BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-285D09
Chromosome11 (Build37)
Map Location 113,786,871 - 113,953,759
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSdk2, LOC100041739
Upstream gene2610035D17Rik, Slc39a11, Sstr2, Cog1, D11Wsu99e, D11Wsu47e, D11Ertd636e, Cdc42ep4
Downstream geneLOC634710, 4932435O22Rik, Rpl38, Ttyh2, Dnaic2, Kif19a, 1500005I02Rik, Gpr142, Gprc5c, Cd300a, Cd300lb, Cd300c, 4732429D16Rik, Cd300d, LOC629970, LOC100043123, LOC100043125, Clm3, Cd300e
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-285D09.bB6Ng01-285D09.g
ACCGA083718GA083719
length1,1051,111
definitionB6Ng01-285D09.b B6Ng01-285D09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(113,952,657 - 113,953,759)(113,786,871 - 113,787,966)
sequence
gaattccaaaagacccgagttcaagttttgatgttgcaacttagccgacg
cacggctttcgaggaaggggcggcttctcttggctggcattttcaataga
agaaggctcctcggtgcagctgacgtggtgattaaataaggatttatgca
aaatactataaagttgacatatgtctgacaagttggatcatgagacaccc
agggacacgttcgaataagcagcatcggggacagaaatgggagagtcgct
gctgaagcaaggaagaattttaaaattacaagattttataggcaactaaa
gtctctcaaatgggaacatcagtatgaaatagatgacttcttaagccgag
caaacatcttttcaatacggctaaaagtaaatctcaaatgtcccatcgcc
agaaaatgtcagatatttgaggttaattggctttatttaatctttgtatt
aaaaaaaaaatcatcacatcagtttgtactccataagcacatgcaattat
aaattgtcagtttgtaatatcttaaaaagacgaataaaggtaaatgatca
aaagtcaatgtaagagggatcttaccacaagatccgtaggagtcggggca
agtgaggaagtagggatgaggatgccagaccaaggtagttccatacagtg
acttggttactgagtgatctcagctggggaacttaatagggttgcctagc
aaccatcaggggctaagaagaccagagaagagccatgtctagaaggggtc
agttccattgaagctggatccacaaaggagaagagagtctcaattgatca
actgcccaggttagattgttccatagacatatctgtaaggaagtgcattg
ccagttgatattgggaaggcccagtcccctgtgggtggcaccatttccct
aggtgctggtctctatcagaagggcagctaagtatgaccctgtgagtgag
ccagcaagcatccggtttctattcaaatcctaccctggcttccgttaatg
aggcactgttgcctgtaagctaaaaataaagccctttcttcccctaagtc
acttagttcagaatgttttatccacagatgagctagttcagtgattgagt
cataa
gaattctgtgtggtggtttcagatgcctggggaaggggtgaggggtagag
tggaatacattggaaaccatgggggaatggtgacttaggccagaaaggtc
tccaaagttcaggtgggattgaccaataggaggaaggtcacccctcctcc
aagccctgccacatgaagggtggtgcagcctgggctaaacatggaaggca
aatgagaccatgttagctaccatggactggctgtgataagggagaggctg
aggtgtagccagagaaagggaggtcagaagtaagggtttgggacagaaga
acttctggagatgacaaggggtggggtgtggcctcatctgttgtgtttcc
tcatttgggagatgactctgatggggctccaaaggaccagtcttaaagag
cccatgctatgccctcagcggacccttactccatccagtttcagctgctc
cattgtctatggagcacgtgacctcagacaaaggactgaaacttaggtac
cccatctcaaaaacgggacaaagtcagggcaactgcctcatgagaaagac
aaggaaagcttggttggccagaaggcttgccttcaaaaattcacattcat
ctaattctgcagaaagactgaaaaatgctaccagcacctgtgcactttag
aaatgcatatgcatggtttttaagttatttattggcatatattatcagta
attatacataataataggtttcattatacaacgagtagctttaatctcca
acttgacacaagctagattcacctgggaagagagtctcaatgagggattt
gttataactaagttaattgatgtggggagacctaacccacttgtgggtgg
caccattccttagacagggcatcctgaagtgtgtaagagtagagaaatcc
atcagaacaagcaagcaaacatgcatgtatttatttatctccctgctctt
ggctgggatgggaactggctttgtgtatttatcttgaatttccctgcatt
gaagaattgtaacctgggaaattattaaaaccaaaatagaatgtctccgc
aatggttgcttcttcccatgtatttttgtcaatagcaacagaatattaaa
aattaggcatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_113952657_113953759
seq2: B6Ng01-285D09.b_51_1155 (reverse)

seq1  TTATGACTCCATCACTGACCTAGCTTCATTCTGT-GATAAAACATTCTGA  49
      ||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||| |||||||||||||||
seq2  TTATGACTCAATCACTGAACTAGC-TCA-TCTGTGGATAAAACATTCTGA  48

seq1  CCTAAAGTGACTTAGGGG-AGAAAGGGCTTTA-TTTTAGCTTACAGGCAA  97
       || |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  ACT-AAGTGACTTAGGGGAAGAAAGGGCTTTATTTTTAGCTTACAGGCAA  97

seq1  CAGTGCCTCATTAACGGAAGCCAGGGTAGGATTTGAATAAGAAACCGGAT  147
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CAGTGCCTCATTAACGGAAGCCAGGGTAGGATTTGAAT-AGAAACCGGAT  146

seq1  GCTTGCTGGCTCACTCACAGGGTCATACTTAGCTGCCCTTCTGATAGAGA  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGCTGGCTCACTCACAGGGTCATACTTAGCTGCCCTTCTGATAGAGA  196

seq1  CCAGCACCTAGGG-AATGGTGCCACCCACAGGGGACTGGGCCTT-CCAAT  245
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CCAGCACCTAGGGAAATGGTGCCACCCACAGGGGACTGGGCCTTCCCAAT  246

seq1  ATCAACTGGCAATGCACTTCCTTACAGATATGTCTATGGAACAATCTAAC  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAACTGGCAATGCACTTCCTTACAGATATGTCTATGGAACAATCTAAC  296

seq1  CTGGGCAGTTGATCAATTGAGACTCTCTTCTCC-TTGTGGATCCAGCTTC  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CTGGGCAGTTGATCAATTGAGACTCTCTTCTCCTTTGTGGATCCAGCTTC  346

seq1  AATGGAACTGACCCCTTCTAGACATGGCTCTTCTCTGGTCTTCTTAGCCC  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGAACTGACCCCTTCTAGACATGGCTCTTCTCTGGTCTTCTTAGCCC  396

seq1  CTGATGGTTGCTAGGCAACCCTATTAAGTTCCCCAGCTGAGATCACTCAG  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATGGTTGCTAGGCAACCCTATTAAGTTCCCCAGCTGAGATCACTCAG  446

seq1  TAACCAAGTCACTGTATGGAACTACCTTGGTCTGGCATCCTCATCCCTAC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCAAGTCACTGTATGGAACTACCTTGGTCTGGCATCCTCATCCCTAC  496

seq1  TTCCTCACTTGCCCCGACTCCTACGGATCTTGTGGTAAGATCCCTCTTAC  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCACTTGCCCCGACTCCTACGGATCTTGTGGTAAGATCCCTCTTAC  546

seq1  ATTGACTTTTGATCATTTACCTTTATTCGTCTTTTTAAGATATTACAAAC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGACTTTTGATCATTTACCTTTATTCGTCTTTTTAAGATATTACAAAC  596

seq1  TGACAATTTATAATTGCATGTGCTTATGGAGTACAAACTGATGTGATGAT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAATTTATAATTGCATGTGCTTATGGAGTACAAACTGATGTGATGAT  646

seq1  TTTTTTTTTAATACAAAGATTAAATAAAGCCAATTAACCTCAAATATCTG  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTTAATACAAAGATTAAATAAAGCCAATTAACCTCAAATATCTG  696

seq1  ACATTTTCTGGCGATGGGACATTTGAGATTTACTTTTAGCCGTATTGAAA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTTCTGGCGATGGGACATTTGAGATTTACTTTTAGCCGTATTGAAA  746

seq1  AGATGTTTGCTCGGCTTAAGAAGTCATCTATTTCATACTGATGTTCCCAT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTTTGCTCGGCTTAAGAAGTCATCTATTTCATACTGATGTTCCCAT  796

seq1  TTGAGAGACTTTAGTTGCCTATAAAATCTTGTAATTTTAAAATTCTTCCT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGAGACTTTAGTTGCCTATAAAATCTTGTAATTTTAAAATTCTTCCT  846

seq1  TGCTTCAGCAGCGACTCTCCCATTTCTGTCCCCGATGCTGCTTATTCGAA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCAGCAGCGACTCTCCCATTTCTGTCCCCGATGCTGCTTATTCGAA  896

seq1  CGTGTCCCTGGGTGTCTCATGATCCAACTTGTCAGACATATGTCAACTTT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGTCCCTGGGTGTCTCATGATCCAACTTGTCAGACATATGTCAACTTT  946

seq1  ATAGTATTTTGCATAAATCCTTATTTAATCACCACGTCAGCTGCACCGAG  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTATTTTGCATAAATCCTTATTTAATCACCACGTCAGCTGCACCGAG  996

seq1  GAGCCTTCTTCTATTGAAAATGCCAGCCAAGAGAAGCCGCCCCTTCCTCG  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCTTCTTCTATTGAAAATGCCAGCCAAGAGAAGCCGCCCCTTCCTCG  1046

seq1  AAAGCCGTGCGTCGGCTAAGTTGCAACATCAAAACTTGAACTCGGGTCTT  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCCGTGCGTCGGCTAAGTTGCAACATCAAAACTTGAACTCGGGTCTT  1096

seq1  TTGGAATTC  1103
      |||||||||
seq2  TTGGAATTC  1105

seq1: chr11_113786871_113787966
seq2: B6Ng01-285D09.g_71_1181

seq1  GAATTCTGTGTGGTGGTTTCAGATGCCTGGGGAAGGGGTGAGGGGTAGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTGTGGTGGTTTCAGATGCCTGGGGAAGGGGTGAGGGGTAGAG  50

seq1  TGGAATACATTGGAAACCATGGGGGAATGGTGACTTAGGCCAGAAAGGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAATACATTGGAAACCATGGGGGAATGGTGACTTAGGCCAGAAAGGTC  100

seq1  TCCAAAGTTCAGGTGGGATTGACCAATAGGAGGAAGGTCACCCCTCCTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAAGTTCAGGTGGGATTGACCAATAGGAGGAAGGTCACCCCTCCTCC  150

seq1  AAGCCCTGCCACATGAAGGGTGGTGCAGCCTGGGCTAAACATGGAAGGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCCTGCCACATGAAGGGTGGTGCAGCCTGGGCTAAACATGGAAGGCA  200

seq1  AATGAGACCATGTTAGCTACCATGGACTGGCTGTGATAAGGGAGAGGCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGACCATGTTAGCTACCATGGACTGGCTGTGATAAGGGAGAGGCTG  250

seq1  AGGTGTAGCCAGAGAAAGGGAGGTCAGAAGTAAGGGTTTGGGACAGAAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGTAGCCAGAGAAAGGGAGGTCAGAAGTAAGGGTTTGGGACAGAAGA  300

seq1  ACTTCTGGAGATGACAAGGGGTGGGGTGTGGCCTCATCTGTTGTGTTTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTGGAGATGACAAGGGGTGGGGTGTGGCCTCATCTGTTGTGTTTCC  350

seq1  TCATTTGGGAGATGACTCTGATGGGGCTCCAAAGGACCAGTCTTAAAGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTGGGAGATGACTCTGATGGGGCTCCAAAGGACCAGTCTTAAAGAG  400

seq1  CCCATGCTATGCCCTCAGCGGACCCTTACTCCATCCAGTTTCAGCTGCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATGCTATGCCCTCAGCGGACCCTTACTCCATCCAGTTTCAGCTGCTC  450

seq1  CATTGTCTATGGAGCACGTGACCTCAGACAAAGGACTGAAACTTAGGTAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTCTATGGAGCACGTGACCTCAGACAAAGGACTGAAACTTAGGTAC  500

seq1  CCCATCTCAAAAACGGGACAAAGTCAGGGCAACTGCCTCATGAGAAAGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATCTCAAAAACGGGACAAAGTCAGGGCAACTGCCTCATGAGAAAGAC  550

seq1  AAGGAAAGCTTGGTTGGCCAGAAGGCTTGCCTTCAAAAATTCACATTCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAAGCTTGGTTGGCCAGAAGGCTTGCCTTCAAAAATTCACATTCAT  600

seq1  CTAATTCTGCAGAAAGACTGAAAAATGCTACCAGCACCTGTGCACTTTAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATTCTGCAGAAAGACTGAAAAATGCTACCAGCACCTGTGCACTTTAG  650

seq1  AAATGCATATGCATGGTTTTTAAGTTATTTATTGGCATATATTATCAGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCATATGCATGGTTTTTAAGTTATTTATTGGCATATATTATCAGTA  700

seq1  ATTATACATAATAATAGGTTTCATTATACAACGAGTAGCTTTAATCTCCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATACATAATAATAGGTTTCATTATACAACGAGTAGCTTTAATCTCCA  750

seq1  ACTTGACACAAGCTAGATTCACCTGGGAAGAGAGTCTCAATGAGGGA-TT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  ACTTGACACAAGCTAGATTCACCTGGGAAGAGAGTCTCAATGAGGGATTT  800

seq1  GTTATAACTAAGTTAATTGATGTGGGGAGACCTAACCCAC-TGTGGGTGG  848
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GTTATAACTAAGTTAATTGATGTGGGGAGACCTAACCCACTTGTGGGTGG  850

seq1  CACCATTCCTTAGACAGGGCATCCTGAAGTGTGTAAGAGTAGAGAAATCC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATTCCTTAGACAGGGCATCCTGAAGTGTGTAAGAGTAGAGAAATCC  900

seq1  ATCAGAACAAGCAAGCAAACATGCATGTATTTA-TTATCTCCCTGCTCTT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  ATCAGAACAAGCAAGCAAACATGCATGTATTTATTTATCTCCCTGCTCTT  950

seq1  GGCTGGGATGGG-ACTGGC-TTGTGTATTTATCTTG-ATTTCCCTGCATT  994
      |||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GGCTGGGATGGGAACTGGCTTTGTGTATTTATCTTGAATTTCCCTGCATT  1000

seq1  GAGGAATTGTAA-CTGGG-AATTAT--AAACC-AAATAG-ATGTCTCCGC  1038
      || ||||||||| ||||| ||||||  ||||| |||||| ||||||||||
seq2  GAAGAATTGTAACCTGGGAAATTATTAAAACCAAAATAGAATGTCTCCGC  1050

seq1  AAT-GTTGCTTCTTCCAGGGTA-TTTTGTC-ATAGCAACAG-ATAT--AA  1082
      ||| ||||||||||||   ||| ||||||| |||||||||| ||||  ||
seq2  AATGGTTGCTTCTTCCCATGTATTTTTGTCAATAGCAACAGAATATTAAA  1100

seq1  AATTAGTATGCATT  1096
      ||||||   |||||
seq2  AATTAG---GCATT  1111