BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-294K08
Chromosome11 (Build37)
Map Location 8,344,207 - 8,541,638
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTns3
Upstream geneLOC665380
Downstream geneLOC638720, Pkd1l1, LOC624800, Hus1, Sunc1, OTTMUSG00000005148, Upp1, LOC626887, LOC100041469, Abca13
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-294K08.bB6Ng01-294K08.g
ACCGA090722GA090723
length1,180974
definitionB6Ng01-294K08.b B6Ng01-294K08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(8,344,207 - 8,345,426)(8,540,671 - 8,541,638)
sequence
gaattcatttacataagtgatcaaaatttaaaagataaataaaataacat
ttacctacaggaaagctgggacacacagtaaggcccctatacaccctgga
tattaatttttaaaaaaattattgtgggtattttctaacaaatataaaag
tagagagacttgttcattcatgacctaaatttaaccatagcaacatcatt
ctcattttgtaggactgtgaatctataatgcaagtgaccttaaaattagt
ctgagaaaatatattttttcatacacacacatgtttgtatataaaataac
tacttatgtatgtacacgttttacatgtctggtgcccaaggagactagat
cttctacaactacagttttacatggtcgtaagctgcctaatgtaagtgct
gggaattgaactcaggacctctgggaaagcagtcagtgcttttaaccact
gaaccatctctccagaccccaagtgttttacatctttaagctgagcagtc
tttgttttctggacaccttccatacaggccacgatgggcaatgtctgaaa
gctattatcagcagcagggcattcttctttctcaattcaggtggccacta
gttttctttggggtttaagagtatatgtcataaaaaaagaaccttagttt
attttgtaaggtgggtcctgggtacagcatgctatcagcggtacagaaga
tcgtacacgcagccagatagcactgagaactcctccacatacctctctcc
ggaatgagcagcttgcagggtaaagccaagggcgtaatggaatgctggca
caccaaagccgtcaggctccctataaagtggataagagtaaatgaatgtc
accaatctcttcacttgctctgtgcttaaccaaagaatcagttgagacca
aaattcccaaaaacgcatgcctttataccactgtgggatgtgactcaaag
ctccaggatgacaggcccagccaatgaagagggtgatggagggacctgta
gtgtatgccaagcatatgggcctttatagtgcgagtgccggggcggcttc
ttacgagtagggaacaggctgctcggtctatcagagggctctcaatcaca
agagggggagctctggttggcagcatgtgctcctcctcctggcctgagca
tgggacacttgcgctttcaaaccttgtctt

gaattccacagtacactcttgaaccctgtatgtgcttcatggtgctttac
caggatacctgtttgttggggcacaaataaaggaattgtttggccttcca
cctccaccactagaggctggtggccacccagttcagtcctggtcatgccc
aaaagagcccctctgtttccaaacatctccagttattaggcagggaaatc
agtcattgatctaaaaaatgagctgagtacttgcaatatatttgttgcca
gaagatagcctccagctgggtgtggtagcacttgggagtcaaaggcagga
tctctctgtacttttgaggccagcatggtctgcttagggggttgcaggga
cgatagaactacatagagagaccctgttaaaaaaagaagccctgggcagg
gtgaatggagagttagtgcatgtttgggtgaaaatgtccttcgatgagct
ctgggtatgttggttctaggtgtgactgaaggtgtctgttgtcactgtat
atcagttatcaaaccatctcttacttcttacgtgggatgccatgaacttt
tccaagcacattggtggcccagaggttgaccctgactgatgttagcaggg
tgttgcaaaggcaggcaggctgagtttctggcatggtctgggtcagagct
ggatcacaagctgctgatgagcagcgaccctggacccacaccacttgccc
ccttcctgctcctagttatcctctgagggcaccaggtatgtgacaggaca
tagggcaggtggcgtgccttggctagggactttccatgtgccatcttgct
gggattccaaggtactctcaaaggttaaagctttaaagagaagttcaagt
tgggccacccctgggatccctgtatccagaagtcctgaggtagggagttc
atgagattgagcccagcctgggccgtgtaacaaggacccctgtcctcaaa
aagggatgggggtgggggatgtac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_8344207_8345426
seq2: B6Ng01-294K08.b_49_1228

seq1  GAATTCATTTACATAAGTGATCAAAATTTAAAAGATAAATAAAATAACAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTTACATAAGTGATCAAAATTTAAAAGATAAATAAAATAACAT  50

seq1  TTACCTACAGGAAAGCTGGGACACACAGTAAGGCCCCTATACACCCTGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCTACAGGAAAGCTGGGACACACAGTAAGGCCCCTATACACCCTGGA  100

seq1  TATTAATTTTTAAAAAAATTATTGTGGGTATTTTCTAACAAATATAAAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAATTTTTAAAAAAATTATTGTGGGTATTTTCTAACAAATATAAAAG  150

seq1  TAGAGAGACTTGTTCATTCATGACCTAAATTTAACCATAGCAACATCATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGAGACTTGTTCATTCATGACCTAAATTTAACCATAGCAACATCATT  200

seq1  CTCATTTTGTAGGACTGTGAATCTATAATGCAAGTGACCTTAAAATTAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTTTGTAGGACTGTGAATCTATAATGCAAGTGACCTTAAAATTAGT  250

seq1  CTGAGAAAATATATTTTTTCATACACACACATGTTTGTATATAAAATAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGAAAATATATTTTTTCATACACACACATGTTTGTATATAAAATAAC  300

seq1  TACTTATGTATGTACACGTTTTACATGTCTGGTGCCCAAGGAGACTAGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTATGTATGTACACGTTTTACATGTCTGGTGCCCAAGGAGACTAGAT  350

seq1  CTTCTACAACTACAGTTTTACATGGTCGTAAGCTGCCTAATGTAAGTGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTACAACTACAGTTTTACATGGTCGTAAGCTGCCTAATGTAAGTGCT  400

seq1  GGGAATTGAACTCAGGACCTCTGGGAAAGCAGTCAGTGCTTTTAACCACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAATTGAACTCAGGACCTCTGGGAAAGCAGTCAGTGCTTTTAACCACT  450

seq1  GAACCATCTCTCCAGACCCCAAGTGTTTTACATCTTTAAGCTGAGCAGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCATCTCTCCAGACCCCAAGTGTTTTACATCTTTAAGCTGAGCAGTC  500

seq1  TTTGTTTTCTGGACACCTTCCATACAGGCCACGATGGGCAATGTCTGAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTTCTGGACACCTTCCATACAGGCCACGATGGGCAATGTCTGAAA  550

seq1  GCTATTATCAGCAGCAGGGCATTCTTCTTTCTCAATTCAGGTGGCCACTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATTATCAGCAGCAGGGCATTCTTCTTTCTCAATTCAGGTGGCCACTA  600

seq1  GTTTTCTTTGGGGTTTAAGAGTATATGTCATAAAAAAAGAACCTTAGTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCTTTGGGGTTTAAGAGTATATGTCATAAAAAAAGAACCTTAGTTT  650

seq1  ATTTTGTAAGGTGGGTCCTGGGTACAGCATGCTATCAGCGGTACAGAAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGTAAGGTGGGTCCTGGGTACAGCATGCTATCAGCGGTACAGAAGA  700

seq1  TCGTACACGCAGCCAGATAGCACTGAGAACTCCTCCACATACCTCTCTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTACACGCAGCCAGATAGCACTGAGAACTCCTCCACATACCTCTCTCC  750

seq1  GGAATGAGCAGCTTGCAGGGTAAAGCCAAGGGCGTAATGGAATGCTGGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGAGCAGCTTGCAGGGTAAAGCCAAGGGCGTAATGGAATGCTGGCA  800

seq1  CACCAAAGCCGTCAGGCTCCCTATAAAGTGGATAAGAGTAAATGAATGTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAAAGCCGTCAGGCTCCCTATAAAGTGGATAAGAGTAAATGAATGTC  850

seq1  ACCAATCTCTTCACTTGCTCTGTGCTTAACCAAAGAATCAGTTGAGACCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAATCTCTTCACTTGCTCTGTGCTTAACCAAAGAATCAGTTGAGACCA  900

seq1  AAATT-CCAAAAACGCATGCCTTTATACCACTGTGGGATGTGACTCAAAG  949
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCCCAAAAACGCATGCCTTTATACCACTGTGGGATGTGACTCAAAG  950

seq1  CTCCAAGAATGACAAGGCCCAAGCCAATGAAGAGGGTGATGGAGGGACCT  999
      |||| || ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCC-AGGATGAC-AGGCCC-AGCCAATGAAGAGGGTGATGGAGGGACCT  997

seq1  GTAGTGTATGCCAAGCATAT-GGCCTTTATAAGTGCGAAGTGCCGGGGC-  1047
      |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||| 
seq2  GTAGTGTATGCCAAGCATATGGGCCTTTAT-AGTGCG-AGTGCCGGGGCG  1045

seq1  GCTTCTTACGAGTAGGAAACAAGGCTGCCCCGGTCTATCCAGAAGGCTCT  1097
      |||||||||||||||| ||| |||||| | |||||||| |||| ||||||
seq2  GCTTCTTACGAGTAGGGAAC-AGGCTG-CTCGGTCTAT-CAGAGGGCTCT  1092

seq1  CAATTCACAAAGAAGGGGGAGCTCTGG-TGGCAGCACTGTGCTCCTCCTC  1146
      ||| ||||||   |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||
seq2  CAA-TCACAA--GAGGGGGAGCTCTGGTTGGCAGCA-TGTGCTCCTCCTC  1138

seq1  CTTGTGCCTGAGGCATGGGGACACACTGCGCTCCAACCCTGCTGGGACCC  1196
      ||   |||||| |||| |||||||  ||||||                  
seq2  CT--GGCCTGA-GCAT-GGGACAC-TTGCGCT------------------  1165

seq1  AGCTGCTGACCTTC--ACCTTGTCTT  1220
                 |||  ||||||||||
seq2  -----------TTCAAACCTTGTCTT  1180


seq1: chr11_8540671_8541638
seq2: B6Ng01-294K08.g_72_1045 (reverse)

seq1  GTACAT-CCCCACCCCCATCCCTTTTTGA-GACAGGG--TCTTGTTACAC  46
      |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||   ||||||||||
seq2  GTACATCCCCCACCCCCATCCCTTTTTGAGGACAGGGGTCCTTGTTACAC  50

seq1  GGCCCAGGCTGGGCTCAATCTCATGAACTCCCTACCTCA-GACTTCTGGA  95
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GGCCCAGGCTGGGCTCAATCTCATGAACTCCCTACCTCAGGACTTCTGGA  100

seq1  TACAGGGATCCCA-GGGTGGCCCAACTTGAACTTCTCTTTAAAGCTTTAA  144
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGGGATCCCAGGGGTGGCCCAACTTGAACTTCTCTTTAAAGCTTTAA  150

seq1  CCTTTGAGAGTACCTTGGAATCCCAGCAAGATGGCACATGGAAAGTCCCT  194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGAGAGTACCTTGGAATCCCAGCAAGATGGCACATGGAAAGTCCCT  200

seq1  AGCCAAGGCACGCCACCTGCCCTATGTCCTGTCACATACCTGGTGCCCTC  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAAGGCACGCCACCTGCCCTATGTCCTGTCACATACCTGGTGCCCTC  250

seq1  AGAGGATAACTAGGAGCAGGAAGGGGGCAAGTGGTGTGGGTCCAGGGTCG  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGATAACTAGGAGCAGGAAGGGGGCAAGTGGTGTGGGTCCAGGGTCG  300

seq1  CTGCTCATCAGCAGCTTGTGATCCAGCTCTGACCCAGACCATGCCAGAAA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCATCAGCAGCTTGTGATCCAGCTCTGACCCAGACCATGCCAGAAA  350

seq1  CTCAGCCTGCCTGCCTTTGCAACACCCTGCTAACATCAGTCAGGGTCAAC  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCCTGCCTGCCTTTGCAACACCCTGCTAACATCAGTCAGGGTCAAC  400

seq1  CTCTGGGCCACCAATGTGCTTGGAAAAGTTCATGGCATCCCACGTAAGAA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGGCCACCAATGTGCTTGGAAAAGTTCATGGCATCCCACGTAAGAA  450

seq1  GTAAGAGATGGTTTGATAACTGATATACAGTGACAACAGACACCTTCAGT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGAGATGGTTTGATAACTGATATACAGTGACAACAGACACCTTCAGT  500

seq1  CACACCTAGAACCAACATACCCAGAGCTCATCGAAGGACATTTTCACCCA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACCTAGAACCAACATACCCAGAGCTCATCGAAGGACATTTTCACCCA  550

seq1  AACATGCACTAACTCTCCATTCACCCTGCCCAGGGCTTCTTTTTTTAACA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGCACTAACTCTCCATTCACCCTGCCCAGGGCTTCTTTTTTTAACA  600

seq1  GGGTCTCTCTATGTAGTTCTATCGTCCCTGCAACCCCCTAAGCAGACCAT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCTCTCTATGTAGTTCTATCGTCCCTGCAACCCCCTAAGCAGACCAT  650

seq1  GCTGGCCTCAAAAGTACAGAGAGATCCTGCCTTTGACTCCCAAGTGCTAC  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGCCTCAAAAGTACAGAGAGATCCTGCCTTTGACTCCCAAGTGCTAC  700

seq1  CACACCCAGCTGGAGGCTATCTTCTGGCAACAAATATATTGCAAGTACTC  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACCCAGCTGGAGGCTATCTTCTGGCAACAAATATATTGCAAGTACTC  750

seq1  AGCTCATTTTTTAGATCAATGACTGATTTCCCTGCCTAATAACTGGAGAT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCATTTTTTAGATCAATGACTGATTTCCCTGCCTAATAACTGGAGAT  800

seq1  GTTTGGAAACAGAGGGGCTCTTTTGGGCATGACCAGGACTGAACTGGGTG  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGGAAACAGAGGGGCTCTTTTGGGCATGACCAGGACTGAACTGGGTG  850

seq1  GCCACCAGCCTCTAGTGGTGGAGGTGGAAGGCCAAACAATTCCTTTATTT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACCAGCCTCTAGTGGTGGAGGTGGAAGGCCAAACAATTCCTTTATTT  900

seq1  GTGCCCCAACAAACAGGTATCCTGGTAAAGCACCATGAAGCACATACAGG  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCCCAACAAACAGGTATCCTGGTAAAGCACCATGAAGCACATACAGG  950

seq1  GTTCAAGAGTGTACTGTGGAATTC  968
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAAGAGTGTACTGTGGAATTC  974


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |