BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-280J20
Chromosome11 (Build37)
Map Location 37,552,509 - 37,733,278
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneOdz2, LOC100039148
Downstream geneLOC276941
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-280J20.bB6Ng01-280J20.g
ACCGA080298GA080299
length1,039817
definitionB6Ng01-280J20.b B6Ng01-280J20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(37,552,509 - 37,553,540)(37,732,475 - 37,733,278)
sequence
gaattcaatattggttatatatgttaaaatactgaaccaatacaagaact
cagaaccaagaagattattaagataactatactaatagtgtacacaattc
aggcactaaaaatggtctgtgtaatgctatgacaaggagtcacacttaag
gcattgtgatgtattgtaaagtgtcatcaggaagttaattaatctatatt
aaacatgtcaagatgtgctattagatgacagaactaatccatgggagcct
tacacattgcataaaatctatctacacacatacacggcctcaggttgatg
gaggttatgttttggcatttctacgttaacttatacttccactgctatct
tttaaaatgtctcataatataagaagacatttctttagatgtggagcaaa
gaaggtttgaagagataagacgaagagttgtgtatatgttgctgactctg
aaatggaattgtaagtaggcaaaatttgaaatcactgattcttatgacat
ttcagtagttagtaagctttgtgagttttgcctatttgtcctgattgaga
agtctcaaccctttactaatgaaagggttatcgttttctctgactttatg
ctggcaagagttgaaagagcctcagccttaactcaccatctgcccatttc
agacagaagcatgaagcaacagcagacacgtgcttagtatacgtcatgat
aaccaacccacctgggagactcaggaggagctagtctatcccattgagtt
ttttgccttcagtagtctccaagtataacctgattctctatgtaattata
cacctttatgcttttatcatagcaagagtgttttgatacatcctttttaa
atttttttcttatttttcaccctaaagtaacaaaaattaattctattttt
gaaatttaaagaataatataagtataaactcactgacctacctacaacat
gtgtgggaagtaactgagtctctgggggaagcatcagtgaagaataacaa
aacactccaattctaaataatgttttatggaaacatgga

gaattctttatctacaaaatatatacacctacaagaaaattttgtggagc
cagagccatcagtctgattaatttttaatcccaggagaaatcacataaaa
tcagctacagtacatagagaacaaaaatctaaagttatgaataatgtttt
cattagtatttgatgattaagcagtgttgaactctgaacttctgcacaca
ggttgcgatcttgaaacataatttttcagtggattacaacagaatttctc
atagagttcgttttagacttgaggcagtaaatatactagttgaaatatga
gtgtcttagtgtgatacacatcagaagagttatcaaacactatttcaaga
ttatgacaaagaacattaaagcacatctgaagaatcttgagcaaatagaa
gtctgcctgaactgtaatgggacagtaattccattagatcaaagtacaac
aaatgccatttaaacctttattttagaaaaaaatatattatgtgtatagt
taaatatatattatatagtatataggaagaatatttgtttttattttata
tcaaaacaatcagaaaagttacaaagaacatatctttatataaaccactt
ttgcaaacgctaactattgatccctaaacactttttttgaccactataga
cacatacttgagatttatacaaagaaaaataaattaattttctgggcata
taatttctgtaattttgacaatttttatagagtcatctaagcactgaagt
ccagatatacaatagtttcatcagtcccaaataatgtccatcgatgtgca
cacatacatatcacaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_37552509_37553540
seq2: B6Ng01-280J20.b_47_1085

seq1  GAATTCAATATTGGTTATATATGTTAAAATACTGAACCAATACAAGAACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATATTGGTTATATATGTTAAAATACTGAACCAATACAAGAACT  50

seq1  CAGAACCAAGAAGATTATTAAGATAACTATACTAATAGTGTACACAATTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAACCAAGAAGATTATTAAGATAACTATACTAATAGTGTACACAATTC  100

seq1  AGGCACTAAAAATGGTCTGTGTAATGCTATGACAAGGAGTCACACTTAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCACTAAAAATGGTCTGTGTAATGCTATGACAAGGAGTCACACTTAAG  150

seq1  GCATTGTGATGTATTGTAAAGTGTCATCAGGAAGTTAATTAATCTATATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTGTGATGTATTGTAAAGTGTCATCAGGAAGTTAATTAATCTATATT  200

seq1  AAACATGTCAAGATGTGCTATTAGATGACAGAACTAATCCATGGGAGCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATGTCAAGATGTGCTATTAGATGACAGAACTAATCCATGGGAGCCT  250

seq1  TACACATTGCATAAAATCTATCTACACACATACACGGCCTCAGGTTGATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACATTGCATAAAATCTATCTACACACATACACGGCCTCAGGTTGATG  300

seq1  GAGGTTATGTTTTGGCATTTCTACGTTAACTTATACTTCCACTGCTATCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTTATGTTTTGGCATTTCTACGTTAACTTATACTTCCACTGCTATCT  350

seq1  TTTAAAATGTCTCATAATATAAGAAGACATTTCTTTAGATGTGGAGCAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAATGTCTCATAATATAAGAAGACATTTCTTTAGATGTGGAGCAAA  400

seq1  GAAGGTTTGAAGAGATAAGACGAAGAGTTGTGTATATGTTGCTGACTCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGTTTGAAGAGATAAGACGAAGAGTTGTGTATATGTTGCTGACTCTG  450

seq1  AAATGGAATTGTAAGTAGGCAAAATTTGAAATCACTGATTCTTATGACAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGGAATTGTAAGTAGGCAAAATTTGAAATCACTGATTCTTATGACAT  500

seq1  TTCAGTAGTTAGTAAGCTTTGTGAGTTTTGCCTATTTGTCCTGATTGAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTAGTTAGTAAGCTTTGTGAGTTTTGCCTATTTGTCCTGATTGAGA  550

seq1  AGTCTCAACCCTTTACTAATGAAAGGGTTATCGTTTTCTCTGACTTTATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTCAACCCTTTACTAATGAAAGGGTTATCGTTTTCTCTGACTTTATG  600

seq1  CTGGCAAGAGTTGAAAGAGCCTCAGCCTTAACTCACCATCTGCCCATTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCAAGAGTTGAAAGAGCCTCAGCCTTAACTCACCATCTGCCCATTTC  650

seq1  AGACAGAAGCATGAAGCAACAGCAGACACGTGCTTAGTATACGTCATGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGAAGCATGAAGCAACAGCAGACACGTGCTTAGTATACGTCATGAT  700

seq1  AACCAACCCACCTGGGAGACTCAGGAGGAGCTAGTCTATCCCATTGAGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAACCCACCTGGGAGACTCAGGAGGAGCTAGTCTATCCCATTGAGTT  750

seq1  TTTTGCCTTCAGTAGTCTCCAAGTATAACCTGATTCTCTATGTAATTATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCCTTCAGTAGTCTCCAAGTATAACCTGATTCTCTATGTAATTATA  800

seq1  CACCTTTATGCTTTTATCATAGCAAGAGTGTTTTGATACATCC-TTTTAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CACCTTTATGCTTTTATCATAGCAAGAGTGTTTTGATACATCCTTTTTAA  850

seq1  ATTTTTTTCTTATTTTTCACCCTAAAGTAACAAAAA-TAATTCTA-TTTT  897
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||
seq2  ATTTTTTTCTTATTTTTCACCCTAAAGTAACAAAAATTAATTCTATTTTT  900

seq1  GAAATTTAAAGAATAATATAAGTATAAACTCACTGACCTACTTACAACAT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GAAATTTAAAGAATAATATAAGTATAAACTCACTGACCTACCTACAACAT  950

seq1  GTGTGGGAAGTTACTGAGTCTCTGGGGGAAGCATCAGTGAAGAATAAC-A  996
      ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GTGTGGGAAGTAACTGAGTCTCTGGGGGAAGCATCAGTGAAGAATAACAA  1000

seq1  AACACTCCAATTCTAA--TATG-TTTATGGATACATGGA  1032
      ||||||||||||||||   ||| |||||||| |||||||
seq2  AACACTCCAATTCTAAATAATGTTTTATGGAAACATGGA  1039


seq1: chr11_37732475_37733278
seq2: B6Ng01-280J20.g_69_885 (reverse)

seq1  -------TGTGTGTGTGTGCTACATCGAT-GACA-TATTTGGGACTGATG  41
             | ||| ||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||
seq2  TGTGTGATATGTATGTGTGC-ACATCGATGGACATTATTTGGGACTGATG  49

seq1  GAACTATTGTATATCTGGACTTCAGTGCTTAGATGACTCTAT-AAAATTG  90
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AAACTATTGTATATCTGGACTTCAGTGCTTAGATGACTCTATAAAAATTG  99

seq1  TCAAAATTACAG-AATTATATG-CCAGAAAATTAATTTA-TTTTCTTTGT  137
      |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TCAAAATTACAGAAATTATATGCCCAGAAAATTAATTTATTTTTCTTTGT  149

seq1  ATAAATCTCAAGTATGTGTCTATAGTGGTCAAAAAAAGTG-TTAGGGATC  186
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  ATAAATCTCAAGTATGTGTCTATAGTGGTCAAAAAAAGTGTTTAGGGATC  199

seq1  AATAGTTAGCGTTTGCAAAAGTGGTTTATATAAAGATATGTTCTTTGTAA  236
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGTTAGCGTTTGCAAAAGTGGTTTATATAAAGATATGTTCTTTGTAA  249

seq1  CTTTTCTGATTGTTTTGATATAAAATAAAAACAAATATTCTTCCTATATA  286
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCTGATTGTTTTGATATAAAATAAAAACAAATATTCTTCCTATATA  299

seq1  CTATATAATATATATTTAACTATACACATAATATATTTTTTTCTAAAATA  336
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATATAATATATATTTAACTATACACATAATATATTTTTTTCTAAAATA  349

seq1  AAGGTTTAAATGGCATTTGTTGTACTTTGATCTAATGGAATTACTGTCCC  386
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTTTAAATGGCATTTGTTGTACTTTGATCTAATGGAATTACTGTCCC  399

seq1  ATTACAGTTCAGGCAGACTTCTATTTGCTCAAGATTCTTCAGATGTGCTT  436
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACAGTTCAGGCAGACTTCTATTTGCTCAAGATTCTTCAGATGTGCTT  449

seq1  TAATGTTCTTTGTCATAATCTTGAAATAGTGTTTGATAACTCTTCTGATG  486
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGTTCTTTGTCATAATCTTGAAATAGTGTTTGATAACTCTTCTGATG  499

seq1  TGTATCACACTAAGACACTCATATTTCAACTAGTATATTTACTGCCTCAA  536
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATCACACTAAGACACTCATATTTCAACTAGTATATTTACTGCCTCAA  549

seq1  GTCTAAAACGAACTCTATGAGAAATTCTGTTGTAATCCACTGAAAAATTA  586
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTAAAACGAACTCTATGAGAAATTCTGTTGTAATCCACTGAAAAATTA  599

seq1  TGTTTCAAGATCGCAACCTGTGTGCAGAAGTTCAGAGTTCAACACTGCTT  636
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCAAGATCGCAACCTGTGTGCAGAAGTTCAGAGTTCAACACTGCTT  649

seq1  AATCATCAAATACTAATGAAAACATTATTCATAACTTTAGATTTTTGTTC  686
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCATCAAATACTAATGAAAACATTATTCATAACTTTAGATTTTTGTTC  699

seq1  TCTATGTACTGTAGCTGATTTTATGTGATTTCTCCTGGGATTAAAAATTA  736
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATGTACTGTAGCTGATTTTATGTGATTTCTCCTGGGATTAAAAATTA  749

seq1  ATCAGACTGATGGCTCTGGCTCCACAAAATTTTCTTGTAGGTGTATATAT  786
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGACTGATGGCTCTGGCTCCACAAAATTTTCTTGTAGGTGTATATAT  799

seq1  TTTGTAGATAAAGAATTC  804
      ||||||||||||||||||
seq2  TTTGTAGATAAAGAATTC  817


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |