatgtagttgcatacaacaca
gtctttcttcaacaacaacaagtccttggatgaactttgttttgccagga
gtacttaagaaagtcaggagccagggaaaatggaagctgccacagtaaac
atactaaagagtaaaacaaacccagtttaaggaagtaaaagataatatga
ggcatcagatagtacactctaagaaaaaggaattaatataagttcagcat
tgagaataaaacctttgcatggagattaggtgaagaagaccataaacata
catggcttaaaagcaacagtgcaaaagcaatgattgctgagaaggagagc
acacatgtcctcttaggtttagcagagtccaagccacctctacagaaaaa
gaaagaagagactctattcaaatagaggagtattaaatagccatttgaat
gcaggggcaaaaaaagccattctacatcatatttttacttttattttaat
taaaaagaatgcattaactctctgctcatcacttgcaggctgaattggtt
tgatccagagaggcagttatgcataagagcaaccactctctattgaatta
ggagatctctcatgcaacacatctcaccaattacaaggtagggatgcaat
tctatgatttatcatacattatactgttaagtaatattgcattatagata
caatttgtacctatctctccgcagattagagaggtggcacgtgaagaggg
gatcattaaacacagagcaagggcaagggccaagctcttctctttaacaa
gctgctccaagtacctcctctctaatccatggagagaggaataaattgct
ccagtagcttattctatatcatgccctttgaggtttgggggttttagtta
aacaaaaagatacagggaaaacatcgtttctctgtagccatagctatcct
atccccaagcctgatagatggtatgaaagaagtgatttggatttatagga
ggatcttctgcttgcaaagaggtttgagaataaagatgtggagtggatgt
gggcagtgcaacgaaggatggaaatccacagaagaagaaggcaaagtatt
cacaatcctgcacagccagaattgccatgtccgacatctggttttaatgg
aagctggactactgatcctgactcc
gaattccactgctatgaaagaaaaggggtggccactatagtaagatggaa
ataatggtccccttattaaggtttatttacaacaaaggagaaggaaagat
aaatggtgtagaaaatagactcttcacaactgtgatttggattaaatcct
tgatacgccttgggaggccatttcaaatatttactttattagaaataaga
caactacaatgtcacatgtgacttactatttagaaaatgtcttgggatga
attgacctgagtcagggatctttaatattggcaataatttactcatttgt
tctttggtgactgtaaattttccccgaaagttgaaatagtcattttctga
ggaatgtgaggctctctctgtccattgtgttaccagggctccatgtgtcc
cttctgttctccctcaggaatgcacagtcaaggcaatggcctttagagac
ctggccttccacgggccccttctacaggcttcagaaagaggaaacagggc
tctagcttcactgttgattgcagttggggcctgagtggtgtttggaagat
aggaaccattgattttagtaaaaggttttcacttccattaaaagtgaaat
tagcacatatctctacctgtgcaaagtcagtgactgcttcagggtctcac
agggatcttggtcacaagccagcaagctctcttctaacgggggggggggg
g
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_24818990_24820159
seq2: B6Ng01-278F19.b_43_1217 (reverse)

seq1  GGAGTCAGATTCCAGTAGTCCAGCTTCATTTAAAACCAGATGT-TGACAT  49
      ||||||||  | |||||||||||||||  ||||||||||||||  |||||
seq2  GGAGTCAGGAT-CAGTAGTCCAGCTTCCATTAAAACCAGATGTCGGACAT  49

seq1  G--CATTCTGCTTGTGCAGGATGTGGATTTCTTTG-CTTCTTCTTCTGT-  95
      |   ||||||  ||||||||||   || | ||||| ||||||||||||| 
seq2  GGCAATTCTGGCTGTGCAGGATTGTGAATACTTTGCCTTCTTCTTCTGTG  99

seq1  GATTTTCATCCTTCTTTGCACTGCCCACATCCACTCCACATCTTTA-TCT  144
      ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GATTTCCATCCTTCGTTGCACTGCCCACATCCACTCCACATCTTTATTCT  149

seq1  C-AACCTCTTTGCAAGCAGAGGATCTTCCTAATAAATCCAAAATCACTTC  193
      | |||||||||||||||||| |||| |||| |||||||| ||||||||||
seq2  CAAACCTCTTTGCAAGCAGAAGATCCTCCT-ATAAATCC-AAATCACTTC  197

seq1  TTTCATACCATCTTATCAGGCTTGGGGATAGGATAGCTATGGCTACAGAG  243
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATACCATC-TATCAGGCTTGGGGATAGGATAGCTATGGCTACAGAG  246

seq1  AAACGATGTTTT-CCTGTATCTTTTTGTTTAACTAAAACCCCC-AACCTC  291
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AAACGATGTTTTCCCTGTATCTTTTTGTTTAACTAAAACCCCCAAACCTC  296

seq1  AAAGGGCATGATATAGAATAAGCTACTGGAGCAATTTATTCCTCTCTCCA  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGCATGATATAGAATAAGCTACTGGAGCAATTTATTCCTCTCTCCA  346

seq1  TGGATTAGAGAGGAGGTACTTGGAGCAGCTTGTTAAAGAGAAGAGCTTGG  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATTAGAGAGGAGGTACTTGGAGCAGCTTGTTAAAGAGAAGAGCTTGG  396

seq1  CCCTTGCCCTTGCTCTGTGTTTAATGATCCCCTCTTCACGTGCCACCTCT  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTGCCCTTGCTCTGTGTTTAATGATCCCCTCTTCACGTGCCACCTCT  446

seq1  CTAATCTGCGGAGAGATAGGTACAAATTGTATCTATAATGCAATATTACT  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATCTGCGGAGAGATAGGTACAAATTGTATCTATAATGCAATATTACT  496

seq1  TAACAGTATAATGTATGATAAATCATAGAATTGCATCCCTACCTTGTAAT  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAGTATAATGTATGATAAATCATAGAATTGCATCCCTACCTTGTAAT  546

seq1  TGGTGAGATGTGTTGCATGAGAGATCTCCTAATTCAATAGAGAGTGGTTG  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGAGATGTGTTGCATGAGAGATCTCCTAATTCAATAGAGAGTGGTTG  596

seq1  CTCTTATGCATAACTGCCTCTCTGGATCAAACCAATTCAGCCTGCAAGTG  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTATGCATAACTGCCTCTCTGGATCAAACCAATTCAGCCTGCAAGTG  646

seq1  ATGAGCAGAGAGTTAATGCATTCTTTTTAATTAAAATAAAAGTAAAAATA  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGCAGAGAGTTAATGCATTCTTTTTAATTAAAATAAAAGTAAAAATA  696

seq1  TGATGTAGAATGGCTTTTTTTGCCCCTGCATTCAAATGGCTATTTAATAC  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTAGAATGGCTTTTTTTGCCCCTGCATTCAAATGGCTATTTAATAC  746

seq1  TCCTCTATTTGAATAGAGTCTCTTCTTTCTTTTTCTGTAGAGGTGGCTTG  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTATTTGAATAGAGTCTCTTCTTTCTTTTTCTGTAGAGGTGGCTTG  796

seq1  GACTCTGCTAAACCTAAGAGGACATGTGTGCTCTCCTTCTCAGCAATCAT  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTGCTAAACCTAAGAGGACATGTGTGCTCTCCTTCTCAGCAATCAT  846

seq1  TGCTTTTGCACTGTTGCTTTTAAGCCATGTATGTTTATGGTCTTCTTCAC  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTTGCACTGTTGCTTTTAAGCCATGTATGTTTATGGTCTTCTTCAC  896

seq1  CTAATCTCCATGCAAAGGTTTTATTCTCAATGCTGAACTTATATTAATTC  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATCTCCATGCAAAGGTTTTATTCTCAATGCTGAACTTATATTAATTC  946

seq1  CTTTTTCTTAGAGTGTACTATCTGATGCCTCATATTATCTTTTACTTCCT  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTCTTAGAGTGTACTATCTGATGCCTCATATTATCTTTTACTTCCT  996

seq1  TAAACTGGGTTTGTTTTACTCTTTAGTATGTTTACTGTGGCAGCTTCCAT  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACTGGGTTTGTTTTACTCTTTAGTATGTTTACTGTGGCAGCTTCCAT  1046

seq1  TTTCCCTGGCTCCTGACTTTCTTAAGTACTCCTGGCAAAACAAAGTTCAT  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCTGGCTCCTGACTTTCTTAAGTACTCCTGGCAAAACAAAGTTCAT  1096

seq1  CCAAGGACTTGTTGTTGTTGAAGAAAGACTGTGTTGTATGCAACTACATC  1141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGACTTGTTGTTGTTGAAGAAAGACTGTGTTGTATGCAACTACATC  1146

seq1  TCTGTCCCAGAGTTCATGAGAGGGAATTC  1170
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCCCAGAGTTCATGAGAGGGAATTC  1175

seq1: chr11_24633466_24634166
seq2: B6Ng01-278F19.g_67_767

seq1  GAATTCCACTGCTATGAAAGAAAAGGGGTGGCCACTATAGTAAGATGGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACTGCTATGAAAGAAAAGGGGTGGCCACTATAGTAAGATGGAA  50

seq1  ATAATGGTCCCCTTATTAAGGTTTATTTACAACAAAGGAGAAGGAAAGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGGTCCCCTTATTAAGGTTTATTTACAACAAAGGAGAAGGAAAGAT  100

seq1  AAATGGTGTAGAAAATAGACTCTTCACAACTGTGATTTGGATTAAATCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGGTGTAGAAAATAGACTCTTCACAACTGTGATTTGGATTAAATCCT  150

seq1  TGATACGCCTTGGGAGGCCATTTCAAATATTTACTTTATTAGAAATAAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATACGCCTTGGGAGGCCATTTCAAATATTTACTTTATTAGAAATAAGA  200

seq1  CAACTACAATGTCACATGTGACTTACTATTTAGAAAATGTCTTGGGATGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTACAATGTCACATGTGACTTACTATTTAGAAAATGTCTTGGGATGA  250

seq1  ATTGACCTGAGTCAGGGATCTTTAATATTGGCAATAATTTACTCATTTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGACCTGAGTCAGGGATCTTTAATATTGGCAATAATTTACTCATTTGT  300

seq1  TCTTTGGTGACTGTAAATTTTCCCCGAAAGTTGAAATAGTCATTTTCTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGGTGACTGTAAATTTTCCCCGAAAGTTGAAATAGTCATTTTCTGA  350

seq1  GGAATGTGAGGCTCTCTCTGTCCATTGTGTTACCAGGGCTCCATGTGTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGTGAGGCTCTCTCTGTCCATTGTGTTACCAGGGCTCCATGTGTCC  400

seq1  CTTCTGTTCTCCCTCAGGAATGCACAGTCAAGGCAATGGCCTTTAGAGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGTTCTCCCTCAGGAATGCACAGTCAAGGCAATGGCCTTTAGAGAC  450

seq1  CTGGCCTTCCACGGGCCCCTTCTACAGGCTTCAGAAAGAGGAAACAGGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCCTTCCACGGGCCCCTTCTACAGGCTTCAGAAAGAGGAAACAGGGC  500

seq1  TCTAGCTTCACTGTTGATTGCAGTTGGGGCCTGAGTGGTGTTTGGAAGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGCTTCACTGTTGATTGCAGTTGGGGCCTGAGTGGTGTTTGGAAGAT  550

seq1  AGGAACCATTGATTTTAGTAAAAGGTTTTCACTTCCATTAAAAGTGAAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAACCATTGATTTTAGTAAAAGGTTTTCACTTCCATTAAAAGTGAAAT  600

seq1  TAGCACATATCTCTACCTGTGCAAAGTCAGTGACTGCTTCAGGGTCTCAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCACATATCTCTACCTGTGCAAAGTCAGTGACTGCTTCAGGGTCTCAC  650

seq1  AGGGATCTTGGTCACAAGCCAGCAAGCTCTCTTCTAACGGGGGGGGGGGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGATCTTGGTCACAAGCCAGCAAGCTCTCTTCTAACGGGGGGGGGGGG  700

seq1  G  701
      |
seq2  G  701