BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-279K06
Chromosome11 (Build37)
Map Location 56,829,823 - 56,960,491
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGria1
Upstream geneNmur2, LOC100040816, LOC624168
Downstream geneLOC667878, 1810073G14Rik, Mfap3, Galnt10, Sap30l, Hand1, LOC624605, Larp1, LOC676527, LOC667947, Cnot8, Gemin5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-279K06.bB6Ng01-279K06.g
ACCGA079571GA079572
length1,0941,143
definitionB6Ng01-279K06.b B6Ng01-279K06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(56,829,823 - 56,830,920)(56,959,338 - 56,960,491)
sequence
gaattcagaattttctctgcctctgagatcatacacaggataatgctgat
atgagtttcaggaattacagtttaccagaaggctttggttaaatgcatca
tggccatgggtggtggtgtttgctgtcattcattaatctgtggctacaga
ctatgtggaactagatgctttggggggattatctattttagtcctttaca
gagctttgtagaaagctgctgtcatcctctttgagacaagagcatgaggt
ggggcagctatgtaaccttcacaaggtcagtagaggagttgagagtggtc
ttgtaaataccttcagccctcaaatctacatttctgttggctatgataaa
cagatagagccacctatccttaggacaccttgactactgtgcctgaagta
atagagggtgttctgatgaggcagtgacctgatacagcattgaaagtgac
aaacgcaaatatcatgctgcagatgtggccttgcatgagagtggtccaat
gggtgaaaaagtagctactctgcattctggtcaagccagggttgaggatc
ttgcctggtgtgttacttgctatagcagttgattgaccaagtacctgaca
ggagcagcctgatgtaggaagggattgtgttgactcacagtgggaggaca
cagttcatcctgatggggaagactcagggacaagagcctaaggctgcttg
ctcccccttgagcagatcaggacgcagagaagaggggatgatagggttct
attggctttccccttctcccttcttattcgggtgactaccctggtccatg
aatagtgcttcctgcattcacggtgagtctgacccactcagtgagtgccc
cccagacatccccacagggatgcctcactaaagccctaagtagcatgtaa
accagtcaacttgtcaaaatcaagaatcacactcactgcaggaaagaaaa
aaagctaacactgaatctctgggttgtggtctgtgaaaacatcatagcaa
gaaagtgagaacaagaacgagcaggtctttagtatgaatgacctctgttc
ctttcctgttgtttggaatggatctatgaagggaaaggtttaat
gaattcttcttcatccaagcactgttggctctgtcactgtctgtctaaca
gtcctggatcatcagccagcaccaacccatctgatccctacccagaagcc
attggagctccattctcaaggaaggcaagccccagagagggtgccagaag
cttgtcttccaaaaatgactgaggccatcagacttctccattctaagtgg
ctggcttcatataacaaaactactgaagtgcttaaataaattaggcacaa
cgatgagcccggaggcttctgatgggtctcacaattcacgcctcattctg
tctaatgacccataagtaccttggcttcgtgggaaaacacacacaggctg
catccgctcctccatccccaagttcacagcaaaagggcaaaccaatttat
gccaaactacatctcagactacagtcctgccagcttctaaaccctgccct
ggcccaaggtcttaactgatggcagtgtaagctgcacagacagacagaca
gacaatcatgcgacttttatgaggtcagcttcctgtaatacctccctctt
tagatggggaggaaacaggaactttgagaagatgctcagtggtttctctt
ataagaagctgaggagttttaattatttttggtggggggtgatcttctaa
tagttcctatgcatgccctggatcttgtggaaagaggtaaagactttact
gtggctgaatgtggtcctactgtaggtgataaatacctgccaaacccagt
gccatgttttgcacattttctctgttcgccttagtttcctggagtgcatc
atagcccatcttagcacagaataattggttggtcatcatcagaatgggca
ttgaagtagagcaggactcccagtggactcctggggaaggggaggccagg
cgaggtgtgtttgttttggtccgcagaaagcctcctaaggacaaggctgt
gctctctgcctgtctctctccagtcctgtcagcttgttgtcccctccctt
gccagcagtcatggacctccctcttagtctctgccactgcctgcttccaa
tctgtgtaacagtcgccactcaactgtaaatatcagtctgctcacagaat
gcaggaactccggtcagcatgcctcttctgctgagtgtacaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_56829823_56830920
seq2: B6Ng01-279K06.b_42_1135

seq1  GAATTCAGAATTTTCTCTGCCTCTGAGATCATACACAGGATAATGCTGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAATTTTCTCTGCCTCTGAGATCATACACAGGATAATGCTGAT  50

seq1  ATGAGTTTCAGGAATTACAGTTTACCAGAAGGCTTTGGTTAAATGCATCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGTTTCAGGAATTACAGTTTACCAGAAGGCTTTGGTTAAATGCATCA  100

seq1  TGGCCATGGGTGGTGGTGTTTGCTGTCATTCATTAATCTGTGGCTACAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCATGGGTGGTGGTGTTTGCTGTCATTCATTAATCTGTGGCTACAGA  150

seq1  CTATGTGGAACTAGATGCTTTGGGGGGATTATCTATTTTAGTCCTTTACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGTGGAACTAGATGCTTTGGGGGGATTATCTATTTTAGTCCTTTACA  200

seq1  GAGCTTTGTAGAAAGCTGCTGTCATCCTCTTTGAGACAAGAGCATGAGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTTTGTAGAAAGCTGCTGTCATCCTCTTTGAGACAAGAGCATGAGGT  250

seq1  GGGGCAGCTATGTAACCTTCACAAGGTCAGTAGAGGAGTTGAGAGTGGTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCAGCTATGTAACCTTCACAAGGTCAGTAGAGGAGTTGAGAGTGGTC  300

seq1  TTGTAAATACCTTCAGCCCTCAAATCTACATTTCTGTTGGCTATGATAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAAATACCTTCAGCCCTCAAATCTACATTTCTGTTGGCTATGATAAA  350

seq1  CAGATAGAGCCACCTATCCTTAGGACACCTTGACTACTGTGCCTGAAGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATAGAGCCACCTATCCTTAGGACACCTTGACTACTGTGCCTGAAGTA  400

seq1  ATAGAGGGTGTTCTGATGAGGCAGTGACCTGATACAGCATTGAAAGTGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAGGGTGTTCTGATGAGGCAGTGACCTGATACAGCATTGAAAGTGAC  450

seq1  AAACGCAAATATCATGCTGCAGATGTGGCCTTGCATGAGAGTGGTCCAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACGCAAATATCATGCTGCAGATGTGGCCTTGCATGAGAGTGGTCCAAT  500

seq1  GGGTGAAAAAGTAGCTACTCTGCATTCTGGTCAAGCCAGGGTTGAGGATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGAAAAAGTAGCTACTCTGCATTCTGGTCAAGCCAGGGTTGAGGATC  550

seq1  TTGCCTGGTGTGTTACTTGCTATAGCAGTTGATTGACCAAGTACCTGACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTGGTGTGTTACTTGCTATAGCAGTTGATTGACCAAGTACCTGACA  600

seq1  GGAGCAGCCTGATGTAGGAAGGGATTGTGTTGACTCACAGTGGGAGGACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCAGCCTGATGTAGGAAGGGATTGTGTTGACTCACAGTGGGAGGACA  650

seq1  CAGTTCATCCTGATGGGGAAGACTCAGGGACAAGAGCCTAAGGCTGCTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTCATCCTGATGGGGAAGACTCAGGGACAAGAGCCTAAGGCTGCTTG  700

seq1  CTCCCCCTTGAGCAGATCAGGACGCAGAGAAGAGGGGATGATAGGGTTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCCCTTGAGCAGATCAGGACGCAGAGAAGAGGGGATGATAGGGTTCT  750

seq1  ATTGGCTTTCCCCTTCTCCCTTCTTATTCGGGTGACTACCCTGGTCCATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGCTTTCCCCTTCTCCCTTCTTATTCGGGTGACTACCCTGGTCCATG  800

seq1  AATAGTGCTTCCTGCATTCACGGTGAGTCTGACCCACTCAGTGAGTGCCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGTGCTTCCTGCATTCACGGTGAGTCTGACCCACTCAGTGAGTGCCC  850

seq1  CCCAGACATCCCCACAGGGATGCCTCACTAAGGCCCTAAGTAGCATGTAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CCCAGACATCCCCACAGGGATGCCTCACTAAAGCCCTAAGTAGCATGTAA  900

seq1  ACCAGTCAACTTGTCAAAATCAAGAATCACACTCACTGCAAGGAAGAAAA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||
seq2  ACCAGTCAACTTGTCAAAATCAAGAATCACACTCACTGCAGGAAAGAAAA  950

seq1  AAAGCTAACACTGAATCTCTGGGTTGTGGGTCTGTGAAAACATCATAGCA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTAACACTGAATCTCTGGGTTGT-GGTCTGTGAAAACATCATAGCA  999

seq1  AGAAAGTGAGAACAAGACAGAGCAGGTCTTTAGTTATTGAATGACCTCTG  1050
      |||||||||||||||||  |||||||||||||||   |||||||||||||
seq2  AGAAAGTGAGAACAAGAACGAGCAGGTCTTTAGT--ATGAATGACCTCTG  1047

seq1  TTCCTTTTCCTGTGGTTTGGAATGGATCTATGAGGGGAAGGGTTTAAT  1098
      |||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
seq2  TTCC-TTTCCTGTTGTTTGGAATGGATCTATGAAGGGAAAGGTTTAAT  1094

seq1: chr11_56959338_56960491
seq2: B6Ng01-279K06.g_64_1206 (reverse)

seq1  TGTGTACCACTCAGGCAGAAAGAAGCATGCTGACCGGGAAAGTCCTGCA-  49
      |||||| |||||| |||| |||| |||||||||||||  |  ||||||| 
seq2  TGTGTA-CACTCA-GCAG-AAGAGGCATGCTGACCGG--AGTTCCTGCAT  45

seq1  TCTGTGAGCAGACTGATATTTACAAGGTTGAGTTGCCGAACCTGTTAACA  99
      ||||||||||||||||||||||||  |||||| || |||  ||||| |||
seq2  TCTGTGAGCAGACTGATATTTACA--GTTGAG-TGGCGA--CTGTT-ACA  89

seq1  CAGATTTGAAAGCAGCAGGTGGGCAGAGACT-AGAGGGAGGGCCATGACT  148
      |||| ||| ||||||   || |||||||||| ||||||||| ||||||||
seq2  CAGA-TTGGAAGCAGGCAGT-GGCAGAGACTAAGAGGGAGGTCCATGACT  137

seq1  GCTGGCAAAGGGGAGGGACAAC-AGCTGACAGGACTGGAGAGAGACAGGC  197
      |||||| |||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGC-AAGGGAGGGGACAACAAGCTGACAGGACTGGAGAGAGACAGGC  186

seq1  AGAGAGCACAGCCTTGTCCTTAGGAGGCTTTCTGCGGACCAAAACAAACA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGCACAGCCTTGTCCTTAGGAGGCTTTCTGCGGACCAAAACAAACA  236

seq1  CACCTCGCCTGGCCT-CCCTTCCCCAGGAGTCCACTGGGAGTCCTGCTCT  296
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTCGCCTGGCCTCCCCTTCCCCAGGAGTCCACTGGGAGTCCTGCTCT  286

seq1  ACTTCAATGCCCATTCTGATGATGACCAACCAATTATTCTGTGCCTAAGA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  ACTTCAATGCCCATTCTGATGATGACCAACCAATTATTCTGTG-CTAAGA  335

seq1  TGGGCTATGATGCACTCCAGGAAACTAAGGCGAACAGAGAAAATGTGCAA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCTATGATGCACTCCAGGAAACTAAGGCGAACAGAGAAAATGTGCAA  385

seq1  AACATGGCACTGGGTTTGGCAGGTATTTATCACCTACAGTAGGACCACAT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGGCACTGGGTTTGGCAGGTATTTATCACCTACAGTAGGACCACAT  435

seq1  TCAGCCACAGTAAAGTCTTTACCTCTTTCCACAAGATCCAGGGCATGCAT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCCACAGTAAAGTCTTTACCTCTTTCCACAAGATCCAGGGCATGCAT  485

seq1  AGGAACTATTAGAAGATCACCCCCCACCAAAAATAATTAAAACTCCTCAG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAACTATTAGAAGATCACCCCCCACCAAAAATAATTAAAACTCCTCAG  535

seq1  CTTCTTATAAGAGAAACCACTGAGCATCTTCTCAAAGTTCCTGTTTCCTC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTATAAGAGAAACCACTGAGCATCTTCTCAAAGTTCCTGTTTCCTC  585

seq1  CCCATCTAAAGAGGGAGGTATTACAGGAAGCTGACCTCATAAAAGTCGCA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATCTAAAGAGGGAGGTATTACAGGAAGCTGACCTCATAAAAGTCGCA  635

seq1  TGATTGTCTGTCTGTCTGTCTGTGCAGCTTACACTGCCATCAGTTAAGAC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTGTCTGTCTGTCTGTCTGTGCAGCTTACACTGCCATCAGTTAAGAC  685

seq1  CTTGGGCCAGGGCAGGGTTTAGAAGCTGGCAGGACTGTAGTCTGAGATGT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGGCCAGGGCAGGGTTTAGAAGCTGGCAGGACTGTAGTCTGAGATGT  735

seq1  AGTTTGGCATAAATTGGTTTGCCCTTTTGCTGTGAACTTGGGGATGGAGG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTGGCATAAATTGGTTTGCCCTTTTGCTGTGAACTTGGGGATGGAGG  785

seq1  AGCGGATGCAGCCTGTGTGTGTTTTCCCACGAAGCCAAGGTACTTATGGG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGGATGCAGCCTGTGTGTGTTTTCCCACGAAGCCAAGGTACTTATGGG  835

seq1  TCATTAGACAGAATGAGGCGTGAATTGTGAGACCCATCAGAAGCCTCCGG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTAGACAGAATGAGGCGTGAATTGTGAGACCCATCAGAAGCCTCCGG  885

seq1  GCTCATCGTTGTGCCTAATTTATTTAAGCACTTCAGTAGTTTTGTTATAT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCATCGTTGTGCCTAATTTATTTAAGCACTTCAGTAGTTTTGTTATAT  935

seq1  GAAGCCAGCCACTTAGAATGGAGAAGTCTGATGGCCTCAGTCATTTTTGG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCCAGCCACTTAGAATGGAGAAGTCTGATGGCCTCAGTCATTTTTGG  985

seq1  AAGACAAGCTTCTGGCACCCTCTCTGGGGCTTGCCTTCCTTGAGAATGGA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACAAGCTTCTGGCACCCTCTCTGGGGCTTGCCTTCCTTGAGAATGGA  1035

seq1  GCTCCAATGGCTTCTGGGTAGGGATCAGATGGGTTGGTGCTGGCTGATGA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCAATGGCTTCTGGGTAGGGATCAGATGGGTTGGTGCTGGCTGATGA  1085

seq1  TCCAGGACTGTTAGACAGACAGTGACAGAGCCAACAGTGCTTGGATGAAG  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGACTGTTAGACAGACAGTGACAGAGCCAACAGTGCTTGGATGAAG  1135

seq1  AAGAATTC  1154
      ||||||||
seq2  AAGAATTC  1143