BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-280F18
Chromosome11 (Build37)
Map Location 65,554,438 - 65,687,800
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMap2k4, Zkscan6, Dnahc9
Upstream geneLOC626959, Elac2, AU040829, 1700086D15Rik, LOC100041790, Myocd
Downstream geneGm879, LOC668323
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-280F18.bB6Ng01-280F18.g
ACCGA080106GA080107
length1,2071,131
definitionB6Ng01-280F18.b B6Ng01-280F18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(65,686,610 - 65,687,800)(65,554,438 - 65,555,561)
sequence
gaattctgcaatctggaccgagacattgaaggctctgccaagagctggaa
aaagtttgtggagtcagagtgtcccgagaaggagaagtttccccaggagt
ggaagaacaagacagccctgcagcgcctctgcatgatgagagccatgagg
cctgaccggatgacctatgccatgcggtaggaatcagggtacaggctctg
ggaaagcatgtatacaggacaatctcgggaagagcagcctggcagagctg
ttcttcaagaccatgtttacatagtaatgggcacatttgtactaagacta
aaacctatgagaccagttaccttgggcatgccatctgttgtcttaatatc
ttaatagaaagtgtgggaggaaatacccatcaatatgaacattgaaaatt
atgccaggcacataaaatatgaagaaatatggtgggatccagaaggcata
tagaagtcctatatttaggatcaccgaaacaaagaaattgagatagttat
aattctagctatttgacttctcctttgacttctaacttctctgcaaagtt
ggatgatcatcagtggactttgtgtgagaggaaatggcaagaccgaatat
ctgaaagagaatggagaaggtttgaaagggggcttgtggtttaaaagatg
gtaaatcataccacgcaagtgaaaagaccagacctagattttcagaaccc
acttcaaagctgaatgagtgtgacagcctttctgtaaccccagtgaatgg
cagggacagggaattcctagagcagcagttcccatcctgttggtcctgac
ccctttgacgggtcaaaagaccctctcaacagtagtcacacaccaaatag
cctgcatgtcagatatgtacattatgattaatacagtttataaagtggca
gtgaaataatttatgggttggagtcgatataacatgaggaatatattaaa
gggcagcattgggaaaggttgagagctctgcccttagggcaagccaaagt
cagctagtcagaatcagccaggtctagaataccagtgagaagaaccctgt
cctcaattagttaagggtgggggagcatttgagaagatgtttatatccaa
attcttggccctccagaagccaaatgtaccaaatggtgcatgtgtactta
tatccatatatgtggtaccctcactcatgtgaacttgcctcacgtagcca
catataa
gaattcaagaatgtaaaagaattcagctatttatgttttgaaatcagtta
tttccctccagttcttggcaactgctgtgtgtgagtgtgcatgccgcatg
taccatggtctctcactactcctttgtttccagattccagagaagtcgag
cgtcctcctgtcccacgctcagttcagtaatgagtactgcagctcattca
gcccagctccttcttacaagctacatttcacttaagaaacggttttgatt
gatttatattattttttatgagttctttggctgcatgtatttatgtgcac
cacattcatgtctggtgccttcagaagccagaagaggctatcgatcccct
aaatcttcagttatagacagttacaagttatacgtgggtgctaggaactg
aacccaagtgttctggaagagaaacaagtgctgttaaccactgagccatc
tttccaacccctacaaattaattttttttcattatgaagagaattagtcc
tggctagggatgggtgaaagaaactatgtgaatcctgagaaatgctgcta
agagatagtcttcctaaaatcagccaagatgttttctattgttataaatc
ctgtttccttgtgtctatgtagcaccaagtttcctattctagagtatgga
gagaagaatgacctcacagcagacaagacagacacaagacacaatcttaa
gacactaggcatcaagcattgatggtagcaggccctgacagaaaaaataa
tgcaactgtccctagctcctgcctgaagggctcagactactataaggaca
gagatccaggaaaggtttgtcaacacccttgtgttgaggacatgggatct
aggagtgtggatagatcatggcaactggaattaacaaggcagggtacaca
ttaaaaagcatcccacagacatgcaaacctccctctattttgtatcgttg
catgtgagaaatgccacaagctgctgaggcagaacacccagggccttaat
gtataatgctaatatccacagctccagtgcaaacctctccccacccctag
tcttcttgctctcttctatagccctttgagctgacagcagaaaggactca
aaagcctaagttcttgtttactgctacctca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_65686610_65687800
seq2: B6Ng01-280F18.b_44_1250 (reverse)

seq1  TTATATGTGCTCATGT-AGGCATGTTCACATAGATGTAGGTA-CACATAT  48
      |||||||||   | || ||||| ||||||||   ||  |||| |||||||
seq2  TTATATGTGGCTACGTGAGGCAAGTTCACATGAGTGAGGGTACCACATAT  50

seq1  ATG--TATAAGTACACATGCA-CATTT-GTACATGT-GCTTCTGGAGGGC  93
      |||  |||||||||||||||| ||||| |||||| | |||||||||||||
seq2  ATGGATATAAGTACACATGCACCATTTGGTACATTTGGCTTCTGGAGGGC  100

seq1  C-AGAATT--GATATTAAACATCTTCTTCAATTGCTCCCC--ACCTTAAC  138
      | ||||||  |||| ||||||||||| |||| ||||||||   |||||||
seq2  CAAGAATTTGGATA-TAAACATCTTC-TCAAATGCTCCCCCACCCTTAAC  148

seq1  T-ATTGA-GACAGGGT--CTCTCACTGGTA-TCTAGACCTTGCTGATTCT  183
      | ||||| ||||||||   ||||||||||| ||||||||| |||||||||
seq2  TAATTGAGGACAGGGTTCTTCTCACTGGTATTCTAGACCTGGCTGATTCT  198

seq1  GACTAGCTGACTTTGGCTTGCCCT-AGGGCAGAGCTCTCAACC-TTCCCA  231
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||
seq2  GACTAGCTGACTTTGGCTTGCCCTAAGGGCAGAGCTCTCAACCTTTCCCA  248

seq1  ATGCTGCCCTTTAATATATTCCTCATGTTATATCGACTCCAACCATAAAA  281
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||
seq2  ATGCTGCCCTTTAATATATTCCTCATGTTATATCGACTCCAACCCATAAA  298

seq1  TTATTTTCACTGCCACTTTATAAACTGTATTAATCATAATGTACATATCT  331
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTA-TTTCACTGCCACTTTATAAACTGTATTAATCATAATGTACATATCT  347

seq1  GACATGCAGGCTATTTGGTGTGTGACTACTGTTGAGAGGGTCTTTTGACC  381
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATGCAGGCTATTTGGTGTGTGACTACTGTTGAGAGGGTCTTTTGACC  397

seq1  CGTCAAAGGGGTCAGGACCAACAGGATGGGAACTGCTGCTCTAGGAATTC  431
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCAAAGGGGTCAGGACCAACAGGATGGGAACTGCTGCTCTAGGAATTC  447

seq1  CCTGTCCCTGCCATTCACTGGGGTTACAGAAAGGCTGTCACACTCATTCA  481
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTCCCTGCCATTCACTGGGGTTACAGAAAGGCTGTCACACTCATTCA  497

seq1  GCTTTGAAGTGGGTTCTGAAAATCTAGGTCTGGTCTTTTCACTTGCGTGG  531
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGAAGTGGGTTCTGAAAATCTAGGTCTGGTCTTTTCACTTGCGTGG  547

seq1  TATGATTTACCATCTTTTAAACCACAAGCCCCCTTTCAAACCTTCTCCAT  581
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGATTTACCATCTTTTAAACCACAAGCCCCCTTTCAAACCTTCTCCAT  597

seq1  TCTCTTTCAGATATTCGGTCTTGCCATTTCCTCTCACACAAAGTCCACTG  631
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTTCAGATATTCGGTCTTGCCATTTCCTCTCACACAAAGTCCACTG  647

seq1  ATGATCATCCAACTTTGCAGAGAAGTTAGAAGTCAAAGGAGAAGTCAAAT  681
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATCATCCAACTTTGCAGAGAAGTTAGAAGTCAAAGGAGAAGTCAAAT  697

seq1  AGCTAGAATTATAACTATCTCAATTTCTTTGTTTCGGTGATCCTAAATAT  731
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAGAATTATAACTATCTCAATTTCTTTGTTTCGGTGATCCTAAATAT  747

seq1  AGGACTTCTATATGCCTTCTGGATCCCACCATATTTCTTCATATTTTATG  781
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACTTCTATATGCCTTCTGGATCCCACCATATTTCTTCATATTTTATG  797

seq1  TGCCTGGCATAATTTTCAATGTTCATATTGATGGGTATTTCCTCCCACAC  831
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGGCATAATTTTCAATGTTCATATTGATGGGTATTTCCTCCCACAC  847

seq1  TTTCTATTAAGATATTAAGACAACAGATGGCATGCCCAAGGTAACTGGTC  881
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTATTAAGATATTAAGACAACAGATGGCATGCCCAAGGTAACTGGTC  897

seq1  TCATAGGTTTTAGTCTTAGTACAAATGTGCCCATTACTATGTAAACATGG  931
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAGGTTTTAGTCTTAGTACAAATGTGCCCATTACTATGTAAACATGG  947

seq1  TCTTGAAGAACAGCTCTGCCAGGCTGCTCTTCCCGAGATTGTCCTGTATA  981
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGAAGAACAGCTCTGCCAGGCTGCTCTTCCCGAGATTGTCCTGTATA  997

seq1  CATGCTTTCCCAGAGCCTGTACCCTGATTCCTACCGCATGGCATAGGTCA  1031
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTTTCCCAGAGCCTGTACCCTGATTCCTACCGCATGGCATAGGTCA  1047

seq1  TCCGGTCAGGCCTCATGGCTCTCATCATGCAGAGGCGCTGCAGGGCTGTC  1081
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGGTCAGGCCTCATGGCTCTCATCATGCAGAGGCGCTGCAGGGCTGTC  1097

seq1  TTGTTCTTCCACTCCTGGGGAAACTTCTCCTTCTCGGGACACTCTGACTC  1131
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTCTTCCACTCCTGGGGAAACTTCTCCTTCTCGGGACACTCTGACTC  1147

seq1  CACAAACTTTTTCCAGCTCTTGGCAGAGCCTTCAATGTCTCGGTCCAGAT  1181
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAACTTTTTCCAGCTCTTGGCAGAGCCTTCAATGTCTCGGTCCAGAT  1197

seq1  TGCAGAATTC  1191
      ||||||||||
seq2  TGCAGAATTC  1207

seq1: chr11_65554438_65555561
seq2: B6Ng01-280F18.g_70_1200

seq1  GAATTCAAGAATGTAAAAGAATTCAGCTATTTATGTTTTGAAATCAGTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGAATGTAAAAGAATTCAGCTATTTATGTTTTGAAATCAGTTA  50

seq1  TTTCCCTCCAGTTCTTGGCAACTGCTGTGTGTGAGTGTGCATGCCGCATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCTCCAGTTCTTGGCAACTGCTGTGTGTGAGTGTGCATGCCGCATG  100

seq1  TACCATGGTCTCTCACTACTCCTTTGTTTCCAGATTCCAGAGAAGTCGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCATGGTCTCTCACTACTCCTTTGTTTCCAGATTCCAGAGAAGTCGAG  150

seq1  CGTCCTCCTGTCCCACGCTCAGTTCAGTAATGAGTACTGCAGCTCATTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCCTCCTGTCCCACGCTCAGTTCAGTAATGAGTACTGCAGCTCATTCA  200

seq1  GCCCAGCTCCTTCTTACAAGCTACATTTCACTTAAGAAACGGTTTTGATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAGCTCCTTCTTACAAGCTACATTTCACTTAAGAAACGGTTTTGATT  250

seq1  GATTTATATTATTTTTTATGAGTTCTTTGGCTGCATGTATTTATGTGCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTATATTATTTTTTATGAGTTCTTTGGCTGCATGTATTTATGTGCAC  300

seq1  CACATTCATGTCTGGTGCCTTCAGAAGCCAGAAGAGGCTATCGATCCCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTCATGTCTGGTGCCTTCAGAAGCCAGAAGAGGCTATCGATCCCCT  350

seq1  AAATCTTCAGTTATAGACAGTTACAAGTTATACGTGGGTGCTAGGAACTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTTCAGTTATAGACAGTTACAAGTTATACGTGGGTGCTAGGAACTG  400

seq1  AACCCAAGTGTTCTGGAAGAGAAACAAGTGCTGTTAACCACTGAGCCATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCAAGTGTTCTGGAAGAGAAACAAGTGCTGTTAACCACTGAGCCATC  450

seq1  TTTCCAACCCCTACAAATTAATTTTTTTTCATTATGAAGAGAATTAGTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCAACCCCTACAAATTAATTTTTTTTCATTATGAAGAGAATTAGTCC  500

seq1  TGGCTAGGGATGGGTGAAAGAAACTATGTGAATCCTGAGAAATGCTGCTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTAGGGATGGGTGAAAGAAACTATGTGAATCCTGAGAAATGCTGCTA  550

seq1  AGAGATAGTCTTCCTAAAATCAGCCAAGATGTTTTCTATTGTTATAAATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATAGTCTTCCTAAAATCAGCCAAGATGTTTTCTATTGTTATAAATC  600

seq1  CTGTTTCCTTGTGTCTATGTAGCACCAAGTTTCCTATTCTAGAGTATGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTCCTTGTGTCTATGTAGCACCAAGTTTCCTATTCTAGAGTATGGA  650

seq1  GAGAAGAATGACCTCACAGCAGACAAGACAGACACAAGACACAATCTTAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGAATGACCTCACAGCAGACAAGACAGACACAAGACACAATCTTAA  700

seq1  GACACTAGGCATCAAGCATTGATGGTAGCAGGCCCTGACAGAAAAAATAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACTAGGCATCAAGCATTGATGGTAGCAGGCCCTGACAGAAAAAATAA  750

seq1  TGCAACTGTCCCTAGCTCCTGCCTGAAGGGCTCAGACTACTATAAGGACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAACTGTCCCTAGCTCCTGCCTGAAGGGCTCAGACTACTATAAGGACA  800

seq1  GAGATCCAGG-AAGGTTTGTCAACACCCTTGTGTTGAGGACAT-GGATCT  848
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GAGATCCAGGAAAGGTTTGTCAACACCCTTGTGTTGAGGACATGGGATCT  850

seq1  AGGAGTGTGGATAGATCATGGCAACTGGAATTAACAAGGCAGGGTACACA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGTGTGGATAGATCATGGCAACTGGAATTAACAAGGCAGGGTACACA  900

seq1  TTAAAAAGCATCCCACAGACATGCAAACCTCCCTCTATTTTGTATCGTTG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAAGCATCCCACAGACATGCAAACCTCCCTCTATTTTGTATCGTTG  950

seq1  CATGTGAGAAATGCCACAAGCTGCTGAGGCAG-ACACCCAGGGCC-TAAT  996
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||
seq2  CATGTGAGAAATGCCACAAGCTGCTGAGGCAGAACACCCAGGGCCTTAAT  1000

seq1  GTAATAATGCTAATATCCACAGCTCCAGTGCAAA-CTCT-CCCACCCCTA  1044
      || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||
seq2  GT-ATAATGCTAATATCCACAGCTCCAGTGCAAACCTCTCCCCACCCCTA  1049

seq1  GTCTCCTTGCTCTCTTCTAATAG-CCTTTGAGCTGACAGCAGAA--GACT  1091
      |||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||  ||||
seq2  GTCTTCTTGCTCTCTTCT-ATAGCCCTTTGAGCTGACAGCAGAAAGGACT  1098

seq1  CAAAAGCCTAAGTCCTGGTTTACTGCTACCTCA  1124
      ||||||||||||| || ||||||||||||||||
seq2  CAAAAGCCTAAGTTCTTGTTTACTGCTACCTCA  1131