BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-281E12
Chromosome11 (Build37)
Map Location 6,327,495 - 6,460,361
singlet/doubletdoublet
Overlap geneH2afv, LOC665277, LOC665283, LOC626342, Purb, Myo1g, LOC100041286, Ccm2, LOC665327
Upstream geneZnrf3, LOC100042016, LOC382478, Xbp1, Ccdc117, LOC100041183, Ankrd36, LOC665181, Mrps24, 2010005J08Rik, 2210015D19Rik, Dbnl, Pgam2, Polm, Aebp1, Pold2, Myl7, Gck, Ykt6, Camk2b, LOC100042156, Nudcd3, LOC100042173, Npc1l1, LOC100041242, LOC665250, Ddx56, Tmed4, Ogdh, LOC100042227, Zmiz2, Ppia
Downstream geneAB182283, Tbrg4, Wap, LOC100041311, Ramp3, LOC665314, LOC626419, LOC665339, LOC665343, LOC100041332, Adcy1, LOC100041347, Igfbp1, Igfbp3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-281E12.bB6Ng01-281E12.g
ACCGA080800GA080801
length1,1331,084
definitionB6Ng01-281E12.b B6Ng01-281E12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(6,327,495 - 6,328,617)(6,459,280 - 6,460,361)
sequence
gaattccaggacccaatcagaaaagtctaacttagtagcatcactcctgt
gtgcactctgaagccagacagacctaggcttgtgtccaactgcactgacc
catctaccagctcaactgtcttctcagcagatcattacctcctgtggaca
atgggcagcatgcccataaagtaggctaataacactccttgataagggct
ggagaggttaagatcactggcagctcttgcagaggtcctgagttcagttc
ccagcacccacatggtggctcccaatggtctgtaatgggatctggtgctt
tcttatggcttgcaggcatataggcaggcagaacactgtatacgttaata
aatatatatttctaaaaattgattatatctgagattcaaactaacactgt
aacaatcaaggtatactacattccaatttttgctttaagattattctgaa
tatcttaaaacgtcaatgtctgaagagaatatgtagtccaggttgtggta
gaacttggaatgtaggcagagatcagcgtgtattctgaaggtcctgccca
cacctcccaaacgctggggatgcaggcaacatggccctggccaggtttga
aaaaagtatttctaatacatcatgaagaaatactgagacacagtactttt
gtaaaaaatgttttatcaattctacttttgtataaaacacaagggagaaa
cctggccaatcaacacatgactgtgaccacagggaaagggactcatcaaa
ctccgagtctaaaaacatacagatgtggcctttgtctcgtctacagcaac
cgtctatgctctttccgcacaccgcactagtcccctctgccctgttacag
accgaggagagcaggccagcgactcacgtcctaagcagttttctgctgcc
ccttctttccaatcagagacttgtgggatgtgcgggatcacgcctacaac
acaatgagtatgagttgttattttttaataatgtcctttaaatcttaagc
tttaaagctaaagtaaaaacgattataccaaggatgaacctattttaaga
ccctttctcatttgggatcctacttgaaccctacagggagccttggtgaa
ccctttctacaggtaacagtaatcatgctaact
gaattcagcccccagtaaatccatcataaattaagtcaaaatgcatttaa
cctacctcagcccctgtgtagctgcatccgccttaactggtctcatggtg
cctacatcagccctgtcaaacaataccacctaacccagcagtaggtatgt
ttgtaatctactgaattctatatactgaaagtgaaagctgtgtgggtacc
tttgtgtcatcataaatccactaagctagaccatcctataaggaagcatg
ggagccacttcatgaattccacgctgaactgaatcaaaaggctaatgtgt
cctgtccaactttgtccataaaaagggcaatttcatctagttttgcttca
ctgacctacaacaaataaatttaatccttcctggttccaaaaaactgtta
ccacagaccaattctgtgtttcacttattcacctgtgtcccaaaaaactc
agaaagcacagaagagtggaagagcagtcccactcactcatgactcaaca
cctgacaccaacggcctgtcatgacctctttaaacaagagcagccacagc
ctcgggatactttctaaactttacagaaaagaaccaagtaacactgacct
taacaacggtcaggaagggtgtggaggacaaccaagtgagactccaagag
gccacattgtttttgtctttccagccccacctcaacagggtgacttagaa
ggtaatagcactactccaccaaccaacttgatcctttctccacaagccca
gtggatcagcaggagggagaaggccaccagcatacagggagaggcattca
gggaaagctgtttaagaactacaccacagcagccatcttccagtaactcg
ccaaaatgacgaacacaaagggaaagaggagaggcccccccgtatatgtt
ctctaggccttttaggaaacatgggcattgttcctttgggcaacatacat
gcaaatctacaagaagggtgattattgtagacatcaagggatcgggcact
gtcaaaaaggaatgcccataagtgctaccggcaaaaccgggagagtctac
agtgtcacccagcatgcggtgggcatcattgtca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_6327495_6328617
seq2: B6Ng01-281E12.b_46_1178

seq1  GAATTCCAGGACCCAATCAGAAAAGTCTAACTTAGTAGCATCACTCCTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGACCCAATCAGAAAAGTCTAACTTAGTAGCATCACTCCTGT  50

seq1  GTGCACTCTGAAGCCAGACAGACCTAGGCTTGTGTCCAACTGCACTGACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCACTCTGAAGCCAGACAGACCTAGGCTTGTGTCCAACTGCACTGACC  100

seq1  CATCTACCAGCTCAACTGTCTTCTCAGCAGATCATTACCTCCTGTGGACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTACCAGCTCAACTGTCTTCTCAGCAGATCATTACCTCCTGTGGACA  150

seq1  ATGGGCAGCATGCCCATAAAGTAGGCTAATAACACTCCTTGATAAGGGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGCAGCATGCCCATAAAGTAGGCTAATAACACTCCTTGATAAGGGCT  200

seq1  GGAGAGGTTAAGATCACTGGCAGCTCTTGCAGAGGTCCTGAGTTCAGTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGGTTAAGATCACTGGCAGCTCTTGCAGAGGTCCTGAGTTCAGTTC  250

seq1  CCAGCACCCACATGGTGGCTCCCAATGGTCTGTAATGGGATCTGGTGCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCACCCACATGGTGGCTCCCAATGGTCTGTAATGGGATCTGGTGCTT  300

seq1  TCTTATGGCTTGCAGGCATATAGGCAGGCAGAACACTGTATACGTTAATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATGGCTTGCAGGCATATAGGCAGGCAGAACACTGTATACGTTAATA  350

seq1  AATATATATTTCTAAAAATTGATTATATCTGAGATTCAAACTAACACTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATATATTTCTAAAAATTGATTATATCTGAGATTCAAACTAACACTGT  400

seq1  AACAATCAAGGTATACTACATTCCAATTTTTGCTTTAAGATTATTCTGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATCAAGGTATACTACATTCCAATTTTTGCTTTAAGATTATTCTGAA  450

seq1  TATCTTAAAACGTCAATGTCTGAAGAGAATATGTAGTCCAGGTTGTGGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTAAAACGTCAATGTCTGAAGAGAATATGTAGTCCAGGTTGTGGTA  500

seq1  GAACTTGGAATGTAGGCAGAGATCAGCGTGTATTCTGAAGGTCCTGCCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTTGGAATGTAGGCAGAGATCAGCGTGTATTCTGAAGGTCCTGCCCA  550

seq1  CACCTCCCAAACGCTGGGGATGCAGGCAACATGGCCCTGGCCAGGTTTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTCCCAAACGCTGGGGATGCAGGCAACATGGCCCTGGCCAGGTTTGA  600

seq1  AAAAAGTATTTCTAATACATCATGAAGAAATACTGAGACACAGTACTTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGTATTTCTAATACATCATGAAGAAATACTGAGACACAGTACTTTT  650

seq1  GTAAAAAATGTTTTATCAATTCTACTTTTGTATAAAACACAAGGGAGAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAAAATGTTTTATCAATTCTACTTTTGTATAAAACACAAGGGAGAAA  700

seq1  CCTGGCCAATCAACACATGACTGTGACCACAGGGAAAGGGACTCATCAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCCAATCAACACATGACTGTGACCACAGGGAAAGGGACTCATCAAA  750

seq1  CTCCGAGTCTAAAAACATACAGATGTGGCCTTTGTCTCGTCTACAGCAAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCGAGTCTAAAAACATACAGATGTGGCCTTTGTCTCGTCTACAGCAAC  800

seq1  CGTCTATGCTC-TTCCGCACACCGCACTAGTCCCCTCTGCCCTGTTACAG  849
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCTATGCTCTTTCCGCACACCGCACTAGTCCCCTCTGCCCTGTTACAG  850

seq1  ACCGAGGAGAGCAGGCCAGCGACTCACGTCCTAAGCAGTTTTCTGCTGCC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGAGGAGAGCAGGCCAGCGACTCACGTCCTAAGCAGTTTTCTGCTGCC  900

seq1  CCTTCTTTCCAATCAGAGACTTGT-GGATGTGCGGGATCACGCCTACAAC  948
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTTTCCAATCAGAGACTTGTGGGATGTGCGGGATCACGCCTACAAC  950

seq1  ACAATGAGTATGAGTTGTTA-TTTTTAATAATGTCCTTTAAATCTTAAAG  997
      |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  ACAATGAGTATGAGTTGTTATTTTTTAATAATGTCCTTTAAATCTT-AAG  999

seq1  CTTTAAAGCTAAAGTAAAAAACGATTATACCAAGGATGAACTTA-TTTAA  1046
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||
seq2  CTTTAAAGCTAAAGT-AAAAACGATTATACCAAGGATGAACCTATTTTAA  1048

seq1  GACCC-TTCTCATTT-GGATCCTAC-TGAA-CCTACA-GGAGCCT--GTG  1089
      ||||| ||||||||| ||||||||| |||| |||||| |||||||  |||
seq2  GACCCTTTCTCATTTGGGATCCTACTTGAACCCTACAGGGAGCCTTGGTG  1098

seq1  AACCC-TTCTACAGG-AACAGTAAACAAGGCTAACT  1123
      ||||| ||||||||| |||||||| | | |||||||
seq2  AACCCTTTCTACAGGTAACAGTAATC-ATGCTAACT  1133

seq1: chr11_6459280_6460361
seq2: B6Ng01-281E12.g_66_1149 (reverse)

seq1  TGACAATGATGCCCACGGCATGCTGGGTGACACTGTAGACTCTTCCGGTT  50
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TGACAATGATGCCCACCGCATGCTGGGTGACACTGTAGACTCTCCCGGTT  50

seq1  TTGCCGGTAGCACTTATGGGGCATTCCTTTTTGAACAGTGCCCGATCCCT  100
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TTGCCGGTAGCACTTAT-GGGCATTCCTTTTTG-ACAGTGCCCGATCCCT  98

seq1  TGATGTCTACAAT-ATCACCCTTCTTGTAGATTTGCATGTATG-TGGCCA  148
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||
seq2  TGATGTCTACAATAATCACCCTTCTTGTAGATTTGCATGTATGTTGCCCA  148

seq1  AAGGAACAATG-CCATGTTTCCTAAAAGGCCTAGAGAACATATAC-GGGG  196
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AAGGAACAATGCCCATGTTTCCTAAAAGGCCTAGAGAACATATACGGGGG  198

seq1  GGCCTCTCCTCTTTCCCTTTGTGTTCGTCATTTTGGCGAGTTACTGGAAG  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTCTCCTCTTTCCCTTTGTGTTCGTCATTTTGGCGAGTTACTGGAAG  248

seq1  ATGGCTGCTGTGGTGTAGTTCTTAAACAGCTTTCCCTGAATGCCTCTCCC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTGCTGTGGTGTAGTTCTTAAACAGCTTTCCCTGAATGCCTCTCCC  298

seq1  TGTATGCTGGTGGCCTTCTCCCTCCTGCTGATCCACTGGGCTTGTGGAGA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGCTGGTGGCCTTCTCCCTCCTGCTGATCCACTGGGCTTGTGGAGA  348

seq1  AAGGATCAAGTTGGTTGGTGGAGTAGTGCTATTACCTTCTAAGTCACCCT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGATCAAGTTGGTTGGTGGAGTAGTGCTATTACCTTCTAAGTCACCCT  398

seq1  GTTGAGGTGGGGCTGGAAAGACAAAAACAATGTGGCCTCTTGGAGTCTCA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAGGTGGGGCTGGAAAGACAAAAACAATGTGGCCTCTTGGAGTCTCA  448

seq1  CTTGGTTGTCCTCCACACCCTTCCTGACCGTTGTTAAGGTCAGTGTTACT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTTGTCCTCCACACCCTTCCTGACCGTTGTTAAGGTCAGTGTTACT  498

seq1  TGGTTCTTTTCTGTAAAGTTTAGAAAGTATCCCGAGGCTGTGGCTGCTCT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTCTTTTCTGTAAAGTTTAGAAAGTATCCCGAGGCTGTGGCTGCTCT  548

seq1  TGTTTAAAGAGGTCATGACAGGCCGTTGGTGTCAGGTGTTGAGTCATGAG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTAAAGAGGTCATGACAGGCCGTTGGTGTCAGGTGTTGAGTCATGAG  598

seq1  TGAGTGGGACTGCTCTTCCACTCTTCTGTGCTTTCTGAGTTTTTTGGGAC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGGGACTGCTCTTCCACTCTTCTGTGCTTTCTGAGTTTTTTGGGAC  648

seq1  ACAGGTGAATAAGTGAAACACAGAATTGGTCTGTGGTAACAGTTTTTTGG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGTGAATAAGTGAAACACAGAATTGGTCTGTGGTAACAGTTTTTTGG  698

seq1  AACCAGGAAGGATTAAATTTATTTGTTGTAGGTCAGTGAAGCAAAACTAG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAGGAAGGATTAAATTTATTTGTTGTAGGTCAGTGAAGCAAAACTAG  748

seq1  ATGAAATTGCCCTTTTTATGGACAAAGTTGGACAGGACACATTAGCCTTT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAATTGCCCTTTTTATGGACAAAGTTGGACAGGACACATTAGCCTTT  798

seq1  TGATTCAGTTCAGCGTGGAATTCATGAAGTGGCTCCCATGCTTCCTTATA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTCAGTTCAGCGTGGAATTCATGAAGTGGCTCCCATGCTTCCTTATA  848

seq1  GGATGGTCTAGCTTAGTGGATTTATGATGACACAAAGGTACCCACACAGC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGTCTAGCTTAGTGGATTTATGATGACACAAAGGTACCCACACAGC  898

seq1  TTTCACTTTCAGTATATAGAATTCAGTAGATTACAAACATACCTACTGCT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACTTTCAGTATATAGAATTCAGTAGATTACAAACATACCTACTGCT  948

seq1  GGGTTAGGTGGTATTGTTTGACAGGGCTGATGTAGGCACCATGAGACCAG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTAGGTGGTATTGTTTGACAGGGCTGATGTAGGCACCATGAGACCAG  998

seq1  TTAAGGCGGATGCAGCTACACAGGGGCTGAGGTAGGTTAAATGCATTTTG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGGCGGATGCAGCTACACAGGGGCTGAGGTAGGTTAAATGCATTTTG  1048

seq1  ACTTAATTTATGATGGATTTACTGGGGGCTGAATTC  1082
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAATTTATGATGGATTTACTGGGGGCTGAATTC  1084