BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-291E15
Chromosome11 (Build37)
Map Location 95,579,113 - 95,753,666
singlet/doubletdoublet
Overlap geneZfp652, EG665273, Phospho1, Abi3, Gngt2, LOC100040014, B4galnt2
Upstream geneCdc34-ps, A430060F13Rik, Tmem92, LOC100039410, LOC544807, LOC544808, LOC665174, LOC432591, LOC100039739, Col1a1, Sgca, Hils1, Ppp1r9b, Samd14, Pdk2, Itga3, Dlx3, Dlx4, LOC100039437, Tac4, Myst2, 5730593F17Rik, Slc35b1, Spop, LOC100039483, Nxph3, Ngfr, Phb, 1110035M17Rik
Downstream geneIgf2bp1, LOC100040040, Gip, Snf8, Ube2z, Atp5g1, Ndp52, Ttll6, Hoxb13, LOC432593, LOC100039639, Gm53, Hoxb9, Hoxb8, Hoxb7, Hoxb6, Hoxb5, Hoxb4, Hoxb3, Hoxb2, Hoxb1, LOC100040242, OTTMUSG00000001775, Skap1, Snx11, Cbx1, LOC629750, Nfe2l1, Copz2, LOC100040373, LOC665436
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-291E15.bB6Ng01-291E15.g
ACCGA088215GA088216
length1,0841,116
definitionB6Ng01-291E15.b B6Ng01-291E15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(95,752,584 - 95,753,666)(95,579,113 - 95,580,226)
sequence
gaattcaaggccagtatgatctacatggtgaattccaggccagccaggct
tatatggtgggacctgtctcaaacaaaacaaagtaagactaatgaagatt
attactattgagagtgcgaatgtccgtgagcaaatgccacggctcgggta
ttggtgtcagaggacaactcgttagactcggtcctgtccttctaccccgg
gttctcaaatgaagtctttagggttgcacggtgagcgctcttgtccattg
aaccattcccagctttttacgtggttgcaggagactgcactcaggcccct
cctgtgcagcgttactgtctacaccttctatctccccagatcttgacatc
aaacattctaatgtgttttgctttttcagcgtgtcttttgccagcttcag
gtttccatggctcctcaagacatttgtcctcatggtaggacttgccactg
ttgcgtttatggtgagaaaggtgtcccttacaacagacttcagcaccttc
aagccaaagtttccagagcctgcaagggttgacccagtgctgaagcttct
accagaggagcatctgaggaaactctttacctacagtgacatctggtgag
actctgggtgctccagcctcactgttgtccccctcaaggtcacttccctg
attctccttgagccttagacatcgtagacaactcagaatgggtgctggtt
actaaagtgagtctcagagaccaggggtggtctgtgggatccagtgtctg
tttcccacaacaccaggtaaccttgcaacttcactgggagggcttggttc
ctgccatctgccctaatgggactagctgccaactgaagtgcctatggctc
ttaaagacgcaagatagaagggataattctagagagggctgttaggcacg
gtagtgcactcagcagctaaaggcaggggagttaccatgagtttgaagcc
agcctgggccacatagacaagatctcgtctcaagaaagaaaaggaaagag
gacgaaagaaagagggaatagttctttagtccctccctttcatccccact
ccctcatctgtctctggggggggggggggggagg
gaattctgtgtcagagtcaaatcatgtggaaagccttgtgtaaattatca
tggttaatgcacccataaagtactcggtagagttagtagagacatcaaat
gcttattttagtaaatctgtttatttatatagcagttgtgttcgacttga
aaatacttgtgtatattttgtgaaaatacttatgagaaatcccagtgctt
gtctgaatttttgatcatgaactgtcaataggactaaaagtttgtatgtg
ccttatacatttttgccttagtgggaaaagggatgaaaagtaagattcca
tctgttaaatttaattaactatgtgctatagattgtctatgtggccttgc
ttatcatttaaataaaataagtcaggcgtggtgttgcacacctttaatcc
agcacttgggaggcagaggcaggcggatttctgagtttgaggtcagcctg
gtctacaaagtgagttccaggacagccagagctacacagagaaaccctgt
ctcgaaaaaccaaaacaaacccaaaaaaacaaaaaaggcagttttatggt
aaaacatgacaccatatttccttttaaagatagattatcaattgctttga
aaaataacgggctgtggtggtgcacatctttaatcccagcatttaggagg
cagagatagagtttgaggccaacctggtctaccaaatgagttccagggct
atatagagaaaccctgtctcaaaaagaaaacaaacaaataaacaaaaaga
aagaaagggggctggagatatggcttagcggttaagagcactgactgttc
ttccaaaggtcctgagttcaaatcccagcaaccacatggtggctcacaac
catctatctgtaataagatcttttaccctcttctggtgtgtctgaagaca
gctacgtgtacttagatattataattaaatcttaaaaaaaaaaaagaaag
gaagggaggaaaaattaaaaaaaattaagaagaacaagtttagttaaagt
catgtatgcatattatttggtggcacgaagacaatttaaaatagatctct
ttggctaatggtagagtaaaattaactctgcaccttttgcaggatagcat
taatgtatgttctctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_95752584_95753666
seq2: B6Ng01-291E15.b_47_1130 (reverse)

seq1  ----CCTCCCCCCCCCCCCAGAGACAGGATGAGGGAGTGGGGATG-AAGG  45
          || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||
seq2  CCTCCCCCCCCCCCCCCCCAGAGACA-GATGAGGGAGTGGGGATGAAAGG  49

seq1  GAGGGACTAAAG-ACTATTCCCTCTTTCTTTTCGTTCTTCTTTTCCTTTT  94
      |||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||   |||||||||
seq2  GAGGGACTAAAGAACTATTCCCTCTTTC-TTTCGTCCT--CTTTCCTTTT  96

seq1  CTTTCTTGAGACGGAGATCTTGTCTATGTGGCCCAGGCTGGCTTCAAACT  144
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTTGAGAC-GAGATCTTGTCTATGTGGCCCAGGCTGGCTTCAAACT  145

seq1  CATGGTAACTCCCCTGCC-TTAGCTGCCTGAGTGCACTACCGTGCCTAAC  193
      |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTAACTCCCCTGCCTTTAGCTG-CTGAGTGCACTACCGTGCCTAAC  194

seq1  AGCCCTCTCTAGAATTATCCCTTCTATCTTGCGTCTTTAAGAGCCATAGG  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCTCTCTAGAATTATCCCTTCTATCTTGCGTCTTTAAGAGCCATAGG  244

seq1  CACTTCAGTTGGCAGCTAGTCCCATTAGGGCAGATGGCAGGAACCAAGCC  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTCAGTTGGCAGCTAGTCCCATTAGGGCAGATGGCAGGAACCAAGCC  294

seq1  CTCCCAGTGAAGTTGCAAGGTTACCTGGTGTTGTGGGAAACAGACACTGG  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCAGTGAAGTTGCAAGGTTACCTGGTGTTGTGGGAAACAGACACTGG  344

seq1  ATCCCACAGACCACCCCTGGTCTCTGAGACTCACTTTAGTAACCAGCACC  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCACAGACCACCCCTGGTCTCTGAGACTCACTTTAGTAACCAGCACC  394

seq1  CATTCTGAGTTGTCTACGATGTCTAAGGCTCAAGGAGAATCAGGGAAGTG  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTGAGTTGTCTACGATGTCTAAGGCTCAAGGAGAATCAGGGAAGTG  444

seq1  ACCTTGAGGGGGACAACAGTGAGGCTGGAGCACCCAGAGTCTCACCAGAT  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTGAGGGGGACAACAGTGAGGCTGGAGCACCCAGAGTCTCACCAGAT  494

seq1  GTCACTGTAGGTAAAGAGTTTCCTCAGATGCTCCTCTGGTAGAAGCTTCA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACTGTAGGTAAAGAGTTTCCTCAGATGCTCCTCTGGTAGAAGCTTCA  544

seq1  GCACTGGGTCAACCCTTGCAGGCTCTGGAAACTTTGGCTTGAAGGTGCTG  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTGGGTCAACCCTTGCAGGCTCTGGAAACTTTGGCTTGAAGGTGCTG  594

seq1  AAGTCTGTTGTAAGGGACACCTTTCTCACCATAAACGCAACAGTGGCAAG  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCTGTTGTAAGGGACACCTTTCTCACCATAAACGCAACAGTGGCAAG  644

seq1  TCCTACCATGAGGACAAATGTCTTGAGGAGCCATGGAAACCTGAAGCTGG  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTACCATGAGGACAAATGTCTTGAGGAGCCATGGAAACCTGAAGCTGG  694

seq1  CAAAAGACACGCTGAAAAAGCAAAACACATTAGAATGTTTGATGTCAAGA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGACACGCTGAAAAAGCAAAACACATTAGAATGTTTGATGTCAAGA  744

seq1  TCTGGGGAGATAGAAGGTGTAGACAGTAACGCTGCACAGGAGGGGCCTGA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGGAGATAGAAGGTGTAGACAGTAACGCTGCACAGGAGGGGCCTGA  794

seq1  GTGCAGTCTCCTGCAACCACGTAAAAAGCTGGGAATGGTTCAATGGACAA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAGTCTCCTGCAACCACGTAAAAAGCTGGGAATGGTTCAATGGACAA  844

seq1  GAGCGCTCACCGTGCAACCCTAAAGACTTCATTTGAGAACCCGGGGTAGA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCGCTCACCGTGCAACCCTAAAGACTTCATTTGAGAACCCGGGGTAGA  894

seq1  AGGACAGGACCGAGTCTAACGAGTTGTCCTCTGACACCAATACCCGAGCC  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACAGGACCGAGTCTAACGAGTTGTCCTCTGACACCAATACCCGAGCC  944

seq1  GTGGCATTTGCTCACGGACATTCGCACTCTCAATAGTAATAATCTTCATT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCATTTGCTCACGGACATTCGCACTCTCAATAGTAATAATCTTCATT  994

seq1  AGTCTTACTTTGTTTTGTTTGAGACAGGTCCCACCATATAAGCCTGGCTG  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTTACTTTGTTTTGTTTGAGACAGGTCCCACCATATAAGCCTGGCTG  1044

seq1  GCCTGGAATTCACCATGTAGATCATACTGGCCTTGAATTC  1083
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGAATTCACCATGTAGATCATACTGGCCTTGAATTC  1084

seq1: chr11_95579113_95580226
seq2: B6Ng01-291E15.g_71_1186

seq1  GAATTCTGTGTCAGAGTCAAATCATGTGGAAAGCCTTGTGTAAATTATCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTGTCAGAGTCAAATCATGTGGAAAGCCTTGTGTAAATTATCA  50

seq1  TGGTTAATGCACCCATAAAGTACTCGGTAGAGTTAGTAGAGACATCAAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTAATGCACCCATAAAGTACTCGGTAGAGTTAGTAGAGACATCAAAT  100

seq1  GCTTATTTTAGTAAATCTGTTTATTTATATAGCAGTTGTGTTCGACTTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTATTTTAGTAAATCTGTTTATTTATATAGCAGTTGTGTTCGACTTGA  150

seq1  AAATACTTGTGTATATTTTGTGAAAATACTTATGAGAAATCCCAGTGCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACTTGTGTATATTTTGTGAAAATACTTATGAGAAATCCCAGTGCTT  200

seq1  GTCTGAATTTTTGATCATGAACTGTCAATAGGACTAAAAGTTTGTATGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGAATTTTTGATCATGAACTGTCAATAGGACTAAAAGTTTGTATGTG  250

seq1  CCTTATACATTTTTGCCTTAGTGGGAAAAGGGATGAAAAGTAAGATTCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTATACATTTTTGCCTTAGTGGGAAAAGGGATGAAAAGTAAGATTCCA  300

seq1  TCTGTTAAATTTAATTAACTATGTGCTATAGATTGTCTATGTGGCCTTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTAAATTTAATTAACTATGTGCTATAGATTGTCTATGTGGCCTTGC  350

seq1  TTATCATTTAAATAAAATAAGTCAGGCGTGGTGTTGCACACCTTTAATCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCATTTAAATAAAATAAGTCAGGCGTGGTGTTGCACACCTTTAATCC  400

seq1  AGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGCGGATTTCTGAGTTTGAGGTCAGCCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGCGGATTTCTGAGTTTGAGGTCAGCCTG  450

seq1  GTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGAGCTACACAGAGAAACCCTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGAGCTACACAGAGAAACCCTGT  500

seq1  CTCGAAAAACCAAAACAAACCCAAAAAAACAAAAAAGGCAGTTTTATGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGAAAAACCAAAACAAACCCAAAAAAACAAAAAAGGCAGTTTTATGGT  550

seq1  AAAACATGACACCATATTTCCTTTTAAAGATAGATTATCAATTGCTTTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACATGACACCATATTTCCTTTTAAAGATAGATTATCAATTGCTTTGA  600

seq1  AAAATAACGGGCTGTGGTGGTGCACATCTTTAATCCCAGCATTTAGGAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAACGGGCTGTGGTGGTGCACATCTTTAATCCCAGCATTTAGGAGG  650

seq1  CAGAGATAGAGTTTGAGGCCAACCTGGTCTACCAAATGAGTTCCAGGGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGATAGAGTTTGAGGCCAACCTGGTCTACCAAATGAGTTCCAGGGCT  700

seq1  ATATAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAGAAAACAAACAAATAAACAAAAAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAGAAAACAAACAAATAAACAAAAAGA  750

seq1  AAGAAAGGGGGCTGGAGATATGGCTTAGCGGTTAAGAGCACTGACTGTTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAGGGGGCTGGAGATATGGCTTAGCGGTTAAGAGCACTGACTGTTC  800

seq1  TTCCAAAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAAAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAAC  850

seq1  CATCTATCTGTAATAAGATCTTTTACCCTCTTCTGGTGTGTCTGAAGACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTATCTGTAATAAGATCTTTTACCCTCTTCTGGTGTGTCTGAAGACA  900

seq1  GCTACAGTGTACTTAGATATAATAAATAAATCTTAAAAAAAAAAAAAGAA  950
      ||||| |||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||
seq2  GCTAC-GTGTACTTAGATATTATAATTAAATCTT-AAAAAAAAAAAAGAA  948

seq1  AGGAA-GGAAGAAAAAATAAAAAAAATAAAGAAGAACAAGTTTAGTTAAA  999
      ||||| ||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGGGAGGAAAAATTAAAAAAAATTAAGAAGAACAAGTTTAGTTAAA  998

seq1  GTCATGTATGCAATATAATTTGGT-GCACG-AGAC-ATTTAAAATAGAAT  1046
      ||||||||||| |||| ||||||| ||||| |||| ||||||||||| ||
seq2  GTCATGTATGC-ATATTATTTGGTGGCACGAAGACAATTTAAAATAG-AT  1046

seq1  CTCTTTGGCTAAT-GTAGAGT-AAATTAACTCTGCCACCTTTTGCAGGAT  1094
      ||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CTCTTTGGCTAATGGTAGAGTAAAATTAACTCTG-CACCTTTTGCAGGAT  1095

seq1  AGCATTATGGTATG-TCTCTG  1114
      |||||||  ||||| ||||||
seq2  AGCATTAATGTATGTTCTCTG  1116