BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-292E01
Chromosome11 (Build37)
Map Location 90,703,819 - 90,802,307
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC638903
Upstream genePctp, Tmem100, LOC100039104, Mmd, Hlf, Stxbp4, LOC100039267, Cox11, Tom1l1
Downstream geneEG664976, Kif2b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-292E01.bB6Ng01-292E01.g
ACCGA088939GA088940
length1,1101,005
definitionB6Ng01-292E01.b B6Ng01-292E01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(90,801,196 - 90,802,307)(90,703,819 - 90,704,711)
sequence
gaattccaccatggttgactactaaggaatgcatttgtcctcagaagaaa
ttcgtggcacttagagtggcaatctcctttatcccgggaatttcagcttc
tttgtccagcattttgaagacttcctaatagataaaacgtgggccactga
ctgatgatttggatagtcttaaagacaagaagacaattttcattggcccc
atcctcaaagcaccagatgaagaggttatattccgggggcctgagacagt
atgagaaatgcacatgctcatggaacgttggcttggtggaagcaaaccat
ttgctgaactcaatgagatagtaacagaagagtcaaaactgcaactcgga
agcatgctgtatgatgaatggagttaacaaaagtctgttctccagcccgg
gcttagcaagtgtggctagacagagagggagtgggctgtcagtgtgcgtt
tactcgtggctcatgtcagttattctgtcatttaccaagagaagagacaa
gtgcagaagcaataaaaacaatttgctttcaatttcttatttttttattt
atttacattcctgtcattgccccccactcagtcccctctcccacagctct
tcattccactcctcctccccattgcctctgagagggtgctccccctccac
caggtctcccccttcccaggggcctcaagtctctcaagaagtagttacat
cttctcccactgaggcctggacaggcagacctctgctatatttgagccag
gggcctcagactggtccctgtgtgcttctggttggtgactcagtctctgg
gagctccctggggtctgggtaagttgagacttacctatggggttgttcct
atagggttgctctcaccttcagcttcttcaatccttcccctaatttaacc
ctaaagggtcccgactttaagttcagtagttaggtgtaagtattgcatct
gtctcagtcagctgtgggtaaggcatgccatgccaggcttgctcccatct
ataagcacatcatggcatcatttttaacacaaaagtatatcagcatacta
tgttttttttactggaaaagaagatgggttaaaaaatactttatgattaa
gatccagaaa

gaattcagtaagagttaaaagtatgatcatatacagacccagagacccag
agccacaccgacacagagccacacacacagacacacacacattcaaacag
atagacagatacatacagacacaaacatgcagaaatatacatacacagat
acacttagagaaacagaaacacacatacacatagacacagagacatacac
agacacatagacacacacacagacacataaacacacatacacagatgcac
agtcagacagacagatacacacacacagatacagaaatgcagaaacacac
atacaaagacactcacacgtacatagagacacacagacacacacagacat
acatatacacagacaaacaaacacactttcacacacgtaaatggaaatct
cacttttctttccttagcgaaagggatgagataagagctgtaccaaagct
tcacaattacatggcttgtgttgagctgtgtgtttccttgtctgtcccaa
ctatccttatgcctaggcctagaaactttcgcctccatacaatttaattt
tctgcaagctctgactttaaagatttccctaggcctagaatatttcagcc
ttagagattaactgctgaatcatctcactgcttctgcactctggctggct
ggttcaattcaggtgttcttgttcaaattcatctccaagctgactgattc
aaattggcttctctcggcttctgactgcattgctctgcttggaaagactg
tctctgagctacaaactgaactgctctgttctgaacgaaactgaacagaa
ctctccaaactgaattgagttgaattgaattgaattgatcttccgctccc
tcactgctcttaaggtagcctcttttccctgtctcttctcgtgagagttg
ggtgtatcctacccctgactcattctgtcaaatctttctctgattaaatc
attttgtcagtccgtcagtttgacatcattgtttggagattaaagggtat
gtact
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_90801196_90802307
seq2: B6Ng01-292E01.b_45_1154 (reverse)

seq1  TTTCTGGATCTTAAATCATAAAGGTATTTTTACCCAATCTTCTTTTCCAG  50
      |||||||||||| ||||||||||   |||||| || ||||||||||||||
seq2  TTTCTGGATCTT-AATCATAAAGTATTTTTTAACCCATCTTCTTTTCCAG  49

seq1  TTAAAAAAACCATAGTATGCTTGATATACTTTTGTGTTAAAATTGATGCC  100
       |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  -TAAAAAAAACATAGTATGC-TGATATACTTTTGTGTTAAAAATGATGCC  97

seq1  ATGATGTGCTTATAGATGGGAGCAAGCCTGGCATGGCATGCCTTACCCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGTGCTTATAGATGGGAGCAAGCCTGGCATGGCATGCCTTACCCAC  147

seq1  AGCTGACTGAGACAGATGCAAATACTTACACCTAACTACTGAACTT-AAG  199
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AGCTGACTGAGACAGATGC-AATACTTACACCTAACTACTGAACTTAAAG  196

seq1  TCGGGACCC-TTAGGGTTAAATTAGGGGAAGGATTGAAGAAGCTGAAGGT  248
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGGACCCTTTAGGGTTAAATTAGGGGAAGGATTGAAGAAGCTGAAGGT  246

seq1  GAGAGCAACCCTATAGGAACAACCCCATAGGTAAGTCTCAACTTACCCAG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGCAACCCTATAGGAACAACCCCATAGGTAAGTCTCAACTTACCCAG  296

seq1  ACCCCAGGGAGCTCCCAGAGACTGAGTCACCAACCAGAAGCACACAGGGA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCAGGGAGCTCCCAGAGACTGAGTCACCAACCAGAAGCACACAGGGA  346

seq1  CCAGTCTGAGGCCCCTGGCTCAAATATAGCAGAGGTCTGCCTGTCCAGGC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTCTGAGGCCCCTGGCTCAAATATAGCAGAGGTCTGCCTGTCCAGGC  396

seq1  CTCAGTGGGAGAAGATGTAACTACTTCTTGAGAGACTTGAGGCCCCTGGG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTGGGAGAAGATGTAACTACTTCTTGAGAGACTTGAGGCCCCTGGG  446

seq1  AAGGGGGAGACCTGGTGGAGGGGGAGCACCCTCTCAGAGGCAATGGGGAG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGGGAGACCTGGTGGAGGGGGAGCACCCTCTCAGAGGCAATGGGGAG  496

seq1  GAGGAGTGGAATGAAGAGCTGTGGGAGAGGGGACTGAGTGGGGGGCAATG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGTGGAATGAAGAGCTGTGGGAGAGGGGACTGAGTGGGGGGCAATG  546

seq1  ACAGGAATGTAAATAAATAAAAAAATAAGAAATTGAAAGCAAATTGTTTT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGAATGTAAATAAATAAAAAAATAAGAAATTGAAAGCAAATTGTTTT  596

seq1  TATTGCTTCTGCACTTGTCTCTTCTCTTGGTAAATGACAGAATAACTGAC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGCTTCTGCACTTGTCTCTTCTCTTGGTAAATGACAGAATAACTGAC  646

seq1  ATGAGCCACGAGTAAACGCACACTGACAGCCCACTCCCTCTCTGTCTAGC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGCCACGAGTAAACGCACACTGACAGCCCACTCCCTCTCTGTCTAGC  696

seq1  CACACTTGCTAAGCCCGGGCTGGAGAACAGACTTTTGTTAACTCCATTCA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTTGCTAAGCCCGGGCTGGAGAACAGACTTTTGTTAACTCCATTCA  746

seq1  TCATACAGCATGCTTCCGAGTTGCAGTTTTGACTCTTCTGTTACTATCTC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATACAGCATGCTTCCGAGTTGCAGTTTTGACTCTTCTGTTACTATCTC  796

seq1  ATTGAGTTCAGCAAATGGTTTGCTTCCACCAAGCCAACGTTCCATGAGCA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAGTTCAGCAAATGGTTTGCTTCCACCAAGCCAACGTTCCATGAGCA  846

seq1  TGTGCATTTCTCATACTGTCTCAGGCCCCCGGAATATAACCTCTTCATCT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCATTTCTCATACTGTCTCAGGCCCCCGGAATATAACCTCTTCATCT  896

seq1  GGTGCTTTGAGGATGGGGCCAATGAAAATTGTCTTCTTGTCTTTAAGACT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCTTTGAGGATGGGGCCAATGAAAATTGTCTTCTTGTCTTTAAGACT  946

seq1  ATCCAAATCATCAGTCAGTGGCCCACGTTTTATCTATTAGGAAGTCTTCA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAAATCATCAGTCAGTGGCCCACGTTTTATCTATTAGGAAGTCTTCA  996

seq1  AAATGCTGGACAAAGAAGCTGAAATTCCCGGGATAAAGGAGATTGCCACT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCTGGACAAAGAAGCTGAAATTCCCGGGATAAAGGAGATTGCCACT  1046

seq1  CTAAGTGCCACGAATTTCTTCTGAGGACAAATGCATTCCTTAGTAGTCAA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGTGCCACGAATTTCTTCTGAGGACAAATGCATTCCTTAGTAGTCAA  1096

seq1  CCATGGTGGAATTC  1112
      ||||||||||||||
seq2  CCATGGTGGAATTC  1110


seq1: chr11_90703819_90704711
seq2: B6Ng01-292E01.g_66_958

seq1  GAATTCAGTAAGAGTTAAAAGTATGATCATATACAGACCCAGAGACCCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTAAGAGTTAAAAGTATGATCATATACAGACCCAGAGACCCAG  50

seq1  AGCCACACCGACACAGAGCCACACACACAGACACACACACATTCAAACAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACACCGACACAGAGCCACACACACAGACACACACACATTCAAACAG  100

seq1  ATAGACAGATACATACAGACACAAACATGCAGAAATATACATACACAGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGACAGATACATACAGACACAAACATGCAGAAATATACATACACAGAT  150

seq1  ACACTTAGAGAAACAGAAACACACATACACATAGACACAGAGACATACAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTAGAGAAACAGAAACACACATACACATAGACACAGAGACATACAC  200

seq1  AGACACATAGACACACACACAGACACATAAACACACATACACAGATGCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACATAGACACACACACAGACACATAAACACACATACACAGATGCAC  250

seq1  AGTCAGACAGACAGATACACACACACAGATACAGAAATGCAGAAACACAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGACAGACAGATACACACACACAGATACAGAAATGCAGAAACACAC  300

seq1  ATACAAAGACACTCACACGTACATAGAGACACACAGACACACACAGACAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAAAGACACTCACACGTACATAGAGACACACAGACACACACAGACAT  350

seq1  ACATATACACAGACAAACAAACACACTTTCACACACGTAAATGGAAATCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATACACAGACAAACAAACACACTTTCACACACGTAAATGGAAATCT  400

seq1  CACTTTTCTTTCCTTAGCGAAAGGGATGAGATAAGAGCTGTACCAAAGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTTTCTTTCCTTAGCGAAAGGGATGAGATAAGAGCTGTACCAAAGCT  450

seq1  TCACAATTACATGGCTTGTGTTGAGCTGTGTGTTTCCTTGTCTGTCCCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAATTACATGGCTTGTGTTGAGCTGTGTGTTTCCTTGTCTGTCCCAA  500

seq1  CTATCCTTATGCCTAGGCCTAGAAACTTTCGCCTCCATACAATTTAATTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCCTTATGCCTAGGCCTAGAAACTTTCGCCTCCATACAATTTAATTT  550

seq1  TCTGCAAGCTCTGACTTTAAAGATTTCCCTAGGCCTAGAATATTTCAGCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCAAGCTCTGACTTTAAAGATTTCCCTAGGCCTAGAATATTTCAGCC  600

seq1  TTAGAGATTAACTGCTGAATCATCTCACTGCTTCTGCACTCTGGCTGGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAGATTAACTGCTGAATCATCTCACTGCTTCTGCACTCTGGCTGGCT  650

seq1  GGTTCAATTCAGGTGTTCTTGTTCAAATTCATCTCCAAGCTGACTGATTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCAATTCAGGTGTTCTTGTTCAAATTCATCTCCAAGCTGACTGATTC  700

seq1  AAATTGGCTTCTCTCGGCTTCTGACTGCATTGCTCTGCTTGGAAAGACTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGGCTTCTCTCGGCTTCTGACTGCATTGCTCTGCTTGGAAAGACTG  750

seq1  TCTCTGAGCTACAAACTGAACTGCTCTGTTCTGAACGAAACTGAACAGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGAGCTACAAACTGAACTGCTCTGTTCTGAACGAAACTGAACAGAA  800

seq1  CTCTCCAAACTGAATTGAGTTGAATTGAATTGAATTGATCTTCCGCTCCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCAAACTGAATTGAGTTGAATTGAATTGAATTGATCTTCCGCTCCC  850

seq1  TCACTGCTCTTAAGGTAGCCTCTTTTCCCTGTCTCTTCTCGTG  893
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGCTCTTAAGGTAGCCTCTTTTCCCTGTCTCTTCTCGTG  893


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |