BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-291N05
Chromosome11 (Build37)
Map Location 71,222,074 - 71,360,669
singlet/doubletdoublet
Overlap gene9230020A06Rik
Upstream genePelp1, Arrb2, Med11, Cxcl16, Zmynd15, Tm4sf5, Vmo1, C730027E14Rik, Psmb6, Pld2, Mink1, Chrne, LOC668433, Gp1ba, Slc25a11, Rnf167, Pfn1, Eno3, Spag7, Camta2, AI842396, Kif1c, LOC668488, Zfp3, A430084P05Rik, Rabep1, LOC668461, Nup88, Rpain, C1qbp, Dhx33, Derl2, Mis12, 6330403K07Rik, LOC382536, Nlrp1a, Nlrp1b, Nlrp1c, LOC100043249
Downstream geneWscd1, Aipl1, 6720460F02Rik, Pitpnm3, 4933427D14Rik, Txnl5, Med31, 4930563E22Rik, Slc13a5, Fbxo39, LOC628100, Tekt1, D130058I21Rik, Ggt6, Mybbp1a, 9830002I17Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-291N05.bB6Ng01-291N05.g
ACCGA088614GA088615
length1,1801,119
definitionB6Ng01-291N05.b B6Ng01-291N05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(71,222,074 - 71,223,264)(71,359,544 - 71,360,669)
sequence
gaattctctggctctagaagtagggtctacttttaacgctactctgagct
ctttgcctgcttactgaggaagaccaaagagcagaaaggtctcagaggcc
ccccaaaagaaagaatggagcagaaaactaataagaatgcccttattaat
gtcttctgttccatgatgccttagtattagccctctaaccttaacaggaa
ggtccttttaaggcacatccaggcttggctcagcctcctcaccctgtgct
tctgtttgcccaggatgcatgaaggctagcaagagaatgtttgggctcct
gtacatgaccagcaggaggtagcagaactggatctactgtggctaagagt
tggaagtcaggtatgtccaaccttttgatattgcaatatagtgttgtcat
ctacaaagcttaccctcaaaaactgcataattaagtcacaaataagccac
caaccaaccaaccaaccaaccaaccaaccaaccaacactacctgacaatg
ttctaagcttacaattttgtgtctatattcatagttaattttggttgtgt
gaggtggcaaattggatacatctacttccttgagccacctacatacattt
ccaagatagccccctggagccctgccaatcttttttccctctgccccttt
tccattccactctctccctttgtccccccttactttattctctttctcct
cttcctctcctccatcctcccctacttcctgccttcagctcctcaccagc
atcacaaggacctggcaggaggcagagccagccttgcatgtggcagaata
aatgctgagctgtgacaatcctgtcggcctcagagagagaggttttatgt
agtttttggcatttacaaatcctttgtgaaaaggtcactctgttcttgga
atcttttattaatgctgaagactggccccggaaatgtcatgtctttttac
catgatatttactcaaaaaagtatgactaagcatcggaaaattctatcag
cagctcgaccccggccaagctggggattctgtggggacaaaatagatgtg
gttttctgcatatggatgctcatctcttgagaatccttgatgagacaaga
ttgggtgctatctgtgtctactgctgcggttcaacagctcagagaacagc
aggcaatctcaactgagtcaacatgcatat
gaattcaagccaaaggtggtaactccctatcctctgataatgcagagcag
aaggggtctgagtgtatcccactgacaaccttgtcatcctcctggaggac
taatgagatggctttaatagagcaggtgtgtgacggagtctacaaattgt
ggagatctcaaagcgtctcgggcaccttgtgccctagtctagattctagc
ctgtgagctgggaagggataaagacagcaggggacctgagcagcagcaga
tgccaccaaaggcatccttcaaagaccaaagctccaaagagagcaaacag
acaaaaggatgccgggaagaaagagcttggctatcttcacccggaagtac
cccgcgggaagaatttacgcttggttaaacgtgagtttgtttctgctgag
ttgcaaacggaggaaattcggagcaaattaagtttagtaataaaaaatga
agacagttacgtttctgcacaactgaatataactataaatcttgaacctg
ctgtgaagtctgttcaagaaagaagaaatacacacagctaaggaatagga
agagacgcccaggctcggcagtaacccagcaaacacaaatcaaagctgga
gcagcacaccttagcgccactgcggtgggagggattaacatcaacctcag
agaaggtagataagccagtctctgtcacactagtggtgaaccacatggaa
tctctcagagaggcagctagagaatggaaatcaaaataattacaatgggg
tcacctcggggcagtgttcttaagaatttacttgaaggaaataacaaagg
atggggagagatctgggaatacatttgttcaccacagtttttactatgta
tgattgccccaaattgctgaacaaaacccaaacagccagggtttggagag
atgactcagtagtttaagagcactggatacttcttctagaagacctgggt
tcaattccagtacccacatgacagatcacagccatctatagctacagttc
tgggagaggggctctgatgccctcttttggcatcccagggcatagccata
catgttgtgcagacacacacagagacaaccatctgctagttcagttctat
tcctgcataaacatcatga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_71222074_71223264
seq2: B6Ng01-291N05.b_50_1229

seq1  GAATTCTCTGGCTCTAGAAGTAGGGTCTACTTTTAACGCTACTCTGAGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGGCTCTAGAAGTAGGGTCTACTTTTAACGCTACTCTGAGCT  50

seq1  CTTTGCCTGCTTACTGAGGAAGACCAAAGAGCAGAAAGGTCTCAGAGGCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCCTGCTTACTGAGGAAGACCAAAGAGCAGAAAGGTCTCAGAGGCC  100

seq1  CCCCAAAAGAAAGAATGGAGCAGAAAACTAATAAGAATGCCCTTATTAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAAAAGAAAGAATGGAGCAGAAAACTAATAAGAATGCCCTTATTAAT  150

seq1  GTCTTCTGTTCCATGATGCCTTAGTATTAGCCCTCTAACCTTAACAGGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTCTGTTCCATGATGCCTTAGTATTAGCCCTCTAACCTTAACAGGAA  200

seq1  GGTCCTTTTAAGGCACATCCAGGCTTGGCTCAGCCTCCTCACCCTGTGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCTTTTAAGGCACATCCAGGCTTGGCTCAGCCTCCTCACCCTGTGCT  250

seq1  TCTGTTTGCCCAGGATGCATGAAGGCTAGCAAGAGAATGTTTGGGCTCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTTGCCCAGGATGCATGAAGGCTAGCAAGAGAATGTTTGGGCTCCT  300

seq1  GTACATGACCAGCAGGAGGTAGCAGAACTGGATCTACTGTGGCTAAGAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACATGACCAGCAGGAGGTAGCAGAACTGGATCTACTGTGGCTAAGAGT  350

seq1  TGGAAGTCAGGTATGTCCAACCTTTTGATATTGCAATATAGTGTTGTCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGTCAGGTATGTCCAACCTTTTGATATTGCAATATAGTGTTGTCAT  400

seq1  CTACAAAGCTTACCCTCAAAAACTGCATAATTAAGTCACAAATAAGCCAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAAAGCTTACCCTCAAAAACTGCATAATTAAGTCACAAATAAGCCAC  450

seq1  CAACCAACCAACCAACCAACCAACCAACCAACCAACACTACCTGACAATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCAACCAACCAACCAACCAACCAACCAACCAACACTACCTGACAATG  500

seq1  TTCTAAGCTTACAATTTTGTGTCTATATTCATAGTTAATTTTGGTTGTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAAGCTTACAATTTTGTGTCTATATTCATAGTTAATTTTGGTTGTGT  550

seq1  GAGGTGGCAAATTGGATACATCTACTTCCTTGAGCCACCTACATACATTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTGGCAAATTGGATACATCTACTTCCTTGAGCCACCTACATACATTT  600

seq1  CCAAGATAGCCCCCTGGAGCCCTGCCAATCTTTTTTCCCTCTGCCCCTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGATAGCCCCCTGGAGCCCTGCCAATCTTTTTTCCCTCTGCCCCTTT  650

seq1  TCCATTCCACTCTCTCCCTTTGTCCCCCCTTACTTTATTCTCTTTCTCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATTCCACTCTCTCCCTTTGTCCCCCCTTACTTTATTCTCTTTCTCCT  700

seq1  CTTCCTCTCCTCCATCCTCCCCTACTTCCTGCCTTCAGCTCCTCACCAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTCTCCTCCATCCTCCCCTACTTCCTGCCTTCAGCTCCTCACCAGC  750

seq1  ATCACAAGGACCTGGCAGGAGGCAGAGCCAGCCTTGCATGTGGCAGAATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACAAGGACCTGGCAGGAGGCAGAGCCAGCCTTGCATGTGGCAGAATA  800

seq1  AATGCTGAGCTGTGACAATCCTGTCGGCCTCAGAGAGAGAGGTTTTATGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCTGAGCTGTGACAATCCTGTCGGCCTCAGAGAGAGAGGTTTTATGT  850

seq1  AGTTTTTGGCATTTACAAATCCTTTGTGAAAAGGTCACTCTGTTCTTGGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTTGGCATTTACAAATCCTTTGTGAAAAGGTCACTCTGTTCTTGGA  900

seq1  ATCTTTTATTAATGCTGAAGACTGGCCCCGGAAATGTCATGTCTTTTTAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTTATTAATGCTGAAGACTGGCCCCGGAAATGTCATGTCTTTTTAC  950

seq1  CATGATATTTACTCAAAAAAGTATGACTAAGCATCGG-AAATTCTATCAG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CATGATATTTACTCAAAAAAGTATGACTAAGCATCGGAAAATTCTATCAG  1000

seq1  CAGCTCGACCCCGGCCAAGCTGGGGATTCTGTGGGGAC-AAATAGATGTT  1048
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| 
seq2  CAGCTCGACCCCGGCCAAGCTGGGGATTCTGTGGGGACAAAATAGATGT-  1049

seq1  GGTTTTTCTGGCATATGGGTGCTCCAATCTC-TGAGAACCCTGAGTGAAG  1097
       | |||||| |||||||| |||||  ||||| |||||| |||   |||  
seq2  -GGTTTTCT-GCATATGGATGCTC--ATCTCTTGAGAATCCTTGATGA--  1093

seq1  GACAAGGATGGGTGCTATCTGGGTGTCTACTGCTGCGGTCCCACCAGCTC  1147
      ||||||  ||||||||||||  |||||||||||||||||  || ||||||
seq2  GACAAGATTGGGTGCTATCT--GTGTCTACTGCTGCGGT-TCAACAGCTC  1140

seq1  AAGAGGACAAGCAGGGCATCTAAACTGGAAGGGAACATGCATAT  1191
       |||| || ||||||  |||| |||||  ||  |||||||||||
seq2  -AGAGAAC-AGCAGGCAATCTCAACTG--AGTCAACATGCATAT  1180

seq1: chr11_71359544_71360669
seq2: B6Ng01-291N05.g_68_1186 (reverse)

seq1  TCATGATGTTTTATGCAGGAATAGAAACCCTG-ACTAAGGCAGATGTGTT  49
      |||||||| |||||||||||||||||   ||| ||||  ||||||| |||
seq2  TCATGATG-TTTATGCAGGAATAGAA---CTGAACTA--GCAGATG-GTT  43

seq1  GTCCTCTTGTGTGTGTCTGCACAACATGTATGCCTAATGCCCTGGGATGC  99
      || ||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
seq2  GT-CTC-TGTGTGTGTCTGCACAACATGTATGGCT-ATGCCCTGGGATGC  90

seq1  CAAAAGAGGGCATCAGAGCCCCTCTCCCAGAACTGTAGCTATAGATGGCT  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGAGGGCATCAGAGCCCCTCTCCCAGAACTGTAGCTATAGATGGCT  140

seq1  GTGATCTGTCATGTGGGTACTGGAATTGAACCCAGGTTCTTCTAGAAG-A  198
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
seq2  GTGATCTGTCATGTGGGTACTGGAATTGAACCCAGG-TCTTCTAGAAGAA  189

seq1  GTATCCAGTGCTCTT-AACTACTGAGTCATCTCTCC-AACCCTGGCTGTT  246
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GTATCCAGTGCTCTTAAACTACTGAGTCATCTCTCCAAACCCTGGCTGTT  239

seq1  TGGGTTTTGTTCAGCAATTTGGGGCAATCATACATAGTAAAAACTGTGGT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTTTTGTTCAGCAATTTGGGGCAATCATACATAGTAAAAACTGTGGT  289

seq1  GAACAAATGTATTCCCAGATCTCTCCCCATCCTTTGTTATTTCCTTCAAG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAAATGTATTCCCAGATCTCTCCCCATCCTTTGTTATTTCCTTCAAG  339

seq1  TAAATTCTTAAGAACACTGCCCCGAGGTGACCCCATTGTAATTATTTTGA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTCTTAAGAACACTGCCCCGAGGTGACCCCATTGTAATTATTTTGA  389

seq1  TTTCCATTCTCTAGCTGCCTCTCTGAGAGATTCCATGTGGTTCACCACTA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCATTCTCTAGCTGCCTCTCTGAGAGATTCCATGTGGTTCACCACTA  439

seq1  GTGTGACAGAGACTGGCTTATCTACCTTCTCTGAGGTTGATGTTAATCCC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGACAGAGACTGGCTTATCTACCTTCTCTGAGGTTGATGTTAATCCC  489

seq1  TCCCACCGCAGTGGCGCTAAGGTGTGCTGCTCCAGCTTTGATTTGTGTTT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCACCGCAGTGGCGCTAAGGTGTGCTGCTCCAGCTTTGATTTGTGTTT  539

seq1  GCTGGGTTACTGCCGAGCCTGGGCGTCTCTTCCTATTCCTTAGCTGTGTG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGTTACTGCCGAGCCTGGGCGTCTCTTCCTATTCCTTAGCTGTGTG  589

seq1  TATTTCTTCTTTCTTGAACAGACTTCACAGCAGGTTCAAGATTTATAGTT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCTTCTTTCTTGAACAGACTTCACAGCAGGTTCAAGATTTATAGTT  639

seq1  ATATTCAGTTGTGCAGAAACGTAACTGTCTTCATTTTTTATTACTAAACT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTCAGTTGTGCAGAAACGTAACTGTCTTCATTTTTTATTACTAAACT  689

seq1  TAATTTGCTCCGAATTTCCTCCGTTTGCAACTCAGCAGAAACAAACTCAC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTGCTCCGAATTTCCTCCGTTTGCAACTCAGCAGAAACAAACTCAC  739

seq1  GTTTAACCAAGCGTAAATTCTTCCCGCGGGGTACTTCCGGGTGAAGATAG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAACCAAGCGTAAATTCTTCCCGCGGGGTACTTCCGGGTGAAGATAG  789

seq1  CCAAGCTCTTTCTTCCCGGCATCCTTTTGTCTGTTTGCTCTCTTTGGAGC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGCTCTTTCTTCCCGGCATCCTTTTGTCTGTTTGCTCTCTTTGGAGC  839

seq1  TTTGGTCTTTGAAGGATGCCTTTGGTGGCATCTGCTGCTGCTCAGGTCCC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTCTTTGAAGGATGCCTTTGGTGGCATCTGCTGCTGCTCAGGTCCC  889

seq1  CTGCTGTCTTTATCCCTTCCCAGCTCACAGGCTAGAATCTAGACTAGGGC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGTCTTTATCCCTTCCCAGCTCACAGGCTAGAATCTAGACTAGGGC  939

seq1  ACAAGGTGCCCGAGACGCTTTGAGATCTCCACAATTTGTAGACTCCGTCA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGTGCCCGAGACGCTTTGAGATCTCCACAATTTGTAGACTCCGTCA  989

seq1  CACACCTGCTCTATTAAAGCCATCTCATTAGTCCTCCAGGAGGATGACAA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACCTGCTCTATTAAAGCCATCTCATTAGTCCTCCAGGAGGATGACAA  1039

seq1  GGTTGTCAGTGGGATACACTCAGACCCCTTCTGCTCTGCATTATCAGAGG  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGTCAGTGGGATACACTCAGACCCCTTCTGCTCTGCATTATCAGAGG  1089

seq1  ATAGGGAGTTACCACCTTTGGCTTGAATTC  1126
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGGAGTTACCACCTTTGGCTTGAATTC  1119