BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-287C01
Chromosome11 (Build37)
Map Location 19,003,162 - 19,177,291
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC627696, LOC627716, LOC665796, Meis1
Downstream geneLOC635455, LOC100042708, Glns-ps1, LOC665868, LOC100041937, Spred2, Actr2, Rab1, Cep68
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-287C01.bB6Ng01-287C01.g
ACCGA085137GA085138
length1,1311,111
definitionB6Ng01-287C01.b B6Ng01-287C01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(19,176,165 - 19,177,291)(19,003,162 - 19,004,293)
sequence
gaattcaatgaagtaaaagacaatttttgaggactagagaagaattctgt
ttcacaattgagttgtatgacactacacctttctcaaaactcactaaagt
gtgtgccttgtatgtcaacagtatataaaagaaagacaaaaatcatgacc
cttagtgagaatgcagccagtcaacagaaacacgatgctgacatggtaga
ggtggtaggactggcagccaggctttaaaagagctactgttaaatggaga
acattcacttatttatctttactttgtgaagaaaagaagtttctgtagtt
tgtgcttctggggttaagagcatttcattcccattggctggtgatgtcat
aagatttcttgacaatatgatcattggcattatatatgagacagaggagg
agggagagggacatatatgaagttacatattctctctcctccccatagat
agatagatagatagatagatagatagatagatagacagacagaaaaaatc
ctgagcctgagatggggaacatacttgacttaagggctggagatcactgc
ttttataataatcagtgcagaatatgtgatacatagaggaaaaccataga
agcaagaagctggagaaagatccttgttctgctcagaataatcatgaaag
gaagcacggcaatctatctcataactaaatgctgataagcagtgacaaag
ggagaatcttgaaaatagccagaaatccatgcccataaatcgaacatctt
aggtgcaaagaaaaaattgtgagagatatgaatctttaaaactctttcaa
gatgaaacaagtactcgaggaggtctatatctgttaaaggaattaaactc
ctaatttaaaaccctccaagaaagatgaggctcagctcactcaccagtga
attctgccagcactgaagaaagaaatggtgccaaacacacagcaaggttt
ccagaaataggggtaagggtgatttatatcctatggaattgccattgcct
tggctgggtataatagcctagcaagggaaagtgacctgcaagccagattg
cctcgttgagcatagattcaaaaatagagccaatctccctatgagcacct
gagccacttgaatacacgcaataaataaagg

gaattctcccccagcgctgctttcactctttatgtgagcttaatccaggg
gattaacaaatggatctacagaagacctcctcttactgtgaaaggagaga
caagttgaagcaggaatagtcctcaaataaaaggtctggttctgctagaa
gctaagagcgcagcactaccgggcatggggcggagtgtgtcccttggatg
ctgggtcacaggggacacagctttgctgacatcacaggccttctgcctcc
actcacagccctgcccaaccactatagttatctccttctgtcctctgatt
ttcccacattgcctggccctctcttgtcccctttagaacccacccagaat
ctgttctctccatgctgtgcgccggttgtatagtgtcttaatatgggttg
ccagcaacagaatttaaagtgggattcttgggtgggtcattctagtgcag
gtgccttgaggatgagcaaaagaccagacagctagagaaatcaagattag
caagggaggggactctgctagggattagcttcaccctcatcccatgagta
attctatagctgagtctaatgttttttacttctgtggcaaccatacaaga
gaggagttcctggctgagagaggggacagcatcccagtgaggtggtgcct
ccttctgaagaaggaccagaagaaacttcatggttcccatcatacaaaga
actcacagagaagatacttcagtggctttaaacaagctgaaaacaagaca
aacggaatacagggtattgacaaaaaggctcccagctctgctttctgcat
gctaagtgtgttttagtaagcactcaggtgtgttttcactttttattttt
ataaggaatagtagaatatgacttagccataaattctatcaaattaaagc
atgtaattttgaaatgatgcatacgtatgggtgtttgcacatatgagttt
aggtgctctcagaggccaaagacgtgtttgtagatccttgggattgagta
gtcatgagcacccaggtgaggctggactaacctatatctgtgtgagatat
atacaccctaccactgagccacctctcagccctgtgccattttagccagt
aataggattct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_19176165_19177291
seq2: B6Ng01-287C01.b_46_1176 (reverse)

seq1  CCTTTATTTATTGC-TGTATTCAAGTTGCTCA-GTGCTCATAGGAGATTT  48
      |||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||  |
seq2  CCTTTATTTATTGCGTGTATTCAAGTGGCTCAGGTGCTCATAGG-GAGAT  49

seq1  TGCCTCTA-TTTTGAATCTATGCTC-ACGAGGCATCCTGGCCTGCAGGTC  96
      || ||||| |||||||||||||||| ||||||||  ||||| ||||||||
seq2  TGGCTCTATTTTTGAATCTATGCTCAACGAGGCAATCTGGCTTGCAGGTC  99

seq1  ACTTTCCCTTGCTAGGCTA-TATACCCAGCCAAGGCAATGGCAATTCCAT  145
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCCCTTGCTAGGCTATTATACCCAGCCAAGGCAATGGCAATTCCAT  149

seq1  AAGATATAAATCACCCCTACCCCTATTTCTGGAAACCTTGCTGTGTGTTT  195
      | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATATAAATCACCCTTACCCCTATTTCTGGAAACCTTGCTGTGTGTTT  199

seq1  GGCACCATTTCTTTCTTCAGTGCTGGCAGAATTCACTGGTGAGTGAGCTG  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACCATTTCTTTCTTCAGTGCTGGCAGAATTCACTGGTGAGTGAGCTG  249

seq1  AGCCTCATCTTTCTTGGAGGGTTTTAAATTAGGAGTTTAATTCCTTTAAC  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTCATCTTTCTTGGAGGGTTTTAAATTAGGAGTTTAATTCCTTTAAC  299

seq1  AGATATAGACCTCCTCGAGTACTTGTTTCATCTTGAAAGAGTTTTAAAGA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATAGACCTCCTCGAGTACTTGTTTCATCTTGAAAGAGTTTTAAAGA  349

seq1  TTCATATCTCTCACAATTTTTTCTTTGCACCTAAGATGTTCGATTTATGG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATATCTCTCACAATTTTTTCTTTGCACCTAAGATGTTCGATTTATGG  399

seq1  GCATGGATTTCTGGCTATTTTCAAGATTCTCCCTTTGTCACTGCTTATCA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGGATTTCTGGCTATTTTCAAGATTCTCCCTTTGTCACTGCTTATCA  449

seq1  GCATTTAGTTATGAGATAGATTGCCGTGCTTCCTTTCATGATTATTCTGA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTAGTTATGAGATAGATTGCCGTGCTTCCTTTCATGATTATTCTGA  499

seq1  GCAGAACAAGGATCTTTCTCCAGCTTCTTGCTTCTATGGTTTTCCTCTAT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAACAAGGATCTTTCTCCAGCTTCTTGCTTCTATGGTTTTCCTCTAT  549

seq1  GTATCACATATTCTGCACTGATTATTATAAAAGCAGTGATCTCCAGCCCT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCACATATTCTGCACTGATTATTATAAAAGCAGTGATCTCCAGCCCT  599

seq1  TAAGTCAAGTATGTTCCCCATCTCAGGCTCAGGATTTTTTCTGTCTGTCT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTCAAGTATGTTCCCCATCTCAGGCTCAGGATTTTTTCTGTCTGTCT  649

seq1  ATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATGGGGAGGAGAGA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATGGGGAGGAGAGA  699

seq1  GAATATGTAACTTCATATATGTCCCTCTCCCTCCTCCTCTGTCTCATATA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATGTAACTTCATATATGTCCCTCTCCCTCCTCCTCTGTCTCATATA  749

seq1  TAATGCCAATGATCATATTGTCAAGAAATCTTATGACATCACCAGCCAAT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGCCAATGATCATATTGTCAAGAAATCTTATGACATCACCAGCCAAT  799

seq1  GGGAATGAAATGCTCTTAACCCCAGAAGCACAAACTACAGAAACTTCTTT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAATGAAATGCTCTTAACCCCAGAAGCACAAACTACAGAAACTTCTTT  849

seq1  TCTTCACAAAGTAAAGATAAATAAGTGAATGTTCTCCATTTAACAGTAGC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCACAAAGTAAAGATAAATAAGTGAATGTTCTCCATTTAACAGTAGC  899

seq1  TCTTTTAAAGCCTGGCTGCCAGTCCTACCACCTCTACCATGTCAGCATCG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTAAAGCCTGGCTGCCAGTCCTACCACCTCTACCATGTCAGCATCG  949

seq1  TGTTTCTGTTGACTGGCTGCATTCTCACTAAGGGTCATGATTTTTGTCTT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCTGTTGACTGGCTGCATTCTCACTAAGGGTCATGATTTTTGTCTT  999

seq1  TCTTTTATATACTGTTGACATACAAGGCACACACTTTAGTGAGTTTTGAG  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTATATACTGTTGACATACAAGGCACACACTTTAGTGAGTTTTGAG  1049

seq1  AAAGGTGTAGTGTCATACAACTCAATTGTGAAACAGAATTCTTCTCTAGT  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGTGTAGTGTCATACAACTCAATTGTGAAACAGAATTCTTCTCTAGT  1099

seq1  CCTCAAAAATTGTCTTTTACTTCATTGAATTC  1127
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAAAAATTGTCTTTTACTTCATTGAATTC  1131


seq1: chr11_19003162_19004293
seq2: B6Ng01-287C01.g_64_1174

seq1  GAATTCTCCCCCAGCGCTGCTTTCACTCTTTATGTGAGCTTAATCCAGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCCCCAGCGCTGCTTTCACTCTTTATGTGAGCTTAATCCAGGG  50

seq1  GATTAACAAATGGATCTACAGAAGACCTCCTCTTACTGTGAAAGGAGAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAACAAATGGATCTACAGAAGACCTCCTCTTACTGTGAAAGGAGAGA  100

seq1  CAAGTTGAAGCAGGAATAGTCCTCAAATAAAAGGTCTGGTTCTGCTAGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTTGAAGCAGGAATAGTCCTCAAATAAAAGGTCTGGTTCTGCTAGAA  150

seq1  GCTAAGAGCGCAGCACTACCGGGCATGGGGCGGAGTGTGTCCCTTGGATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAGAGCGCAGCACTACCGGGCATGGGGCGGAGTGTGTCCCTTGGATG  200

seq1  CTGGGTCACAGGGGACACAGCTTTGCTGACATCACAGGCCTTCTGCCTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGTCACAGGGGACACAGCTTTGCTGACATCACAGGCCTTCTGCCTCC  250

seq1  ACTCACAGCCCTGCCCAACCACTATAGTTATCTCCTTCTGTCCTCTGATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACAGCCCTGCCCAACCACTATAGTTATCTCCTTCTGTCCTCTGATT  300

seq1  TTCCCACATTGCCTGGCCCTCTCTTGTCCCCTTTAGAACCCACCCAGAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCACATTGCCTGGCCCTCTCTTGTCCCCTTTAGAACCCACCCAGAAT  350

seq1  CTGTTCTCTCCATGCTGTGCGCCGGTTGTATAGTGTCTTAATATGGGTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTCTCTCCATGCTGTGCGCCGGTTGTATAGTGTCTTAATATGGGTTG  400

seq1  CCAGCAACAGAATTTAAAGTGGGATTCTTGGGTGGGTCATTCTAGTGCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCAACAGAATTTAAAGTGGGATTCTTGGGTGGGTCATTCTAGTGCAG  450

seq1  GTGCCTTGAGGATGAGCAAAAGACCAGACAGCTAGAGAAATCAAGATTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCTTGAGGATGAGCAAAAGACCAGACAGCTAGAGAAATCAAGATTAG  500

seq1  CAAGGGAGGGGACTCTGCTAGGGATTAGCTTCACCCTCATCCCATGAGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGGAGGGGACTCTGCTAGGGATTAGCTTCACCCTCATCCCATGAGTA  550

seq1  ATTCTATAGCTGAGTCTAATGTTTTTTACTTCTGTGGCAACCATACAAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTATAGCTGAGTCTAATGTTTTTTACTTCTGTGGCAACCATACAAGA  600

seq1  GAGGAGTTCCTGGCTGAGAGAGGGGACAGCATCCCAGTGAGGTGGTGCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGTTCCTGGCTGAGAGAGGGGACAGCATCCCAGTGAGGTGGTGCCT  650

seq1  CCTTCTGAAGAAGGACCAGAAGAAACTTCATGGTTCCCATCATACAAAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTGAAGAAGGACCAGAAGAAACTTCATGGTTCCCATCATACAAAGA  700

seq1  ACTCACAGAGAAGATACTTCAGTGGCTTTAAACAAGCTGAAAACAAGACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACAGAGAAGATACTTCAGTGGCTTTAAACAAGCTGAAAACAAGACA  750

seq1  AACGGAATACAGGGTATTGACAAAAAGGCTCCCAGCTCTGCTTTCTGCAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGGAATACAGGGTATTGACAAAAAGGCTCCCAGCTCTGCTTTCTGCAT  800

seq1  GCTAAGTGTGTTTTAGTAAGCACTCAGGTGTGTTTTCACTTTTTATTTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAGTGTGTTTTAGTAAGCACTCAGGTGTGTTTTCACTTTTTATTTTT  850

seq1  ATAAGGAATAGTAGAATATGACTTAGCCATAAATTCTATCAAATTAAAAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  ATAAGGAATAGTAGAATATGACTTAGCCATAAATTCTATCAAATT-AAAG  899

seq1  CATGTAATTTTGAAATGATGCATACGTATGGGTGTTTGCACATATGAGTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTAATTTTGAAATGATGCATACGTATGGGTGTTTGCACATATGAGTT  949

seq1  TAGGTGCTCTCAGAGGCCAAAGAAGGTGTTTGTTAGATCCTTTGGAATTG  1000
      |||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||| |||  | 
seq2  TAGGTGCTCTCAGAGGCCAAAG-ACGTGTTTG-TAGATCCTTGGGA--TT  995

seq1  GAGTAGTCATGAGCCACCCAGGTGGAGGGCTGGGAACTAAACCTATATCC  1050
      ||||||||||||| ||||||||||   ||||||  ||| ||||||||| |
seq2  GAGTAGTCATGAG-CACCCAGGTG--AGGCTGG--ACT-AACCTATAT-C  1038

seq1  TGTGTGAGATTAATATACACCCTTAACCACTGAGCCACCTCTCAAGCCCC  1100
      ||||||||||  |||||||||||  |||||||||||||||||||   |||
seq2  TGTGTGAGAT--ATATACACCCT--ACCACTGAGCCACCTCTCA--GCCC  1082

seq1  TGTGCCCATTTTTTAGCAAGTAATAAGATTCT  1132
      ||||||    ||||||| ||||||| ||||||
seq2  TGTGCC---ATTTTAGCCAGTAATAGGATTCT  1111


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |