BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-282O10
Chromosome11 (Build37)
Map Location 107,286,525 - 107,452,338
singlet/doubletdoublet
Overlap genePitpnc1, Psmd12, A830035A12Rik, Helz
Upstream geneErn1, LOC100041277, Tex2, Pecam1, Gm885, Polg2, Ddx5, Ccdc45, Smurf2, LOC666873, Kpna2, 1810010H24Rik, Bptf, LOC100042899, Nol11, LOC671692
Downstream geneCacng1, Cacng4, Cacng5, Prkca, Apoh, LOC100041381, Ccdc46
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-282O10.bB6Ng01-282O10.g
ACCGA081994GA081995
length1,155648
definitionB6Ng01-282O10.b B6Ng01-282O10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(107,451,184 - 107,452,338)(107,286,525 - 107,287,172)
sequence
gaattctcttcccaccaactccgggtgaggcacagagcatgcccctgctg
aacaggatggggcgggctgctgcacacctcacctcggccaacagccaacc
caagctcctagtccctttctgtccgagccctgggttgctctcaaatcctt
ccagatacacgggatgctctggactggaaactgggtaattctaaaggaat
acccatctccctttcaacaagaacagtcatgttagggccgacagccttca
actgttcacaaggacactggactcccttgcaagagtcacctgcaaagaga
aacatcatctgaagcttgagggacaataaaagttgaactttttctgcaac
aggataatattaatttttgacaaaagaaataattatttccttaatttcca
gtcttttattaataaggagcttggcctaatgaaagcactgacctaaaaat
tctttagaaaaattaaaatgccaaaaaaactaaattaataaaataatctg
taccacgatacaataactttagaatcactgcttcaaggacagtaatcaaa
aaaaatgtttaaatcctaaggaaggcaagatggatcagctgggaaaaatc
tcttgctacacaactgcctggaaaccgcagtttgacttggaacacactaa
ggtgtagggaaaaaaacaacttcacaagctgtcccgacttccacagagca
ccacagagcatgcccacacgcatcgatcctacacacgcgcagcagtgaac
tttttagttctaagtccagcatagtggcccagatctgtaatttgagtact
caggaagctgaggcaggaggattataataatcttgaggccaggctaaacc
acacagtaagtactagtcatgctccaagacaagacctgctatgtctcaaa
aatggtaaaccagggccgggagacggctcagcgggtaagagcactgaact
caggaccactggggctctttccagaggtcctgagttcaaatcccagcaac
cacatgtggctcacaaccatctgtaataggatctggatgccctcttctgg
tgcatctgaagaagagtgacagtatactcacagcatcaatagtaaattaa
tctttttaaaaatacttaaactattctaacatgcacggtgtgtgtctatt
atgtt
gaattcatctcaacaccgatttattaagaaatatgtgccacttctgtgca
aattaggtaggtctgtttgttttatgacagggtcccaagtagcctaggct
aatctcatactcgctatgttatagtttggggttaaattcttgaccaccct
gtgtccacttcccaaatgttgaggttacaggcccgcatcaccacgcctga
atcaaattaagttttaggaaagcattgtcctatgtagaaacggacttctt
ttccctatgcaaataggatatatattcaaatgctcttgtcaccccaatgt
gcaattttcataaaggtggatgagatttctggtagtttatgtaggcatca
tttagctatatggagtgcaacttgtagtctaaagcttccaatgtagacag
gacagcctcagactcacagggatcccccctgcctctgcctccaaactgct
gggattaaagaaaggcgtagtgatccacttgttcttgtgacatgtgtcaa
ccatgacacaaccctgggaagacggactcaacgaggcactatctgcaatg
ggttggcctgtggacgaacctatgggagagaatgtccaggtgcaggcggg
accgttcccaagaggataggagtgggagccggggtgggggtgggaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_107451184_107452338
seq2: B6Ng01-282O10.b_42_1196 (reverse)

seq1  AACATAATAAACACACA-CGTGCATGTTTAGAATAGTTT-AGTATTTTTT  48
      ||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||| |||| |||||
seq2  AACATAATAGACACACACCGTGCATG-TTAGAATAGTTTAAGTA-TTTTT  48

seq1  AAAAAGATTTATTTATTTATTTTATGTTTGTGAGTATACTGTCACTC-TC  97
      ||||||||| ||||| |   || |||  ||||||||||||||||||| ||
seq2  AAAAAGATTAATTTACT--ATTGATG-CTGTGAGTATACTGTCACTCTTC  95

seq1  TTCAGATGCACCAGAAGAGGGCAT-CAGATCCTATTACAGATGGTTGTGA  146
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGATGCACCAGAAGAGGGCATCCAGATCCTATTACAGATGGTTGTGA  145

seq1  GCCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTCAGGACCTCTGG-AAGAG-CC  194
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
seq2  GCCA-CATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTCAGGACCTCTGGAAAGAGCCC  194

seq1  CAGTGGTCCTGAGTTCAGTGCTCTTACCCGCTGAGCCGTCTCCCGGCCCT  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGTCCTGAGTTCAGTGCTCTTACCCGCTGAGCCGTCTCCCGGCCCT  244

seq1  GGTTTACCATTTTTGAGACATAGCAGGTCTTGTCTTGGAGCATGACTAGT  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTACCATTTTTGAGACATAGCAGGTCTTGTCTTGGAGCATGACTAGT  294

seq1  ACTTACTGTGTGGTTTAGCCTGGCCTCAAGATTATTATAATCCTCCTGCC  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTACTGTGTGGTTTAGCCTGGCCTCAAGATTATTATAATCCTCCTGCC  344

seq1  TCAGCTTCCTGAGTACTCAAATTACAGATCTGGGCCACTATGCTGGACTT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTTCCTGAGTACTCAAATTACAGATCTGGGCCACTATGCTGGACTT  394

seq1  AGAACTAAAAAGTTCACTGCTGCGCGTGTGTAGGATCGATGCGTGTGGGC  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTAAAAAGTTCACTGCTGCGCGTGTGTAGGATCGATGCGTGTGGGC  444

seq1  ATGCTCTGTGGTGCTCTGTGGAAGTCGGGACAGCTTGTGAAGTTGTTTTT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTCTGTGGTGCTCTGTGGAAGTCGGGACAGCTTGTGAAGTTGTTTTT  494

seq1  TTCCCTACACCTTAGTGTGTTCCAAGTCAAACTGCGGTTTCCAGGCAGTT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTACACCTTAGTGTGTTCCAAGTCAAACTGCGGTTTCCAGGCAGTT  544

seq1  GTGTAGCAAGAGATTTTTCCCAGCTGATCCATCTTGCCTTCCTTAGGATT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAGCAAGAGATTTTTCCCAGCTGATCCATCTTGCCTTCCTTAGGATT  594

seq1  TAAACATTTTTTTTGATTACTGTCCTTGAAGCAGTGATTCTAAAGTTATT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACATTTTTTTTGATTACTGTCCTTGAAGCAGTGATTCTAAAGTTATT  644

seq1  GTATCGTGGTACAGATTATTTTATTAATTTAGTTTTTTTGGCATTTTAAT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCGTGGTACAGATTATTTTATTAATTTAGTTTTTTTGGCATTTTAAT  694

seq1  TTTTCTAAAGAATTTTTAGGTCAGTGCTTTCATTAGGCCAAGCTCCTTAT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTAAAGAATTTTTAGGTCAGTGCTTTCATTAGGCCAAGCTCCTTAT  744

seq1  TAATAAAAGACTGGAAATTAAGGAAATAATTATTTCTTTTGTCAAAAATT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAAAAGACTGGAAATTAAGGAAATAATTATTTCTTTTGTCAAAAATT  794

seq1  AATATTATCCTGTTGCAGAAAAAGTTCAACTTTTATTGTCCCTCAAGCTT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTATCCTGTTGCAGAAAAAGTTCAACTTTTATTGTCCCTCAAGCTT  844

seq1  CAGATGATGTTTCTCTTTGCAGGTGACTCTTGCAAGGGAGTCCAGTGTCC  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGATGTTTCTCTTTGCAGGTGACTCTTGCAAGGGAGTCCAGTGTCC  894

seq1  TTGTGAACAGTTGAAGGCTGTCGGCCCTAACATGACTGTTCTTGTTGAAA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGAACAGTTGAAGGCTGTCGGCCCTAACATGACTGTTCTTGTTGAAA  944

seq1  GGGAGATGGGTATTCCTTTAGAATTACCCAGTTTCCAGTCCAGAGCATCC  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGATGGGTATTCCTTTAGAATTACCCAGTTTCCAGTCCAGAGCATCC  994

seq1  CGTGTATCTGGAAGGATTTGAGAGCAACCCAGGGCTCGGACAGAAAGGGA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGTATCTGGAAGGATTTGAGAGCAACCCAGGGCTCGGACAGAAAGGGA  1044

seq1  CTAGGAGCTTGGGTTGGCTGTTGGCCGAGGTGAGGTGTGCAGCAGCCCGC  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGAGCTTGGGTTGGCTGTTGGCCGAGGTGAGGTGTGCAGCAGCCCGC  1094

seq1  CCCATCCTGTTCAGCAGGGGCATGCTCTGTGCCTCACCCGGAGTTGGTGG  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATCCTGTTCAGCAGGGGCATGCTCTGTGCCTCACCCGGAGTTGGTGG  1144

seq1  GAAGAGAATTC  1155
      |||||||||||
seq2  GAAGAGAATTC  1155

seq1: chr11_107286525_107287172
seq2: B6Ng01-282O10.g_69_716

seq1  GAATTCATCTCAACACCGATTTATTAAGAAATATGTGCCACTTCTGTGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCTCAACACCGATTTATTAAGAAATATGTGCCACTTCTGTGCA  50

seq1  AATTAGGTAGGTCTGTTTGTTTTATGACAGGGTCCCAAGTAGCCTAGGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAGGTAGGTCTGTTTGTTTTATGACAGGGTCCCAAGTAGCCTAGGCT  100

seq1  AATCTCATACTCGCTATGTTATAGTTTGGGGTTAAATTCTTGACCACCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTCATACTCGCTATGTTATAGTTTGGGGTTAAATTCTTGACCACCCT  150

seq1  GTGTCCACTTCCCAAATGTTGAGGTTACAGGCCCGCATCACCACGCCTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCCACTTCCCAAATGTTGAGGTTACAGGCCCGCATCACCACGCCTGA  200

seq1  ATCAAATTAAGTTTTAGGAAAGCATTGTCCTATGTAGAAACGGACTTCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAATTAAGTTTTAGGAAAGCATTGTCCTATGTAGAAACGGACTTCTT  250

seq1  TTCCCTATGCAAATAGGATATATATTCAAATGCTCTTGTCACCCCAATGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTATGCAAATAGGATATATATTCAAATGCTCTTGTCACCCCAATGT  300

seq1  GCAATTTTCATAAAGGTGGATGAGATTTCTGGTAGTTTATGTAGGCATCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATTTTCATAAAGGTGGATGAGATTTCTGGTAGTTTATGTAGGCATCA  350

seq1  TTTAGCTATATGGAGTGCAACTTGTAGTCTAAAGCTTCCAATGTAGACAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGCTATATGGAGTGCAACTTGTAGTCTAAAGCTTCCAATGTAGACAG  400

seq1  GACAGCCTCAGACTCACAGGGATCCCCCCTGCCTCTGCCTCCAAACTGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGCCTCAGACTCACAGGGATCCCCCCTGCCTCTGCCTCCAAACTGCT  450

seq1  GGGATTAAAGAAAGGCGTAGTGATCCACTTGTTCTTGTGACATGTGTCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATTAAAGAAAGGCGTAGTGATCCACTTGTTCTTGTGACATGTGTCAA  500

seq1  CCATGACACAACCCTGGGAAGACGGACTCAACGAGGCACTATCTGCAATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGACACAACCCTGGGAAGACGGACTCAACGAGGCACTATCTGCAATG  550

seq1  GGTTGGCCTGTGGACGAACCTATGGGAGAGAATGTCCAGGTGCAGGCGGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGGCCTGTGGACGAACCTATGGGAGAGAATGTCCAGGTGCAGGCGGG  600

seq1  ACCGTTCCCAAGAGGATAGGAGTGGGAGCCGGGGTGGGGGTGGGAAAA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGTTCCCAAGAGGATAGGAGTGGGAGCCGGGGTGGGGGTGGGAAAA  648