BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-294O06
Chromosome11 (Build37)
Map Location 67,605,390 - 67,779,637
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDhrs7c, LOC100041899, Usp43, Wdr16
Upstream geneA530088H08Rik, 9130409J20Rik, A730055C05Rik, 2310004I24Rik, Sco1, Myh3, Myh2, Myh1, Myh4, Myh8, Myh13, Gas7, Rcvrn, Glp2r, LOC544792
Downstream geneStx8, Ntn1, Pik3r5, BB220380, BC024997, Ccdc42, Myh10, Ndel1, 9930039A11Rik, Rpl26, Odf4, Arhgef15
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-294O06.bB6Ng01-294O06.g
ACCGA090899GA090900
length1,1021,055
definitionB6Ng01-294O06.b B6Ng01-294O06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(67,605,390 - 67,606,489)(67,778,567 - 67,779,637)
sequence
gaattctacagccagataatctgcctgttttggtttggatataaaaggaa
ccatttttcattttttgttaaagagttggtccccacctaggggtgtgatt
gaaaatgcatggatcatgcgggcactaacttcatcaatagactaattgat
gagttcatagttggatgggttattagaggctgggttcttgtatgattaaa
aaaaatgacttggggtatatatgactttgaataggagcaaagatctcagt
ggccctgtctcagagacagccaagatcaagggatgaaaacccaccggcca
ttttaatctgacagctctctgtccttggttaacccatcagtgaattttat
caggtgtctacaatgccacaggcaccacgccatctctcctgcttggaaga
atgtagaactctggctggggccagtgctggaagaactgttcaatgaggct
agaataggatttgctcataaagcatgttgattcctgaaacacagacaagg
aatgtgtagagagagccctggatgcgtgacacaggtgggattgagactca
cttgtctctagtgaccagtcacagaaaaacttcagtcttgtctgccaaga
aagggcagattggaaaattgtccaattttctgaagatttaaggacacgcc
aatgacccgctcacaggatttattgctctcttagtaacattgcctaggaa
ggaggagcatgaagagccagagtgattatgggttgttccatgcagcaagg
gaataaggtattcttccctaaaatgtggaagaaaaaaggatggcaaatta
aaaacaagagacttggggaggacaggctgcaaaaattctgagagaatgca
catgattcgctttcttcactggtttgctttatttcattttaatatttttt
aacgataaaattagtttgctgtaagctacatgaaataacaggaaagattg
cacgtgttctcatcaatcagcttcaacacaagtgctttcctatggctgcc
actcctctccctttattgagaaagaaatgaataaatataagataaccagc
tagaactctctctgaacacacacactccaccacacacaacgccttgcttc
tc
gaattccagcacttggatggctgaggcaggaaatatacatacaggcaaca
tatgtaccatacatgcatgaatacatacatacatacatacatacataaaa
atagttgcatactgtactaaaacgtttttagtgatttttttaaatttttc
ttttaaaaagaagtatcaatgccatgttttttatagcaacctattcatca
taggcaattctctgtgctcaattattctgtgttcaattatttttaataat
catcacgaggggcttaattgtatagtttttaaaaagtcacagacctgtac
acgggagaggaggaaatttaccttgtgcacttagcgtcaacctaccacct
acatttccagaatggataaaatacatactaaggaagtcctcccaacattt
gcaagaggggaaatcaactcaaacacagtgggctgggtttctgctcctgc
atgaacctagcacgcatgcgtgcgccagttaccatgacgaccaggagacg
ctgcaccctggagttgaagaatcaatgagctgaaactctccaggatggaa
gaacaagttttacccgagctggatgtagcagaactggagcttcaggctgt
gatcggcttcaatggtgagaccttgagcaaccatgatttgatgcctcagg
gacagtgagacgctgacctggtagcgcctgagaggcagtgggaatagcgg
caagagtgtggccaggcaccacccgccccaggatggtggcagatctgggc
ctcattcctgagcctcaggaactggcatgggtgtaagagctcagataaag
ctcctccagagaccaaatgagcctaactcggtaggagtatgaataagggt
ctttcccaaagtaagaactcaaaggtttaagaccaggatagaaggaagta
ggacattaaggagaaacctttttaattctggagggccttcttgtgtgctc
acacttatttgtgactgtcgtgtaaatatgagagagaaatgctgtgatgg
ggtcgtgtttggcgtgtagcgaaagcaggagtaatttagggggaaatgga
ttttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_67605390_67606489
seq2: B6Ng01-294O06.b_50_1151

seq1  GAATTCTACAGCCAGATAATCTGCCTGTTTTGGTTTGGATATAAAAGGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTACAGCCAGATAATCTGCCTGTTTTGGTTTGGATATAAAAGGAA  50

seq1  CCATTTTTCATTTTTTGTTAAAGAGTTGGTCCCCACCTAGGGGTGTGATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTTTCATTTTTTGTTAAAGAGTTGGTCCCCACCTAGGGGTGTGATT  100

seq1  GAAAATGCATGGATCATGCGGGCACTAACTTCATCAATAGACTAATTGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATGCATGGATCATGCGGGCACTAACTTCATCAATAGACTAATTGAT  150

seq1  GAGTTCATAGTTGGATGGGTTATTAGAGGCTGGGTTCTTGTATGATTAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTCATAGTTGGATGGGTTATTAGAGGCTGGGTTCTTGTATGATTAAA  200

seq1  AAAAATGACTTGGGGTATATATGACTTTGAATAGGAGCAAAGATCTCAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATGACTTGGGGTATATATGACTTTGAATAGGAGCAAAGATCTCAGT  250

seq1  GGCCCTGTCTCAGAGACAGCCAAGATCAAGGGATGAAAACCCACCGGCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCTGTCTCAGAGACAGCCAAGATCAAGGGATGAAAACCCACCGGCCA  300

seq1  TTTTAATCTGACAGCTCTCTGTCCTTGGTTAACCCATCAGTGAATTTTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAATCTGACAGCTCTCTGTCCTTGGTTAACCCATCAGTGAATTTTAT  350

seq1  CAGGTGTCTACAATGCCACAGGCACCACGCCATCTCTCCTGCTTGGAAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTGTCTACAATGCCACAGGCACCACGCCATCTCTCCTGCTTGGAAGA  400

seq1  ATGTAGAACTCTGGCTGGGGCCAGTGCTGGAAGAACTGTTCAATGAGGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAGAACTCTGGCTGGGGCCAGTGCTGGAAGAACTGTTCAATGAGGCT  450

seq1  AGAATAGGATTTGCTCATAAAGCATGTTGATTCCTGAAACACAGACAAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATAGGATTTGCTCATAAAGCATGTTGATTCCTGAAACACAGACAAGG  500

seq1  AATGTGTAGAGAGAGCCCTGGATGCGTGACACAGGTGGGATTGAGACTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGTAGAGAGAGCCCTGGATGCGTGACACAGGTGGGATTGAGACTCA  550

seq1  CTTGTCTCTAGTGACCAGTCACAGAAAAACTTCAGTCTTGTCTGCCAAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTCTCTAGTGACCAGTCACAGAAAAACTTCAGTCTTGTCTGCCAAGA  600

seq1  AAGGGCAGATTGGAAAATTGTCCAATTTTCTGAAGATTTAAGGACACGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGCAGATTGGAAAATTGTCCAATTTTCTGAAGATTTAAGGACACGCC  650

seq1  AATGACCCGCTCACAGGATTTATTGCTCTCTTAGTAACATTGCCTAGGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGACCCGCTCACAGGATTTATTGCTCTCTTAGTAACATTGCCTAGGAA  700

seq1  GGAGGAGCATGAAGAGCCAGAGTGATTATGGGTTGTTCCATGCAGCAAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGAGCATGAAGAGCCAGAGTGATTATGGGTTGTTCCATGCAGCAAGG  750

seq1  GAATAAGGTATTCTTCCCTAAAATGTGGAAGAAAAAAGGATGGCAAATTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAAGGTATTCTTCCCTAAAATGTGGAAGAAAAAAGGATGGCAAATTA  800

seq1  AAAACAAGAGACTTGGGGAGGACAGGCTGCAAAAATTCTGAGAGAATGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAAGAGACTTGGGGAGGACAGGCTGCAAAAATTCTGAGAGAATGCA  850

seq1  CATGATTCGCTTTCTTCACTGGTTTGCTTTATTTCATTTTAATA-TTTTT  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CATGATTCGCTTTCTTCACTGGTTTGCTTTATTTCATTTTAATATTTTTT  900

seq1  AACGATAAAATTAGTTTGCTGTAAGCTACATGAAATAACAGGACAGA-TG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||
seq2  AACGATAAAATTAGTTTGCTGTAAGCTACATGAAATAACAGGAAAGATTG  950

seq1  CACGTGTTCTCATCAATCAGCTTCAACACAAGTGC-TTCCTATGGCTGCC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CACGTGTTCTCATCAATCAGCTTCAACACAAGTGCTTTCCTATGGCTGCC  1000

seq1  ACTCCTCTCCCTTTA-TGAGAAAAGAAATGAATAAAATATAAGATAAACA  1046
      ||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||| ||
seq2  ACTCCTCTCCCTTTATTGAG-AAAGAAATGAAT-AAATATAAGATAACCA  1048

seq1  GCTAGAACCTCTCTCTG-ACACACACACACACACACACAC-ACGCCTTGC  1094
      ||||||| ||||||||| |||||||||| |   ||||||| |||||||||
seq2  GCTAGAA-CTCTCTCTGAACACACACACTCCACCACACACAACGCCTTGC  1097

seq1  TCTCTC  1100
      | ||||
seq2  T-TCTC  1102

seq1: chr11_67778567_67779637
seq2: B6Ng01-294O06.g_67_1121 (reverse)

seq1  AAAAATCAATTTTCCCCCTAAAATTTAACTCCTTGCCTTTTCGCTACACG  50
      ||||||| | ||||||||||||   | ||||| |||  ||||||||||||
seq2  AAAAATCCA-TTTCCCCCTAAA---TTACTCC-TGC--TTTCGCTACACG  43

seq1  CCAAACACGACCCCCAATCACAGCATTTCTCTCTCAATATTTACCACGAC  100
      ||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||
seq2  CCAAACACGACCCC--ATCACAGCATTTCTCTCTC-ATATTTA-CACGAC  89

seq1  AGTCACAAATAAAGTGTGAGCACCACAAGAAGGCCCCTCCAGAATTAAAA  150
      |||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AGTCACAAAT-AAGTGTGAGCA-CACAAGAAGG-CCCTCCAGAATTAAAA  136

seq1  AGGTTTCTCCCTTAATGTCCTACTTCCCTTCTATCCTGGTCTTAAACCTT  200
      |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTTCT-CCTTAATGTCCTACTT-CCTTCTATCCTGGTCTTAAACCTT  184

seq1  TGAGTTCTTACTTTGGGAAAGACCCTTATTCATACTCCTACCGAGTTAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTCTTACTTTGGGAAAGACCCTTATTCATACTCCTACCGAGTTAGG  234

seq1  CTCATTTGGTCTCTGGAGGAGCTTTATCTGAGCTCTTACACCCATGCCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTTGGTCTCTGGAGGAGCTTTATCTGAGCTCTTACACCCATGCCAG  284

seq1  TTCCTGAGGCTCAGGAATGAGGCCCAGATCTGCCACCATCCTGGGGCGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGAGGCTCAGGAATGAGGCCCAGATCTGCCACCATCCTGGGGCGGG  334

seq1  TGGTGCCTGGCCACACTCTTGCCGCTATTCCCACTGCCTCTCAGGCGCTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGCCTGGCCACACTCTTGCCGCTATTCCCACTGCCTCTCAGGCGCTA  384

seq1  CCAGGTCAGCGTCTCACTGTCCCTGAGGCATCAAATCATGGTTGCTCAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGTCAGCGTCTCACTGTCCCTGAGGCATCAAATCATGGTTGCTCAAG  434

seq1  GTCTCACCATTGAAGCCGATCACAGCCTGAAGCTCCAGTTCTGCTACATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCACCATTGAAGCCGATCACAGCCTGAAGCTCCAGTTCTGCTACATC  484

seq1  CAGCTCGGGTAAAACTTGTTCTTCCATCCTGGAGAGTTTCAGCTCATTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTCGGGTAAAACTTGTTCTTCCATCCTGGAGAGTTTCAGCTCATTGA  534

seq1  TTCTTCAACTCCAGGGTGCAGCGTCTCCTGGTCGTCATGGTAACTGGCGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCAACTCCAGGGTGCAGCGTCTCCTGGTCGTCATGGTAACTGGCGC  584

seq1  ACGCATGCGTGCTAGGTTCATGCAGGAGCAGAAACCCAGCCCACTGTGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCATGCGTGCTAGGTTCATGCAGGAGCAGAAACCCAGCCCACTGTGTT  634

seq1  TGAGTTGATTTCCCCTCTTGCAAATGTTGGGAGGACTTCCTTAGTATGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTGATTTCCCCTCTTGCAAATGTTGGGAGGACTTCCTTAGTATGTA  684

seq1  TTTTATCCATTCTGGAAATGTAGGTGGTAGGTTGACGCTAAGTGCACAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATCCATTCTGGAAATGTAGGTGGTAGGTTGACGCTAAGTGCACAAG  734

seq1  GTAAATTTCCTCCTCTCCCGTGTACAGGTCTGTGACTTTTTAAAAACTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAATTTCCTCCTCTCCCGTGTACAGGTCTGTGACTTTTTAAAAACTAT  784

seq1  ACAATTAAGCCCCTCGTGATGATTATTAAAAATAATTGAACACAGAATAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATTAAGCCCCTCGTGATGATTATTAAAAATAATTGAACACAGAATAA  834

seq1  TTGAGCACAGAGAATTGCCTATGATGAATAGGTTGCTATAAAAAACATGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGCACAGAGAATTGCCTATGATGAATAGGTTGCTATAAAAAACATGG  884

seq1  CATTGATACTTCTTTTTAAAAGAAAAATTTAAAAAAATCACTAAAAACGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGATACTTCTTTTTAAAAGAAAAATTTAAAAAAATCACTAAAAACGT  934

seq1  TTTAGTACAGTATGCAACTATTTTTATGTATGTATGTATGTATGTATGTA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGTACAGTATGCAACTATTTTTATGTATGTATGTATGTATGTATGTA  984

seq1  TTCATGCATGTATGGTACATATGTTGCCTGTATGTATATTTCCTGCCTCA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGCATGTATGGTACATATGTTGCCTGTATGTATATTTCCTGCCTCA  1034

seq1  GCCATCCAAGTGCTGGAATTC  1071
      |||||||||||||||||||||
seq2  GCCATCCAAGTGCTGGAATTC  1055